Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C2/Structure-Manipulation/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with " {| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | | 00:01 | Chimeraஐ பயன்படுத்தி, '''Structureஐ கையாளுதல்'''...") |
Venuspriya (Talk | contribs) |
||
| Line 462: | Line 462: | ||
|- | |- | ||
| | 09:53 | | | 09:53 | ||
| − | | '''Peptide chain'''களின் நிறத்தை, விருப்பத்திற்க்கேற்பவும் | + | | '''Peptide chain'''களின் நிறத்தை, விருப்பத்திற்க்கேற்பவும் மாற்றலாம். |
|- | |- | ||
| Line 550: | Line 550: | ||
|- | |- | ||
| |11:48 | | |11:48 | ||
| − | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. | + | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி |
|- | |- | ||
|} | |} | ||
Latest revision as of 14:39, 12 January 2018
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Chimeraஐ பயன்படுத்தி, Structureஐ கையாளுதல் குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
| 00:06 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது, Chimera windowவில், ஒரு structureஐ திறப்பது. |
| 00:12 | Structureஐ நகர்த்தி, சுழற்றி, மற்றும் zoom செய்வது. Scale மற்றும் clip . Displayஐ மாற்றுவது. |
| 00:20 | இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு இளங்கலை உயிர்வேதியியல் தெரிந்து இருக்க வேண்டும், அல்லது, கட்டமைப்பு உயிரியல் பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். |
| 00:29 | இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு, நான், Ubuntu Linux OS பதிப்பு14.04 Chimera பதிப்பு1.10.2, Mozilla Firefox browser 35.0, மற்றும், ஒரு இணையதள இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன். |
| 00:47 | UCSF Chimera, molecular structureகளின், interactive காட்ச்சிப்படுத்துதலுக்கும், ஆய்வுக்குமான ஒரு software ஆகும். |
| 00:55 | San Franciscoவில் இருக்கின்ற, California பல்கலைக்கழகத்தின், Resource for Biocomputing, Visualization and Informaticsஆல், Chimera, உருவாக்கப்படுகிறது. |
| 01:05 | மேலும் விவரங்கள், கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் இருக்கின்றன. |
| 01:09 | Chimera windowஐ தொடங்க, desktopல் இருக்கின்ற, Chimera iconஐ , க்ளிக் அல்லது டபுள்-க்ளிக் செய்யவும். |
| 01:16 | ஒரு Rapid access interface திறக்கிறது. |
| 01:20 | நீங்கள் அடிக்கடி பயன்படுத்துகின்ற, data மற்றும் toolகளை அணுக, Rapid access window அனுமதிக்கிறது. |
| 01:27 | Windowவின், கீழ் வலது மூலையில் இருக்கின்ற, lightning bolt iconஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 01:32 | இது, graphics windowஐ காட்டும். 3D structureகள், மற்றும், மற்ற data, இந்த windowவில் காட்டப்படுகிறது. |
| 01:40 | Lightning bolt iconஐ க்ளிக் செய்து, இரண்டு windowகளுக்கு இடையே toggle செய்யவும். |
| 01:45 | இப்போது, graphics windowக்கு திரும்பச் செல்கிறேன். |
| 01:48 | Chimeraவில் இருக்கின்ற, பல வேலைகளை, இரண்டு methodகளை பயன்படுத்தி, நிறைவேற்றலாம். |
| 01:53 | முதலாவது, Chimera' windowவின் மேல் இருக்கின்ற, menu barஐ பயன்படுத்தி செய்வது. |
| 01:59 | மற்றொன்று, command lineல், commandகளை enter செய்வது. |
| 02:03 | Command lineஐ காட்ட, Favorites menuஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:06 | கீழே scroll செய்து, command line optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:10 | Chimera windowவின் கீழ், ஒரு command dialog box தோன்றுகிறது. |
| 02:15 | ஒரு குறிப்பிட்ட வேலைக்கானCommandகள், text boxல் எழுதப்பட வேண்டும். |
| 02:21 | பின்வரும் டுடோரியல்களில், இந்த அம்சத்தைப் பற்றி மேலும் கற்போம். |
| 02:25 | Windowவின் அளவை மாற்ற, windowவின் ஏதேனும் ஒரு மூலையை இழுக்கவும். |
| 02:30 | இப்போது, ஒரு protein structureஐ எப்படி திறப்பது என்று காண்போம். |
| 02:34 | அதை, 3 வழிகளில் நீங்கள் செய்யலாம். நீங்கள் இணையத்துடன் இணைக்கப்பட்டிருந்தால், File menuஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:40 | கீழே scroll செய்து, “Fetch by ID” optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:45 | திரையில், ஒரு dialog box தோன்றுகிறது. |
| 02:48 | Structureஐ பெற, பல்வேறு databaseகளுடன் நீங்கள் இணைத்துக்கொள்ளலாம். |
| 02:53 | விளக்கத்திற்கு, ஒரு protein structureஐ காட்ட நான் விரும்புகிறேன். |
| 02:58 | Optionகளில் இருந்து, நான் PDB ஐ தேர்ந்தெடுக்கிறேன். நீங்கள் காட்ட உத்தேசித்துள்ள, protein moleculeன், 4 எழுத்து, PDB codeஐ டைப் செய்யவும். |
| 03:08 | நான், 1zik (one z i k) என டைப் செய்கிறேன். |
| 03:12 | இது, Leucine zipper proteinக்கான, pdb code ஆகும். Fetch பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:19 | முன்னிருப்பாக, display window வில், proteinனின், ribbon display ஒன்று தோன்றும். |
| 03:25 | ஒரு structureஐ பெற, ஒரு commandஐயும் நாம் டைப் செய்யலாம். |
| 03:29 | command line text boxல், டைப் செய்க: “open 1zik” |
| 03:35 | Display windowவில், structureஐ திறக்க, Enterஐ அழுத்தவும். |
| 03:40 | நீங்கள் இணையத்துடன் இணைக்கப்படாமல் இருந்தால், ஏற்கனவே தரவிறக்கப்பட்ட, pdb fileஐ , நீங்கள் திறக்கலாம். |
| 03:46 | திரையில் உள்ள, structureஐ clear செய்ய: Favorites' menuவில், கீழே scroll செய்து, Model Panel optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:55 | ஒரு Model Panel dialog box திறக்கிறது. |
| 03:58 | Model idக்ளிக் செய்து, பின், Close optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:04 | Model panel windowஐ மூடவும். |
| 04:07 | இப்போது, ஒரு PDB fileஐ எப்படி தரவிறக்குவது என்று நான் விளக்குகிறேன். |
| 04:12 | PDB fileஐ தரவிறக்க, உங்களுக்கு ஒரு இணைய இணைப்பு தேவை. |
| 04:17 | File menuவில், கீழே scroll செய்து, “Fetch by ID” optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:23 | ஒரு dialog box திறக்கிறது. |
| 04:26 | Dialog boxன் கீழுக்கு scroll செய்யவும். |
| 04:30 | web page பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:33 | PDB database web பக்கம், browserல் திறக்கிறது. |
| 04:37 | Proteinக்கான, pdb code உங்களுக்கு தெரிந்தால், கொடுக்கப்பட்டுள்ள text boxல், டைப் செய்யவும். அல்லது, proteinனின் பெயரை டைப் செய்யவும். |
| 04:46 | leucine zipper க்கான, pdb code, எனக்குத் தெரியும். அதனால், நான், text boxல் என “1zik” என டைப் செய்கிறேன். |
| 04:54 | Go பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:57 | பக்கத்தின் கீழுக்கு scroll செய்யவும். |
| 04:59 | பக்கத்தின், வலது மூலையில் இருக்கின்ற, Download files பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:06 | Drop-down menuவில் இருந்து, PDB-file-text optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:12 | ஒரு dialog box தோன்றுகிறது. |
| 05:14 | Save File optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:17 | Ok பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:20 | தரவிறக்கப்பட்டpdb file, இப்போது, Downloads folderல் சேமிக்கப்படும். |
| 05:25 | Chimera windowக்கு திரும்பவும். |
| 05:27 | Dialog boxஐ மூடவும். |
| 05:30 | ஏற்கனவே தரவிறக்கப்பட்ட pdb fileஐ திறக்க, Fileலில், Open optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:37 | Downloads folderக்கு செல்லவும். 1zik.pdb fileஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 05:44 | “Open” பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:47 | Panelலில், leucine zipperன் ஒரு model காட்டப்படுகிறது. |
| 05:51 | முன்னிருப்பாக, இரண்டு peptide chainகளும், சாம்பல் நிற ribbonகளாக காட்டப்படுகின்றன. |
| 05:57 | Panelலில் structureஐ நகர்த்த, mouse பட்டனை பயன்படுத்தவும். |
| 06:01 | சுழற்றுவதற்கு, இடது mouse பட்டன். |
| 06:04 | நடு mouse பட்டன், xy translationஐ கட்டுப்படுத்துகிறது. |
| 06:08 | சிறிதாக்க, அல்லது, பெரிதாக்க, வலது பட்டன், அல்லது, mouse சக்கரம். |
| 06:13 | Structureன் interactive scaling, அல்லது, clippingக்கு: Favorites menu.வில் இருந்து, Side View optionஐ பயன்படுத்தவும். |
| 06:20 | ஒரு viewing window திறக்கிறது. |
| 06:22 | Structureன் ஒரு சிறிய வடிவம், windowவில் காட்டப்படுகிறது. |
| 06:27 | இடது பக்கம் இருக்கின்ற, மஞ்சள் நிற சதுரம், பார்வையாளரின் கண்ணின் இடத்தை குறியீட்டுக்காட்டுகிறது. |
| 06:32 | இடது mouse பட்டனை பயன்படுத்தி, சிறிய சதுரத்தை நகர்த்த முயற்சிக்கவும். |
| 06:36 | அதை கிடைமட்டமாக இழுத்து, scale factorஐ சரிசெய்யவும். |
| 06:41 | கண்ணின் இடத்தை டபுள்-க்ளிக் செய்வது, camera modeஐ மாற்றுவதற்கான ஒரு menuஐ காட்டுகிறது. |
| 06:46 | clipping planes, அதாவது, இரண்டு செங்குத்தான வரிகளை, இடது mouse பட்டனை பயன்படுத்தி நகர்த்தவும். |
| 06:53 | ஆய்வு செய்வதற்கு, windowவில், மேலும் பல viewing controlகள் இருக்கின்றன. |
| 06:58 | Viewing window.ஐ மூடவும். |
| 07:01 | இப்போது, இந்த structureஐ கையாளக் கற்போம். |
| 07:04 | முதல் படி, நீங்கள் மாற்ற விரும்பும் structureன் பகுதியை தேர்ந்தெடுக்க வேண்டும். |
| 07:09 | இப்போதைக்கு, முழு protein structureஐயும், atomகளாக காட்ட நான் விரும்புகிறேன். |
| 07:15 | Menu barல் இருக்கின்ற, Select menuஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:19 | Menu barல் இருக்கின்ற, Select menu, structureன் தனிப்பட்ட componentகளை தேர்ந்தெடுக்க, நம்மை அனுமதிக்கும். |
| 07:25 | chain, element, residue, ligand போன்றவை. |
| 07:31 | எனினும், “Select” menuல் இருந்து, எதுவும் தேர்ந்தெடுக்கப்படவில்லை எனில், நாம் முழு structureஐயும் மாற்ற விரும்புகிறோம் என்று பொருள்படும். |
| 07:39 | இப்போது, Actions menuக்கு சென்று, optionகளில் இருந்து, atoms/bondsஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 07:46 | Sub-menuவில் இருந்து, show ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:49 | திரையில், atomகள், மற்றும், structureன் பகுதியையும், ribbonகளாக நாம் காண்கிறோம். |
| 07:55 | இப்போது, ribbonகளை நீக்க, Action menuவில் இருந்து, ribbonsஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 08:00 | பின், hide optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:03 | முழு structureஉம், இப்போது, sticks displayஆக காட்டப்படுகிறது. |
| 08:08 | இப்போது, structureஐ மேலும் சிறிது கையாள, தொடர்ந்து செயல்படுவோம். |
| 08:13 | பின்வரும் படிகள், அதை, ball மற்றும் stick displayஆக மாற்றும். |
| 08:18 | Actions menuஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:21 | Atoms/bondsக்கு scroll செய்யவும். |
| 08:24 | Sub-menuவில் இருந்து, ball and stickஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 08:28 | Structure, hydrogen atomகள் இல்லாதிருப்பதை கவனிக்கவும். |
| 08:33 | Hydrogen atomகளை சேர்க்க, Tools menuவில், கீழே scroll செய்யவும். |
| 08:37 | Structure Editingஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:40 | Sub-menuவில் இருந்து, Add hydrogens optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 08:45 | Dialog-boxல், காட்டப்பட்டுள்ளபடி, தேர்ந்தெடுப்புகளை செய்யவும். |
| 08:49 | OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:52 | Structure, இப்போது, hydrogen atomகளுடன் காட்டப்படுவதை கவனிக்கவும். |
| 08:57 | வழக்கமாக, ஒரு proteinனின் structure, நீரின் moleculeகளுடன், தொடர்பு கொண்டிருக்கிறது. |
| 09:02 | நீரின் moleculeகளை மறைக்க, Select menuக்கு சென்று, Residueக்கு scroll செய்து, HOH optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 09:13 | திரையை கவனிக்கவும்; எல்லா நீர் moleculeகளும் முன்னிலைப்படுத்தப்படுகின்றன. |
| 09:18 | Actions menuக்கு செல்லவும். Atoms\bondsக்கு scroll செய்து, hide optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 09:26 | இது, நீரின் moleculeகளை, structureல் இருந்து மறைக்கும். |
| 09:30 | Menu barல் இருக்கின்ற, Presets option, displayஐ மாற்ற, மேலும் சில optionகளை கொண்டிருக்கிறது. |
| 09:36 | Interactive 1 optionஐ நீங்கள் க்ளிக் செய்தால்: structure, ribbonகளாக காட்டப்படும், மற்றும், இரண்டு peptide chainகளும், வெவ்வேறு நிறங்களில் காட்டப்படும். |
| 09:45 | Interactive 2, structureஐ , atoms displayக்கு மாற்றும். |
| 09:50 | Interactive 1 displayக்கு திரும்பிச் செல்லவும். |
| 09:53 | Peptide chainகளின் நிறத்தை, விருப்பத்திற்க்கேற்பவும் மாற்றலாம். |
| 09:57 | Select menuவில், கீழே scroll செய்து, Sub-menuவில் இருந்து, chain Aஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 10:02 | Chain A, இப்போது, முன்னிலைப்படுத்தப்பட்டுள்ளது. |
| 10:05 | Actions menuக்கு செல்லவும். Colorக்கு scroll செய்து, மஞ்சளை தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 10:11 | Chain A, இப்போது, மஞ்சள் நிறத்தில் காட்டப்படுகிறது. |
| 10:15 | தேர்ந்தெடுப்பை clear செய்ய, keyboardல், CTRL keyஐ அழுத்திக்கொண்டே இருக்கவும்.பின், Chimera windowவின், காலி இடைவெளியை க்ளிக் செய்யவும். |
| 10:23 | இத்துடன், நாம் இந்த டுடோரியலின் முடிவுக்கு வந்துவிட்டோம். |
| 10:26 | Chimera windowல் இருந்து வெளியேற, File menuக்கு சென்று, Quit optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 10:32 | சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, Chimera windowவில் ஒரு structureஐ திறப்பது, protein structureகளுக்கான, PDB fileஐ தரவிறக்குவது, |
| 10:43 | Structureஐ நகர்த்தி, சுழற்றி, மற்றும் zoom செய்வது. Scale மற்றும் clip. |
| 10:49 | Menu barல் இருக்கின்ற, menuக்களை பயன்படுத்தி, displayஐ மாற்றுவது. |
| 10:53 | நீரின் moleculeகளை நீக்குவது. மற்றும், hydrogenகளை சேர்ப்பது. |
| 10:57 | பயிற்சியாக, PDB databaseல் இருந்து, Leucine zipperன் pdb fileஐ தரவிறக்கவும். |
| 11:04 | File menuல் இருக்கின்ற, Open optionஐ பயன்படுத்தி, pdb fileஐ , Chimera windowவில் திறக்கவும். |
| 11:10 | Atomகளின் displayஐ , wireக்கும், எல்லா aromatic ringகளையும், diskகளாக மாற்றவும். |
| 11:16 | நிறைவுபெற்ற உங்கள் பயிற்சி, பின்வருமாறு காணப்படும். |
| 11:21 | பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. |
| 11:26 | அதை தரவிறக்கிக் காணவும். |
| 11:28 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. |
| 11:34 | மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும். |
| 11:38 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. |
| 11:44 | மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும். |
| 11:48 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி |
