UCSF-Chimera/C2/Structure-Manipulation/Tamil

Time	Narration
00:01	Chimeraஐ பயன்படுத்தி, Structureஐ கையாளுதல் குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:06	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது, Chimera windowவில், ஒரு structureஐ திறப்பது.
00:12	Structureஐ நகர்த்தி, சுழற்றி, மற்றும் zoom செய்வது. Scale மற்றும் clip . Displayஐ மாற்றுவது.
00:20	இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு இளங்கலை உயிர்வேதியியல் தெரிந்து இருக்க வேண்டும், அல்லது, கட்டமைப்பு உயிரியல் பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும்.
00:29	இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு, நான், Ubuntu Linux OS பதிப்பு14.04 Chimera பதிப்பு1.10.2, Mozilla Firefox browser 35.0, மற்றும், ஒரு இணையதள இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.
00:47	UCSF Chimera, molecular structureகளின், interactive காட்ச்சிப்படுத்துதலுக்கும், ஆய்வுக்குமான ஒரு software ஆகும்.
00:55	San Franciscoவில் இருக்கின்ற, California பல்கலைக்கழகத்தின், Resource for Biocomputing, Visualization and Informaticsஆல், Chimera, உருவாக்கப்படுகிறது.
01:05	மேலும் விவரங்கள், கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் இருக்கின்றன.
01:09	Chimera windowஐ தொடங்க, desktopல் இருக்கின்ற, Chimera iconஐ , க்ளிக் அல்லது டபுள்-க்ளிக் செய்யவும்.
01:16	ஒரு Rapid access interface திறக்கிறது.
01:20	நீங்கள் அடிக்கடி பயன்படுத்துகின்ற, data மற்றும் toolகளை அணுக, Rapid access window அனுமதிக்கிறது.
01:27	Windowவின், கீழ் வலது மூலையில் இருக்கின்ற, lightning bolt iconஐ க்ளிக் செய்யவும்.
01:32	இது, graphics windowஐ காட்டும். 3D structureகள், மற்றும், மற்ற data, இந்த windowவில் காட்டப்படுகிறது.
01:40	Lightning bolt iconஐ க்ளிக் செய்து, இரண்டு windowகளுக்கு இடையே toggle செய்யவும்.
01:45	இப்போது, graphics windowக்கு திரும்பச் செல்கிறேன்.
01:48	Chimeraவில் இருக்கின்ற, பல வேலைகளை, இரண்டு methodகளை பயன்படுத்தி, நிறைவேற்றலாம்.
01:53	முதலாவது, Chimera' windowவின் மேல் இருக்கின்ற, menu barஐ பயன்படுத்தி செய்வது.
01:59	மற்றொன்று, command lineல், commandகளை enter செய்வது.
02:03	Command lineஐ காட்ட, Favorites menuஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:06	கீழே scroll செய்து, command line optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:10	Chimera windowவின் கீழ், ஒரு command dialog box தோன்றுகிறது.
02:15	ஒரு குறிப்பிட்ட வேலைக்கானCommandகள், text boxல் எழுதப்பட வேண்டும்.
02:21	பின்வரும் டுடோரியல்களில், இந்த அம்சத்தைப் பற்றி மேலும் கற்போம்.
02:25	Windowவின் அளவை மாற்ற, windowவின் ஏதேனும் ஒரு மூலையை இழுக்கவும்.
02:30	இப்போது, ஒரு protein structureஐ எப்படி திறப்பது என்று காண்போம்.
02:34	அதை, 3 வழிகளில் நீங்கள் செய்யலாம். நீங்கள் இணையத்துடன் இணைக்கப்பட்டிருந்தால், File menuஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:40	கீழே scroll செய்து, “Fetch by ID” optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:45	திரையில், ஒரு dialog box தோன்றுகிறது.
02:48	Structureஐ பெற, பல்வேறு databaseகளுடன் நீங்கள் இணைத்துக்கொள்ளலாம்.
02:53	விளக்கத்திற்கு, ஒரு protein structureஐ காட்ட நான் விரும்புகிறேன்.
02:58	Optionகளில் இருந்து, நான் PDB ஐ தேர்ந்தெடுக்கிறேன். நீங்கள் காட்ட உத்தேசித்துள்ள, protein moleculeன், 4 எழுத்து, PDB codeஐ டைப் செய்யவும்.
03:08	நான், 1zik (one z i k) என டைப் செய்கிறேன்.
03:12	இது, Leucine zipper proteinக்கான, pdb code ஆகும். Fetch பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
03:19	முன்னிருப்பாக, display window வில், proteinனின், ribbon display ஒன்று தோன்றும்.
03:25	ஒரு structureஐ பெற, ஒரு commandஐயும் நாம் டைப் செய்யலாம்.
03:29	command line text boxல், டைப் செய்க: “open 1zik”
03:35	Display windowவில், structureஐ திறக்க, Enterஐ அழுத்தவும்.
03:40	நீங்கள் இணையத்துடன் இணைக்கப்படாமல் இருந்தால், ஏற்கனவே தரவிறக்கப்பட்ட, pdb fileஐ , நீங்கள் திறக்கலாம்.
03:46	திரையில் உள்ள, structureஐ clear செய்ய: Favorites' menuவில், கீழே scroll செய்து, Model Panel optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:55	ஒரு Model Panel dialog box திறக்கிறது.
03:58	Model idக்ளிக் செய்து, பின், Close optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:04	Model panel windowஐ மூடவும்.
04:07	இப்போது, ஒரு PDB fileஐ எப்படி தரவிறக்குவது என்று நான் விளக்குகிறேன்.
04:12	PDB fileஐ தரவிறக்க, உங்களுக்கு ஒரு இணைய இணைப்பு தேவை.
04:17	File menuவில், கீழே scroll செய்து, “Fetch by ID” optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:23	ஒரு dialog box திறக்கிறது.
04:26	Dialog boxன் கீழுக்கு scroll செய்யவும்.
04:30	web page பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
04:33	PDB database web பக்கம், browserல் திறக்கிறது.
04:37	Proteinக்கான, pdb code உங்களுக்கு தெரிந்தால், கொடுக்கப்பட்டுள்ள text boxல், டைப் செய்யவும். அல்லது, proteinனின் பெயரை டைப் செய்யவும்.
04:46	leucine zipper க்கான, pdb code, எனக்குத் தெரியும். அதனால், நான், text boxல் என “1zik” என டைப் செய்கிறேன்.
04:54	Go பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
04:57	பக்கத்தின் கீழுக்கு scroll செய்யவும்.
04:59	பக்கத்தின், வலது மூலையில் இருக்கின்ற, Download files பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
05:06	Drop-down menuவில் இருந்து, PDB-file-text optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:12	ஒரு dialog box தோன்றுகிறது.
05:14	Save File optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:17	Ok பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
05:20	தரவிறக்கப்பட்டpdb file, இப்போது, Downloads folderல் சேமிக்கப்படும்.
05:25	Chimera windowக்கு திரும்பவும்.
05:27	Dialog boxஐ மூடவும்.
05:30	ஏற்கனவே தரவிறக்கப்பட்ட pdb fileஐ திறக்க, Fileலில், Open optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:37	Downloads folderக்கு செல்லவும். 1zik.pdb fileஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
05:44	“Open” பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
05:47	Panelலில், leucine zipperன் ஒரு model காட்டப்படுகிறது.
05:51	முன்னிருப்பாக, இரண்டு peptide chainகளும், சாம்பல் நிற ribbonகளாக காட்டப்படுகின்றன.
05:57	Panelலில் structureஐ நகர்த்த, mouse பட்டனை பயன்படுத்தவும்.
06:01	சுழற்றுவதற்கு, இடது mouse பட்டன்.
06:04	நடு mouse பட்டன், xy translationஐ கட்டுப்படுத்துகிறது.
06:08	சிறிதாக்க, அல்லது, பெரிதாக்க, வலது பட்டன், அல்லது, mouse சக்கரம்.
06:13	Structureன் interactive scaling, அல்லது, clippingக்கு: Favorites menu.வில் இருந்து, Side View optionஐ பயன்படுத்தவும்.
06:20	ஒரு viewing window திறக்கிறது.
06:22	Structureன் ஒரு சிறிய வடிவம், windowவில் காட்டப்படுகிறது.
06:27	இடது பக்கம் இருக்கின்ற, மஞ்சள் நிற சதுரம், பார்வையாளரின் கண்ணின் இடத்தை குறியீட்டுக்காட்டுகிறது.
06:32	இடது mouse பட்டனை பயன்படுத்தி, சிறிய சதுரத்தை நகர்த்த முயற்சிக்கவும்.
06:36	அதை கிடைமட்டமாக இழுத்து, scale factorஐ சரிசெய்யவும்.
06:41	கண்ணின் இடத்தை டபுள்-க்ளிக் செய்வது, camera modeஐ மாற்றுவதற்கான ஒரு menuஐ காட்டுகிறது.
06:46	clipping planes, அதாவது, இரண்டு செங்குத்தான வரிகளை, இடது mouse பட்டனை பயன்படுத்தி நகர்த்தவும்.
06:53	ஆய்வு செய்வதற்கு, windowவில், மேலும் பல viewing controlகள் இருக்கின்றன.
06:58	Viewing window.ஐ மூடவும்.
07:01	இப்போது, இந்த structureஐ கையாளக் கற்போம்.
07:04	முதல் படி, நீங்கள் மாற்ற விரும்பும் structureன் பகுதியை தேர்ந்தெடுக்க வேண்டும்.
07:09	இப்போதைக்கு, முழு protein structureஐயும், atomகளாக காட்ட நான் விரும்புகிறேன்.
07:15	Menu barல் இருக்கின்ற, Select menuஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:19	Menu barல் இருக்கின்ற, Select menu, structureன் தனிப்பட்ட componentகளை தேர்ந்தெடுக்க, நம்மை அனுமதிக்கும்.
07:25	chain, element, residue, ligand போன்றவை.
07:31	எனினும், “Select” menuல் இருந்து, எதுவும் தேர்ந்தெடுக்கப்படவில்லை எனில், நாம் முழு structureஐயும் மாற்ற விரும்புகிறோம் என்று பொருள்படும்.
07:39	இப்போது, Actions menuக்கு சென்று, optionகளில் இருந்து, atoms/bondsஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
07:46	Sub-menuவில் இருந்து, show ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:49	திரையில், atomகள், மற்றும், structureன் பகுதியையும், ribbonகளாக நாம் காண்கிறோம்.
07:55	இப்போது, ribbonகளை நீக்க, Action menuவில் இருந்து, ribbonsஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
08:00	பின், hide optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:03	முழு structureஉம், இப்போது, sticks displayஆக காட்டப்படுகிறது.
08:08	இப்போது, structureஐ மேலும் சிறிது கையாள, தொடர்ந்து செயல்படுவோம்.
08:13	பின்வரும் படிகள், அதை, ball மற்றும் stick displayஆக மாற்றும்.
08:18	Actions menuஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:21	Atoms/bondsக்கு scroll செய்யவும்.
08:24	Sub-menuவில் இருந்து, ball and stickஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
08:28	Structure, hydrogen atomகள் இல்லாதிருப்பதை கவனிக்கவும்.
08:33	Hydrogen atomகளை சேர்க்க, Tools menuவில், கீழே scroll செய்யவும்.
08:37	Structure Editingஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:40	Sub-menuவில் இருந்து, Add hydrogens optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
08:45	Dialog-boxல், காட்டப்பட்டுள்ளபடி, தேர்ந்தெடுப்புகளை செய்யவும்.
08:49	OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
08:52	Structure, இப்போது, hydrogen atomகளுடன் காட்டப்படுவதை கவனிக்கவும்.
08:57	வழக்கமாக, ஒரு proteinனின் structure, நீரின் moleculeகளுடன், தொடர்பு கொண்டிருக்கிறது.
09:02	நீரின் moleculeகளை மறைக்க, Select menuக்கு சென்று, Residueக்கு scroll செய்து, HOH optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
09:13	திரையை கவனிக்கவும்; எல்லா நீர் moleculeகளும் முன்னிலைப்படுத்தப்படுகின்றன.
09:18	Actions menuக்கு செல்லவும். Atoms\bondsக்கு scroll செய்து, hide optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
09:26	இது, நீரின் moleculeகளை, structureல் இருந்து மறைக்கும்.
09:30	Menu barல் இருக்கின்ற, Presets option, displayஐ மாற்ற, மேலும் சில optionகளை கொண்டிருக்கிறது.
09:36	Interactive 1 optionஐ நீங்கள் க்ளிக் செய்தால்: structure, ribbonகளாக காட்டப்படும், மற்றும், இரண்டு peptide chainகளும், வெவ்வேறு நிறங்களில் காட்டப்படும்.
09:45	Interactive 2, structureஐ , atoms displayக்கு மாற்றும்.
09:50	Interactive 1 displayக்கு திரும்பிச் செல்லவும்.
09:53	Peptide chainகளின் நிறத்தை, விருப்பத்திற்க்கேற்பவும் மாற்றலாம்.
09:57	Select menuவில், கீழே scroll செய்து, Sub-menuவில் இருந்து, chain Aஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
10:02	Chain A, இப்போது, முன்னிலைப்படுத்தப்பட்டுள்ளது.
10:05	Actions menuக்கு செல்லவும். Colorக்கு scroll செய்து, மஞ்சளை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
10:11	Chain A, இப்போது, மஞ்சள் நிறத்தில் காட்டப்படுகிறது.
10:15	தேர்ந்தெடுப்பை clear செய்ய, keyboardல், CTRL keyஐ அழுத்திக்கொண்டே இருக்கவும்.பின், Chimera windowவின், காலி இடைவெளியை க்ளிக் செய்யவும்.
10:23	இத்துடன், நாம் இந்த டுடோரியலின் முடிவுக்கு வந்துவிட்டோம்.
10:26	Chimera windowல் இருந்து வெளியேற, File menuக்கு சென்று, Quit optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
10:32	சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, Chimera windowவில் ஒரு structureஐ திறப்பது, protein structureகளுக்கான, PDB fileஐ தரவிறக்குவது,
10:43	Structureஐ நகர்த்தி, சுழற்றி, மற்றும் zoom செய்வது. Scale மற்றும் clip.
10:49	Menu barல் இருக்கின்ற, menuக்களை பயன்படுத்தி, displayஐ மாற்றுவது.
10:53	நீரின் moleculeகளை நீக்குவது. மற்றும், hydrogenகளை சேர்ப்பது.
10:57	பயிற்சியாக, PDB databaseல் இருந்து, Leucine zipperன் pdb fileஐ தரவிறக்கவும்.
11:04	File menuல் இருக்கின்ற, Open optionஐ பயன்படுத்தி, pdb fileஐ , Chimera windowவில் திறக்கவும்.
11:10	Atomகளின் displayஐ , wireக்கும், எல்லா aromatic ringகளையும், diskகளாக மாற்றவும்.
11:16	நிறைவுபெற்ற உங்கள் பயிற்சி, பின்வருமாறு காணப்படும்.
11:21	பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.
11:26	அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.
11:28	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது.
11:34	மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.
11:38	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது.
11:44	மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.
11:48	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி

Contributors and Content Editors

Jayashree, Venuspriya