Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
| Line 325: | Line 325: | ||
|- | |- | ||
| | 07:15 | | | 07:15 | ||
| − | | இந்த மதிப்புகள், '''peptide fragment'''க்கான, ஒரு '''alpha-helix '''structure'''க்கு தொடர்புடையதாகும். | + | | இந்த மதிப்புகள், '''peptide fragment'''க்கான, ஒரு '''alpha-helix '''structure'''க்கு தொடர்புடையதாகும். |
|- | |- | ||
Latest revision as of 09:44, 15 January 2018
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Structureகளை உருவாக்குவது, குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
| 00:05 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: சிறிய moleculeகளின் structureகள், peptideகள் , மற்றும்DNA fragmentகளை, உருவாக்குவது. |
| 00:13 | Structureஐ மாற்றுவது. Energyஐ குறைப்பது, மற்றும், modelகளை சேர்ப்பது. |
| 00:19 | இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, Chimera interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும். |
| 00:30 | இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு நான்: Ubuntu OS பதிப்பு14.04 ,Chimera பதிப்பு 1.10.2 ,Mozilla firefox browser 42.0, மற்றும், ஒரு Internet இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன். |
| 00:48 | இங்கு, ஒரு Chimera graphics window.ஐ நான் திறந்துள்ளேன். |
| 00:52 | இப்போது, Build Structure toolஐ பயன்படுத்தி, ஒரு chemical structureஐ உருவாக்கத் தொடங்குவோம். |
| 00:58 | Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். Structure editing optionக்கு scroll செய்யவும். |
| 01:04 | Sub-menuவில் , Build Structureஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 01:08 | ஒரு Build Structure dialog box திரையில் திறக்கிறது. |
| 01:12 | Dialog boxன் மேல் இருக்கின்ற, Start Structure பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 01:18 | இங்கு, structureஐ புதிதாக உருவாக்குவதற்கு, optionகளை நாம் கொண்டுள்ளோம். |
| 01:23 | இருக்கின்ற structureஐ மாற்றுவது, bondகளை சரிசெய்வது, torsionகளை சரிசெய்வது, modelகளை சேர்ப்பது, போன்றவற்றையும் நாம் செய்யலாம். |
| 01:33 | Start Structure optionஐ தேர்வு செய்வோம். |
| 01:37 | இங்கு, ஒரு structureஐ தொடங்க, பல optionகள் இருக்கின்றன. |
| 01:41 | atomஐ சேர்ப்பது, fragmentஐ சேர்ப்பது, Pubchem data baseல் இருந்து, structureஐ பெறுவது. |
| 01:48 | peptide, DNA, RNAஐ உருவாக்குவது, போன்ற பல. |
| 01:53 | சிறிய moleculeகளை உருவாக்க, atom radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். Atom parameters பிரிவு திறக்கிறது. |
| 02:01 | முன்னிருப்பாக, structure, ஒரு helium atomஉடன், தொடங்குகிறது. |
| 02:05 | Panelன் நடுவில், helium atomஐ வைக்க,Center of the view radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:12 | X , Y மற்றும் Z coordinateகளை input செய்யவும், நாம் optionகளை கொண்டிருக்கிறோம். |
| 02:17 | Select placed atom.ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:21 | Named text boxல், sessionன் பெயரை, Sample1 என டைப் செய்யவும். |
| 02:26 | Color new atoms by elementஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:30 | Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:33 | Panelலில், ஒரு ஒற்றை Helium atom தோன்றுகிறது. |
| 02:37 | இப்போது, Modify Structure optionஐ பயன்படுத்தி, இந்த atomஐ , எந்த moleculeஆகவும் நாம் மாற்ற முடியும். |
| 02:44 | Main drop-down menuவில் இருந்து, Modify Structure optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 02:49 | heliumஐ ஒரு, methane moleculeஆக மாற்ற முயற்சிப்போம். |
| 02:53 | Helium atom, selection modeல் இருக்கட்டும். |
| 02:57 | Build Structure dialog boxல்; |
| 03:00 | Elementஐ , carbonக்கும், bondsஐ , 4க்கும், geometryஐ tetrahedralக்கும் மாற்றவும். |
| 03:08 | Valencyஐ சரிக்கட்ட, தேவையான hydrogenகள் இணைக்கப்படுகின்றன. |
| 03:13 | முன்னிருப்பாக, சில parameterகள், ஏற்கனவே தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டு இருக்கின்றன. அவற்றை அப்படியே விடவும். |
| 03:20 | Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:23 | Panelஐ கவனிக்கவும். Methane moleculeக்கு பதிலாக, இப்போது, Helium atom, வைக்கப்பட்டுள்ளது. |
| 03:29 | Select menuஐ பயன்படுத்தி, தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும். |
| 03:33 | இந்த moleculeஐ , Methyl amineக்கு மேலும் மாற்ற, ஏதேனும் hydrogen atom ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 03:39 | CTRL keyஐ அழுத்திக்கொண்டே, methane structureல் இருக்கும், ஏதேனும் hydrogen atom ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:46 | Hydrogen atom, இப்போது தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டுவிட்டது. |
| 03:49 | Modify Structure dialog boxல்; Elementஐ , nitrogenக்கும், bondsஐ , 3க்கும், geometryஐ trigonalக்கும் மாற்றவும். |
| 03:59 | Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:02 | Panelஐ கவனிக்கவும். Amino group, இப்போது, methane moleculeக்கு சேர்க்கப்பட்டுவிட்டது. |
| 04:07 | Select menuஐ பயன்படுத்தி, தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும். |
| 04:10 | Structureல் இருந்து, ஏதேனும்bond அல்லது atomஐ நீக்கவேண்டுமெனில்; bond அல்லது atomஐ , தேர்ந்தெடுக்கவும். Build Structure dialog boxல் இருக்கின்ற, delete பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:22 | அசல் structureக்கு திரும்பிச் செல்ல, Tools menuஐ பயன்படுத்தி, hydrogenகளை சேர்க்கவும். |
| 04:28 | நடு mouse பட்டனை பயன்படுத்தி, இந்த modelஐ இழுத்து, panelன் மூலையில் வைக்கவும். |
| 04:35 | Build Structure dialog boxல்; drop-down menuஐ க்ளிக் செய்து, Start Structure option.ஐ , தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 04:43 | இப்போது, fragment radio button.ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:47 | பல cyclic compoundகளின், ஒரு fragment library, இங்கு பட்டியலிடப்படுகிறது. |
| 04:52 | 5-membered ringகளை க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:55 | பட்டியலில் இருந்து, fragmentஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 04:58 | நான், imidazoleஐ தேர்வு செய்கிறேன். |
| 05:01 | Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:04 | Imidazole molecule, திரையில் காட்டப்படுகிறது. |
| 05:09 | imidazole moleculeஐ , methyl amine modelக்கு அருகே நகர்த்தவும். |
| 05:13 | Active model status barல், model number zeroக்கான, boxஐ uncheck செய்யவும். |
| 05:19 | இது, amine model ஐ , திரையில், inactiveஆக வைத்திருக்கும். |
| 05:23 | நடு mouse பட்டனை பயன்படுத்தி, imidazoleஐ , amine modelக்கு அருகே நகர்த்தவும். |
| 05:29 | Build structure dialog boxல் இருக்கின்ற, Join Models optionஐ பயன்படுத்தி, panelலில் இருக்கின்ற, இரண்டு modelகளை, நாம் இணைக்கலாம். |
| 05:37 | நீங்கள் ஒரு bondஐ உருவாக்க உத்தேசிக்கின்ற ஒவ்வொரு modelலில் இருந்தும், ஒரு hydrogen atomஐ , தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 05:44 | CTRL மற்றும்Shift keyகளை, ஒரே நேரத்தில் அழுத்திக்கொண்டே, hydrogenஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:52 | இப்போது, hydrogenகள், தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டுவிட்டன. |
| 05:55 | Other bond optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:58 | Bondகளுக்கு, தொடர்புடைய தகவல்கள், dialog boxல் காட்டப்படுகின்றன. |
| 06:03 | Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:05 | Panelஐ கவனிக்கவும். இரண்டு modelகளும் இணைக்கப்படுகின்றன. |
| 06:10 | File menu.ஐ பயன்படுத்தி, session ஐ மூடவும். |
| 06:15 | graphics windowக்கு திரும்ப, windowவின் கீழ் இருக்கின்ற, lighting bolt iconஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:22 | அடுத்து, ஒரு peptide chainஐ உருவாக்குவோம். |
| 06:25 | Build Structure dialog boxல், Start Structure.ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 06:30 | peptide radio button.ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:33 | Peptide Sequence text boxல், amino acidகளுக்கான, ஒற்றை எழுத்து codeஐ டைப் செய்யவும். |
| 06:39 | ஏதேனும், random acid sequenceஐ , டைப் செய்வோம். |
| 06:43 | டைப் செய்க: ACDEFGH. Residueக்கள், Nல் இருந்து, C terminusக்கு சேர்க்கப்படுகின்றன. |
| 06:52 | Sessionன் பெயரை, Sample2. என டைப் செய்யவும். |
| 06:56 | Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:59 | Add Peptide Sequence dialog-box திறக்கிறது. |
| 07:03 | இந்த dialog box, phi மற்றும் psi angleகளை குறிப்படுவதற்காகும். |
| 07:08 | முன்னிருப்பாக, -57 மற்றும் -47னின், phi மற்றும் psi angleகள், காட்டப்படுகின்றன. |
| 07:15 | இந்த மதிப்புகள், peptide fragmentக்கான, ஒரு alpha-helix structureக்கு தொடர்புடையதாகும். |
| 07:21 | நீங்கள் மதிப்புகளை set செய்யவேண்டுமெனில், அதை manual ஆக செய்யலாம். |
| 07:29 | இப்போதைக்கு, phi\psi மதிப்புகளை, மாற்றாமல் விடுவோம். |
| 07:30 | OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:33 | Panelஐ கவனிக்கவும். ஒரு peptide chain, helixஆக காட்டப்படுகிறது. |
| 07:39 | Structureன் energyஐ குறைக்க, command text boxல், டைப் செய்க: minimize. |
| 07:48 | Modelன் பெயருடன், ஒரு Dock Prep dialog box தோன்றுகிறது. |
| 07:53 | முன்னிருப்பாக, சில parameterகள் தேர்ந்தெடுக்கப்படுகின்றன. |
| 07:57 | இப்போதைக்கு, நாம் எந்த மாற்றமும் செய்யப்போவதில்லை. OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:02 | Structureக்கு, hydrogenகளை சேர்க்க, இது மற்றொரு dialog boxஐ திறக்கிறது. |
| 08:07 | சில parameterகள், ஏற்கனவே தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டுவிட்டன. OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:13 | Panelஐ கவனிக்கவும். Hydrogenகள், structureக்கு சேர்க்கப்படுகின்றன. |
| 08:18 | மற்றொரு dialog boxஐ திறக்கிறது. Force field packageஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 08:24 | முன்னிருப்பாக, standard residueகளுக்கு, AMBER ff14SB தேர்ந்தெடுக்கப்படுகிறது. |
| 08:31 | OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:34 | Structureஐ சிறிதாக்க, அது, சில நொடிகள் எடுத்துக்கொள்ளும். |
| 08:38 | இப்போது, panelலில், மிகவும் விருப்பமான இணக்கத்துடன் கூடிய ஒரு structureஐ நாம் கொண்டுள்ளோம். |
| 08:45 | File menuஐ பயன்படுத்தி, sessionஐ மூடவும். Graphics windowஐ திறக்கவும். |
| 08:51 | Build stucture toolஐ பயன்படுத்தி, ஒரு double helical DNA/RNA ஐ நாம் உருவாக்கலாம். |
| 08:57 | helical DNA/RNA. radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 09:01 | Sequence text boxல், ஒற்றை எழுத்து nucleotide code for a DNA fragment. ஐ டைப் செய்யவும். |
| 09:08 | விளக்கத்திற்கு, நான், ATGCATGC என டைப் செய்கிறேன். |
| 09:16 | DNAஐ க்ளிக் செய்யவும். B-formஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 09:22 | பெயரை, Sample3 என மாற்றவும். |
| 09:25 | Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 09:28 | double helixஆக, DNAன் ஒரு model, panelலில் காட்டப்படுகிறது. |
| 09:34 | Presets menuஐ பயன்படுத்தி, atoms displayக்கு மாற்றவும். |
| 09:39 | சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, சிறிய moleculeகளின் structureகளை உருவாக்குவது, peptideகள் மற்றும்DNA fragmentகள். |
| 09:49 | Structureஐ மாற்றுவது. |
| 09:51 | Energyஐ குறைப்பது, மற்றும், modelகளை சேர்ப்பது. |
| 09:55 | பயிற்சியாக, ஒரு biphenyl moleculeஐ உருவாக்க, இரண்டு benzene moleculeகளை சேர்க்கவும். |
| 10:02 | உங்களுக்கு விருப்பமான, ஒரு amino acid sequenceஐ வைத்து, ஒரு peptide fragmentஐ உருவாக்கவும். |
| 10:08 | ஒரு random nucleotide sequenceஐ வைத்து, ஒரு RNA fragmentஐ உருவாக்கவும். |
| 10:13 | இந்த வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும். |
| 10:21 | நாங்கள், ஸ்போகன் டுடோரியல்களை பயன்படுத்தி, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, சான்றிதழ்கள் தருகிறோம். எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும். |
| 10:28 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. |
| 10:35 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி . |
