UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Tamil

Time	Narration
00:01	Structureகளை உருவாக்குவது, குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:05	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: சிறிய moleculeகளின் structureகள், peptideகள் , மற்றும்DNA fragmentகளை, உருவாக்குவது.
00:13	Structureஐ மாற்றுவது. Energyஐ குறைப்பது, மற்றும், modelகளை சேர்ப்பது.
00:19	இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, Chimera interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும்.
00:30	இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு நான்: Ubuntu OS பதிப்பு14.04 ,Chimera பதிப்பு 1.10.2 ,Mozilla firefox browser 42.0, மற்றும், ஒரு Internet இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.
00:48	இங்கு, ஒரு Chimera graphics window.ஐ நான் திறந்துள்ளேன்.
00:52	இப்போது, Build Structure toolஐ பயன்படுத்தி, ஒரு chemical structureஐ உருவாக்கத் தொடங்குவோம்.
00:58	Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். Structure editing optionக்கு scroll செய்யவும்.
01:04	Sub-menuவில் , Build Structureஐ க்ளிக் செய்யவும்.
01:08	ஒரு Build Structure dialog box திரையில் திறக்கிறது.
01:12	Dialog boxன் மேல் இருக்கின்ற, Start Structure பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
01:18	இங்கு, structureஐ புதிதாக உருவாக்குவதற்கு, optionகளை நாம் கொண்டுள்ளோம்.
01:23	இருக்கின்ற structureஐ மாற்றுவது, bondகளை சரிசெய்வது, torsionகளை சரிசெய்வது, modelகளை சேர்ப்பது, போன்றவற்றையும் நாம் செய்யலாம்.
01:33	Start Structure optionஐ தேர்வு செய்வோம்.
01:37	இங்கு, ஒரு structureஐ தொடங்க, பல optionகள் இருக்கின்றன.
01:41	atomஐ சேர்ப்பது, fragmentஐ சேர்ப்பது, Pubchem data baseல் இருந்து, structureஐ பெறுவது.
01:48	peptide, DNA, RNAஐ உருவாக்குவது, போன்ற பல.
01:53	சிறிய moleculeகளை உருவாக்க, atom radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். Atom parameters பிரிவு திறக்கிறது.
02:01	முன்னிருப்பாக, structure, ஒரு helium atomஉடன், தொடங்குகிறது.
02:05	Panelன் நடுவில், helium atomஐ வைக்க,Center of the view radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
02:12	X , Y மற்றும் Z coordinateகளை input செய்யவும், நாம் optionகளை கொண்டிருக்கிறோம்.
02:17	Select placed atom.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:21	Named text boxல், sessionன் பெயரை, Sample1 என டைப் செய்யவும்.
02:26	Color new atoms by elementஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:30	Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
02:33	Panelலில், ஒரு ஒற்றை Helium atom தோன்றுகிறது.
02:37	இப்போது, Modify Structure optionஐ பயன்படுத்தி, இந்த atomஐ , எந்த moleculeஆகவும் நாம் மாற்ற முடியும்.
02:44	Main drop-down menuவில் இருந்து, Modify Structure optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
02:49	heliumஐ ஒரு, methane moleculeஆக மாற்ற முயற்சிப்போம்.
02:53	Helium atom, selection modeல் இருக்கட்டும்.
02:57	Build Structure dialog boxல்;
03:00	Elementஐ , carbonக்கும், bondsஐ , 4க்கும், geometryஐ tetrahedralக்கும் மாற்றவும்.
03:08	Valencyஐ சரிக்கட்ட, தேவையான hydrogenகள் இணைக்கப்படுகின்றன.
03:13	முன்னிருப்பாக, சில parameterகள், ஏற்கனவே தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டு இருக்கின்றன. அவற்றை அப்படியே விடவும்.
03:20	Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
03:23	Panelஐ கவனிக்கவும். Methane moleculeக்கு பதிலாக, இப்போது, Helium atom, வைக்கப்பட்டுள்ளது.
03:29	Select menuஐ பயன்படுத்தி, தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும்.
03:33	இந்த moleculeஐ , Methyl amineக்கு மேலும் மாற்ற, ஏதேனும் hydrogen atom ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
03:39	CTRL keyஐ அழுத்திக்கொண்டே, methane structureல் இருக்கும், ஏதேனும் hydrogen atom ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:46	Hydrogen atom, இப்போது தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டுவிட்டது.
03:49	Modify Structure dialog boxல்; Elementஐ , nitrogenக்கும், bondsஐ , 3க்கும், geometryஐ trigonalக்கும் மாற்றவும்.
03:59	Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
04:02	Panelஐ கவனிக்கவும். Amino group, இப்போது, methane moleculeக்கு சேர்க்கப்பட்டுவிட்டது.
04:07	Select menuஐ பயன்படுத்தி, தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும்.
04:10	Structureல் இருந்து, ஏதேனும்bond அல்லது atomஐ நீக்கவேண்டுமெனில்; bond அல்லது atomஐ , தேர்ந்தெடுக்கவும். Build Structure dialog boxல் இருக்கின்ற, delete பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
04:22	அசல் structureக்கு திரும்பிச் செல்ல, Tools menuஐ பயன்படுத்தி, hydrogenகளை சேர்க்கவும்.
04:28	நடு mouse பட்டனை பயன்படுத்தி, இந்த modelஐ இழுத்து, panelன் மூலையில் வைக்கவும்.
04:35	Build Structure dialog boxல்; drop-down menuஐ க்ளிக் செய்து, Start Structure option.ஐ , தேர்ந்தெடுக்கவும்.
04:43	இப்போது, fragment radio button.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:47	பல cyclic compoundகளின், ஒரு fragment library, இங்கு பட்டியலிடப்படுகிறது.
04:52	5-membered ringகளை க்ளிக் செய்யவும்.
04:55	பட்டியலில் இருந்து, fragmentஐ தேர்வு செய்யவும்.
04:58	நான், imidazoleஐ தேர்வு செய்கிறேன்.
05:01	Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
05:04	Imidazole molecule, திரையில் காட்டப்படுகிறது.
05:09	imidazole moleculeஐ , methyl amine modelக்கு அருகே நகர்த்தவும்.
05:13	Active model status barல், model number zeroக்கான, boxஐ uncheck செய்யவும்.
05:19	இது, amine model ஐ , திரையில், inactiveஆக வைத்திருக்கும்.
05:23	நடு mouse பட்டனை பயன்படுத்தி, imidazoleஐ , amine modelக்கு அருகே நகர்த்தவும்.
05:29	Build structure dialog boxல் இருக்கின்ற, Join Models optionஐ பயன்படுத்தி, panelலில் இருக்கின்ற, இரண்டு modelகளை, நாம் இணைக்கலாம்.
05:37	நீங்கள் ஒரு bondஐ உருவாக்க உத்தேசிக்கின்ற ஒவ்வொரு modelலில் இருந்தும், ஒரு hydrogen atomஐ , தேர்ந்தெடுக்கவும்.
05:44	CTRL மற்றும்Shift keyகளை, ஒரே நேரத்தில் அழுத்திக்கொண்டே, hydrogenஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:52	இப்போது, hydrogenகள், தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டுவிட்டன.
05:55	Other bond optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:58	Bondகளுக்கு, தொடர்புடைய தகவல்கள், dialog boxல் காட்டப்படுகின்றன.
06:03	Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
06:05	Panelஐ கவனிக்கவும். இரண்டு modelகளும் இணைக்கப்படுகின்றன.
06:10	File menu.ஐ பயன்படுத்தி, session ஐ மூடவும்.
06:15	graphics windowக்கு திரும்ப, windowவின் கீழ் இருக்கின்ற, lighting bolt iconஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:22	அடுத்து, ஒரு peptide chainஐ உருவாக்குவோம்.
06:25	Build Structure dialog boxல், Start Structure.ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
06:30	peptide radio button.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:33	Peptide Sequence text boxல், amino acidகளுக்கான, ஒற்றை எழுத்து codeஐ டைப் செய்யவும்.
06:39	ஏதேனும், random acid sequenceஐ , டைப் செய்வோம்.
06:43	டைப் செய்க: ACDEFGH. Residueக்கள், Nல் இருந்து, C terminusக்கு சேர்க்கப்படுகின்றன.
06:52	Sessionன் பெயரை, Sample2. என டைப் செய்யவும்.
06:56	Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
06:59	Add Peptide Sequence dialog-box திறக்கிறது.
07:03	இந்த dialog box, phi மற்றும் psi angleகளை குறிப்படுவதற்காகும்.
07:08	முன்னிருப்பாக, -57 மற்றும் -47னின், phi மற்றும் psi angleகள், காட்டப்படுகின்றன.
07:15	இந்த மதிப்புகள், peptide fragmentக்கான, ஒரு alpha-helix structureக்கு தொடர்புடையதாகும்.
07:21	நீங்கள் மதிப்புகளை set செய்யவேண்டுமெனில், அதை manual ஆக செய்யலாம்.
07:29	இப்போதைக்கு, phi\psi மதிப்புகளை, மாற்றாமல் விடுவோம்.
07:30	OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
07:33	Panelஐ கவனிக்கவும். ஒரு peptide chain, helixஆக காட்டப்படுகிறது.
07:39	Structureன் energyஐ குறைக்க, command text boxல், டைப் செய்க: minimize.
07:48	Modelன் பெயருடன், ஒரு Dock Prep dialog box தோன்றுகிறது.
07:53	முன்னிருப்பாக, சில parameterகள் தேர்ந்தெடுக்கப்படுகின்றன.
07:57	இப்போதைக்கு, நாம் எந்த மாற்றமும் செய்யப்போவதில்லை. OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
08:02	Structureக்கு, hydrogenகளை சேர்க்க, இது மற்றொரு dialog boxஐ திறக்கிறது.
08:07	சில parameterகள், ஏற்கனவே தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டுவிட்டன. OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
08:13	Panelஐ கவனிக்கவும். Hydrogenகள், structureக்கு சேர்க்கப்படுகின்றன.
08:18	மற்றொரு dialog boxஐ திறக்கிறது. Force field packageஐ தேர்வு செய்யவும்.
08:24	முன்னிருப்பாக, standard residueகளுக்கு, AMBER ff14SB தேர்ந்தெடுக்கப்படுகிறது.
08:31	OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
08:34	Structureஐ சிறிதாக்க, அது, சில நொடிகள் எடுத்துக்கொள்ளும்.
08:38	இப்போது, panelலில், மிகவும் விருப்பமான இணக்கத்துடன் கூடிய ஒரு structureஐ நாம் கொண்டுள்ளோம்.
08:45	File menuஐ பயன்படுத்தி, sessionஐ மூடவும். Graphics windowஐ திறக்கவும்.
08:51	Build stucture toolஐ பயன்படுத்தி, ஒரு double helical DNA/RNA ஐ நாம் உருவாக்கலாம்.
08:57	helical DNA/RNA. radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
09:01	Sequence text boxல், ஒற்றை எழுத்து nucleotide code for a DNA fragment. ஐ டைப் செய்யவும்.
09:08	விளக்கத்திற்கு, நான், ATGCATGC என டைப் செய்கிறேன்.
09:16	DNAஐ க்ளிக் செய்யவும். B-formஐ க்ளிக் செய்யவும்.
09:22	பெயரை, Sample3 என மாற்றவும்.
09:25	Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
09:28	double helixஆக, DNAன் ஒரு model, panelலில் காட்டப்படுகிறது.
09:34	Presets menuஐ பயன்படுத்தி, atoms displayக்கு மாற்றவும்.
09:39	சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, சிறிய moleculeகளின் structureகளை உருவாக்குவது, peptideகள் மற்றும்DNA fragmentகள்.
09:49	Structureஐ மாற்றுவது.
09:51	Energyஐ குறைப்பது, மற்றும், modelகளை சேர்ப்பது.
09:55	பயிற்சியாக, ஒரு biphenyl moleculeஐ உருவாக்க, இரண்டு benzene moleculeகளை சேர்க்கவும்.
10:02	உங்களுக்கு விருப்பமான, ஒரு amino acid sequenceஐ வைத்து, ஒரு peptide fragmentஐ உருவாக்கவும்.
10:08	ஒரு random nucleotide sequenceஐ வைத்து, ஒரு RNA fragmentஐ உருவாக்கவும்.
10:13	இந்த வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.
10:21	நாங்கள், ஸ்போகன் டுடோரியல்களை பயன்படுத்தி, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, சான்றிதழ்கள் தருகிறோம். எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.
10:28	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது.
10:35	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி .

Contributors and Content Editors

Jayashree, Venuspriya