Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with " {| border=1 ||''' Time ''' ||'''Narration''' |- |00:01 | '''Superimposing மற்றும், Morphing''', குறித்த இந்த டுடோரியலு...") |
Venuspriya (Talk | contribs) |
||
| Line 342: | Line 342: | ||
|- | |- | ||
| 07:26 | | 07:26 | ||
| − | | '''Model list''' | + | | '''Model list''' dialog box ஐ மூடவும். |
|- | |- | ||
| Line 361: | Line 361: | ||
|- | |- | ||
| − | |07: | + | |07:47 |
| Play செய்ய, arrow பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். | | Play செய்ய, arrow பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். | ||
| Line 394: | Line 394: | ||
|- | |- | ||
|08:20 | |08:20 | ||
| − | | பயிற்சியாக, '''PDB code'''உடன் கூடிய, '''GTP binding '''proteinகளின் structureகளை திறக்கவும்: '''1TAG''' | + | | பயிற்சியாக, '''PDB code'''உடன் கூடிய, '''GTP binding '''proteinகளின் structureகளை திறக்கவும்: '''1TAG''' மற்றும் '''1TND'''. |
|- | |- | ||
Revision as of 18:30, 10 January 2018
| Time | Narration |
| 00:01 | Superimposing மற்றும், Morphing, குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
| 00:06 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: ஒரே proteinனின், வெவ்வேறு structureகளை, Superimpose செய்து, ஒப்பிடுவது. |
| 00:13 | Conformationகளை morph செய்வது, மற்றும், ஒரு trajectoryஐ உருவாக்குவது. |
| 00:17 | இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, Chimera interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். |
| 00:22 | இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும். |
| 00:27 | இங்கு நான்: Ubuntu OS பதிப்பு14.04 ,Chimera பதிப்பு 1.10.2 ,Mozilla firefox browser 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன். |
| 00:43 | இங்கு, ஒரு Chimera windowஐ நான் திறந்துள்ளேன். |
| 00:46 | graphic access interfaceல் இருந்து, file 3w7fஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 00:53 | Squalin Synthaseன் structure, திரையில் திறக்கிறது. |
| 00:57 | இப்போது, இந்த structureஐ , superimposingக்கு தயாராக்குவோம். |
| 01:01 | அது, ஒரே proteinனின், இரண்டு பிரதிகளைக் கொண்டிருக்கிறது. |
| 01:05 | command lineஐ பயன்படுத்தி, chainகளில் ஒன்றை நீக்கவும். |
| 01:09 | Command historyஐ க்ளிக் செய்து, commandஐ recall நான் செய்கிறேன். |
| 01:14 | Command history dialog boxல் இருந்து, “delete:.a”ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 01:20 | Enterஐ அழுத்தவும். |
| 01:22 | அடுத்து, Structureல் இருந்து, solvent moleculeகளை நீக்க, command “del solvent”ஐ நான் தேர்ந்தெடுக்கிறேன். Enterஐ அழுத்தவும். |
| 01:32 | இந்த structure, substrate analog Farnesyl thiopyrophosphateஉடன் பின்னப்பட்டுள்ளது. சுருக்கமாக, FPS . |
| 01:40 | அதன் secondary structureகளை ஒப்பிட, இரண்டு ஒரே மாதிரியான proteinகளை, நாம் superimpose செய்வோம். |
| 01:46 | இதற்கு, substrate இல்லாமல், அதே enzymeன், ஒரு structureஐ நாம் எடுப்போம். |
| 01:52 | command lineல், டைப் செய்க: “open 2zco”. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 02:02 | புது structure, நீல நிறத்தில் இருக்கிறது. |
| 02:05 | இப்போது, இந்த இரண்டு structureகளும், superimpose செய்யப்பட தயாராக உள்ளன. |
| 02:10 | Superimposition or Structural alignment, இரண்டு அல்லது அதற்கும் மேற்பட்ட, protein structureகளை, ஒப்பிடுவதற்கான ஒரு tool ஆகும். |
| 02:18 | அவற்றின் வடிவம், மற்றும், three-dimensional conformation ஐ பொறுத்து, சீரமைப்பு, அமைகிறது. |
| 02:24 | Superimposing செய்வதற்கு முன்பு, toolbarல் சில iconகளை வைப்போம். |
| 02:30 | Favorites menu.ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:32 | Add to favorites/Tool bar optionக்கு scroll செய்யவும். |
| 02:37 | ஒரு Preferences dialog box திறக்கிறது. |
| 02:40 | Category drop-downல் இருந்து, Toolsஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 02:44 | “Settings” தலைப்பின் கீழ், “On Tool bar” columnக்கு, கீழே இருக்கின்ற, boxகளை check செய்யவும். |
| 02:53 | Command line , Model Panel , Side Viewக்கான, boxகளை check செய்யவும். |
| 02:59 | கீழே scroll செய்து, MatchMaker மற்றும் Match-Alignஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:05 | உங்கள் சொந்த toolboxஐ , நீங்கள் திருத்தியமைக்கலாம். |
| 03:08 | உங்கள் தேவைக்கேற்ப, toolகளை தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 03:12 | Panelஐ கவனிக்கவும். |
| 03:14 | Panelலின் மேல், Tool barல், iconகள் சேர்க்கப்பட்டுள்ளன. |
| 03:19 | Tool barன் இடத்தை மாற்ற, Toolbar placement பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:25 | பின், drop-down menu ல் இருந்து, optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 03:29 | Tool barக்கு, எல்லா, iconகளையும் சேர்த்து முடித்தபிறகு, Save பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:35 | பின், dialog boxஐ மூட, Closeஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:39 | Structureகள், இப்போது, வெவ்வேறு இடங்களில் இருக்கின்றன. |
| 03:43 | இப்போது, MatchMaker functionஐ பயன்படுத்தி, structureகளை superimpose செய்வோம். |
| 03:48 | Tool barல், MatchMaker toolஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:53 | ஒரு MatchMaker dialog box திறக்கிறது. |
| 03:56 | Reference structureல், 3w7f ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:01 | இப்போதைக்கு, முன்னிருப்பான settingகளை கொண்டே தொடருவோம். OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:07 | Panelஐ கவனிக்கவும். |
| 04:09 | இரண்டு structureகளும், ஒன்றன் மீது ஒன்று, superimpose செய்யப்படுகின்றன. |
| 04:13 | இரண்டு structureகளும், ஒன்றுடன் ஒன்று, பெரும்பாலும் முழுவதுமாக, superimposableஆக இருக்கின்றன. |
| 04:19 | non-superimposableஆக இருக்கின்ற, ஒரு பகுதியை தவிர. |
| 04:23 | இந்த non-superimposable பகுதியுடன் தொடர்பு கொண்டிருக்கும் துண்டு, amino acid எண் 53ல் இருந்து தொடங்கி, amino acid எண், 57 வரையுள்ளது. |
| 04:34 | residue typeகள், மற்றும்secondary structureஐ பயன்படுத்தி, The MatchMaker, ஒரு sequence alignment ஐ உருவாக்குகிறது. |
| 04:40 | பின், sequence-aligned residueக்களை, 3Dல் பொருந்துகிறது. |
| 04:44 | இப்போது, Match-Align toolஐ சரி பார்ப்போம். |
| 04:48 | Tool barல் இருந்து, Match-Align toolஐ க்ளிக் செய்யவும். ஒரு dialog box திறக்கிறது. |
| 04:55 | Chainகளை தேர்ந்தெடுக்க, அவற்றின், pdb Idக்களை க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:59 | OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:03 | ஒரு sequence alignment dialog box திறக்கிறது. |
| 05:05 | இந்த boxல், இறுதி fitல், பயன்படுத்தப்பட்டamino acid ஜோடிகள், லேசான செம்மஞ்சள் boxகளால் காட்டப்படுகின்றன. |
| 05:13 | 52-54 residueக்களில், இருக்கின்ற loopஐ தவிர, structureகள் பெரும்பாலும் ஒரே மாதிரியாகவே இருக்கின்றன. |
| 05:21 | அதற்குரிய, ஓரெழுத்து codeன் மீது, cursorஐ வைக்கவும். |
| 05:25 | Sequenceல் இருக்கின்ற, இடைவெளிகளினால், 52ல் இருந்து, 54 வரையுள்ள residueக்கள், இடம் பெயர்க்கப்படுகின்றன. |
| 05:33 | இந்தப் பகுதியை, cursorஐ பயன்படுத்தி, தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 05:38 | Panelஐ கவனிக்கவும். |
| 05:41 | தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட, sequenceன் பகுதி, முன்னிலைப்படுத்தப்படுகிறது. |
| 05:45 | இது, structureன், non-superimposable பகுதிக்கு தொடர்புடையதாகும். |
| 05:50 | Actions menuஐ பயன்படுத்தி, இந்த non-superimposing பகுதிகளின் நிறத்தை நீங்கள் மாற்றலாம். |
| 05:55 | Actions menuஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:57 | Colorக்கு scroll செய்து, orange-red optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:02 | இப்போது, இந்த பகுதி, முன்னிலைப்படுத்தப்படுகிறது. |
| 06:05 | தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்து, dialog boxஐ மூடவும். |
| 06:10 | இப்போது, conformationகளை எப்படி செய்வது, மற்றும், ஒரு trajectoryஐ உருவாக்குவது என்று நான் உங்களுக்கு விளக்குகிறேன். |
| 06:15 | Morphing, அசல் structureகளுக்கு இடையே உள்ள, இடைப்பட்ட structureகளின் தொடரை, கணக்கிடுதலை ஈடுபடுத்துகிறது. |
| 06:23 | உருவாக்கப்படுகின்ற, இடைப்பட்ட structureகளின் தொடர், Molecular Dynamics Movie.- சுருக்கமாக, MD Movie. என்று சேமிக்கப்படலாம். |
| 06:32 | Panelக்கு திரும்பவும். |
| 06:34 | Tools menuல் இருந்து, morphing toolஐ தொடங்கவும். |
| 06:37 | Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். Structure Comparison.க்கு scroll செய்யவும். |
| 06:42 | Morph conformations optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:46 | ஒரு Morph conformations dialog box திறக்கிறது. |
| 06:50 | Add.ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:52 | Models dialog boxல் பெறப்படுகின்ற பட்டியலில்; conformationகளுக்கு சேர்க்க, model எண் பூஜ்யம், அதாவது, 3w7fஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:03 | அடுத்து, model எண் 1, அதாவது, 2zcoஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:10 | பின், மீண்டும், model எண் பூஜ்யம், அதாவது, 3w7fஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:16 | இந்த sequence, இதை ஒத்திருக்கிறது: Ligandல் இருந்து, structure, காலியான structure, பின் திரும்ப, அதற்கே பிணைக்கப்பட்டுள்ள, ஒரு morph trajectory. |
| 07:26 | Model list dialog box ஐ மூடவும். |
| 07:29 | Morph conformations dialog boxல், Createஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:34 | சிறிது நொடிகளுக்கு பிறகு, ஒரு MD Movie உருவாக்கப்படுகிறது. |
| 07:39 | Dialog box, திரையில் தோன்றிகிறது. |
| 07:42 | திரைப்படத்தை, play செய்ய, அல்லது இடைநிறுத்த, dialog box, பட்டன்களை கொண்டிருக்கிறது. |
| 07:47 | Play செய்ய, arrow பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:50 | Panelஐ கவனிக்கவும். |
| 07:52 | Conformationகளின் morphing, ஒரு திரைப்படமாகplay செய்யப்படுகிறது. |
| 07:57 | திரைப்படத்தை இடைநிறுத்தி, MD movie dialog boxஐ மூடவும். |
| 08:02 | இப்போது, நாம் கற்றதை சுருங்கச் சொல்ல. |
| 08:05 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, ஒரே proteinனின், வெவ்வேறு structureகளை, Superimpose செய்து, ஒப்பிடுவது. |
| 08:12 | Conformationகளை morph செய்து, ஒரு trajectoryஐ உருவாக்குவது. |
| 08:16 | Trajectoryஐ , Molecular Dynamics Movie.ஆக சேமிப்பது. |
| 08:20 | பயிற்சியாக, PDB codeஉடன் கூடிய, GTP binding proteinகளின் structureகளை திறக்கவும்: 1TAG மற்றும் 1TND. |
| 08:31 | MatchMaker toolஐ பயன்படுத்தி, structureகளை superimpose செய்யவும். |
| 08:34 | Sequence Alignment toolஐ பயன்படுத்தி, ஒரே மாதிரி இல்லாத பகுதிகளை கண்டுபிடிக்கவும். |
| 08:41 | பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, Spoken Tutorial project. ஐ சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும். |
| 08:48 | Spoken Tutorial Project குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும். |
| 08:57 | Spoken Tutorial Projectக்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும். |
| 09:09 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. |
