UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Tamil

Time	Narration
00:01	Superimposing மற்றும், Morphing, குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:06	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: ஒரே proteinனின், வெவ்வேறு structureகளை, Superimpose செய்து, ஒப்பிடுவது.
00:13	Conformationகளை morph செய்வது, மற்றும், ஒரு trajectoryஐ உருவாக்குவது.
00:17	இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, Chimera interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும்.
00:22	இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும்.
00:27	இங்கு நான்: Ubuntu OS பதிப்பு14.04 ,Chimera பதிப்பு 1.10.2 ,Mozilla firefox browser 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.
00:43	இங்கு, ஒரு Chimera windowஐ நான் திறந்துள்ளேன்.
00:46	graphic access interfaceல் இருந்து, file 3w7fஐ க்ளிக் செய்யவும்.
00:53	Squalin Synthaseன் structure, திரையில் திறக்கிறது.
00:57	இப்போது, இந்த structureஐ , superimposingக்கு தயாராக்குவோம்.
01:01	அது, ஒரே proteinனின், இரண்டு பிரதிகளைக் கொண்டிருக்கிறது.
01:05	command lineஐ பயன்படுத்தி, chainகளில் ஒன்றை நீக்கவும்.
01:09	Command historyஐ க்ளிக் செய்து, commandஐ recall நான் செய்கிறேன்.
01:14	Command history dialog boxல் இருந்து, “delete:.a”ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
01:20	Enterஐ அழுத்தவும்.
01:22	அடுத்து, Structureல் இருந்து, solvent moleculeகளை நீக்க, command “delete solvent”ஐ நான் தேர்ந்தெடுக்கிறேன். Enterஐ அழுத்தவும்.
01:32	இந்த structure, substrate analog Farnesyl thiopyrophosphateஉடன் பின்னப்பட்டுள்ளது. சுருக்கமாக, FPS .
01:40	அதன் secondary structureகளை ஒப்பிட, இரண்டு ஒரே மாதிரியான proteinகளை, நாம் superimpose செய்வோம்.
01:46	இதற்கு, substrate இல்லாமல், அதே enzymeன், ஒரு structureஐ நாம் எடுப்போம்.
01:52	command lineல், டைப் செய்க: “open 2zco”. Enterஐ அழுத்தவும்.
02:02	புது structure, நீல நிறத்தில் இருக்கிறது.
02:05	இப்போது, இந்த இரண்டு structureகளும், superimpose செய்யப்பட தயாராக உள்ளன.
02:10	Superimposition or Structural alignment, இரண்டு அல்லது அதற்கும் மேற்பட்ட, protein structureகளை, ஒப்பிடுவதற்கான ஒரு tool ஆகும்.
02:18	அவற்றின் வடிவம், மற்றும், three-dimensional conformation ஐ பொறுத்து, சீரமைப்பு, அமைகிறது.
02:24	Superimposing செய்வதற்கு முன்பு, toolbarல் சில iconகளை வைப்போம்.
02:30	Favorites menu.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:32	Add to favorites/Tool bar optionக்கு scroll செய்யவும்.
02:37	ஒரு Preferences dialog box திறக்கிறது.
02:40	Category drop-downல் இருந்து, Toolsஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
02:44	“Settings” தலைப்பின் கீழ், “On Tool bar” columnக்கு, கீழே இருக்கின்ற, boxகளை check செய்யவும்.
02:53	Command line , Model Panel , Side Viewக்கான, boxகளை check செய்யவும்.
02:59	கீழே scroll செய்து, MatchMaker மற்றும் Match-Alignஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:05	உங்கள் சொந்த toolboxஐ , நீங்கள் திருத்தியமைக்கலாம்.
03:08	உங்கள் தேவைக்கேற்ப, toolகளை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
03:12	Panelஐ கவனிக்கவும்.
03:14	Panelலின் மேல், Tool barல், iconகள் சேர்க்கப்பட்டுள்ளன.
03:19	Tool barன் இடத்தை மாற்ற, Toolbar placement பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
03:25	பின், drop-down menu ல் இருந்து, optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
03:29	Tool barக்கு, எல்லா, iconகளையும் சேர்த்து முடித்தபிறகு, Save பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
03:35	பின், dialog boxஐ மூட, Closeஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:39	Structureகள், இப்போது, வெவ்வேறு இடங்களில் இருக்கின்றன.
03:43	இப்போது, MatchMaker functionஐ பயன்படுத்தி, structureகளை superimpose செய்வோம்.
03:48	Tool barல், MatchMaker toolஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:53	ஒரு MatchMaker dialog box திறக்கிறது.
03:56	Reference structureல், 3w7f ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:01	இப்போதைக்கு, முன்னிருப்பான settingகளை கொண்டே தொடருவோம். OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
04:07	Panelஐ கவனிக்கவும்.
04:09	இரண்டு structureகளும், ஒன்றன் மீது ஒன்று, superimpose செய்யப்படுகின்றன.
04:13	இரண்டு structureகளும், ஒன்றுடன் ஒன்று, பெரும்பாலும் முழுவதுமாக, superimposableஆக இருக்கின்றன.
04:19	non-superimposableஆக இருக்கின்ற, ஒரு பகுதியை தவிர.
04:23	இந்த non-superimposable பகுதியுடன் தொடர்பு கொண்டிருக்கும் துண்டு, amino acid எண் 53ல் இருந்து தொடங்கி, amino acid எண், 57 வரையுள்ளது.
04:34	residue typeகள், மற்றும்secondary structureஐ பயன்படுத்தி, The MatchMaker, ஒரு sequence alignment ஐ உருவாக்குகிறது.
04:40	பின், sequence-aligned residueக்களை, 3Dல் பொருந்துகிறது.
04:44	இப்போது, Match-Align toolஐ சரி பார்ப்போம்.
04:48	Tool barல் இருந்து, Match-Align toolஐ க்ளிக் செய்யவும். ஒரு dialog box திறக்கிறது.
04:55	Chainகளை தேர்ந்தெடுக்க, அவற்றின், pdb Idக்களை க்ளிக் செய்யவும்.
04:59	OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
05:03	ஒரு sequence alignment dialog box திறக்கிறது.
05:05	இந்த boxல், இறுதி fitல், பயன்படுத்தப்பட்டamino acid ஜோடிகள், லேசான செம்மஞ்சள் boxகளால் காட்டப்படுகின்றன.
05:13	52-54 residueக்களில், இருக்கின்ற loopஐ தவிர, structureகள் பெரும்பாலும் ஒரே மாதிரியாகவே இருக்கின்றன.
05:21	அதற்குரிய, ஓரெழுத்து codeன் மீது, cursorஐ வைக்கவும்.
05:25	Sequenceல் இருக்கின்ற, இடைவெளிகளினால், 52ல் இருந்து, 54 வரையுள்ள residueக்கள், இடம் பெயர்க்கப்படுகின்றன.
05:33	இந்தப் பகுதியை, cursorஐ பயன்படுத்தி, தேர்ந்தெடுக்கவும்.
05:38	Panelஐ கவனிக்கவும்.
05:41	தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட, sequenceன் பகுதி, முன்னிலைப்படுத்தப்படுகிறது.
05:45	இது, structureன், non-superimposable பகுதிக்கு தொடர்புடையதாகும்.
05:50	Actions menuஐ பயன்படுத்தி, இந்த non-superimposing பகுதிகளின் நிறத்தை நீங்கள் மாற்றலாம்.
05:55	Actions menuஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:57	Colorக்கு scroll செய்து, orange-red optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:02	இப்போது, இந்த பகுதி, முன்னிலைப்படுத்தப்படுகிறது.
06:05	தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்து, dialog boxஐ மூடவும்.
06:10	இப்போது, conformationகளை எப்படி செய்வது, மற்றும், ஒரு trajectoryஐ உருவாக்குவது என்று நான் உங்களுக்கு விளக்குகிறேன்.
06:15	Morphing, அசல் structureகளுக்கு இடையே உள்ள, இடைப்பட்ட structureகளின் தொடரை, கணக்கிடுதலை ஈடுபடுத்துகிறது.
06:23	உருவாக்கப்படுகின்ற, இடைப்பட்ட structureகளின் தொடர், Molecular Dynamics Movie.- சுருக்கமாக, MD Movie. என்று சேமிக்கப்படலாம்.
06:32	Panelக்கு திரும்பவும்.
06:34	Tools menuல் இருந்து, morphing toolஐ தொடங்கவும்.
06:37	Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். Structure Comparison.க்கு scroll செய்யவும்.
06:42	Morph conformations optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:46	ஒரு Morph conformations dialog box திறக்கிறது.
06:50	Add.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:52	Models dialog boxல் பெறப்படுகின்ற பட்டியலில்; conformationகளுக்கு சேர்க்க, model எண் பூஜ்யம், அதாவது, 3w7fஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும்.
07:03	அடுத்து, model எண் 1, அதாவது, 2zcoஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:10	பின், மீண்டும், model எண் பூஜ்யம், அதாவது, 3w7fஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:16	இந்த sequence, இதை ஒத்திருக்கிறது: Ligandல் இருந்து, structure, காலியான structure, பின் திரும்ப, அதற்கே பிணைக்கப்பட்டுள்ள, ஒரு morph trajectory.
07:26	Model list dialog box ஐ மூடவும்.
07:29	Morph conformations dialog boxல், Createஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:34	சிறிது நொடிகளுக்கு பிறகு, ஒரு MD Movie உருவாக்கப்படுகிறது.
07:39	Dialog box, திரையில் தோன்றிகிறது.
07:42	திரைப்படத்தை, play செய்ய, அல்லது இடைநிறுத்த, dialog box, பட்டன்களை கொண்டிருக்கிறது.
07:47	Play செய்ய, arrow பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
07:50	Panelஐ கவனிக்கவும்.
07:52	Conformationகளின் morphing, ஒரு திரைப்படமாகplay செய்யப்படுகிறது.
07:57	திரைப்படத்தை இடைநிறுத்தி, MD movie dialog boxஐ மூடவும்.
08:02	இப்போது, நாம் கற்றதை சுருங்கச் சொல்ல.
08:05	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, ஒரே proteinனின், வெவ்வேறு structureகளை, Superimpose செய்து, ஒப்பிடுவது.
08:12	Conformationகளை morph செய்து, ஒரு trajectoryஐ உருவாக்குவது.
08:16	Trajectoryஐ , Molecular Dynamics Movie.ஆக சேமிப்பது.
08:20	பயிற்சியாக, PDB codeஉடன் கூடிய, GTP binding proteinகளின் structureகளை திறக்கவும்: 1TAG மற்றும் 1TND.
08:31	MatchMaker toolஐ பயன்படுத்தி, structureகளை superimpose செய்யவும்.
08:34	Sequence Alignment toolஐ பயன்படுத்தி, ஒரே மாதிரி இல்லாத பகுதிகளை கண்டுபிடிக்கவும்.
08:41	பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, Spoken Tutorial project. ஐ சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.
08:48	Spoken Tutorial Project குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.
08:57	Spoken Tutorial Projectக்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.
09:09	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி

Contributors and Content Editors

Jayashree, Priyacst, Venuspriya