UCSF-Chimera/C4/Attributes/Gujarati

From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 19:58, 8 February 2018 by Shivanigada (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Time
Narration
00:01 Attributes. પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:05 આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખીશું : એટમ્સ, રેસિડ્યુઝ અને મોડલ્સના attributes બદલવા.
00:13 B-factor મૂલ્યોને આધારે પ્રોટીનમાં એટમ્સને રંગ આપવા.
00:18 kdhydrophobicity મૂલ્યોને આધારે રેસિડયુઝને રંગ આપવા.
00:24 આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમે Chimera ઇન્ટરફેઝના જાણકાર હોવા જરૂરી છો. જો તમે ન હોવ તો તે માટેના ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે અમારી વેબસાઈટની મુલાકાત લો.
00:33 આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા હું વાપરી રહી છું : Ubuntu OS આવૃત્તિ 14.04 , Chimera આવૃત્તિ 1.10.2 , Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 42.0 અને એક કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન.
00:50 અહીં મેં એક Chimera વિન્ડો ખોલી છે.
00:54 કમાન્ડ લાઈન દ્વારા Leucine zipperનું સ્ટ્રક્ચર ખોલો.
00:52 કમાન્ડ લાઈન ટેક્સ્ટ બોકસ ઉપર ટાઈપ કરો open 1zik અને Enter દબાવો.
01:05 પેનલ ઉપર મોડેલ ribbons તરીકે દેખાય છે.
01:10 Presets મેનુના ઉપયોગથી , ડિસ્પ્લેને Interactive 2માં બદલો.
01:14 પાણીના અણુઓને છુપાવવા, command line ઉપર ટાઈપ કરો delete solvent અને Enter દબાવો.
01:22 ડિસ્પ્લેને સ્ટીક્સમાં બદલવા ટાઈપ કરો rep stick અને Enter દબાવો.
01:30 સ્ટ્રક્ચરમાં હાઇડ્રોજન્સ ઉમેરો, ટાઈપ કરો addh
01:36 હવે ચાલો આ સ્ટ્રક્ચર માટે atoms અને residuesના attributes કેવી રીતે બદલી શકાય તે શીખીએ.
01:43 Attributes એ નામો અને મૂલ્યો ધરાવતા ગુણધર્મો છે.
01:47 Chimeraમાં , આવી વસ્તુઓ જેવીકે atoms, bonds, residues અને molecule models વગેરે Attributes ધરાવે છે.
01:54 Attributes બદલવાના ઘણા જુદા-જુદા માર્ગો રહેલ છે.
01:57 Favorites મેનુ દ્વારા Model Panelને ખોલો.
02:01 Model Panel ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે.
02:05 પેનલની જમણી બાજુએ આવેલા attributes બટન ઉપર ક્લિક કરો.
02:10 1zik માટેનો Attributes ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે.
02:15 આ ડાયલોગ બોક્સ એક attribute લિસ્ટ ધરાવે છે.
02:18 લિસ્ટમાં આનો સમાવેશ થાય છે : Molecule Attributes અને તેના કમ્પોનંટ્સ , Atom, bond અને residue attributes.
02:28 Molecule Attributesને પસંદ કરો.
02:31 ઉપલબ્ધ attributes વિન્ડો ઉપર સૂચિત થાય છે.
02:35 દાખલા તરીકે - એરોમેટિક રિંગ્સનું ડિસ્પ્લે બદલવા , aromatic display પછી દેખાતા બટન ઉપર ક્લિક કરો.
02:42 ડ્રોપ-ડાઉનમાંથી Trueને સિલેક્ટ કરો.
02:45 Aromatic ring style ને disk તરીકે સિલેક્ટ કરો.
02:49 એરોમેટિક કલર પછી આવેલા color well ઉપર ક્લિક કરો.
02:53 color editorમાંથી રંગને સિલેક્ટ કરો.
02:56 ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.
02:59 પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. બધી aromatic rings તેના કેન્દ્રમાં ડિસ્ક સાથે દેખાય છે.
03:06 સ્ટ્રકચરના ડિસ્પ્લેને ball અને stickમાં ફેરવો.
03:10 કમાન્ડ લાઈન ઉપર ટાઈપ કરો, rep bs
03:16 એટ્રીબ્યૂટ્સ ડાયલોગ બોક્સ ઉપર , એટમ્સના Van der Walls radiiને બદલો.
03:22 ball scale ની કિંમત બદલી 0.5 કરો.Enter પ્રેસ કરો.
03:27 પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. એટમ્સ વિશાળ એટોમેટિક રેડી સાથે હવે દેખાય છે.
03:33 ફરી Molecular Attributes ચેક બોક્સ ઉપર ક્લિક કરો.
03:38 સૂચિ માંથી , Component Atom Attributes ઉપર ક્લિક કરો.
03:43 તેની અનુરૂપ વિન્ડોમાં , atom style button ઉપર ક્લિક કરો.
03:48 આ ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાં ઘણા વિકલ્પો રહેલા છે.
03:51 ડિસ્પ્લેને cpkમાં બદલવા sphere ઉપર ક્લિક કરો.
03:55 પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
03:57 sticks ડિસ્પ્લેને પાછું મેળવવા dotને સિલેક્ટ કરો.
04:02 હવે Component Bond Attributes ઉપર ક્લિક કરો.
04:10 અહીં, bond styleને stick અથવા wireમાં બદલવાના વિકલ્પો રહેલ છે.
04:13 Component Residue Attributes ઉપર ક્લિક કરો.
04:17 અહીં આપણી પાસે રીબન્સના સ્ટ્રીબ્યૂટ્સ બદલવાના વિકલ્પો રહેલ છે.
04:22 presetsમેનુના ઉપયોગથી , પેનલ ઉપર સ્ટ્રકચરના ડિસ્પ્લેને ribbonsમાં બદલો.
04:28 હવે Attribute ડાયલોગ બોક્સને ક્લિક કરતા.
04:32 હવે Attribute ડાયલોગ બોક્સમાં , ribbon colorની બાજુમાં આવેલા color well ઉપર ક્લિક કરો. રિબનનો રંગ સિલેક્ટ કરો.
04:41 અને close વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો color editorને બંધ કરવા.
04:46 ribbon અને scalingના ક્રોસ-સેક્શનને બદલવા વિકલ્પો રહેલ છે.
04:52 ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.
04:55 ફરી , Presets મેનુ દ્વારા ડિસ્પ્લેને atoms માં બદલો.
05:00 Tools મેનુ દ્વારા પણ Attributes બદલી શકાય છે.
05:03 Tools મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , Structure Analysis સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
05:09 અને સબ-મેનુમાંથી Render by Attribute વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો.
05:14 Render by attribute ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
05:17 અહીં આપણી પાસે atoms, residues, molecules, segmentation regions વગેરેના attributes બદલવાના વિકલ્પ ઉપલબ્ધ છે.
05:27 atomsને સિલેક્ટ કરો Render. ઉપર ક્લિક કરો.
05:32 ઉપલબ્ધ વિકલ્પો ચેક કરવા Attribute સૂચિ ઉપર ક્લિક કરો .
05:37 સૂચિ બે વિકલ્પો બતાવે છે : bfactor અને occupancy
05:43 આ બંને attributes ઇનપુટ PDB ફાઈલમાંથી વાંચી શકાય છે.
05:48 bfactor પસંદ કરો.
05:50 રંગીન ઉભા બાર્સ સાથેનું કિંમતો ધરાવતું એક histogram દ્રશ્યમાન થશે.
05:55 B-factor કિંમતો એ macromoleculeમાં રહેલ ગતિશીલતા(mobility)નું એક માપદંડ દર્શાવે છે.
06:01 ઓછા B-factor મૂલ્યો ધરાવતા Atoms સ્ટ્રક્ચરના એ વિભાગને અનુલક્ષે છે જે વ્યવસ્થિત રીતે અનુક્રમિત છે.
06:08 વિશાળ B-factor મૂલ્યો ધરાવતા Atoms સ્ટ્રકચરના એ વિભાગને અનુલક્ષે છે જે ઘણું પરિવર્તનક્ષમ છે.
06:15 protein સ્ટ્રકચરની PDB ફાઈલ B-factor વિશેની માહિતી ધરાવે છે.
06:21 પેનલ ઉપર પાછા જઈએ.
06:23 માઉસ દ્વારા આ ઊભા બાર્સ histogramની સાથે સાથે ડ્રેગ કરી શકાય છે.
06:29 B-factorનું મૂલ્ય Value ટેક્સ્ટ બોક્સમાં પ્રદર્શિત થાય છે.
06:34 ભૂરા ઊભા બારણે શૂન્ય તરફ ડ્રેગ કરો , લાલને 100 તરફ.
06:41 ત્યારબાદ સફેદ બારને મૂલ્ય 50 ઉપર સ્થિર કરો.
06:45 Colors બટન ઉપર કરો.
06:48 આ વિકલ્પો માટે ચેક કરો color atoms, keep opaque અને color surfaces.
06:55 રંગનો મૂળભૂત palette ભૂરો અને લાલ છે.
06:59 ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ દ્વારા તમે રંગના આ paletteને બદલી શકો છો.
07:04 Apply બટન ઉપર ક્લિક કરો.
07:07 પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. ઊંચા B-factor મૂલ્યો ધરાવતા Atoms લાલ રંગમાં અને બાકીના ભૂરા રંગમાં દેખાય છે.
07:16 અપેક્ષા રાખી હતી તેમ,ઊંચા B-factor મૂલ્યો ધરાવતા atoms સ્ટ્રકચરની બહાર છે.
07:22 હવે ચાલો Residuesના attributes બદલીએ.
07:26 Select by Attribute ડાયલોગ બોક્સમાં , Attributes button ઉપર ક્લિક કરો.
07:32 ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી ,residuesને સિલેક્ટ કરો.
07:36 Render ઉપર ક્લિક કરો.
07:38 residuesના attributes, kdHydrophobicity scaleનો સમાવેશ કરે છે.
07:44 ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી kdHydrophobicity ઉપર ક્લિક કરો.
07:48 આ મૂલ્યો એક હિસ્ટોગ્રામ તરીકે પ્રકાશિત થાય છે.
07:52 kdHydrophobicity scales એ તે મૂલ્યો છે જેઓ amino acid residuesને સંબંધિત hydrophobicityને સૂચવે છે.
08:00 KdHydrophobicity મૂલ્યો hydrophobic residues માટે સકારાત્મક અને polar residues માટે નકારાત્મક મૂલ્યો હોય છે.
08:09 residuesના Hydrophobicity રંગો અથવા વર્મ્સ દ્વારા બતાવી શકાય છે.
08:15 Colorsને પસંદ કરો. મૂળભૂત રીતે કેટલાક પેરામીટર્સ અગાઉથી જ સિલેક્ટ કરેલા હશે.
08:21 Apply બટન ઉપર ક્લિક કરો. પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
08:26 hydrophobic residues લાલ રંગમાં છે , અને polar residues ભૂરા રંગમાં છે.
08:33 Worms બટન ઉપર ક્લિક કરો. Apply ઉપર ક્લિક કરો.
08:38 પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
08:41 Worms એ ફેરફાર કરેલી રીબન્સ છે જેઓની ત્રિજ્યા(radius) બદલાય તેવી હોય છે.
08:47 મોટા ભાગના hydrophobic residues સ્ટ્રકચરના અંદરના ભાગ તરફ હોય છે.
08:52 મૂળભૂત રીતે ,વધારે પડતા hydrophobic residues વિશાળ ત્રિજ્યા ધરાવતા બતાવવામાં આવશે.
09:00 સ્ટ્રકચરને અસલના સામાન્ય ribbonમાં પાછું લાવવા :
09:03 worm-style બટનને ક્લિક કરો અને વિકલ્પ non-wormને પસંદ કરો.
09:09 OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
09:12 Chimera સેશનને File મેનુ દ્વારા બંધ કરો.
09:16 ચાલો સારાંશ જોઈએ , આ ટ્યુટોરીઅલમાં આપણે શીખ્યા કે ,atoms, residues અને modelsના attributes કેવી રીતે બદલવા.
09:25 proteinમાં B-factorમૂલ્યોને અનુરૂપ atomsને રંગ આપવા.
09:30 residuesને kdHydrophobicity મૂલ્યોને અનુરૂપ રંગ આપવા.
09:35 અભ્યાસ માટે પેનલમાં hemoglobin (PDB code: 2HCO)નું મોડલ ખોલો. એટમ્સને B-factor મૂલ્યોને અનુરૂપ રંગ આપો.
09:44 રેસિડયુઝને kdHydrophobicity મૂલ્યોને અનુરૂપ રંગ આપો.
09:49 આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે જો તમારું બેન્ડવિથ સારું ન હોય તો તમે તેને ડાઉલોડ કરી નિહાળી શકો છો.
09:56 અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો.
10:04 સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.
10:10 ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

Contributors and Content Editors

Shivanigada