UCSF-Chimera/C4/Attributes/Gujarati

Time	Narration
00:01	Attributes. પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:05	આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખીશું : એટમ્સ, રેસિડ્યુઝ અને મોડલ્સના attributes બદલવા.
00:13	B-factor મૂલ્યોને આધારે પ્રોટીનમાં એટમ્સને રંગ આપવા.
00:18	kdhydrophobicity મૂલ્યોને આધારે રેસિડયુઝને રંગ આપવા.
00:24	આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમે Chimera ઇન્ટરફેઝના જાણકાર હોવા જરૂરી છો. જો તમે ન હોવ તો તે માટેના ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે અમારી વેબસાઈટની મુલાકાત લો.
00:33	આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા હું વાપરી રહી છું : Ubuntu OS આવૃત્તિ 14.04 , Chimera આવૃત્તિ 1.10.2 , Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 42.0 અને એક કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન.
00:50	અહીં મેં એક Chimera વિન્ડો ખોલી છે.
00:54	કમાન્ડ લાઈન દ્વારા Leucine zipperનું સ્ટ્રક્ચર ખોલો.
00:52	કમાન્ડ લાઈન ટેક્સ્ટ બોકસ ઉપર ટાઈપ કરો open 1zik અને Enter દબાવો.
01:05	પેનલ ઉપર મોડેલ ribbons તરીકે દેખાય છે.
01:10	Presets મેનુના ઉપયોગથી , ડિસ્પ્લેને Interactive 2માં બદલો.
01:14	પાણીના અણુઓને છુપાવવા, command line ઉપર ટાઈપ કરો delete solvent અને Enter દબાવો.
01:22	ડિસ્પ્લેને સ્ટીક્સમાં બદલવા ટાઈપ કરો rep stick અને Enter દબાવો.
01:30	સ્ટ્રક્ચરમાં હાઇડ્રોજન્સ ઉમેરો, ટાઈપ કરો addh
01:36	હવે ચાલો આ સ્ટ્રક્ચર માટે atoms અને residuesના attributes કેવી રીતે બદલી શકાય તે શીખીએ.
01:43	Attributes એ નામો અને મૂલ્યો ધરાવતા ગુણધર્મો છે.
01:47	Chimeraમાં , આવી વસ્તુઓ જેવીકે atoms, bonds, residues અને molecule models વગેરે Attributes ધરાવે છે.
01:54	Attributes બદલવાના ઘણા જુદા-જુદા માર્ગો રહેલ છે.
01:57	Favorites મેનુ દ્વારા Model Panelને ખોલો.
02:01	Model Panel ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે.
02:05	પેનલની જમણી બાજુએ આવેલા attributes બટન ઉપર ક્લિક કરો.
02:10	1zik માટેનો Attributes ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે.
02:15	આ ડાયલોગ બોક્સ એક attribute લિસ્ટ ધરાવે છે.
02:18	લિસ્ટમાં આનો સમાવેશ થાય છે : Molecule Attributes અને તેના કમ્પોનંટ્સ , Atom, bond અને residue attributes.
02:28	Molecule Attributesને પસંદ કરો.
02:31	ઉપલબ્ધ attributes વિન્ડો ઉપર સૂચિત થાય છે.
02:35	દાખલા તરીકે - એરોમેટિક રિંગ્સનું ડિસ્પ્લે બદલવા , aromatic display પછી દેખાતા બટન ઉપર ક્લિક કરો.
02:42	ડ્રોપ-ડાઉનમાંથી Trueને સિલેક્ટ કરો.
02:45	Aromatic ring style ને disk તરીકે સિલેક્ટ કરો.
02:49	એરોમેટિક કલર પછી આવેલા color well ઉપર ક્લિક કરો.
02:53	color editorમાંથી રંગને સિલેક્ટ કરો.
02:56	ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.
02:59	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. બધી aromatic rings તેના કેન્દ્રમાં ડિસ્ક સાથે દેખાય છે.
03:06	સ્ટ્રકચરના ડિસ્પ્લેને ball અને stickમાં ફેરવો.
03:10	કમાન્ડ લાઈન ઉપર ટાઈપ કરો, rep bs
03:16	એટ્રીબ્યૂટ્સ ડાયલોગ બોક્સ ઉપર , એટમ્સના Van der Walls radiiને બદલો.
03:22	ball scale ની કિંમત બદલી 0.5 કરો.Enter પ્રેસ કરો.
03:27	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. એટમ્સ વિશાળ એટોમેટિક રેડી સાથે હવે દેખાય છે.
03:33	ફરી Molecular Attributes ચેક બોક્સ ઉપર ક્લિક કરો.
03:38	સૂચિ માંથી , Component Atom Attributes ઉપર ક્લિક કરો.
03:43	તેની અનુરૂપ વિન્ડોમાં , atom style button ઉપર ક્લિક કરો.
03:48	આ ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાં ઘણા વિકલ્પો રહેલા છે.
03:51	ડિસ્પ્લેને cpkમાં બદલવા sphere ઉપર ક્લિક કરો.
03:55	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
03:57	sticks ડિસ્પ્લેને પાછું મેળવવા dotને સિલેક્ટ કરો.
04:02	હવે Component Bond Attributes ઉપર ક્લિક કરો.
04:10	અહીં, bond styleને stick અથવા wireમાં બદલવાના વિકલ્પો રહેલ છે.
04:13	Component Residue Attributes ઉપર ક્લિક કરો.
04:17	અહીં આપણી પાસે રીબન્સના સ્ટ્રીબ્યૂટ્સ બદલવાના વિકલ્પો રહેલ છે.
04:22	presetsમેનુના ઉપયોગથી , પેનલ ઉપર સ્ટ્રકચરના ડિસ્પ્લેને ribbonsમાં બદલો.
04:28	હવે Attribute ડાયલોગ બોક્સને ક્લિક કરતા.
04:32	હવે Attribute ડાયલોગ બોક્સમાં , ribbon colorની બાજુમાં આવેલા color well ઉપર ક્લિક કરો. રિબનનો રંગ સિલેક્ટ કરો.
04:41	અને close વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો color editorને બંધ કરવા.
04:46	ribbon અને scalingના ક્રોસ-સેક્શનને બદલવા વિકલ્પો રહેલ છે.
04:52	ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.
04:55	ફરી , Presets મેનુ દ્વારા ડિસ્પ્લેને atoms માં બદલો.
05:00	Tools મેનુ દ્વારા પણ Attributes બદલી શકાય છે.
05:03	Tools મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , Structure Analysis સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
05:09	અને સબ-મેનુમાંથી Render by Attribute વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો.
05:14	Render by attribute ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
05:17	અહીં આપણી પાસે atoms, residues, molecules, segmentation regions વગેરેના attributes બદલવાના વિકલ્પ ઉપલબ્ધ છે.
05:27	atomsને સિલેક્ટ કરો Render. ઉપર ક્લિક કરો.
05:32	ઉપલબ્ધ વિકલ્પો ચેક કરવા Attribute સૂચિ ઉપર ક્લિક કરો .
05:37	સૂચિ બે વિકલ્પો બતાવે છે : bfactor અને occupancy
05:43	આ બંને attributes ઇનપુટ PDB ફાઈલમાંથી વાંચી શકાય છે.
05:48	bfactor પસંદ કરો.
05:50	રંગીન ઉભા બાર્સ સાથેનું કિંમતો ધરાવતું એક histogram દ્રશ્યમાન થશે.
05:55	B-factor કિંમતો એ macromoleculeમાં રહેલ ગતિશીલતા(mobility)નું એક માપદંડ દર્શાવે છે.
06:01	ઓછા B-factor મૂલ્યો ધરાવતા Atoms સ્ટ્રક્ચરના એ વિભાગને અનુલક્ષે છે જે વ્યવસ્થિત રીતે અનુક્રમિત છે.
06:08	વિશાળ B-factor મૂલ્યો ધરાવતા Atoms સ્ટ્રકચરના એ વિભાગને અનુલક્ષે છે જે ઘણું પરિવર્તનક્ષમ છે.
06:15	protein સ્ટ્રકચરની PDB ફાઈલ B-factor વિશેની માહિતી ધરાવે છે.
06:21	પેનલ ઉપર પાછા જઈએ.
06:23	માઉસ દ્વારા આ ઊભા બાર્સ histogramની સાથે સાથે ડ્રેગ કરી શકાય છે.
06:29	B-factorનું મૂલ્ય Value ટેક્સ્ટ બોક્સમાં પ્રદર્શિત થાય છે.
06:34	ભૂરા ઊભા બારણે શૂન્ય તરફ ડ્રેગ કરો , લાલને 100 તરફ.
06:41	ત્યારબાદ સફેદ બારને મૂલ્ય 50 ઉપર સ્થિર કરો.
06:45	Colors બટન ઉપર કરો.
06:48	આ વિકલ્પો માટે ચેક કરો color atoms, keep opaque અને color surfaces.
06:55	રંગનો મૂળભૂત palette ભૂરો અને લાલ છે.
06:59	ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ દ્વારા તમે રંગના આ paletteને બદલી શકો છો.
07:04	Apply બટન ઉપર ક્લિક કરો.
07:07	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. ઊંચા B-factor મૂલ્યો ધરાવતા Atoms લાલ રંગમાં અને બાકીના ભૂરા રંગમાં દેખાય છે.
07:16	અપેક્ષા રાખી હતી તેમ,ઊંચા B-factor મૂલ્યો ધરાવતા atoms સ્ટ્રકચરની બહાર છે.
07:22	હવે ચાલો Residuesના attributes બદલીએ.
07:26	Select by Attribute ડાયલોગ બોક્સમાં , Attributes button ઉપર ક્લિક કરો.
07:32	ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી ,residuesને સિલેક્ટ કરો.
07:36	Render ઉપર ક્લિક કરો.
07:38	residuesના attributes, kdHydrophobicity scaleનો સમાવેશ કરે છે.
07:44	ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી kdHydrophobicity ઉપર ક્લિક કરો.
07:48	આ મૂલ્યો એક હિસ્ટોગ્રામ તરીકે પ્રકાશિત થાય છે.
07:52	kdHydrophobicity scales એ તે મૂલ્યો છે જેઓ amino acid residuesને સંબંધિત hydrophobicityને સૂચવે છે.
08:00	KdHydrophobicity મૂલ્યો hydrophobic residues માટે સકારાત્મક અને polar residues માટે નકારાત્મક મૂલ્યો હોય છે.
08:09	residuesના Hydrophobicity રંગો અથવા વર્મ્સ દ્વારા બતાવી શકાય છે.
08:15	Colorsને પસંદ કરો. મૂળભૂત રીતે કેટલાક પેરામીટર્સ અગાઉથી જ સિલેક્ટ કરેલા હશે.
08:21	Apply બટન ઉપર ક્લિક કરો. પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
08:26	hydrophobic residues લાલ રંગમાં છે , અને polar residues ભૂરા રંગમાં છે.
08:33	Worms બટન ઉપર ક્લિક કરો. Apply ઉપર ક્લિક કરો.
08:38	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
08:41	Worms એ ફેરફાર કરેલી રીબન્સ છે જેઓની ત્રિજ્યા(radius) બદલાય તેવી હોય છે.
08:47	મોટા ભાગના hydrophobic residues સ્ટ્રકચરના અંદરના ભાગ તરફ હોય છે.
08:52	મૂળભૂત રીતે ,વધારે પડતા hydrophobic residues વિશાળ ત્રિજ્યા ધરાવતા બતાવવામાં આવશે.
09:00	સ્ટ્રકચરને અસલના સામાન્ય ribbonમાં પાછું લાવવા :
09:03	worm-style બટનને ક્લિક કરો અને વિકલ્પ non-wormને પસંદ કરો.
09:09	OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
09:12	Chimera સેશનને File મેનુ દ્વારા બંધ કરો.
09:16	ચાલો સારાંશ જોઈએ , આ ટ્યુટોરીઅલમાં આપણે શીખ્યા કે ,atoms, residues અને modelsના attributes કેવી રીતે બદલવા.
09:25	proteinમાં B-factorમૂલ્યોને અનુરૂપ atomsને રંગ આપવા.
09:30	residuesને kdHydrophobicity મૂલ્યોને અનુરૂપ રંગ આપવા.
09:35	અભ્યાસ માટે પેનલમાં hemoglobin (PDB code: 2HCO)નું મોડલ ખોલો. એટમ્સને B-factor મૂલ્યોને અનુરૂપ રંગ આપો.
09:44	રેસિડયુઝને kdHydrophobicity મૂલ્યોને અનુરૂપ રંગ આપો.
09:49	આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે જો તમારું બેન્ડવિથ સારું ન હોય તો તમે તેને ડાઉલોડ કરી નિહાળી શકો છો.
09:56	અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો.
10:04	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.
10:10	ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

Contributors and Content Editors

Shivanigada