Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Gujarati"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with "|- | 08:02 | હવે ચાલો આપણે શું શીખ્યા તેનો સારાંશ જોઈએ. |- | 08:05 | આ ટ્યૂટોરિઅલ...")
 
 
Line 1: Line 1:
 +
{| border=1
 +
||''' Time '''
 +
||'''Narration'''
 +
|-
 +
|00:01
 +
| '''Superimposing and Morphing''' પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
 +
|-
 +
| 00:06
 +
| આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખીશું  : '''Superimpose''' અને સમાન પ્રોટીનના જુદા જુદા સ્ટ્રક્ચર્સને સરખાવીશું.
 +
|-
 +
| 00:13
 +
| '''conformations'''ને મોર્ફ કરવાનું અને એક  '''trajectory''' બનાવવી.
 +
|-
 +
| 00:17
 +
| આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમે '''Chimera ''' ઇન્ટરફેઝના જાણકાર હોવા જોઈએ.
 +
|-
 +
| 00:22
 +
|  જો તમે નથી તો તેના ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે અમારી આ વેબ સાઈટની મુલાકાત લો.
 +
|-
 +
| 00:27
 +
| અહીં હું વાપરી રહી છું : '''Ubuntu''' OS આવૃત્તિ 14.04 ,'''Chimera''' આવૃત્તિ 1.10.2 , '''Mozilla firefox''' બ્રાઉઝર 42.0 , અને એક કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન.
 +
|-
 +
| 00:43
 +
| અહીં મેં એક '''Chimera''' વિન્ડો ખોલી છે.
 +
|-
 +
| 00:46
 +
| '''graphic access''' ઇન્ટરફેઝમાંથી, ફાઈલ '''3w7f''' કરો.
 +
|-
 +
| 00:53
 +
| '''Squalin Synthase''' નું સ્ટ્રક્ચર સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે.
 +
|-
 +
| 00:57
 +
| હવે ચાલો  '''superimposing''' માટે આ સ્ટ્રક્ચર બનાવીએ.
 +
|-
 +
| 01:01
 +
| તે સમાન જ '''protein'''ની બે નકલો ધરાવે છે.
 +
|-
 +
| 01:05
 +
| '''command line''' નો ઉપયોગ કરી બંનેમાંથી એક ચેઇનને કાઢી નાખો.
 +
|-
 +
| 01:09
 +
| હું કમાન્ડ હિસ્ટરી ઉપર ક્લિક કરી તે માટેના કમાન્ડને યાદ કરી લઉં.
 +
|-
 +
| 01:14
 +
| '''command history''' ડાયલોગ બોક્સમાંથી , કમાન્ડ '''“delete:.a”'''ને સિલેક્ટ કરો.
 +
|-
 +
| 01:20
 +
| '''Enter''' દબાવો.
 +
|-
 +
| 01:22
 +
| તે પછી, સ્ટ્રક્ચરમાંથી '''solvent ''' મોલેક્યુલ્સને દૂર કરવા; હું આ કમાન્ડ “'''del solvent'''”ને સિલેક્ટ કરીશ.'''Enter''' દબાવો.
 +
|-
 +
| 01:32
 +
| આ સ્ટ્રક્ચર સબ્સ્ટ્રેટ એનાલોગ '''Farnesyl thiopyrophosphate'''ના નિયંત્રણમાં છે. ટૂંકમાં '''FPS'''.
 +
|-
 +
| 01:40
 +
| આપણે બે સમાન પ્રોટીન્સને '''superimpose''' કરીશું તેમના ગૌણ(secondary) સ્ટ્રક્ચર્સની સરખામણી કરવા.
 +
|-
 +
| 01:46
 +
| આ માટે આપણે સમાન એન્ઝાઇમનું સબ્સ્ટ્રેટે વગરનું સ્ટ્રક્ચર મેળવીશું.
 +
|-
 +
| 01:52 
 +
| '''command line''' ઉપર ટાઈપ કરો “'''open 2zco'''” અને એન્ટર દબાવો.
 +
|-
 +
| 02:02
 +
| નવું સ્ટ્રક્ચર ભૂરા રંગનું છે.
 +
|-
 +
| 02:05
 +
| હવે આ બંને સ્ટ્રક્ચર્સ '''superimposed''' થવા તૈયાર થઇ ગયા છે.
 +
|-
 +
| 02:10
 +
| '''Superimposition or Structural alignment''' એ એક ટૂલ છે જે બે અથવા વધુ '''protein''' સ્ટ્રક્ચર્સની સરખામણી કરે છે.
 +
|-
 +
| 02:18
 +
| આ અલાઇન્મેન્ટ તેમના આકાર અને થ્રી-ડાઈમેંશનલ રચના ઉપર આધાર રાખે છે.
 +
|-
 +
| 02:24
 +
| આપણે '''superimposing''' શરુ કરીએ તે પહેલા, ચાલો ટૂલ બારમાં કેટલાક આઇકોન્સ સ્થાપિત કરીએ.
 +
|-
 +
| 02:30
 +
| '''Favorites menu''' ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 02:32
 +
| '''Add to favorites/Tool bar ''' વિકલ્પ સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
 +
|-
 +
| 02:37 
 +
| '''Preferences''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
 +
|-
 +
| 02:40
 +
| '''Category''' ડ્રોપ-ડાઉનમાંથી, '''Tools'''ને સિલેક્ટ કરો.
 +
|-
 +
| 02:44
 +
| “'''Settings'''” શીર્ષકની નીચે , “'''On Tool bar'''” કોલમ નીચે બોક્સીસને ચેક કરો.
 +
|-
 +
| 02:53
 +
| '''Command line''' , '''Model Panel''' , '''Side View''' માટેના બોક્સીસને ચેક કરો.
 +
|-
 +
| 02:59
 +
| નીચે સ્ક્રોલ કરો અને '''MatchMaker ''' અને  '''Match-Align''' ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 03:05
 +
| તમે તમારી પસંદગી મુજબનું ટૂલ બાર બનાવી શકો છો.
 +
|-
 +
| 03:08
 +
| તમારી જરૂરિયાત મુજબ ટૂલ્સને સિલેક્ટ કરવા.
 +
|-
 +
| 03:12
 +
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
 +
|-
 +
| 03:14
 +
| પેનલના ટોચ ઉપર '''Tool bar'''માં આઇકોન્સ ઉમેરાઈ ગયેલ છે.
 +
|-
 +
| 03:19
 +
| '''tool bar'''ની જગ્યા બદલવા માટે , '''Toolbar placement''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 03:25
 +
| અને ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી વિકલ્પને પસંદ કરો.
 +
|-
 +
| 03:29
 +
| જ્યારે તમે આઇકોન્સને ટૂલ બારમાં ઉમેરવાનું પૂર્ણ કરો ત્યારે '''Save''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 03:35
 +
| અને આ '''dialog box'''ને બંધ કરવા '''Close''' ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 03:39
 +
| સ્ટ્રક્ચર્સ હવે જુદા-જુદા સ્થાને દેખાય છે.
 +
|-
 +
| 03:43 
 +
| હવે ચાલો આ સ્ટ્રક્ચર્સને '''MatchMaker''' કાર્ય દ્વારા '''superimpose''' કરીએ.
 +
|-
 +
| 03:48
 +
| ''' Tool bar''' ઉપરના '''MatchMaker ''' ટૂલને ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 03:53
 +
| એક '''MatchMaker''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
 +
|-
 +
| 03:56
 +
| '''Reference structure''' તરીકે '''3w7f ''' ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 04:01
 +
| હમણાં માટે, જે સેટિંગ્સ પહેલેથી રહેલી છે તેની સાથે કામ ચલાવો. '''OK''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 04:07
 +
| '''panel'''ને ધ્યાનથી જુઓ.
 +
|-
 +
| 04:09
 +
| બંને સ્ટ્રક્ચર્સ એક બીજા ઉપર '''superimposed''' થયેલ દેખાય છે.
 +
|-
 +
| 04:13
 +
| બંને સ્ટ્રક્ચર્સ મોટાભાગે સંપૂર્ણ રીતે એક બીજા સાથે '''superimposable''' થયેલ છે.
 +
|-
 +
| 04:19
 +
| માત્ર એક નાના વિભાગને છોડીને જે '''non-superimposable''' છે.
 +
|-
 +
| 04:23
 +
| આ '''non-superimposable''' વિભાગમાં જે ફ્રેગમેન્ટ ભાગ ભજવે છે તે ચાલુ થાય છે : '''amino acid''' આંક 53 થી '''amino acid''' આંક 57.
 +
|-
 +
| 04:34
 +
| '''The MatchMaker''', '''residue types''' અને '''secondary structure''' નો ઉપયોગ કરી '''sequence alignment''' ઉત્પન્ન કરે છે.
 +
|-
 +
| 04:40
 +
| અને પછી તે '''sequence-aligned''' રેસિડ્યુઝને 3Dમાં બંધબેસાડે છે.
 +
|-
 +
| 04:44 
 +
| ચાલો હવે '''Match-Align''' ટૂલને ચેક કરીએ.
 +
|-
 +
| 04:48 
 +
| ટૂલ બારમાંથી ''' Match-Align''' ટૂલ ઉપર ક્લિક કરો. એક ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
 +
|-
 +
| 04:55 
 +
| ચેઇન્સને સિલેક્ટ કરવા , તેમના '''pdb Ids''' ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 04:59
 +
| '''OK''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 05:03
 +
| એક '''sequence alignment''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
 +
|-
 +
| 05:05 
 +
| આ બોક્સમાં આ '''amino acid ''' જોડીઓ અંતિમ ગોઠવણમાં ઉપયોગી થાય છે, જેઓ આછા કેસરી બોક્સ સાથે દેખાય રહ્યા છે.
 +
|-
 +
| 05:13
 +
| સ્ટ્રક્ચર્સ મોટા ભાગે સમાન છે માત્ર રેસિડ્યુઝ 52-54 પાર આવેલ લૂપને છોડીને.
 +
|-
 +
| 05:21
 +
| કર્સરને અનુરૂપ લાગતા એક અક્ષર ધરાવતા કોડ ઉપર મુકો.
 +
|-
 +
| 05:25 
 +
| રેસિડ્યુઝ '''52 to 54''' ખસેડાયેલા દેખાય છે કારણ છે ક્રમમાં અંતરાલો(gaps) હાજર હોવાથી.
 +
|-
 +
| 05:33
 +
| આ વિભાગને કર્સર દ્વારા સિલેક્ટ કરો.
 +
|-
 +
| 05:38 
 +
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
 +
|-
 +
| 05:41
 +
| ક્રમનો સિલેક્ટ કરેલો વિભાગ પ્રકાશિત થતો દેખાય છે.
 +
|-
 +
| 05:45
 +
| આ સ્ટ્રકચરના '''non-superimposable''' વિભાગને અનુરૂપ છે.
 +
|-
 +
| 05:50
 +
| તમે આ '''non-superimposing''' વિભાગનો રંગ '''Actions''' મેનુ દ્વારા બદલી શકો છો.
 +
|-
 +
| 05:55
 +
| '''Actions''' મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 05:57 
 +
| '''Color''' સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો અને '''orange-red ''' વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 06:02
 +
| હવે આ વિભાગ પ્રકાશિત થયેલ છે.
 +
|-
 +
| 06:05
 +
| પસંદગીને સાફ કરો અને ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
 +
|-
 +
| 06:10
 +
| હવે ચાલો હું  ઉદાહરણ આપી સમજાવું કે '''conformations'''ને કેવી રીતે મોર્ફ કરવું અને '''trajectory''' કેવી રીતે બનાવવી.
 +
|-
 +
| 06:15
 +
| '''Morphing''' એ અસલ ઇનપુટ સ્ટ્રક્ચર્સ વચ્ચે રહેલ વચગાળાના સ્ટ્રક્ચર્સના શ્રેણીઓની ગણતરીનો સમાવેશ કરે છે. 
 +
|-
 +
| 06:23
 +
| વચગાળાના સ્ટ્રક્ચર્સની જે શ્રેણીઓ બને છે તેને '''Molecular Dynamics Movie.''' તરીકે સેવ કરી શકાય છે ટૂંકમાં -''' MD Movie.'''
 +
|-
 +
| 06:32
 +
| '''panel''' ઉપર પાછા આવીએ.
 +
|-
 +
| 06:34
 +
| '''Tools''' મેનુમાંથી મોર્ફિંગ ટૂલને શરુ કરો.
 +
|-
 +
| 06:37
 +
| '''Tools''' મેનુને ક્લિક કરો,'''Structure Comparison.''' સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
 +
|-
 +
|06:42 
 +
| '''Morph conformations ''' વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 06:46
 +
| એક '''Morph conformations''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
 +
|-
 +
| 06:50
 +
| '''Add''' ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 06:52 
 +
| '''conformations'''ને ઉમેરવા મોડલ્સ ડાયલોગ બોક્સના પરિણામની યાદીમાં ; મોડલ આંક ઝીરો ઉપર બે વાર ક્લિક કરો, જે છે  '''3w7f'''.
 +
|-
 +
| 07:03
 +
| ત્યાર બાદ મોડલ આંક 1 ઉપર ક્લિક કરો જે છે '''2zco'''.
 +
|-
 +
| 07:10
 +
| પછી ફરી '''3w7f''' ઉપર ક્લિક કરો , જે મોડલ આંક ઝીરો છે.
 +
|-
 +
| 07:16 
 +
| આ શ્રેણી લીગૅન્ડમાંથી એક મોર્ફ '''trajectory'''ને અનુલક્ષીને છે , જે આ સ્ટ્રક્ચરથી ખાલી સ્ટ્રક્ચર સુધી બાઉન્ડ કરે છે અને પછી પાછા
 +
|-
 +
| 07:26
 +
| '''model list''' ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
 +
|-
 +
| 07:29
 +
| '''Morph conformations''' ડાયલોગ બોક્સમાં '''Create''' ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 07:34
 +
| થોડીક સેકન્ડ્સ પછી એક ''' MD Movie''' બની જશે.
 +
|-
 +
| 07:39
 +
| એક ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર આવે છે.
 +
|-
 +
| 07:42
 +
| ડાયલોગ બોક્સ બટન્સ ધરાવે છે મુવીને શરુ(play) અને અટકાવવા(pause).
 +
|-
 +
| 07:42
 +
| શરુ કરવા એરો બટન ઉપર ક્લિક કરો.
 +
|-
 +
| 07:50 
 +
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
 +
|-
 +
| 07:52 
 +
| '''conformations''' નું મોર્ફિંગ એક મુવી તરીકે શરુ થયેલ છે.
 +
|-
 +
| 07:57
 +
| મુવીને અટકાવી દો અને '''MD movie''' ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.
 
|-
 
|-
 
| 08:02
 
| 08:02
 
| હવે ચાલો આપણે શું શીખ્યા તેનો સારાંશ જોઈએ.
 
| હવે ચાલો આપણે શું શીખ્યા તેનો સારાંશ જોઈએ.
−
 
 
|-
 
|-
 
| 08:05   
 
| 08:05   
 
| આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખ્યા , '''Superimpose''' અને સમાન પ્રોટીનના જુદા જુદા સ્ટ્રક્ચર્સને સરખાવવું.
 
| આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખ્યા , '''Superimpose''' અને સમાન પ્રોટીનના જુદા જુદા સ્ટ્રક્ચર્સને સરખાવવું.
−
 
 
|-
 
|-
 
| 08:12   
 
| 08:12   
 
| '''conformations'''ને મોર્ફ કરવાનું અને એક  '''trajectory''' બનાવવી.
 
| '''conformations'''ને મોર્ફ કરવાનું અને એક  '''trajectory''' બનાવવી.
−
 
 
|-
 
|-
 
| 08:16   
 
| 08:16   
 
| '''trajectory'''ને '''Molecular Dynamics Movie''' તરીકે સેવ કરવી.
 
| '''trajectory'''ને '''Molecular Dynamics Movie''' તરીકે સેવ કરવી.
−
 
 
|-
 
|-
 
| 08:20
 
| 08:20
 
| અભ્યાસ માટે , '''GTP binding '''પ્રોટીન્સના સ્ટ્રક્ચર્સ '''PDB code''': '''1TAG''' અને '''1TND''' સાથે ખોલો.
 
| અભ્યાસ માટે , '''GTP binding '''પ્રોટીન્સના સ્ટ્રક્ચર્સ '''PDB code''': '''1TAG''' અને '''1TND''' સાથે ખોલો.
−
 
 
|-
 
|-
 
| 08:31
 
| 08:31
 
| '''MatchMaker''' ટૂલ દ્વારા સ્ટ્રક્ચર્સને સુપરઇમ્પોઝ કરો.
 
| '''MatchMaker''' ટૂલ દ્વારા સ્ટ્રક્ચર્સને સુપરઇમ્પોઝ કરો.
−
 
 
|-
 
|-
 
| 08:34
 
| 08:34
 
| '''Sequence Alignment''' ટૂલના ઉપયોગથી , '''non-identical''' રિજિયન્સ શોધો.
 
| '''Sequence Alignment''' ટૂલના ઉપયોગથી , '''non-identical''' રિજિયન્સ શોધો.
−
 
 
|-
 
|-
 
| 08:41
 
| 08:41
 
| આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.
 
| આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.
−
 
 
|-
 
|-
 
| 08:48
 
| 08:48
 
| અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો.
 
| અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો.
−
 
 
|-
 
|-
 
| 08:57
 
| 08:57
 
| સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.
 
| સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.
 
આ યોજના માટે વધુ માહિતી આ આપેલ લિંક ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
 
આ યોજના માટે વધુ માહિતી આ આપેલ લિંક ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
−
 
 
|-
 
|-
 
| 09:09
 
| 09:09
 
| ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.
 
| ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.
−
 
 
|}
 
|}

Latest revision as of 23:52, 18 January 2018

Time Narration
00:01 Superimposing and Morphing પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:06 આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખીશું  : Superimpose અને સમાન પ્રોટીનના જુદા જુદા સ્ટ્રક્ચર્સને સરખાવીશું.
00:13 conformationsને મોર્ફ કરવાનું અને એક trajectory બનાવવી.
00:17 આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમે Chimera ઇન્ટરફેઝના જાણકાર હોવા જોઈએ.
00:22 જો તમે નથી તો તેના ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે અમારી આ વેબ સાઈટની મુલાકાત લો.
00:27 અહીં હું વાપરી રહી છું : Ubuntu OS આવૃત્તિ 14.04 ,Chimera આવૃત્તિ 1.10.2 , Mozilla firefox બ્રાઉઝર 42.0 , અને એક કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન.
00:43 અહીં મેં એક Chimera વિન્ડો ખોલી છે.
00:46 graphic access ઇન્ટરફેઝમાંથી, ફાઈલ 3w7f કરો.
00:53 Squalin Synthase નું સ્ટ્રક્ચર સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે.
00:57 હવે ચાલો superimposing માટે આ સ્ટ્રક્ચર બનાવીએ.
01:01 તે સમાન જ proteinની બે નકલો ધરાવે છે.
01:05 command line નો ઉપયોગ કરી બંનેમાંથી એક ચેઇનને કાઢી નાખો.
01:09 હું કમાન્ડ હિસ્ટરી ઉપર ક્લિક કરી તે માટેના કમાન્ડને યાદ કરી લઉં.
01:14 command history ડાયલોગ બોક્સમાંથી , કમાન્ડ “delete:.a”ને સિલેક્ટ કરો.
01:20 Enter દબાવો.
01:22 તે પછી, સ્ટ્રક્ચરમાંથી solvent મોલેક્યુલ્સને દૂર કરવા; હું આ કમાન્ડ “del solvent”ને સિલેક્ટ કરીશ.Enter દબાવો.
01:32 આ સ્ટ્રક્ચર સબ્સ્ટ્રેટ એનાલોગ Farnesyl thiopyrophosphateના નિયંત્રણમાં છે. ટૂંકમાં FPS.
01:40 આપણે બે સમાન પ્રોટીન્સને superimpose કરીશું તેમના ગૌણ(secondary) સ્ટ્રક્ચર્સની સરખામણી કરવા.
01:46 આ માટે આપણે સમાન એન્ઝાઇમનું સબ્સ્ટ્રેટે વગરનું સ્ટ્રક્ચર મેળવીશું.
01:52 command line ઉપર ટાઈપ કરો “open 2zco” અને એન્ટર દબાવો.
02:02 નવું સ્ટ્રક્ચર ભૂરા રંગનું છે.
02:05 હવે આ બંને સ્ટ્રક્ચર્સ superimposed થવા તૈયાર થઇ ગયા છે.
02:10 Superimposition or Structural alignment એ એક ટૂલ છે જે બે અથવા વધુ protein સ્ટ્રક્ચર્સની સરખામણી કરે છે.
02:18 આ અલાઇન્મેન્ટ તેમના આકાર અને થ્રી-ડાઈમેંશનલ રચના ઉપર આધાર રાખે છે.
02:24 આપણે superimposing શરુ કરીએ તે પહેલા, ચાલો ટૂલ બારમાં કેટલાક આઇકોન્સ સ્થાપિત કરીએ.
02:30 Favorites menu ઉપર ક્લિક કરો.
02:32 Add to favorites/Tool bar વિકલ્પ સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
02:37 Preferences ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
02:40 Category ડ્રોપ-ડાઉનમાંથી, Toolsને સિલેક્ટ કરો.
02:44 “Settings” શીર્ષકની નીચે , “On Tool bar” કોલમ નીચે બોક્સીસને ચેક કરો.
02:53 Command line , Model Panel , Side View માટેના બોક્સીસને ચેક કરો.
02:59 નીચે સ્ક્રોલ કરો અને MatchMaker અને Match-Align ઉપર ક્લિક કરો.
03:05 તમે તમારી પસંદગી મુજબનું ટૂલ બાર બનાવી શકો છો.
03:08 તમારી જરૂરિયાત મુજબ ટૂલ્સને સિલેક્ટ કરવા.
03:12 પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
03:14 પેનલના ટોચ ઉપર Tool barમાં આઇકોન્સ ઉમેરાઈ ગયેલ છે.
03:19 tool barની જગ્યા બદલવા માટે , Toolbar placement બટન ઉપર ક્લિક કરો.
03:25 અને ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી વિકલ્પને પસંદ કરો.
03:29 જ્યારે તમે આઇકોન્સને ટૂલ બારમાં ઉમેરવાનું પૂર્ણ કરો ત્યારે Save બટન ઉપર ક્લિક કરો.
03:35 અને આ dialog boxને બંધ કરવા Close ઉપર ક્લિક કરો.
03:39 સ્ટ્રક્ચર્સ હવે જુદા-જુદા સ્થાને દેખાય છે.
03:43 હવે ચાલો આ સ્ટ્રક્ચર્સને MatchMaker કાર્ય દ્વારા superimpose કરીએ.
03:48 Tool bar ઉપરના MatchMaker ટૂલને ક્લિક કરો.
03:53 એક MatchMaker ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
03:56 Reference structure તરીકે 3w7f ઉપર ક્લિક કરો.
04:01 હમણાં માટે, જે સેટિંગ્સ પહેલેથી રહેલી છે તેની સાથે કામ ચલાવો. OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
04:07 panelને ધ્યાનથી જુઓ.
04:09 બંને સ્ટ્રક્ચર્સ એક બીજા ઉપર superimposed થયેલ દેખાય છે.
04:13 બંને સ્ટ્રક્ચર્સ મોટાભાગે સંપૂર્ણ રીતે એક બીજા સાથે superimposable થયેલ છે.
04:19 માત્ર એક નાના વિભાગને છોડીને જે non-superimposable છે.
04:23 આ non-superimposable વિભાગમાં જે ફ્રેગમેન્ટ ભાગ ભજવે છે તે ચાલુ થાય છે : amino acid આંક 53 થી amino acid આંક 57.
04:34 The MatchMaker, residue types અને secondary structure નો ઉપયોગ કરી sequence alignment ઉત્પન્ન કરે છે.
04:40 અને પછી તે sequence-aligned રેસિડ્યુઝને 3Dમાં બંધબેસાડે છે.
04:44 ચાલો હવે Match-Align ટૂલને ચેક કરીએ.
04:48 ટૂલ બારમાંથી Match-Align ટૂલ ઉપર ક્લિક કરો. એક ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
04:55 ચેઇન્સને સિલેક્ટ કરવા , તેમના pdb Ids ઉપર ક્લિક કરો.
04:59 OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
05:03 એક sequence alignment ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
05:05 આ બોક્સમાં આ amino acid જોડીઓ અંતિમ ગોઠવણમાં ઉપયોગી થાય છે, જેઓ આછા કેસરી બોક્સ સાથે દેખાય રહ્યા છે.
05:13 સ્ટ્રક્ચર્સ મોટા ભાગે સમાન છે માત્ર રેસિડ્યુઝ 52-54 પાર આવેલ લૂપને છોડીને.
05:21 કર્સરને અનુરૂપ લાગતા એક અક્ષર ધરાવતા કોડ ઉપર મુકો.
05:25 રેસિડ્યુઝ 52 to 54 ખસેડાયેલા દેખાય છે કારણ છે ક્રમમાં અંતરાલો(gaps) હાજર હોવાથી.
05:33 આ વિભાગને કર્સર દ્વારા સિલેક્ટ કરો.
05:38 પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
05:41 ક્રમનો સિલેક્ટ કરેલો વિભાગ પ્રકાશિત થતો દેખાય છે.
05:45 આ સ્ટ્રકચરના non-superimposable વિભાગને અનુરૂપ છે.
05:50 તમે આ non-superimposing વિભાગનો રંગ Actions મેનુ દ્વારા બદલી શકો છો.
05:55 Actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
05:57 Color સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો અને orange-red વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
06:02 હવે આ વિભાગ પ્રકાશિત થયેલ છે.
06:05 પસંદગીને સાફ કરો અને ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
06:10 હવે ચાલો હું ઉદાહરણ આપી સમજાવું કે conformationsને કેવી રીતે મોર્ફ કરવું અને trajectory કેવી રીતે બનાવવી.
06:15 Morphing એ અસલ ઇનપુટ સ્ટ્રક્ચર્સ વચ્ચે રહેલ વચગાળાના સ્ટ્રક્ચર્સના શ્રેણીઓની ગણતરીનો સમાવેશ કરે છે.
06:23 વચગાળાના સ્ટ્રક્ચર્સની જે શ્રેણીઓ બને છે તેને Molecular Dynamics Movie. તરીકે સેવ કરી શકાય છે ટૂંકમાં - MD Movie.
06:32 panel ઉપર પાછા આવીએ.
06:34 Tools મેનુમાંથી મોર્ફિંગ ટૂલને શરુ કરો.
06:37 Tools મેનુને ક્લિક કરો,Structure Comparison. સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
06:42 Morph conformations વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
06:46 એક Morph conformations ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
06:50 Add ઉપર ક્લિક કરો.
06:52 conformationsને ઉમેરવા મોડલ્સ ડાયલોગ બોક્સના પરિણામની યાદીમાં ; મોડલ આંક ઝીરો ઉપર બે વાર ક્લિક કરો, જે છે 3w7f.
07:03 ત્યાર બાદ મોડલ આંક 1 ઉપર ક્લિક કરો જે છે 2zco.
07:10 પછી ફરી 3w7f ઉપર ક્લિક કરો , જે મોડલ આંક ઝીરો છે.
07:16 આ શ્રેણી લીગૅન્ડમાંથી એક મોર્ફ trajectoryને અનુલક્ષીને છે , જે આ સ્ટ્રક્ચરથી ખાલી સ્ટ્રક્ચર સુધી બાઉન્ડ કરે છે અને પછી પાછા
07:26 model list ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
07:29 Morph conformations ડાયલોગ બોક્સમાં Create ઉપર ક્લિક કરો.
07:34 થોડીક સેકન્ડ્સ પછી એક MD Movie બની જશે.
07:39 એક ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર આવે છે.
07:42 ડાયલોગ બોક્સ બટન્સ ધરાવે છે મુવીને શરુ(play) અને અટકાવવા(pause).
07:42 શરુ કરવા એરો બટન ઉપર ક્લિક કરો.
07:50 પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
07:52 conformations નું મોર્ફિંગ એક મુવી તરીકે શરુ થયેલ છે.
07:57 મુવીને અટકાવી દો અને MD movie ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.
08:02 હવે ચાલો આપણે શું શીખ્યા તેનો સારાંશ જોઈએ.
08:05 આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખ્યા , Superimpose અને સમાન પ્રોટીનના જુદા જુદા સ્ટ્રક્ચર્સને સરખાવવું.
08:12 conformationsને મોર્ફ કરવાનું અને એક trajectory બનાવવી.
08:16 trajectoryને Molecular Dynamics Movie તરીકે સેવ કરવી.
08:20 અભ્યાસ માટે , GTP binding પ્રોટીન્સના સ્ટ્રક્ચર્સ PDB code: 1TAG અને 1TND સાથે ખોલો.
08:31 MatchMaker ટૂલ દ્વારા સ્ટ્રક્ચર્સને સુપરઇમ્પોઝ કરો.
08:34 Sequence Alignment ટૂલના ઉપયોગથી , non-identical રિજિયન્સ શોધો.
08:41 આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.
08:48 અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો.
08:57 સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.

આ યોજના માટે વધુ માહિતી આ આપેલ લિંક ઉપર ઉપલબ્ધ છે.

09:09 ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

Contributors and Content Editors

Shivanigada

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Gujarati&oldid=41846"