UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Gujarati

Time	Narration
00:01	Superimposing and Morphing પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:06	આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખીશું  : Superimpose અને સમાન પ્રોટીનના જુદા જુદા સ્ટ્રક્ચર્સને સરખાવીશું.
00:13	conformationsને મોર્ફ કરવાનું અને એક trajectory બનાવવી.
00:17	આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમે Chimera ઇન્ટરફેઝના જાણકાર હોવા જોઈએ.
00:22	જો તમે નથી તો તેના ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે અમારી આ વેબ સાઈટની મુલાકાત લો.
00:27	અહીં હું વાપરી રહી છું : Ubuntu OS આવૃત્તિ 14.04 ,Chimera આવૃત્તિ 1.10.2 , Mozilla firefox બ્રાઉઝર 42.0 , અને એક કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન.
00:43	અહીં મેં એક Chimera વિન્ડો ખોલી છે.
00:46	graphic access ઇન્ટરફેઝમાંથી, ફાઈલ 3w7f કરો.
00:53	Squalin Synthase નું સ્ટ્રક્ચર સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે.
00:57	હવે ચાલો superimposing માટે આ સ્ટ્રક્ચર બનાવીએ.
01:01	તે સમાન જ proteinની બે નકલો ધરાવે છે.
01:05	command line નો ઉપયોગ કરી બંનેમાંથી એક ચેઇનને કાઢી નાખો.
01:09	હું કમાન્ડ હિસ્ટરી ઉપર ક્લિક કરી તે માટેના કમાન્ડને યાદ કરી લઉં.
01:14	command history ડાયલોગ બોક્સમાંથી , કમાન્ડ “delete:.a”ને સિલેક્ટ કરો.
01:20	Enter દબાવો.
01:22	તે પછી, સ્ટ્રક્ચરમાંથી solvent મોલેક્યુલ્સને દૂર કરવા; હું આ કમાન્ડ “del solvent”ને સિલેક્ટ કરીશ.Enter દબાવો.
01:32	આ સ્ટ્રક્ચર સબ્સ્ટ્રેટ એનાલોગ Farnesyl thiopyrophosphateના નિયંત્રણમાં છે. ટૂંકમાં FPS.
01:40	આપણે બે સમાન પ્રોટીન્સને superimpose કરીશું તેમના ગૌણ(secondary) સ્ટ્રક્ચર્સની સરખામણી કરવા.
01:46	આ માટે આપણે સમાન એન્ઝાઇમનું સબ્સ્ટ્રેટે વગરનું સ્ટ્રક્ચર મેળવીશું.
01:52	command line ઉપર ટાઈપ કરો “open 2zco” અને એન્ટર દબાવો.
02:02	નવું સ્ટ્રક્ચર ભૂરા રંગનું છે.
02:05	હવે આ બંને સ્ટ્રક્ચર્સ superimposed થવા તૈયાર થઇ ગયા છે.
02:10	Superimposition or Structural alignment એ એક ટૂલ છે જે બે અથવા વધુ protein સ્ટ્રક્ચર્સની સરખામણી કરે છે.
02:18	આ અલાઇન્મેન્ટ તેમના આકાર અને થ્રી-ડાઈમેંશનલ રચના ઉપર આધાર રાખે છે.
02:24	આપણે superimposing શરુ કરીએ તે પહેલા, ચાલો ટૂલ બારમાં કેટલાક આઇકોન્સ સ્થાપિત કરીએ.
02:30	Favorites menu ઉપર ક્લિક કરો.
02:32	Add to favorites/Tool bar વિકલ્પ સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
02:37	Preferences ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
02:40	Category ડ્રોપ-ડાઉનમાંથી, Toolsને સિલેક્ટ કરો.
02:44	“Settings” શીર્ષકની નીચે , “On Tool bar” કોલમ નીચે બોક્સીસને ચેક કરો.
02:53	Command line , Model Panel , Side View માટેના બોક્સીસને ચેક કરો.
02:59	નીચે સ્ક્રોલ કરો અને MatchMaker અને Match-Align ઉપર ક્લિક કરો.
03:05	તમે તમારી પસંદગી મુજબનું ટૂલ બાર બનાવી શકો છો.
03:08	તમારી જરૂરિયાત મુજબ ટૂલ્સને સિલેક્ટ કરવા.
03:12	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
03:14	પેનલના ટોચ ઉપર Tool barમાં આઇકોન્સ ઉમેરાઈ ગયેલ છે.
03:19	tool barની જગ્યા બદલવા માટે , Toolbar placement બટન ઉપર ક્લિક કરો.
03:25	અને ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી વિકલ્પને પસંદ કરો.
03:29	જ્યારે તમે આઇકોન્સને ટૂલ બારમાં ઉમેરવાનું પૂર્ણ કરો ત્યારે Save બટન ઉપર ક્લિક કરો.
03:35	અને આ dialog boxને બંધ કરવા Close ઉપર ક્લિક કરો.
03:39	સ્ટ્રક્ચર્સ હવે જુદા-જુદા સ્થાને દેખાય છે.
03:43	હવે ચાલો આ સ્ટ્રક્ચર્સને MatchMaker કાર્ય દ્વારા superimpose કરીએ.
03:48	Tool bar ઉપરના MatchMaker ટૂલને ક્લિક કરો.
03:53	એક MatchMaker ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
03:56	Reference structure તરીકે 3w7f ઉપર ક્લિક કરો.
04:01	હમણાં માટે, જે સેટિંગ્સ પહેલેથી રહેલી છે તેની સાથે કામ ચલાવો. OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
04:07	panelને ધ્યાનથી જુઓ.
04:09	બંને સ્ટ્રક્ચર્સ એક બીજા ઉપર superimposed થયેલ દેખાય છે.
04:13	બંને સ્ટ્રક્ચર્સ મોટાભાગે સંપૂર્ણ રીતે એક બીજા સાથે superimposable થયેલ છે.
04:19	માત્ર એક નાના વિભાગને છોડીને જે non-superimposable છે.
04:23	આ non-superimposable વિભાગમાં જે ફ્રેગમેન્ટ ભાગ ભજવે છે તે ચાલુ થાય છે : amino acid આંક 53 થી amino acid આંક 57.
04:34	The MatchMaker, residue types અને secondary structure નો ઉપયોગ કરી sequence alignment ઉત્પન્ન કરે છે.
04:40	અને પછી તે sequence-aligned રેસિડ્યુઝને 3Dમાં બંધબેસાડે છે.
04:44	ચાલો હવે Match-Align ટૂલને ચેક કરીએ.
04:48	ટૂલ બારમાંથી Match-Align ટૂલ ઉપર ક્લિક કરો. એક ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
04:55	ચેઇન્સને સિલેક્ટ કરવા , તેમના pdb Ids ઉપર ક્લિક કરો.
04:59	OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
05:03	એક sequence alignment ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
05:05	આ બોક્સમાં આ amino acid જોડીઓ અંતિમ ગોઠવણમાં ઉપયોગી થાય છે, જેઓ આછા કેસરી બોક્સ સાથે દેખાય રહ્યા છે.
05:13	સ્ટ્રક્ચર્સ મોટા ભાગે સમાન છે માત્ર રેસિડ્યુઝ 52-54 પાર આવેલ લૂપને છોડીને.
05:21	કર્સરને અનુરૂપ લાગતા એક અક્ષર ધરાવતા કોડ ઉપર મુકો.
05:25	રેસિડ્યુઝ 52 to 54 ખસેડાયેલા દેખાય છે કારણ છે ક્રમમાં અંતરાલો(gaps) હાજર હોવાથી.
05:33	આ વિભાગને કર્સર દ્વારા સિલેક્ટ કરો.
05:38	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
05:41	ક્રમનો સિલેક્ટ કરેલો વિભાગ પ્રકાશિત થતો દેખાય છે.
05:45	આ સ્ટ્રકચરના non-superimposable વિભાગને અનુરૂપ છે.
05:50	તમે આ non-superimposing વિભાગનો રંગ Actions મેનુ દ્વારા બદલી શકો છો.
05:55	Actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
05:57	Color સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો અને orange-red વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
06:02	હવે આ વિભાગ પ્રકાશિત થયેલ છે.
06:05	પસંદગીને સાફ કરો અને ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
06:10	હવે ચાલો હું ઉદાહરણ આપી સમજાવું કે conformationsને કેવી રીતે મોર્ફ કરવું અને trajectory કેવી રીતે બનાવવી.
06:15	Morphing એ અસલ ઇનપુટ સ્ટ્રક્ચર્સ વચ્ચે રહેલ વચગાળાના સ્ટ્રક્ચર્સના શ્રેણીઓની ગણતરીનો સમાવેશ કરે છે.
06:23	વચગાળાના સ્ટ્રક્ચર્સની જે શ્રેણીઓ બને છે તેને Molecular Dynamics Movie. તરીકે સેવ કરી શકાય છે ટૂંકમાં - MD Movie.
06:32	panel ઉપર પાછા આવીએ.
06:34	Tools મેનુમાંથી મોર્ફિંગ ટૂલને શરુ કરો.
06:37	Tools મેનુને ક્લિક કરો,Structure Comparison. સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
06:42	Morph conformations વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
06:46	એક Morph conformations ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
06:50	Add ઉપર ક્લિક કરો.
06:52	conformationsને ઉમેરવા મોડલ્સ ડાયલોગ બોક્સના પરિણામની યાદીમાં ; મોડલ આંક ઝીરો ઉપર બે વાર ક્લિક કરો, જે છે 3w7f.
07:03	ત્યાર બાદ મોડલ આંક 1 ઉપર ક્લિક કરો જે છે 2zco.
07:10	પછી ફરી 3w7f ઉપર ક્લિક કરો , જે મોડલ આંક ઝીરો છે.
07:16	આ શ્રેણી લીગૅન્ડમાંથી એક મોર્ફ trajectoryને અનુલક્ષીને છે , જે આ સ્ટ્રક્ચરથી ખાલી સ્ટ્રક્ચર સુધી બાઉન્ડ કરે છે અને પછી પાછા
07:26	model list ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
07:29	Morph conformations ડાયલોગ બોક્સમાં Create ઉપર ક્લિક કરો.
07:34	થોડીક સેકન્ડ્સ પછી એક MD Movie બની જશે.
07:39	એક ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર આવે છે.
07:42	ડાયલોગ બોક્સ બટન્સ ધરાવે છે મુવીને શરુ(play) અને અટકાવવા(pause).
07:42	શરુ કરવા એરો બટન ઉપર ક્લિક કરો.
07:50	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
07:52	conformations નું મોર્ફિંગ એક મુવી તરીકે શરુ થયેલ છે.
07:57	મુવીને અટકાવી દો અને MD movie ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.
08:02	હવે ચાલો આપણે શું શીખ્યા તેનો સારાંશ જોઈએ.
08:05	આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખ્યા , Superimpose અને સમાન પ્રોટીનના જુદા જુદા સ્ટ્રક્ચર્સને સરખાવવું.
08:12	conformationsને મોર્ફ કરવાનું અને એક trajectory બનાવવી.
08:16	trajectoryને Molecular Dynamics Movie તરીકે સેવ કરવી.
08:20	અભ્યાસ માટે , GTP binding પ્રોટીન્સના સ્ટ્રક્ચર્સ PDB code: 1TAG અને 1TND સાથે ખોલો.
08:31	MatchMaker ટૂલ દ્વારા સ્ટ્રક્ચર્સને સુપરઇમ્પોઝ કરો.
08:34	Sequence Alignment ટૂલના ઉપયોગથી , non-identical રિજિયન્સ શોધો.
08:41	આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.
08:48	અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો.
08:57	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે. આ યોજના માટે વધુ માહિતી આ આપેલ લિંક ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
09:09	ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

Contributors and Content Editors

Shivanigada