UCSF-Chimera/C2/Structure-Manipulation/Gujarati

Time	Narration
00:01	કાઇમેરા નોઉપયોગ કરીને Structure Manipulation પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:06	આ ટ્યૂટોરિઅલમાં, આપણે એક સ્ટ્રક્ચરને કાઇમેરા વિન્ડોમાં ખોલતા શીખીશું.
00:12	સ્ટ્રક્ચરને મુવ, રોટેટ અને ઝૂમ કરીશું. સ્કેલ અને કલીપ કરીશું અને તેનો દેખાવ બદલીશું.
00:20	આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમને અંડરગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમેસ્ટ્રીનું જ્ઞાન હોવું જરૂરી છે અથવા તો તમે સ્ટ્રક્ચરલ બાયોલોજીના જાણકાર હોવા જોઈએ.
00:29	આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા હું Ubuntu Linux OS આવૃત્તિ 14.04, Chimera આવૃત્તિ 1.10.2, Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 35.0 અને કાર્યરત ઈન્ટરનેટ કનેક્શનનો ઉપયોગ કરી રહી છું.
00:47	UCSF Chimera એક ઇન્ટરેક્ટીવ વિઝયુલાઈઝેશન અને મોલેક્યુલર સ્ટ્રક્ચરનું એનાલિસિસ કરતુ એક સોફ્ટવેર છે.
00:55	Chimeraના રચેતા છે : Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics at the University of California, San Francisco.
01:05	વધુ માહિતી આ લિંકhttp://www.cgl.ucsf.edu/chimera ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
01:09	Chimera વિન્ડો ખોલવા, ડેસ્કટોપ ઉપર રહેલ Chimera આઇકોન ઉપર એક વાર અથવા બે વાર ક્લિક કરો.
01:16	એક Rapid access ઇન્ટરફેઝ ખુલે છે.
01:20	Rapid access વિન્ડો, તમને વારંવાર ઉપયોગમાં લેવાતા ડેટા અને ટૂલ્સને સરળતાથી ખોલવાની પરવાનગી આપે છે.
01:27	વિન્ડોમાં નીચે જમણી બાજુના ખૂણામાં આવેલ ચળકતી વીજળી ના આકારના આઇકન ઉપર ક્લિક કરો.
01:32	આ graphics વિન્ડોને પ્રદર્શિત કરશે. 3D structures અને બીજા અન્ય ડેટા આ વિન્ડો ઉપર પ્રદર્શિત થાય છે.
01:40	ચળકતી વીજળી ના આકારના આઇકન ઉપર ક્લિક કરી આ બંને વિન્ડોઝ વચ્ચે ટોગલ કરી શકાય છે.
01:45	ચાલો હું graphics વિન્ડો પર પાછી જાઉં
01:48	Chimeraમાં ઘણા કર્યો બે પદ્ધતિઓ દ્વારા પૂર્ણ કરી શકાય છે.
01:53	પ્રથમ છે, menu barનો ઉપયોગ કરી, જે Chimera વિન્ડોના ટોચ ઉપર રહેલ છે.
01:59	બીજી પદ્ધતિ છે command line ઉપર commands દાખલ કરીને.
02:03	command lineને બતાવવા , Favorites મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
02:06	નીચે સ્ક્રોલ કરો અને command line વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
02:10	Chimera વિન્ડોમાં નીચે command ડાયલોગ બોક્સ દૃશ્યમાન થાય છે.
02:15	કોઈ યોગ્ય કાર્ય માટેના Commands આ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં લખવામાં આવે છે.
02:21	હવે પછીના ટ્યૂટોરિઅલ્સમાં આપણે આ વિશેષતા વિશે વધુ શીખીશું.
02:25	વિન્ડોનું માપ બદલવા , વિન્ડો ના કોઈ પણ ખૂણા ને ડ્રેગ કરો.
02:30	ચાલો હવે જોઈએ કે protein સ્ટ્રક્ચર કેવી રીતે ખોલાય.
02:34	3 રીતે તમે તે કરી શકો. જો તમે ઇન્ટરનેટ સાથે જોડાયેલા હોવ તો, File મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
02:40	નીચે સ્ક્રોલ કરો અને “Fetch by ID” ઉપર ક્લિક કરો.
02:45	સ્ક્રીન ઉપર એક વિન્ડોડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
02:48	સ્ટ્રક્ચરને મેળવવા તમે વિવિધ ડેટાબેઝીસ સાથે જોડાય શકો છો.
02:53	ઉદાહરણ તરીકે પ્રદર્શિત કરવા ,મને protein સ્ટ્રક્ચર દૃશ્યમાન કરવું છે.
02:58	હું વિકલ્પો માંથી PDB ને પસંદ કરીશ, તમે જે protein અણું (મોલેક્યુલ)ને પ્રદર્શિત કરવા માંગો છો તેનો 4 અક્ષરનો PDB code ટાઈપ કરો.
03:08	હું ટાઈપ કરીશ 1zik (one z i k)
03:12	આ Leucine zipper પ્રોટીન માટેનો pdb કોડ છે . Fetch બટન ઉપર ક્લિક કરો.
03:19	મૂળભૂત રીતે, proteinનું રિબિન્સ(પટ્ટીવાળું) દૃશ્ય આ ડિસ્પ્લે વિન્ડો ઉપર પ્રદર્શિત થાય છે.
03:25	સ્ટ્રકચરને મેળવવા આપણે command પણ ટાઈપ કરી શકીએ છીએ.
03:29	command line ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો “open 1zik”
03:35	ડિસ્પ્લે વિન્ડો ઉપર સ્ટ્રક્ચરને ખોલવા Enter દબાવો.
03:40	જો તમે ઇન્ટરનેટ સાથે જોડાયેલ નથી તો તમે અગાઉથી ડાઉનલોડ કરેલ pdb ફાઈલ ખોલી શકો છો.
03:46	સ્ક્રીન ઉપર રહેલ સ્ટ્રકચરને સાફ કરવા : Favorites મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Model Panel વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
03:55	એક Model Panel ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
03:58	model id ઉપર ક્લિક કરો, પછી Close વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
04:04	model panel વિન્ડો બંધ કરો.
04:07	હવે હું પ્રદર્શિત કરીશ કે PDB ફાઈલ કેવી રીતે ડાઉનલોડ કરવી.
04:12	pdb ફાઈલ ડાઉનલોડ કરવા તમને કાર્યરત ઇન્ટરનેટ જોડાણની જરૂર પડશે .
04:17	File મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Fetch by ID વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
04:23	એક ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
04:26	ડાયલોગ બોક્સમાં એકદમ નીચે સ્ક્રોલ કરો .
04:30	web page બટન ઉપર ક્લિક કરો.
04:33	બાઉઝરમાં PDB database વેબ પેજ ખુલે છે.
04:37	જો તમે proteinનો pdb code જાણતા હોવ તો જે ટેક્સ્ટ બોક્સ મળે છે તેમાં ટાઈપ કરો . અથવા proteinનું નામ ટાઈપ કરો.
04:46	leucine zipperમાટેનો pdb કોડ જાણું છું , તેથી હું ટેક્સ્ટ બોક્સમાં “1zik” ટાઈપ કરીશ.
04:54	Go બટન ઉપર ક્લિક કરો.
04:57	પેજને નીચે સ્ક્રોલ કરો.
04:59	આ પેજના જમણી બાજુના ખૂણામાં રહેલ Download files બટનને ક્લિક કરો.
05:06	ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ માંથી PDB-file-text વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
05:12	એક ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
05:14	Save File વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
05:17	Ok બટન ઉપર ક્લિક કરો.
05:20	ડાઉનલોડ થઇ ગયેલ pdb ફાઈલ હવે Downloads ફોલ્ડરમાં સેવ થઇ ગઈ હશે.
05:25	પાછા Chimera વિન્ડો ઉપર આવીએ.
05:27	ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
05:30	અગાઉ ડાઉનલોડ કરેલ pdb ફાઈલ ખોલવા , Fileમાંના Open વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
05:37	Downloads ફોલ્ડર ઉપર જાઓ . 1zik.pdb ફાઈલ પસંદ કરો.
05:44	“Open” બટન ઉપર ક્લિક કરો.
05:47	leucine zipperનું મોડેલ પેનલ ઉપર દેખાય છે.
05:51	મૂળભૂત રીતે , આ બંને peptide chains એ ભૂખરા રંગની રિબિન્સ(પટ્ટીઓ) તરીકે દૃશ્યમાન થાય છે .
05:57	પેનલ ઉપર સ્ટ્રકચરને ખસેડવા માઉસ બટનનો ઉપયોગ કરો.
06:01	રોટેશન(પરિભ્રમણ) માટે ડાબુ માઉસ બટન .
06:04	વચ્ચેનું માઉસ બટન xy translation નિયંત્રિત કરે છે.
06:08	જમણું બટન અથવા માઉસનું પૈડું ઝૂમ ઈન અને ઝૂમ આઉટ માટે.
06:13	સ્ટ્રકચરના ઇન્ટરેક્ટિવ સ્કેલિંગ અને ક્લિપિંગ માટે : Favorites menuમાંના Side View વિકલ્પનો ઉપયોગ કરવો.
06:20	એક viewing window ખુલે છે.
06:22	વિન્ડો ઉપર સ્ટ્રક્ચરનું ઝીણું સ્વરૂપ દેખાય છે.
06:27	ડાબી બાજુનું પીળું ચોરસ viewer's eye positionદર્શાવે છે.
06:32	ડાબા માઉસ બટનના ઉપયોગથી તે નાના ચોરસને ખસેડવાનો પ્રયત્ન કરો.
06:36	તેને આડું ડ્રેગ કરો, scale factor વ્યવસ્થિત કરો.
06:41	eye position બે વાર ક્લિક કરતા તે કેમેરા મોડ બદલવાનું એક મેનુ દેખાડે છે.
06:46	ડાબા માઉસ બટન દ્વારા આ બે ઉભી રેખાઓથી clipping planes ખસેડાશે.
06:53	વિન્ડોઝ ઉપર બીજા ઘણા વ્યૂઇંગ કંટ્રોલ્સ છે, જે તમે જાતે શોધી શકશો.
06:58	viewing window.ને બંધ કરો.
07:01	ચાલો હવે આ સ્ટ્રકચરનો કુશળતા પૂર્વક ઉપયોગ(manipulate) કરતા શીખીએ.
07:04	પ્રથમ પગલું છે સ્ટ્રકચરના તે ભાગને પસંદ કરવો જેને તમે બદલવા માંગો છો.
07:09	હમણાં માટે, હું સંપૂર્ણ protein સ્ટ્રકચરને atoms તરીકે બતાવવા માંગુ છું.
07:15	મેનુ બારમાંના Select મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
07:19	મેનુ બારમાંનો Select મેનુ આપણને સ્ટ્રકચરના અલગ-અલગ કમ્પોનંટ્સને પસંદ કરવાની પરવાનગી આપે છે.
07:25	જેવાકે chain, element, residue, ligand વગેરે.
07:31	જોકે , “Select” મેનુમાંથી કાંઈ પણ પસંદ ન કર્યું હોય તો તેનો અર્થ એ થાય છે કે આપણે સંપૂર્ણ સ્ટ્રકચરને જ બદલવા માંગીએ છીએ.
07:39	હવે Actions મેનુ ઉપર જાઓ , અને વિકલ્પોમાંથી atoms/bondsને પસંદ કરો.
07:46	સબ મેનુમાંના show ઉપર ક્લિક કરો.
07:49	સ્ક્રીન ઉપર આપણે એટમ્સ અને તેની સાથે સાથે સ્ટ્રકચરના ભાગને રિબિન્સ તરીકે જોઈ શકીએ છીએ .
07:55	હવે રિબિન્સને કાઢી નાખવા , Action મેનુ માંથી રિબિન્સને પસંદ કરો.
08:00	પછી hide વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
08:03	સંપૂર્ણ સ્ટ્રક્ચર હવે sticks display તરીકે દેખાય છે.
08:08	ચાલો હવે આગળ વધીએ અને સ્ટ્રક્ચરનો હજી વધુ ઉપયોગ કરતા શીખીએ .
08:13	નીચેના પગલાંઓ સ્ટ્રકચરને બોલ અને સ્ટિક ડિસ્પ્લેમાં રૂપાંતરિત કરે છે.
08:18	Actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
08:21	atoms/bonds સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
08:24	સબ મેનુમાંથી ball and stickને પસંદ કરો .
08:28	નોંધ લો કે સ્ટ્રક્ચર hydrogen  એટમ્સ વગરનું છે.
08:33	હાઇડ્રોજન  એટમ્સ ઉમેરવા ,Tools મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો.
08:37	Structure Editing ઉપર ક્લિક કરો.
08:40	સબ મેનુમાંથી Add hydrogens વિકલ્પને પસંદ કરો.
08:45	ડાઈલોગ બોક્સ માં દેખાડ્યા પ્રમાણે પસંદગી કરો.
08:49	OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
08:52	ધ્યાનથી જુઓ સ્ટ્રક્ચર હવે hydrogen  એટમ્સ સાથે દેખાય છે.
08:57	સામાન્ય રીતે proteinનું સ્ટ્રક્ચર પાણીના પરમાણુઓ(molecules)થી સંકળાયેલ હોય છે.
09:02	પાણીના પરમાણુઓને છુપાવવા માટે, Select મેનુ ઉપર જાઓ,  Residue સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો, વિકલ્પ HOH ઉપર ક્લિક કરો.
09:13	સ્ક્રીનને ધ્યાનથી જુઓ ; બધા જ પાણીના પરમાણુઓ પ્રકાશિત થતા દેખાય છે.
09:18	actions મેનુ ઉપર જાઓ ,  Atoms\bonds સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો અને hide વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
09:26	આ સ્ટ્રક્ચરમાંથી પાણીના અણુંઓને છુપાવી દેશે.
09:30	મેનુ બારમાંનો Presets વિકલ્પ સ્ટ્રકચરના દેખાવને બદલવાના બીજા ઘણા વિકલ્પો ધરાવે છે.
09:36	જયારે તમે Interactive 1 વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો છો : સ્ટ્રક્ચર રિબિનસ તરીકે દેખાશે , અને બંને peptide chains જુદા રંગોમાં દેખાશે.
09:45	Interactive 2 સ્ટ્રકચરને  atoms ડિસ્પ્લેમાં રૂપાંતરિત કરે છે.
09:50	પાછા Interactive 1 ડિસ્પ્લે ઉપર જાઓ.
09:53	આપણે peptide chainsના રંગ પસંદગીથી બદલી શકીએ.
09:57	Select મેનુમાં નીચે જાઓ અને chain Aને સબ મેનુમાંથી પસંદ કરો.
10:02	Chain A હવે પ્રકાશિત થયેલ છે.
10:05	Actions મેનુ ઉપર જાઓ, color સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો અને yellow પસંદ કરો.
10:11	Chain A હવે પીળા રંગમાં દેખાય છે.
10:15	પસંદગીને નાબૂદ કરવા , કિબોર્ડની CTRLને પકડી રાખો . અને Chimera વિન્ડો ઉપર ખાલી જગ્યા(empty space) ઉપર ક્લિક કરો.
10:23	તો અહીં આપણું આ ટ્યૂટોરિઅલ સમાપ્ત થાય છે.
10:26	Chimera વિન્ડોની બહાર નીકળવા , File મેનુ ઉપર જાઓ અને Quit વિકલ્પને ક્લિક કરો.
10:32	ચાલો તો હવે સારાંશ જોઈએ, આ ટુરોરિઅલમાં આપણે શીખ્યા કે Chimera વિન્ડોમાં સ્ટ્રક્ચર કેવી રીતે ખોલવું. અને protein સ્ટ્રક્ચર માટે  PDB ફાઈલ ડાઉનલોડ કરવી.
10:43	સ્ટ્રક્ચરને મુવ, રોટેટ અને ઝૂમ કરવું . તેને સ્કેલ અને કલીપ કરવાનું.
10:49	મેનુ બારમાંના મેનુઝનો ઉપયોગ કરી સ્ટ્રક્ચરનો દેખાવ બદલવો .
10:53	પાણીના પરમાણુઓને નાબૂદ કરવા. અને hydrogensને ઉમેરવા.
10:57	અભ્યાસ માટે PDB ડેટાબેઝમાંથી Leucine zipper માટેની pdb ફાઈલ ડાઉનલોડ કરો.
11:04	Chimera વિન્ડો ઉપર File માંના Open વિકલ્પનો ઉપયોગ કરી pdb ફાઈલ ખોલો.
11:10	એટમ્સના દેખાવને wireમાં બદલો અને બધી જ aromatic rings ને  disksમાં બદલો.
11:16	તમારો પૂર્ણ થયેલ અભ્યાસ આ મુજબ દેખાશે.
11:21	આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડિઓ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
11:26	તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.
11:28	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે અને જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે.
11:34	વધુ માહિતી માટે, અહીં spoken-tutorial.org ઉપર લખો.
11:38	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.
11:44	આ યોજના માટેની વધુ માહિતી આ લિંક "સ્પોકન હાઈફન ટ્યુટોરીયલ ડોટ ઓઆરજી સ્લેશ NMEICT હાઈફન ઇનટ્રો" ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
11:48	ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લાઉ છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

Contributors and Content Editors

Shivanigada