UCSF-Chimera/C2/Structure-Manipulation/Gujarati

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
Time
Narration
00:01 કાઇમેરા નોઉપયોગ કરીને Structure Manipulation પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:06 આ ટ્યૂટોરિઅલમાં, આપણે એક સ્ટ્રક્ચરને કાઇમેરા વિન્ડોમાં ખોલતા શીખીશું.
00:12 સ્ટ્રક્ચરને મુવ, રોટેટ અને ઝૂમ કરીશું. સ્કેલ અને કલીપ કરીશું અને તેનો દેખાવ બદલીશું.
00:20 આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમને અંડરગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમેસ્ટ્રીનું જ્ઞાન હોવું જરૂરી છે અથવા તો તમે સ્ટ્રક્ચરલ બાયોલોજીના જાણકાર હોવા જોઈએ.
00:29 આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા હું Ubuntu Linux OS આવૃત્તિ 14.04, Chimera આવૃત્તિ 1.10.2,

Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 35.0 અને કાર્યરત ઈન્ટરનેટ કનેક્શનનો ઉપયોગ કરી રહી છું.

00:47 UCSF Chimera એક ઇન્ટરેક્ટીવ વિઝયુલાઈઝેશન અને મોલેક્યુલર સ્ટ્રક્ચરનું એનાલિસિસ કરતુ એક સોફ્ટવેર છે.
00:55 Chimeraના રચેતા છે : Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics at the University of California, San Francisco.
01:05 વધુ માહિતી આ લિંકhttp://www.cgl.ucsf.edu/chimera ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
01:09 Chimera વિન્ડો ખોલવા, ડેસ્કટોપ ઉપર રહેલ Chimera આઇકોન ઉપર એક વાર અથવા બે વાર ક્લિક કરો.
01:16 એક Rapid access ઇન્ટરફેઝ ખુલે છે.
01:20 Rapid access વિન્ડો, તમને વારંવાર ઉપયોગમાં લેવાતા ડેટા અને ટૂલ્સને સરળતાથી ખોલવાની પરવાનગી આપે છે.
01:27 વિન્ડોમાં નીચે જમણી બાજુના ખૂણામાં આવેલ ચળકતી વીજળી ના આકારના આઇકન ઉપર ક્લિક કરો.
01:32 graphics વિન્ડોને પ્રદર્શિત કરશે. 3D structures અને બીજા અન્ય ડેટા આ વિન્ડો ઉપર પ્રદર્શિત થાય છે.
01:40 ચળકતી વીજળી ના આકારના આઇકન ઉપર ક્લિક કરી આ બંને વિન્ડોઝ વચ્ચે ટોગલ કરી શકાય છે.
01:45 ચાલો હું graphics વિન્ડો પર પાછી જાઉં
01:48 Chimeraમાં ઘણા કર્યો બે પદ્ધતિઓ દ્વારા પૂર્ણ કરી શકાય છે.
01:53 પ્રથમ છે, menu barનો ઉપયોગ કરી, જે Chimera વિન્ડોના ટોચ ઉપર રહેલ છે.
01:59 બીજી પદ્ધતિ છે command line ઉપર commands દાખલ કરીને.
02:03 command lineને બતાવવા , Favorites મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
02:06 નીચે સ્ક્રોલ કરો અને command line વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
02:10 Chimera વિન્ડોમાં નીચે command ડાયલોગ બોક્સ દૃશ્યમાન થાય છે.
02:15 કોઈ યોગ્ય કાર્ય માટેના Commands આ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં લખવામાં આવે છે.
02:21 હવે પછીના ટ્યૂટોરિઅલ્સમાં આપણે આ વિશેષતા વિશે વધુ શીખીશું.
02:25 વિન્ડોનું માપ બદલવા , વિન્ડો ના કોઈ પણ ખૂણા ને ડ્રેગ કરો.
02:30 ચાલો હવે જોઈએ કે protein સ્ટ્રક્ચર કેવી રીતે ખોલાય.
02:34 3 રીતે તમે તે કરી શકો. જો તમે ઇન્ટરનેટ સાથે જોડાયેલા હોવ તો, File મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
02:40 નીચે સ્ક્રોલ કરો અને “Fetch by ID” ઉપર ક્લિક કરો.
02:45 સ્ક્રીન ઉપર એક વિન્ડોડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
02:48 સ્ટ્રક્ચરને મેળવવા તમે વિવિધ ડેટાબેઝીસ સાથે જોડાય શકો છો.
02:53 ઉદાહરણ તરીકે પ્રદર્શિત કરવા ,મને protein સ્ટ્રક્ચર દૃશ્યમાન કરવું છે.
02:58 હું વિકલ્પો માંથી PDB ને પસંદ કરીશ, તમે જે protein અણું (મોલેક્યુલ)ને પ્રદર્શિત કરવા માંગો છો તેનો 4 અક્ષરનો PDB code ટાઈપ કરો.
03:08 હું ટાઈપ કરીશ 1zik (one z i k)
03:12 Leucine zipper પ્રોટીન માટેનો pdb કોડ છે . Fetch બટન ઉપર ક્લિક કરો.
03:19 મૂળભૂત રીતે, proteinનું રિબિન્સ(પટ્ટીવાળું) દૃશ્ય આ ડિસ્પ્લે વિન્ડો ઉપર પ્રદર્શિત થાય છે.
03:25 સ્ટ્રકચરને મેળવવા આપણે command પણ ટાઈપ કરી શકીએ છીએ.
03:29 command line ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો “open 1zik
03:35 ડિસ્પ્લે વિન્ડો ઉપર સ્ટ્રક્ચરને ખોલવા Enter દબાવો.
03:40 જો તમે ઇન્ટરનેટ સાથે જોડાયેલ નથી તો તમે અગાઉથી ડાઉનલોડ કરેલ pdb ફાઈલ ખોલી શકો છો.
03:46 સ્ક્રીન ઉપર રહેલ સ્ટ્રકચરને સાફ કરવા : Favorites મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Model Panel વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
03:55 એક Model Panel ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
03:58 model id ઉપર ક્લિક કરો, પછી Close વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
04:04 model panel વિન્ડો બંધ કરો.
04:07 હવે હું પ્રદર્શિત કરીશ કે PDB ફાઈલ કેવી રીતે ડાઉનલોડ કરવી.
04:12 pdb ફાઈલ ડાઉનલોડ કરવા તમને કાર્યરત ઇન્ટરનેટ જોડાણની જરૂર પડશે .
04:17 File મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Fetch by ID વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
04:23 એક ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
04:26 ડાયલોગ બોક્સમાં એકદમ નીચે સ્ક્રોલ કરો .
04:30 web page બટન ઉપર ક્લિક કરો.
04:33 બાઉઝરમાં PDB database વેબ પેજ ખુલે છે.
04:37 જો તમે proteinનો pdb code જાણતા હોવ તો જે ટેક્સ્ટ બોક્સ મળે છે તેમાં ટાઈપ કરો . અથવા proteinનું નામ ટાઈપ કરો.
04:46 leucine zipperમાટેનો pdb કોડ જાણું છું , તેથી હું ટેક્સ્ટ બોક્સમાં “1zik” ટાઈપ કરીશ.
04:54 Go બટન ઉપર ક્લિક કરો.
04:57 પેજને નીચે સ્ક્રોલ કરો.
04:59 આ પેજના જમણી બાજુના ખૂણામાં રહેલ Download files બટનને ક્લિક કરો.
05:06 ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ માંથી PDB-file-text વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
05:12 એક ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
05:14 Save File વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
05:17 Ok બટન ઉપર ક્લિક કરો.
05:20 ડાઉનલોડ થઇ ગયેલ pdb ફાઈલ હવે Downloads ફોલ્ડરમાં સેવ થઇ ગઈ હશે.
05:25 પાછા Chimera વિન્ડો ઉપર આવીએ.
05:27 ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
05:30 અગાઉ ડાઉનલોડ કરેલ pdb ફાઈલ ખોલવા , Fileમાંના Open વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
05:37 Downloads ફોલ્ડર ઉપર જાઓ . 1zik.pdb ફાઈલ પસંદ કરો.
05:44 Open” બટન ઉપર ક્લિક કરો.
05:47 leucine zipperનું મોડેલ પેનલ ઉપર દેખાય છે.
05:51 મૂળભૂત રીતે , આ બંને peptide chains એ ભૂખરા રંગની રિબિન્સ(પટ્ટીઓ) તરીકે દૃશ્યમાન થાય છે .
05:57 પેનલ ઉપર સ્ટ્રકચરને ખસેડવા માઉસ બટનનો ઉપયોગ કરો.
06:01 રોટેશન(પરિભ્રમણ) માટે ડાબુ માઉસ બટન .
06:04 વચ્ચેનું માઉસ બટન xy translation નિયંત્રિત કરે છે.
06:08 જમણું બટન અથવા માઉસનું પૈડું ઝૂમ ઈન અને ઝૂમ આઉટ માટે.
06:13 સ્ટ્રકચરના ઇન્ટરેક્ટિવ સ્કેલિંગ અને ક્લિપિંગ માટે : Favorites menuમાંના Side View વિકલ્પનો ઉપયોગ કરવો.
06:20 એક viewing window ખુલે છે.
06:22 વિન્ડો ઉપર સ્ટ્રક્ચરનું ઝીણું સ્વરૂપ દેખાય છે.
06:27 ડાબી બાજુનું પીળું ચોરસ viewer's eye positionદર્શાવે છે.
06:32 ડાબા માઉસ બટનના ઉપયોગથી તે નાના ચોરસને ખસેડવાનો પ્રયત્ન કરો.
06:36 તેને આડું ડ્રેગ કરો, scale factor વ્યવસ્થિત કરો.
06:41 eye position બે વાર ક્લિક કરતા તે કેમેરા મોડ બદલવાનું એક મેનુ દેખાડે છે.
06:46 ડાબા માઉસ બટન દ્વારા આ બે ઉભી રેખાઓથી clipping planes ખસેડાશે.
06:53 વિન્ડોઝ ઉપર બીજા ઘણા વ્યૂઇંગ કંટ્રોલ્સ છે, જે તમે જાતે શોધી શકશો.
06:58 viewing window.ને બંધ કરો.
07:01 ચાલો હવે આ સ્ટ્રકચરનો કુશળતા પૂર્વક ઉપયોગ(manipulate) કરતા શીખીએ.
07:04 પ્રથમ પગલું છે સ્ટ્રકચરના તે ભાગને પસંદ કરવો જેને તમે બદલવા માંગો છો.
07:09 હમણાં માટે, હું સંપૂર્ણ protein સ્ટ્રકચરને atoms તરીકે બતાવવા માંગુ છું.
07:15 મેનુ બારમાંના Select મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
07:19 મેનુ બારમાંનો Select મેનુ આપણને સ્ટ્રકચરના અલગ-અલગ કમ્પોનંટ્સને પસંદ કરવાની પરવાનગી આપે છે.
07:25 જેવાકે chain, element, residue, ligand વગેરે.
07:31 જોકે , “Select” મેનુમાંથી કાંઈ પણ પસંદ ન કર્યું હોય તો તેનો અર્થ એ થાય છે કે આપણે સંપૂર્ણ સ્ટ્રકચરને જ બદલવા માંગીએ છીએ.
07:39 હવે Actions મેનુ ઉપર જાઓ , અને વિકલ્પોમાંથી atoms/bondsને પસંદ કરો.
07:46 સબ મેનુમાંના show ઉપર ક્લિક કરો.
07:49 સ્ક્રીન ઉપર આપણે એટમ્સ અને તેની સાથે સાથે સ્ટ્રકચરના ભાગને રિબિન્સ તરીકે જોઈ શકીએ છીએ .
07:55 હવે રિબિન્સને કાઢી નાખવા , Action મેનુ માંથી રિબિન્સને પસંદ કરો.
08:00 પછી hide વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
08:03 સંપૂર્ણ સ્ટ્રક્ચર હવે sticks display તરીકે દેખાય છે.
08:08 ચાલો હવે આગળ વધીએ અને સ્ટ્રક્ચરનો હજી વધુ ઉપયોગ કરતા શીખીએ .
08:13 નીચેના પગલાંઓ સ્ટ્રકચરને બોલ અને સ્ટિક ડિસ્પ્લેમાં રૂપાંતરિત કરે છે.
08:18 Actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
08:21 atoms/bonds સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
08:24 સબ મેનુમાંથી ball and stickને પસંદ કરો .
08:28 નોંધ લો કે સ્ટ્રક્ચર hydrogen  એટમ્સ વગરનું છે.
08:33 હાઇડ્રોજન  એટમ્સ ઉમેરવા ,Tools મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો.
08:37 Structure Editing ઉપર ક્લિક કરો.
08:40 સબ મેનુમાંથી Add hydrogens વિકલ્પને પસંદ કરો.
08:45 ડાઈલોગ બોક્સ માં દેખાડ્યા પ્રમાણે પસંદગી કરો.
08:49 OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
08:52 ધ્યાનથી જુઓ સ્ટ્રક્ચર હવે hydrogen  એટમ્સ સાથે દેખાય છે.
08:57 સામાન્ય રીતે proteinનું સ્ટ્રક્ચર પાણીના અણુંઓ(molecules)થી સંકળાયેલ હોય છે.
09:02 પાણીના અણુંઓને છુપાવવા માટે, Select મેનુ ઉપર જાઓ,  Residue સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો, વિકલ્પ HOH ઉપર ક્લિક કરો.
09:13 સ્ક્રીનને ધ્યાનથી જુઓ ; બધા જ પાણીના અણુંઓ પ્રકાશિત થતા દેખાય છે.
09:18 actions મેનુ ઉપર જાઓ ,  Atoms\bonds સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો અને hide વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
09:26 આ સ્ટ્રક્ચરમાંથી પાણીના અણુંઓને છુપાવી દેશે.
09:30 મેનુ બારમાંનો Presets વિકલ્પ સ્ટ્રકચરના દેખાવને બદલવાના બીજા ઘણા વિકલ્પો ધરાવે છે.
09:36 જયારે તમે Interactive 1 વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો છો : સ્ટ્રક્ચર રિબિનસ તરીકે દેખાશે ,

અને બંને peptide chains જુદા રંગોમાં દેખાશે.

09:45 Interactive 2 સ્ટ્રકચરને  atoms ડિસ્પ્લેમાં રૂપાંતરિત કરે છે.
09:50 પાછા Interactive 1 ડિસ્પ્લે ઉપર જાઓ.
09:53 આપણે peptide chainsના રંગ પસંદગીથી બદલી શકીએ.
09:57 Select મેનુમાં નીચે જાઓ અને chain Aને સબ મેનુમાંથી પસંદ કરો.
10:02 Chain A હવે પ્રકાશિત થયેલ છે.
10:05 Actions મેનુ ઉપર જાઓ, color સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો અને yellow પસંદ કરો.
10:11 Chain A હવે પીળા રંગમાં દેખાય છે.
10:15 પસંદગીને નાબૂદ કરવા , કિબોર્ડની CTRL કીને પકડી રાખો . અને Chimera વિન્ડો ઉપર ખાલી જગ્યા(empty space) ઉપર ક્લિક કરો.
10:23 તો અહીં આપણું આ ટ્યૂટોરિઅલ સમાપ્ત થાય છે.
10:26 Chimera વિન્ડોની બહાર નીકળવા , File મેનુ ઉપર જાઓ અને Quit વિકલ્પને ક્લિક કરો.
10:32 ચાલો તો હવે સારાંશ જોઈએ, આ ટુરોરિઅલમાં આપણે શીખ્યા કે Chimera વિન્ડોમાં સ્ટ્રક્ચર કેવી રીતે ખોલવું. અને protein સ્ટ્રક્ચર માટે  PDB ફાઈલ ડાઉનલોડ કરવી.
10:43 સ્ટ્રક્ચરને મુવ, રોટેટ અને ઝૂમ કરવું . તેને સ્કેલ અને કલીપ કરવાનું.
10:49 મેનુ બારમાંના મેનુઝનો ઉપયોગ કરી સ્ટ્રક્ચરનો દેખાવ બદલવો .
10:53 પાણીના પરમાણુઓને નાબૂદ કરવા. અને hydrogensને ઉમેરવા.
10:57 અભ્યાસ માટે PDB ડેટાબેઝમાંથી Leucine zipper માટેની pdb ફાઈલ ડાઉનલોડ કરો.
11:04 Chimera વિન્ડો ઉપર File માંના Open વિકલ્પનો ઉપયોગ કરી pdb ફાઈલ ખોલો.
11:10 એટમ્સના દેખાવને wireમાં બદલો અને બધી જ aromatic rings ને  disksમાં બદલો.
11:16 તમારો પૂર્ણ થયેલ અભ્યાસ આ મુજબ દેખાશે.
11:21 આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડિઓ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
11:26 તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.
11:28 સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે અને જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે.
11:34 વધુ માહિતી માટે, અહીં contact@spoken-tutorial.org ઉપર લખો.
11:38 સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.
11:44 આ યોજના માટેની વધુ માહિતી આ લિંક "સ્પોકન હાઈફન ટ્યુટોરીયલ ડોટ ઓઆરજી સ્લેશ NMEICT હાઈફન ઇનટ્રો" ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
11:48 ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લાઉ છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

Contributors and Content Editors

Shivanigada