Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C2/Picking-and-Selection/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | Chimeraஐ பயன்படுத்தி, '''Picking மற்றும் தேர்ந...") |
Venuspriya (Talk | contribs) |
||
| Line 181: | Line 181: | ||
|- | |- | ||
| 04:14 | | 04:14 | ||
| − | | இப்போது, மாற்றியமைப்பதற்கான residueக்களை, | + | | இப்போது, மாற்றியமைப்பதற்கான residueக்களை, pick செய்துவிட்டீர்கள். |
|- | |- | ||
| Line 409: | Line 409: | ||
|- | |- | ||
| 09:11 | | 09:11 | ||
| − | | '''model ID'''ஐ க்ளிக் செய்து, | + | | '''model ID'''ஐ க்ளிக் செய்து, நீக்க விரும்புகின்ற modelஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
|- | |- | ||
| Line 485: | Line 485: | ||
|- | |- | ||
| 10:55 | | 10:55 | ||
| − | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. | + | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி |
|- | |- | ||
|} | |} | ||
Latest revision as of 14:47, 12 January 2018
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Chimeraஐ பயன்படுத்தி, Picking மற்றும் தேர்ந்தெடுப்பு குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
| 00:06 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது, atomகள் மற்றும் residueகளுக்கு, labelகளை காட்டுவது. |
| 00:12 | Select menuஐ பயன்படுத்தி, அல்லது, Picking மூலம், atomகள் மற்றும் residueக்களை தேர்ந்தெடுப்பது. |
| 00:17 | Residueக்களின், நிறம் மற்றும் displayஐ மாற்றுவது. |
| 00:21 | Atomகளை, சேர்ப்பது, நீக்குவது, மற்றும், மாற்றுவது, bondகளை சுழற்றுவது. |
| 00:27 | Display windowவில், ஒன்றுக்கும் மேற்பட்ட modelஐ திறப்பது. Modelஐ தேர்ந்தெடுத்து, நகர்த்துவது. |
| 00:34 | இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு இளங்கலைBiochemistry தெரிந்து இருக்க வேண்டும். |
| 00:40 | அல்லது, structural biology பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும். |
| 00:47 | இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு, நான், Ubuntu Operating System பதிப்பு. 14.04 |
| 00:52 | Chimera பதிப்பு 1.10.2 |
| 00:57 | Mozilla firefox browser 35.0 |
| 01:01 | மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன். |
| 01:04 | இங்கு, ஒரு Chimera windowஐ நான் திறந்துள்ளேன். |
| 01:07 | Rapid access windowவில், recently accessed data பட்டியலில் இருந்து, 1zik ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 01:15 | Graphics windowவில், Leucine zipperன் ஒரு model, திறக்கிறது. |
| 01:20 | Residueக்கள், atomக்கள், bondகள், போன்ற, structureன் தனிப்பட்ட componentகளை, Chimeraவில் கிடைக்கின்ற toolகளை பயன்படுத்தி, மாற்றலாம். |
| 01:31 | முதல் படி, தேர்ந்தெடுப்பை செய்வதாகும். |
| 01:34 | ஒரு தேர்ந்தெடுப்பை செய்ய, வெவ்வேறு வழிகள் உள்ளன: Menu barல் இருக்கின்ற, Select menuஐ பயன்படுத்துவது. |
| 01:40 | graphics windowல் இருந்து picking செய்வது. |
| 01:43 | Command lineல், commandகளை டைப் செய்வது. அல்லது, Favorites menuல் இருக்கும், Model Panel மற்றும் Sequence optionஐ தேர்ந்தெடுப்பது. |
| 01:53 | Chimera windowக்கு திரும்பவும். |
| 01:55 | Leucine zipper motif, தொடர் வரிசையில், leucine residueக்களை மீண்டும் மீண்டும் கொண்டிருக்கிறது. |
| 02:02 | இந்த structureல் இருக்கின்ற, leucine residueக்களை, எப்படி முன்னிலைப்படுத்துவது என்று நான் இப்போது விளக்குகிறேன். |
| 02:08 | Presets menuவில் இருந்து, interactive 2 optionஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 02:12 | இது, structureஐ , atoms displayக்கு மாற்றிவிடும். Select menuவில் இருந்து, Residue optionஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 02:20 | Sub-menu, பல optionகளை கொண்டிருக்கிறது. |
| 02:23 | Amino acid category menu, amino acidகளை: aliphatic, aromatic, hydrophobic, polar, போன்ற குழுக்களாக கொண்டிருக்கிறது. |
| 02:34 | Standard amino acid menu, structureல் இருக்கின்ற, amino acid residueக்களின் பட்டியல் ஒன்றை கொண்டிருக்கிறது. leucineஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:42 | எல்லா, leucine residueக்களும் இப்போது முன்னிலைப்படுத்தப்படுகின்றன. |
| 02:46 | Actions menuஐ க்ளிக் செய்து, color.ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 02:49 | நிறங்களின் பட்டியலில் இருந்து, நான் மஞ்சளை தேர்வு செய்கிறேன். எல்லா leucineகளும், இப்போது மஞ்சள் நிறத்தில் காட்டப்படுகின்றன. |
| 02:57 | தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்ய, Select menuஐ க்ளிக் செய்யவும். பின், Clear selection optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:03 | Leucine, hydrophobicஆக இருப்பதினால், அது, proteinனின் hydrophobic coreயினுள் தொகுக்கப்படுகிறது. |
| 03:09 | இப்போது, presets optionஐ பயன்படுத்தி, displayஐ ribbonsக்கு மாற்றவும். Interactive 1ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:17 | திரையிலிருந்து, ஒரு residueஐ pick செய்ய: Cursorஐ structureன் மேல் வட்டமிடவும். |
| 03:22 | அடையாளம் காண்பதற்கான தகவலுடன், ஒரு pop-up balloon தோன்றுகிறது. |
| 03:26 | அது, residueன் பெயர், residueன் எண், மற்றும், Chain போன்ற தகவல்களைக் கொண்டிருக்கிறது. |
| 03:32 | Cursorஐ நீங்கள் நகர்த்தும் போது, balloon மறைந்துவிடுகிறது. |
| 03:36 | Chain A ல் இருக்கின்ற, முதல் residue, அதாவது, arginineக்கு, cursorஐ கொண்டு வரவும். |
| 03:41 | Keyboardல் CTRL key ஐ அழுத்திக்கொண்டே, இடது mouse பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். CTRL key ஐ விடவும். |
| 03:49 | Residueன் outline, முன்னிலைப்படுத்தப்படுகிறது. முன்னிருப்பாக, தேர்ந்தெடுப்பு, பச்சை நிறத்தில் outline செய்யப்படுகிறது. |
| 03:57 | ஒன்றுக்கும் மேற்பட்ட residueஐ நீங்கள் தேர்ந்தெடுக்க வேண்டுமெனில்: Keyboardல் CTRL மற்றும் Shift key ஐ அழுத்திக்கொண்டே இருக்கவும். |
| 04:04 | Peptide chainனின் மீது mouseஐ வட்டமிடவும். நீங்கள் pick செய்ய விரும்புகின்ற residueக்களின் மீது, க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:10 | Keyboardல் இருந்து, CTRL மற்றும் Shift keyகளை விடவும். |
| 04:14 | இப்போது, மாற்றியமைப்பதற்கான residueக்களை, pick செய்துவிட்டீர்கள். |
| 04:18 | Actions menuல் இருந்து, ஒரு optionஐ தேர்வு செய்யவும். Actions menuஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:23 | உதாரணத்திற்கு, atomsஐ காட்ட, atoms/bonds.ஐ தேர்வு செய்யவும். Showஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:30 | தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட residueக்கள், இப்போது atoms displayல் தெரிகின்றன. தேர்ந்தெடுப்பை clear செய்யவும். |
| 04:36 | Strucutureல் இருக்கின்ற, atomகள் அல்லது bondகளையும், Picking மூலம், நாம் மாற்றலாம். |
| 04:42 | Atom அல்லதுbond போன்ற, ஒரு objectன் மீது, cursorஐ வைக்கவும். |
| 04:47 | இது, அதன் label தகவலை, ஒரு atomspec balloonல் காட்டும். |
| 04:52 | ஒரு atomக்கான, Atomspec balloon, residueன் பெயர், எண், chain மற்றும் atomன் பெயர் போன்ற தகவல்களைக் கொண்டிருக்கிறது. |
| 05:01 | ஒரு atomஐ தேர்ந்தெடுக்க, Keyboardல் CTRL key ஐ அழுத்திக்கொண்டே இருக்கவும். |
| 05:06 | CTRL key ஐ அழுத்திக்கொண்டே, நீங்கள் மாற்ற விரும்புகின்ற atomஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:11 | Atom இப்போது முன்னிலைப்படுத்த்தப்பட்டுவிட்டது. Atomஐ மாற்ற, CTRL key ஐ அழுத்திக்கொண்டே, atomஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:20 | ஒரு context menu , optionகளுடன் திறக்கிறது. |
| 05:24 | Modify-atom optionஐ க்ளிக் செய்யவும். CTRL key ஐ விடவும். |
| 05:30 | ஒரு Build Structure window திறக்கிறது. |
| 05:33 | தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டatom, அதாவது, Nitrogenஐ , ஒரு methyl groupக்கு மாற்றுவோம். |
| 05:38 | Build Structure windowவில், elementஆக carbonஐயும், bondsஐ 4 ஆகவும், தேர்ந்தெடுத்து, பின், apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:49 | Panelஐ கவனிக்கவும். |
| 05:51 | இப்போது, existing structureக்கு, ஒரு methyl group சேர்க்கப்படுகிறது. Windowஐ மூடவும். |
| 05:57 | Bondகளை சுழற்றவும் ஒரு option உள்ளது. |
| 06:00 | நீங்கள் சுழற்ற விரும்பும் bondன் மீது, cursorஐ வட்டமிடவும். |
| 06:04 | Bondக்கு தொடர்புடைய தகவல்கள், atomspec balloonல் தோன்றுகிறது. |
| 06:09 | ஒரு atomஐ தேர்ந்தெடுக்க, bondன் மீது cursorஐ வைக்கவும். |
| 06:13 | CTRL key ஐ அழுத்திக்கொண்டே இருக்கவும். இடதுmouse பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:18 | தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டbond, இப்போது முன்னிலைப்படுத்த்தப்பட்டுவிட்டது. CTRL key ஐ அழுத்திக்கொண்டே, bondஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:26 | Keyboardல், CTRL key ஐ விடவும். |
| 06:29 | ஒரு context-menu திறக்கிறது. rotate bond optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:35 | ஒரு , Build Structure dialog box திரையில் தோன்றுகிறது. |
| 06:39 | Dialog boxல் இருக்கின்ற, rotating toolஐ க்ளிக் செய்து, சுழற்றவும். |
| 06:46 | Panelஐ கவனிக்கவும். தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட bond, இப்போது சுழல்கிறது. |
| 06:51 | விருப்பமான angleஐ அடைந்தவுடன், சுழற்றுவதை நிறுத்தவும். Dialog boxஐ மூடவும். |
| 06:57 | தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும். Chainகளை முன்னிலைப்படுத்த, tools menuல் இருக்கின்ற, Sequence optionஐயும் நாம் பயன்படுத்தலாம். |
| 07:05 | Tools menuல் கீழே scroll செய்து, Sequence optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:10 | Sub-menuவில் இருந்து, Sequenceஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 07:13 | ஒரு Show model sequence dialog box தோன்றுகிறது. |
| 07:17 | Chain Aஐ தேர்ந்தெடுக்க வேண்டுமெனில், chain A ஐ க்ளிக் செய்யவும். பின், showஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:23 | Amino acid sequenceஉடன், மற்றொருdialog box திரையில் தோன்றுகிறது. |
| 07:28 | Amino acid residueக்கள், ஒற்றை எழுத்து சுருக்கங்களால், வர்ணிக்கப்படுகின்றன. |
| 07:34 | தேர்ந்தெடுக்க, sequenceஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:37 | Panelஐ கவனிக்கவும், Chain A இப்போது முன்னிலைப்படுத்த்தப்பட்டுவிட்டது. |
| 07:41 | Windowஐ மூட, quitஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:44 | Actions menuக்கு சென்று, colorக்கு கீழே scroll செய்யவும். மஞ்சள் optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:50 | Chain A இப்போது, மஞ்சள் நிறத்தில் உள்ளது. தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும். |
| 07:55 | Chimera windowவில், ஒன்றுக்கும் மேற்பட்ட structureஐ நாம் திறக்கலாம். |
| 07:59 | இரண்டாவது structureஐ திறக்க: File menuவில், கீழே scroll செய்யவும். |
| 08:03 | Fetch by IDஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:06 | ஒரு Fetch structure by ID dialog box திறக்கிறது. |
| 08:11 | PDB optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். பின் 4 எழுத்து, PDB codeஐ டைப் செய்யவும். உதாரணத்திற்கு, human insulinஐ பெற, டைப் செய்க: 4ex1. |
| 08:23 | fetch பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:25 | இரண்டு protein structureகளும், panelலில் ஒன்றன் மேல் ஒன்றாக உள்ளன. |
| 08:29 | ஒன்றன் மேல் ஒன்றாக உள்ள structureகளைப் பிரிக்க: panelலில், ஒரு modelஐ தேர்ந்தெடுத்து நகர்த்த வேண்டும். |
| 08:36 | Favorites menuஐ பயன்படுத்தி, Command lineஐ திறக்கவும். |
| 08:39 | Command line, windowவின் கீழே தோன்றுகிறது. |
| 08:43 | leucine zipperஐ வர்ணிக்கின்ற, model zeroஐ uncheck செய்ய, அதை க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:48 | Cursorஐ , insulin structureக்கு கொண்டு வரவும்: நடு mouse பட்டனை அழுத்திக்கொண்டே இருக்கவும். |
| 08:54 | பின், panelலில், விரும்புகின்ற இடத்திற்கு, insulin modelஐ நகர்த்த, அதை இழுக்கவும். Mouse பட்டனை விடவும். |
| 09:01 | திரையிலிருந்து, குறிப்பிட்ட modelஐ நீக்க: Favorites menuஐ பயன்படுத்தி, model panel ஐ திறக்கவும். |
| 09:08 | ஒரு Model Panel dialog box தோன்றுகிறது. |
| 09:11 | model IDஐ க்ளிக் செய்து, நீக்க விரும்புகின்ற modelஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 09:16 | உதாரணத்திற்கு, திரையிலிருந்து, insulin modelஐ நான் நீக்க விரும்புகிறேன். |
| 09:21 | model IDஐ க்ளிக் செய்யவும். Close optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 09:26 | Panelஐ கவனிக்கவும். Insulinனின் model, இப்போது, திரையிலிருந்து நீக்கப்பட்டுவிட்டது. |
| 09:32 | model panel windowஐ மூடவும். |
| 09:34 | இத்துடன், நாம் இந்த டுடோரியலின் முடிவுக்கு வந்துவிட்டோம். |
| 09:37 | நாம் கற்றதை, சுருங்கச் சொல்ல. |
| 09:40 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, atomகள் மற்றும் residueகளுக்கு, labelகளை காட்டுவது. |
| 09:46 | Select menuஐ பயன்படுத்தி, அல்லது, Picking மூலம், atomகள் மற்றும் residueக்களை தேர்ந்தெடுப்பது. |
| 09:51 | Residueக்களின், நிறம் மற்றும் displayஐ மாற்றுவது. |
| 09:55 | Atomகளை, சேர்ப்பது, நீக்குவது, மற்றும், மாற்றுவது. Bondகளை சுழற்றுவது. |
| 10:00 | Display windowவில், ஒன்றுக்கும் மேற்பட்ட modelஐ திறப்பது. Modelஐ தேர்ந்தெடுத்து, நகர்த்துவது. |
| 10:06 | பயிற்சியாக, Chimera windowவில், human insulinன் ஒரு structureஆன, pdb code 4ex1ஐ திறக்கவும். |
| 10:14 | எல்லா hydrophobic amino acid residueக்களையும், நீல நிறமாக்கவும். |
| 10:19 | எல்லா polar residueக்களையும், சிவப்பு நிறமாக்கவும். |
| 10:23 | நிறைவுபெற்ற உங்கள் பயிற்சி, பின்வருமாறு காணப்பட வேண்டும். |
| 10:29 | பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும். |
| 10:36 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும். |
| 10:45 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும். |
| 10:55 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி |
