Difference between revisions of "Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Sanskrit"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with " {|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | सर्वेभ्यः नमस्काराः । ''''Writing Sequence Files''' इति अनुशिक...")
 
Line 21: Line 21:
 
|-
 
|-
 
| 00:19
 
| 00:19
| तथा, एकस्मिन् फैल्मध्ये तेषां दैर्घ्यानुसारं विभजनं (sort), एतेषां विषये ज्ञानं प्राप्नुमः ।  
+
| तथा, एकस्मिन् फैल्-मध्ये तेषां दैर्घ्यानुसारं विभजनं (sort), एतेषां विषये ज्ञानं प्राप्नुमः ।  
 
|-
 
|-
 
| 00:23
 
| 00:23
Line 48: Line 48:
 
|-
 
|-
 
| 00:48
 
| 00:48
| '''Ipython interpreter''' (ऐ पैथन् इन्टर्प्रिटर्) 2.3.0 तम-आवृत्तिः,  '''Biopython''' 1.64  तम-आवृत्तिः इत्येतेषाम् उपयोगं करोमि। .
+
| '''Ipython interpreter''' (ऐ पैथन् इन्टर्प्रिटर्) 2.3.0 तम-आवृत्तिः,  '''Biopython''' 1.64  तम-आवृत्तिः इत्येतेषाम् उपयोगं करोमि ।
 
|-
 
|-
 
| 00:55
 
| 00:55
| एकस्याः सञ्चिकायाःपठनार्थं वयं, '''parse''' तथा '''read''' फङ्क्षन् एतावता पठितवन्तः ।   
+
| एकस्याः सञ्चिकायाः पठनार्थं वयं, '''parse''' तथा '''read''' फङ्क्षन् एतावता पठितवन्तः ।   
  
 
|-
 
|-
Line 126: Line 126:
 
|-
 
|-
 
| 02:45
 
| 02:45
| टेक्स्ट्-सञ्चिकातः, सीक्वेन्स्, id (ऐडि) तथा '''description''' कापि कृत्वा तान् टर्मिनल्-मध्ये प्रतिवाक्यं पेस्ट् कुर्वन्तु ।  
+
| टेक्स्ट्-सञ्चिकातः, सीक्वेन्स्, id (ऐडि) तथा '''description''' कोपि कृत्वा तान् टर्मिनल्-मध्ये प्रतिवाक्यं पेस्ट् कुर्वन्तु ।  
  
 
|-
 
|-
Line 262: Line 262:
 
|-
 
|-
 
| 06:02
 
| 06:02
| उदाहरणार्थं : वयं 'GenBank सञ्चिकां FASTA सञ्चिकाम् इव परिवर्तयितुं शक्यते, किन्तु, अस्य व्यतिरिक्तरूपेण (रिवर्स्) कर्तुं न शक्यते ।  
+
| उदाहरणार्थं : वयं 'GenBank सञ्चिकां FASTA सञ्चिकाम् इव परिवर्तयितुं शक्नुमः, किन्तु, अस्य व्यतिरिक्तरूपेण (रिवर्स्) कर्तुं न शक्नुमः ।  
  
 
|-
 
|-

Revision as of 05:50, 15 August 2019

Time Narration
00:01 सर्वेभ्यः नमस्काराः । 'Writing Sequence Files इति अनुशिक्षणं प्रति भवतां स्वागतम् ।
00:07 अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं : 'सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्’ निर्माणम्,
00:13 सिक्वेन्स् फ़ैल् लेखनम्
00:15 ’फैल् फार्म्याट्स्' परिवर्तनम्
00:19 तथा, एकस्मिन् फैल्-मध्ये तेषां दैर्घ्यानुसारं विभजनं (sort), एतेषां विषये ज्ञानं प्राप्नुमः ।
00:23 एतत् अनुशिक्षम् अनुसर्तुं भवतां,
00:27 पदवीपूर्व-जीवरसायनशास्त्रम् अथवा बयोइन्फर्म्याटिक्स्
00:31 तथा प्राथमिक Python (पैथन्) प्रोग्रामिङ्ग् ज्ञानमावश्यकम् ।
00:34 दत्तायां पर्चन्यां पैथन् अनुशिक्षणं पश्यन्तु ।
00:38 एतत् अनुशिक्षणं रेकार्ड् कर्तुं, अहं Ubuntu OS 14.10 तम-आवृत्तिः,
00:45 Python 2.7.8 तम-आवृत्तिः,
00:48 Ipython interpreter (ऐ पैथन् इन्टर्प्रिटर्) 2.3.0 तम-आवृत्तिः, Biopython 1.64 तम-आवृत्तिः इत्येतेषाम् उपयोगं करोमि ।
00:55 एकस्याः सञ्चिकायाः पठनार्थं वयं, parse तथा read फङ्क्षन् एतावता पठितवन्तः ।
01:03 अस्मिन् अनुशिक्षणे एकस्यां सञ्चिकायां सीक्वेन्स् लेखितुं write 'फङ्क्षन्' कथम् उपयुज्यते,
01:09 तथा Convert फङ्क्षन् उपयुज्य अनेकानि 'फैल् फार्म्याट्स् ' एकस्मात् अन्यं प्रति परिवर्तयितुं वयं पठामः ।
01:16 write फङ्क्षन् कथम् उपयोक्तव्यमिति अहमिदानीम् पाठयामि ।
01:20 प्रोटीन् सीक्वेन्स् इत्यनेन सह अत्र एका टेक्स्ट्-सञ्चिका वर्तते ।
01:24 'इन्सुलिन् प्रोटीन्’ सीक्वेन्स् अत्र दर्शितम् ।
01:28 सञ्चिका, GI अक्सेषन् सङ्ख्या (GI accession number) तथा description निर्देशयुक्ता अपि अस्ति ।
01:36 वयमिदानीम् एतत् सीक्वेन्स् निमित्तं FASTA फार्म्याट्-मध्ये एकां सञ्चिकां रचयामः ।
01:41 अत्र, 'सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्’ निर्माणं प्रथमस्तरीयम् ।
01:45 'सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्स्’ अधिकृत्य अधिकं विवरणम् :
01:49 एतत् 'सीक्वेन्स् इन्पुट्/औट्पुट् इण्टर्-फेस्’-निमित्तं बेसिक् डेटा टैप् अस्ति ।
01:55 'सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्’ मध्ये, सीक्वेन्स्, identifier तथा description इत्यादयः अधिकवैशिष्ट्यसम्बद्धविषयाः सन्ति ।
02:04 Ctrl, Alt तथा t इत्येतेषाम् एकस्मिन् काले नोदनद्वारा टर्मिनल् उद्घाटयन्तु ।
02:10 प्राम्प्ट् मध्ये, एवं टण्कयित्वा : ipython , Enter नुदन्तु ।
02:15 प्राम्प्ट् मध्ये, अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टण्कयन्तु ।
02:18 from Bio dot Seq माड्यूल्, import Seq क्लास्
02:24 from Bio dot SeqRecord माड्यूल्, import Sequence Record क्लास्
02:31 तदनन्तरं , from Bio dot Alphabet माड्यूल्,, import generic protein क्लास्


02:38 तदनन्तरम् अहं सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट् record1 इति वेरियेबल् मध्ये सेव् करोमि ।
02:45 टेक्स्ट्-सञ्चिकातः, सीक्वेन्स्, id (ऐडि) तथा description कोपि कृत्वा तान् टर्मिनल्-मध्ये प्रतिवाक्यं पेस्ट् कुर्वन्तु ।
02:56 Enter नुदन्तु ।
02:58 औट्पुट् दर्शयितुं record1 इति टण्कयन्तु ।
03:02 Enter नुदन्तु ।.
03:04 औट्पुट्, 'इन्सुलिन् प्रोटीन्' सीक्वेन्स्, सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट् इति दर्शयति ।
03:10 एतत् सीक्वेन्स् इत्येतत् id तथा description सहितं दर्शयति ।
03:13 उपरि सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्, FASTA फैल् इव परिवर्तयितुं वयं write फङ्क्षन् उपयोगं कुर्मः ।
03:21 Bio package तः SeqIO module इम्पोर्ट् कुर्वन्तु ।
03:26 अनन्तरं, सीक्वेन्स् आब्जेक्ट् FASTA फैल्-रूपेण परिवर्तयितुं 'कमाण्ड् लैन्' इत्येतत् write फङ्क्षन्-सह टण्कयन्तु ।
03:40 write फङ्क्षन्, 3 'आर्ग्युमेण्ट्स्' स्वीकरोति ।
03:44 आदौ, सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्- स्टोर् करण-वेरियबल् अस्ति ।
03:49 द्वितीयं, FASTA सञ्चिकायाः लेखनीयं सञ्चिकायाः नाम अस्ति ।
03:54 तृतीयं, लेखननिमित्तम् आवश्यकं फैल् फार्म्याट् भवति । Enter नुदन्तु ।
03:58 औट्पुट् एकम् इति दर्शयति । तन्नाम, अस्माभिः एकं सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट् - FASTA फैल्-रूपेण परिवर्तितम् ।
04:07 FASTA फ़ार्म्याट्-मध्ये वर्तमानं फ़ैल् home फ़ोल्डर् मध्ये "example.fasta" इति सेव् कृतम् अस्ति ।
04:13 अत्र भवद्भिः जागरूकतया भाव्यम् । यदि औट्पुट् समाननाम्ना अस्ति चेत् एतत् तस्य उपरि एव लिखति ।
04:18 फ़ैल् द्रष्टुं home फोल्डर् – मध्ये फ़ैल् प्रति नेविगेट् कुर्वन्तु ।
04:24 एतां सञ्चिकां टेक्स्ट्-एडिटर् मध्ये उद्घाटयन्तु ।
04:27 प्रोटीन् सीक्वेन्स् इदानीं, FASTA फार्म्याट्-मध्ये वर्तते ।
04:31 टेक्स्ट्-एडिटर् पिदधतु ।
04:33 बहूनि ‘बयोइन्फर्म्याटिक्स्’ साधनानि, अनेकानि इन्पुट् फैल् फार्म्याट्स् स्वीकरोति ।
04:38 अतः, कदाचित् सीक्वेन्स् फैल् फार्म्याट्स् मध्ये परस्परपरिवर्तनम् अवश्यकम् ।
04:44 SeqIO माड्यूल्-मध्ये convert फङ्क्षन्स् उपयुज्य फैल् परिवर्तनं अस्माभिः कर्तुं शक्यते ।
04:50 दर्शयितुम्, अहं काञ्चित् GenBank सञ्चिकां 'FASTA' सञ्चिकारूपेण परिवर्तयामि ।
04:55 मम home फोल्डर् मध्ये, किञ्चन GenBank सञ्चिका वर्तते ।
04:59 अहं एतत् किञ्चन टेक्स्ट्-एडिटर्-द्वारा उद्घाटयामि ।
05:02 सञ्चिका, GenBank (जेन् ब्याङ्क्) फार्म्याट् मध्ये, HIV genome (एच्ऐवि जीनोम्)युक्तम् अस्ति ।
05:07 एषा 'जेन् ब्याङ्क्’ सञ्चिका , 'जीनोम्' मध्ये वर्तमानानां सर्वेषां जीन् सम्बद्धविवरणानि, सञ्चिकायाः प्रथमभागे वहति ।
05:14 अनन्तरम्, एतत् पूर्णं ‘जीनोम्’ सीक्वेन्स्-युक्तमस्ति ।
05:18 टेक्स्ट्-एडिटर् पिदधतु । टर्मिनल्-मध्ये अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टण्कयन्तु ।
05:23 अत्र, convert फङ्क्षन्, 'जेन् ब्याङ्क्' सञ्चिकायां विद्यमानं सम्पूर्णं 'जिनोम्’ सीक्वेन्स् 'FASTA' फैल् रूपेण परिवर्तयति ।Enter नुदन्तु ।
05:33 'FASTA' फार्म्याट्-मध्ये वर्तमान-नूतनसञ्चिका, इदानीं home फोल्डर्-मध्ये, 'HIV.fasta' इति सेव् कृता वर्तते ।
05:39 नेविगेट् कृत्वा एतां सञ्चिकां प्रति गत्वा टेक्स्ट्-एडिटर् मध्ये उद्घाटयन्तु ।
05:46 टेक्स्ट्-एडिटर् पिदधतु ।
05:49 वयं convert फङ्क्षन् उपयुज्य सरलतया फैल् फार्म्याट् परिवर्तनं कर्तुं शक्नुमः । परन्तु तत् परिमितं भवति ।
05:56 कानिचन फार्म्याट्स् लेखितुं, अन्य-फार्म्याट्-मध्ये अविद्यमानविषयाः आवश्यकाः ।
06:02 उदाहरणार्थं : वयं 'GenBank सञ्चिकां FASTA सञ्चिकाम् इव परिवर्तयितुं शक्नुमः, किन्तु, अस्य व्यतिरिक्तरूपेण (रिवर्स्) कर्तुं न शक्नुमः ।
06:09 तथैव, वयमेकां 'FASTQ' सञ्चिकां, 'FASTA' सञ्चिकारूपेण परिवर्तयितुं शक्नुमः । परन्तु, व्यतिरिक्ततया कर्तुं न शक्यते ।


06:15 convert फङ्क्षन् अधिकृत्य अधिकविवरणार्थं, help कमाण्ड् टण्कयन्तु ।
06:21 Enter नुदन्तु ।
06:24 प्राम्प्ट् प्रति गन्तुं , की बोर्ड् मध्ये 'q' नुदन्तु ।
06:28 GenBank फार्म्याट्-मध्ये 'एच्ऐवि जीनोम्’ तः, पृथक् जीन्स् वयं बहिः निःसारयितुं शक्नुमः ।
06:35 एतानि प्रत्येकं जीन्स् 'FASTA' अथवा अन्य-फार्म्याट्-मध्ये सेव् कर्तुं शक्यते ।
06:41 एतदर्थं प्राम्प्ट्-मध्ये अधोनिर्दिष्टं कोड् टण्कयन्तु ।
06:47 एतत् कोड्, सर्वं प्रत्येकं CDS (सिडिएस्) जीन्स् सीक्वेन्स् , तेषां id तथा जीन् नाम अपि कस्याञ्चित् सञ्चिकायां लिखति ।
06:56 एषा सञ्चिका, भवतां home फोल्डर्-मध्ये, "HIV_geneseq.fasta" इति सेव् कृता वर्तते । Enter नुदन्तु ।
07:07 भवतां 'बयोपैथन्' टूल् उपयुज्य, सञ्चिकायां रेकार्ड्स्, तेषां दैर्घ्यानुसारं विभक्तुं शक्यते ।
07:12 अत्र, अहं “hemoglobin.fasta” इति FASTA सञ्चिकाम् उद्घाटयामि । एतत् षट्-रेकार्ड्-युक्तम् अस्ति ।
07:19 प्रत्येकं रेकार्ड् दैर्घ्यं विभिन्नम् अस्ति ।
07:23 अत्यन्तं दीर्घं रेकार्ड् आदौ स्थापयितुम् अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टण्कयन्तु ।
07:27 विभक्त (sorted ) सीक्वेन्स्-युक्ता नूतनसञ्चिका "sorted_hemoglobin.fasta" इति, भवतां home फोल्डर् मध्ये सेव् कृतं भवति ।
07:38 लघुरेकार्ड्स् आदौ स्थापयितुं, records.sort कमाण्ड् लैन्-मध्ये, आर्ग्यूमेंट्स् व्यतिरेकेण (रिवर्स्-रूपेण) स्थापयन्तु ।
07:45 सङ्क्षेपेण, अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट् निर्मातुं,
07:51 'सीक्वेन्स् इन्पुट्/औट्पुट्' माड्यूल् write फङ्क्षन् उपयुज्य, सीक्वेन्स् सञ्चिकां लेखितुं,
07:58 convert फङ्क्षन् उपयुज्य , सीक्वेन्स् फैल् फार्म्याट् परिवर्तयितुं,
08:03 तथा,फैल्- मध्ये रेकार्ड्स् तेषां दैर्घ्यानुसारं विभक्तुं च पठितवन्तः ।
08:07 गृहकार्यनिमित्तम् -
08:09 HIV 'जेनोमिक्' सीक्वेन्स् तः, 4587 तः 5165 स्थानेषु, जीन् "HIV1gp3" (एच्ऐवि 1 जिपि 3) एक्स्ट्राक्ट् कुर्वन्तु ।
08:21 अस्य अनुशिक्षणस्य कोड् सञ्चिकायां, "HIV.gb" सञ्चिका योजिता अस्ति ।
08:28 भवतां समाप्तं गृहकार्यम् अधोनिर्दिष्ट-कोड्-युक्तं भवति ।
08:43 अस्यां पर्चन्यां वर्तमानं वीडियो स्पोकन् ट्युटोरियल् योजनां विवृणोति ।
08:48 कृपया एतत् डौन्लोड् कृत्वा पश्यतु । स्पोकन् ट्युटोरियल् प्राजेक्ट् गणः कार्यशालाः सञ्चालयति तथा आन्लैन् परीक्षाः अपि चालयति । उत्तीर्णेभ्यः प्रमाणपत्रं च यच्छति ।
08:57 अधिकविवरणार्थम् अस्माकं सम्पर्कं कुर्वन्तु ।


09:00 स्पोकन् ट्युटोरियल् योजना राष्ट्रियसाक्षरतामिषन् ICT, MHRD द्वारा भारतसर्वकारस्य सहयोगं प्राप्तवती अस्ति ।
09:06 अस्याः योजनायाः विषये अधिकं विवरणम् अत्र पर्चन्याम् उपलभ्यते ।
09:10 अस्य अनुशिक्षणस्य अनुवादकः डा. उदयन हेगडे, प्रवाचकः श्री नवीन भट्, उप्पिनपट्टनम् । धन्यवादाः ।

Contributors and Content Editors

NaveenBhat, Sandhya.np14, Udayana