Avogadro/C2/Build-molecules/Malayalam

From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 11:32, 16 July 2018 by Vijinair (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Time Narration
00:01 എല്ലാവർക്കു സ്വാഗതം ' Build Moleculesഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം.
00:07 ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിക്കും: 'Imported' ഡാറ്റാബേസ്,
00:11 Rotate, zoom in and zoom out,
00:15 panel, ൽ മോളിക്യുലസ് നിർമ്മിക്കുക,
00:17 ഫോഴ്സ് ഫോഴ്സ് ഫീൽഡ് ഉം ജോമേറ്ററി ഒപ്ടിമിസ്റ് ചെയ്യുക,
00:21 bond lengths, bond angles, dihedral angles, എന്നിവ കണക്കുക
00:25 ഫ്രഗ്മെബ്റ് ലൈബ്രറി കാണിക്കുക
00:27 ഡി.എൻ.എ. മോളിക്യുലസ് സൃഷ്ടിക്കുന്നതും Peptides.
00:31 ഇവിടെ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നത്: Ubuntu Linux OS version 14.04 ,

Avogadro version 1.1.1, വർക്കിംഗ് ഇന്റർനെറ്റ് കണക്ഷൻ പ്രവർത്തിക്കുന്നു.

00:44 ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരാൻ, നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന രസതന്ത്രം അറിഞ്ഞിരിക്കണം.

Avogadro,ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യാൻ,' കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ലിങ്ക് 'sourceforge.net/projects/avogadro.

00:53 Avogadro, ഞാൻ ഇതിനകം ഡൌൺലോഡ് ചെയ്തു.
00:56 Avogadro,തുറക്കാൻ Dash home 'ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
01:00 search bar,ൽ, e avogadro .എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
01:02 application. തുറക്കാൻe avogadro . ഐക്കണിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
01:08 'Xylene' മോളിക്യൂൾ chemical structure database . ഇമ്പോര്ട ചെയ്ത് നമുക്ക് ആരംഭിക്കാം.
01:15 import ചെയ്യാൻ ഒരു മോളിക്യുലസ് ഞങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഒരു ഇന്റർനെറ്റ് കണക്ഷൻ ആവശ്യമാണ്.
01:19 File മെനുവില് അമര്ത്തുക, Import . നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക.
01:23 സബ് മെനു തുറക്കുന്നു.
01:25 Fetch by chemical name തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
01:28 chemical name . ഡയലോഗ് ബോക്സ് കാണുന്നു.
01:30 പ്രദർശനത്തിനായി,search box.ൽ xylene 'എന്നു ടൈപ്പ് ചെയ്യാം.
01:36 OK ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
01:38 നമുക്കിപ്പോൾ ' Panel 'xylene' മോളിക്കുലെ ഉണ്ട്.
01:42 നമുക്ക് Panel ൽ മോളിക്യുലസ് വെയ്റ്റ് രോടീട്ടു ചെയ്യാം.
01:45 ടൂൾ ബാറിൽ' Navigation tool ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
01:49 കഴ്സറിനെ മോളിക്യുലസ് ൽ വയ്ക്കുക.
01:52 ഇടത് mouse ബട്ടൺ വലിച്ചിടുക.
01:56 വലിച്ചിടുന്ന ദിശ അമ്പടയാളങ്ങൾ ശ്രദ്ധിക്കുക.
02:00 translate തർജ്ജമ ചെയ്യുക, റൈറ്റ് മൌസ് ബട്ടൺ ഉപയോഗിച്ച് വലിക്കുക.
02:06 zoom in ചെയ്യാൻ ആയി മൌസ് വീൽ രം സ്ക്രോൾ ചെയ്ത് 'zoom out ചെയ്യുക.
02:10 ഒരു മോളിക്യുലസ് നിർമ്മിക്കുന്നത് എങ്ങനെയെന്ന് നമുക്ക് പഠിക്കാം.
02:14 ഒരു തന്മാത്ര ഉണ്ടാക്കാൻ ടൂൾ ബാറിലെ 'Draw Tool' ഐക്കണിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
02:19 Draw Settings മെനുവിൽ, നമുക്ക് കാണാം

Element ഡ്രോപ്പ് ഡൌൺ ബട്ടൺ, Bond Order ഡ്രോപ്പ് ഡൌൺ ബട്ടൺ, Adjust Hydrogens ചെക്ക് ബോക്സ്.

02:30 ഘടനയിൽ ഹൈഡ്രജന്റെ ആവശ്യമില്ലെങ്കിൽ, Adjust Hydrogens ചെക്ക് ബോക്സ് അൺ-ചെക്ക് ചെയുക
02:37 Element ഡ്രോപ്പ്-ഡൌൺ പട്ടിക അവയിലെ എലെമെന്റ്സ് പട്ടിക കാണിക്കുന്നു.
02:42 മറ്റൊരു വിൻഡോയിൽ Periodic table കാണുന്നതിന് Other ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
02:48 വിൻഡോ അടയ്ക്കുന്നതിന് Close (X) അമർത്തുക.
02:51 നമുക്ക് Panel . ൽ Aniline ന്റെ' structure
02:55 Element ഡ്രോപ്പ് ഡൗൺ ലിസ്റ്റിൽ Carbon തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
02:59 Bond Order ഡ്രോപ്പ് ഡൗണിൽ നിന്ന് Single തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
03:03 Panel ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
03:05 ആറു കാർബൺ ആറ്റങ്ങളുടെ ക്ലോസ്ഡ് ചെയിൻ ബോണ്ട് ഉണ്ടാക്കാൻ ഡ്രാഗ് ചെയ്ത ഡ്രോപ്പ് ചെയുക .
03:10 ഇരട്ട ബോണ്ടുകൾ കാണിക്കാൻ, Bond Order ഡ്രോപ്പ് ഡൌണിൽ Double തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
03:16 Benzene 'ഘടന ലഭിക്കുന്നതിന് ഇതര ബോണ്ടുകളിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
03:21 നമുക്ക് Aniline സ്ട്രക്ച്ചർ പൂർത്തിയാക്കാം.
03:24 Element ഡ്രോപ് ഡൌൺ ലിസ്റ്റിൽ Nitrogen തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
03:29 Bond Order ഡ്രോപ്പ് ഡൗണിൽ നിന്ന് Single തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
03:33 ഘടനയിലും വലയിലും കാർബൺ ആറ്റങ്ങളിൽ ഏതെങ്കിലും ഒരു ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
03:39 Build മെനുവിലേക്ക് പോകുക Add Hydrogens . തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
03:45 Panel. ൽ Aniline ന്റെ ഘടനയുമുണ്ട്.
03:49 സ്ഥിരത ഉറപ്പുവരുത്തുന്നതിന് Aniline ഘടന Panel ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യണം.
03:56 ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യാൻ, ടൂൾ ബാറിൽ Auto Optimization Tool ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
04:02 AutoOptimization Settings ഇടത് വശത്ത് പ്രത്യക്ഷപ്പെടുന്നു.
04:06 ' Force Field ഡ്രോപ്പ്-ഡൗൺ ലിസ്റ്റിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക, MMFF94 . തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
04:13 ചെറിയ ഓർഗാനിക് തന്മാത്രകൾ ഒപ്റ്റിമൈസുചെയ്യാൻ സാധാരണയായി MMFF94 ഉപയോഗിക്കുന്നു.
04:20 Start ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
04:23 ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ പൂർത്തിയാക്കാൻ കുറച്ച് സെക്കൻഡുകൾ എടുക്കും.
04:28 Optimization Settings. Stop ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
04:33 നമുക്ക് Aniline . ന്റെ bond lengths, bond angles and dihedral angles നമുക്ക് അളക്കാം.
04:40 ടൂൾ ബാറിൽ Click to Measure ഐക്കൺ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
04:44 ദൂരം അളക്കുന്നതിന്, തുടർച്ചയായി രണ്ട് കാർബൺ ആറ്റങ്ങളേയും ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
04:49 കോണുകളുടെ അളവെടുക്കാം, തുടർച്ചയായി 3 ആറ്റങ്ങളെങ്കിലും ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
04:55 dihedral angles, അളക്കുന്നതിന്, തുടർച്ചയായി 4 ആറ്റങ്ങളെങ്കിലും ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
05:02 അളവറ്റ മൂല്യങ്ങൾ Panel . താഴെ കാണുന്നു.
05:07 ഫയൽ' സേവ് ചെയ്യാൻ , Save As . എന്നിടത്ത് ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:13 Save Molecule Asഡയലോഗ് ബോക്സ് ദൃശ്യമാകുന്നു.
05:17 File Name Aniline.cml . എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
05:21 സ്ഥാനം 'ഡെസ്ക്ടോപ്പ്' ആയി തിരഞ്ഞെടുത്ത ശേഷം Save ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:28 ഒരു പുതിയ വിൻഡോ തുറക്കുന്നതിന് Newചിഹ്നത്തിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:32 Avogadro സോഫ്റ്റ്വെയറിന് fragment ലൈബ്രറി ഉപയോഗിച്ച് സങ്കീർണ്ണമായ തന്മാത്രകൾ നിർമ്മിക്കാൻ ഒരു സവിശേഷത ഉണ്ട്.
05:38 Build മെനുവിലേക്ക് പോവുക.
05:40 Insert തിരഞ്ഞെടുത്ത് Fragment ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
05:45 Insert Fragment ഡയലോഗ് ബോക്സ് തുറക്കുന്നു.
05:49 വിവിധ കെമിക്കൽ ഘടനകളുടെ cml ഫയലുകളുള്ള ഫോൾഡറിന്റെ ലിസ്റ്റ് നമുക്ക് കാണാൻ കഴിയും.
05:55 ഉദാഹരണത്തിന് നമുക്ക് alkenes ഫോൾഡർ തുറക്കാം.
06:00 ഫോൾഡറിന്റെ ഉള്ളടക്കങ്ങൾ കാണുന്നതിന് ഫോൾഡറിൽ ഡബിൾ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
06:04 2-methyl-buta-1,3-diene.cml . തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
06:10 Insert ബട്ടണിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
06:13 ഡയലോഗ് ബോക്സ് ക്ലോസ് ചെയ്യുന്നതിന് Close ക്ളിക്ക് ചെയ്യുക.
06:17 2-methyl-1,3-butadiene ഘടന ദൃശ്യമാകുന്നത് Panel .ആണ്.
06:22 Isoprene. എന്നാണ് സാധാരണ അറിയപ്പെടുന്നത്.
06:26 Isoprene. ഉപയോഗിച്ച് പല പ്രകൃതി ഉത്പന്നങ്ങളും നിർമ്മിക്കാൻ കഴിയും.
06:30 മോളിക്യൂൾ തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ട മോഡിലാണ്.
06:33 ഡി-സെലക്ട് ചെയ്യുന്നതിന്, 'CTRL, SHIFT' , A കീകൾ ഒരേസമയം അമർത്തുക.
06:39 ഉദാഹരണം: Vitamin A and natural rubber എന്നത് Isopreneതുടങ്ങിയവ ഉപയോഗിച്ചാണ് ഞാൻ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നത്.
06:47 Vitamin A, natural rubber .
06:51 ഞാൻ ഒരു മൂലയിലേക്ക് Isoprene translate ചെയ്യും
06:56 Build മെനുവിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക, Insert എന്നതിലേക്ക് നാവിഗേറ്റ് ചെയ്ത് Fragment 'തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
07:02 macrocycles ഫോൾഡറിലേക്ക് താഴേക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക; തുറക്കുന്നതിന് ഡബിൾ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
07:08 porphin ശകലം തെരഞ്ഞെടുത്ത് Insert എന്നിടത്ത് ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
07:14 ഡയലോഗ് ബോക്സ് അടയ്ക്കുക.
07:16 porphyrin ശകലം ഉപയോഗിച്ച് നമുക്ക് Chlorophyll Vitamin B12 . തുടങ്ങിയ കോമ്പ്ലസ് കെമിക്കൽ സ്ട്രക്ചേർസ് നിർമ്മിച്ച് കഴിയും.
07:25 Chlorophyll
07:27 Vitamin B12.
07:30 Avogadro .ഉപയോഗിച്ച് DNA peptides തുടങ്ങിയകെമിക്കൽ സ്ട്രക്ചേർസ്എളുപ്പത്തിൽ നിർമ്മിക്കാവുന്നതാണ്.
07:37 New ഐക്കൺ ഉപയോഗിച്ച് ഒരു പുതിയ വിൻഡോ തുറക്കുക.
07:41 ' DNA മോളിക്യൂൾ ചേർക്കുന്നതിന് Build മെനുവിൽ പോയി Insert നാവിഗേറ്റ് ചെയ്ത്' സബ് മെനു ൽ നിന്ന് 'DNA/RNA ക്ലിക്ക് ചെയുക
07:51 Insert Nucleic Acids ഡയലോഗ് ബോക്സ് കാണുന്നു.
07:55 DNA/RNA Builder ൽ നിന്നും DNA ഡ്രോപ്പ് ഡൌൺ ചെയ്യുക.
08:00 നാല് nucleic acid bases buttonഎന്ന പേരിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു.
08:05 nucleic acid sequence. തിരഞ്ഞെടുക്കാൻ ബട്ടണുകളിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
08:10 acids നിങ്ങളുടെ സ്വന്തം ക്രമം തിരഞ്ഞെടുക്കാവുന്നതാണ്.
08:14 പ്രദർശനത്തിനായി ഞാൻ A T G C A T G C.
08:26 nucleic acids തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിനുള്ള ക്രമം Sequence ടെക്സ്റ്റ് ബോക്സിൽ ദൃശ്യമാകും.
08:32 ' Bases Per Turn ഡ്രോപ്പ് ഡൗണിൽ ഒരു"5" തെരഞ്ഞെടുക്കുക, 'Helix ബേസ് ജോടിന്റെ എണ്ണം.
08:41 'Strands' ഒരെണ്ണം തിരഞ്ഞെടുക്കുക Single ബട്ടണിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
08:47 ഡയലോഗ് ബോക്സ് ക്ലോസ് ചെയ്യുന്നതിന് Close ക്ളിക്ക് ചെയ്യുക.
08:51 നമുക്കിപ്പോൾ ഒരു പാനൽ ഡിഎൻഎ മോളികുലെ പാനലിൽ പാനൽ ഉണ്ട്.
08:56 Zoom out ഘടനയും Panel . കേന്ദ്രഭാഗത്തേക്ക് വലിച്ചിടുക.
09:01 Panel DNA മോളികുല്ലെ , 'CTRL, Shift' , 'എ' 'കീകളിലൊന്ന് ഒരേ സമയം തെരഞ്ഞെടുക്കുക.
09:09 ഇൻസെർട്ട് മെനുവിൽ ഒരു Peptide ഓപ്ഷൻ Peptide സെക്യുഎൻസ് സൃഷ്ടിക്കാൻ ഞങ്ങൾക്കാകും.
09:16 ഒരു പുതിയ വിൻഡോ തുറക്കാൻ New ചിഹ്നത്തിൽ വീണ്ടും ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
09:21 Build മെനുവിലേക്ക് പോകുക, Insert Peptide . എന്നിവയിലേയ്ക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക.
09:26 Insert Peptide ഡയലോഗ് ബോക്സ് കാണുന്നു.
09:29 amino acids ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്തുകൊണ്ട്' Peptide എന്നതിനായുള്ള' അമിനോ ആസിഡുകൾ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
09:36 പ്രദർശനത്തിനായി ഞാൻ Glycine(Gly) -Valine(Val) -Proline(Pro) and Cystine(Cys) . (സിസ്)' എന്നീ ക്രമം തെരഞ്ഞെടുക്കും.
09:45 Sequence ടെക്സ്റ്റ് ബോക്സിൽ സെലക്ഷന്റെ ക്രമം പ്രത്യക്ഷപ്പെടുന്നു.
09:50 ' Insert Peptide 'ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
09:53 Insert Peptide ഡയലോഗ് ബോക്സ് അടയ്ക്കുക.
09:57 Peptide 'പാനലിൽ' 'കാണപ്പെടുന്നു.
10:00 Peptide തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിന്.
10:07 താങ്കൾക്ക് ഇഷ്ടമുള്ള amino acids തിരഞ്ഞെടുക്കാം Peptide ക്രമം നിർമ്മിക്കാം.
10:13 നമുക്ക് ചുരുക്കാം.
10:15 ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിച്ചത്:
10:18 'ഡാറ്റാബേസിൽ നിന്ന് ഇറക്കുമതി ചെയ്യുന്ന മോളികൂളുകൾ,
10:21 തിരിക്കുക, സൂം ഇൻ ചെയ്യുക, സൂം ഔട്ട് ചെയ്യുക,
10:24 പാനലിലെ തന്മാത്രകൾ നിർമ്മിക്കുക,
10:26 force force field ഉം geometry optimize ചെയ്യുക,
10:30 ബോണ്ട് ലെങ്ത് , ബോണ്ട് ആംഗിള്സ് , ഡായ് ഹായ്ഡ്രൽ ആംഗിള്സ്,അളക്കുക
10:35 ഫ്രാഗ്മെന്റ് ലൈബ്രറി കണക്കാക്കുക ,
10:37 DNA മോളികൂസും ' Peptides ബിൽഡ് ചെയുക
10:41 അസൈൻമെൻറ് - താഴെ കൊടുത്തിരിക്കുന്ന അമിനോ ആസിഡ് റെസിഡ്യൂ ഉപയോഗിച്ചു് ഒരുprotein sequence' ഉണ്ടാക്കുക
10:49 'UFF' ഫോഴ്സ് ഫീൽഡ് ഉപയോഗിച്ച് ജിയോമെട്രിയിൽ ഒപ്റ്റിമൈസുചെയ്യുക.
10:53 ' .cml 'ഫയൽ ആയി ഇമേജസ് സേവ് ചെയുക
10:58 Nueclic Acids AUGC സീക്വൻസ് ഉപയോഗിച്ച് RNA ഉണ്ടാക്കുക
11:04 'MMFF94' ഫോഴ്‌സ് ഫീൽഡ് ഉപയോഗിച്ച് ജിയോമെട്രി ഒപ്ടിമൈസ് ചെയ്യുക.
11:10 ' '. Cml' ഫയൽ. ആയി ഇമേജസ് സേവ് ചെയുക
11:14 'വീഡിയോ' സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് സംഗ്രഹിക്കുന്നു.
11:18 നിങ്ങൾക്ക് നല്ല 'ബാൻഡ്വിഡ്ത്' ഇല്ലെങ്കിൽ, നിങ്ങൾക്ക് 'ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത്' കാണാൻ കഴിയും.
11:23 'സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ' 'ഉപയോഗിച്ച് ഞങ്ങൾ വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുകയും സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകുകയും ചെയ്യുന്നു. ഞങ്ങളെ ബന്ധപ്പെടുക.
11:30 സ്പോട്ട് ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റ്, എൻഎംഇഐടി, എംഎച്ച്ആർഡി ഗവൺമെന്റ് ഓഫ് ഇന്ത്യ.
11:36 ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ വിജി നായർ എന്നിവർ സംഭാവന ചെയ്യുന്നു. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി.

Contributors and Content Editors

Vijinair