Avogadro/C2/Build-molecules/Malayalam

Time	Narration
00:01	എല്ലാവർക്കു സ്വാഗതം ' Build Moleculesഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം.
00:07	ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിക്കും: 'Imported' ഡാറ്റാബേസ്,
00:11	Rotate, zoom in and zoom out,
00:15	panel, ൽ മോളിക്യുലസ് നിർമ്മിക്കുക,
00:17	ഫോഴ്സ് ഫോഴ്സ് ഫീൽഡ് ഉം ജോമേറ്ററി ഒപ്ടിമിസ്റ് ചെയ്യുക,
00:21	bond lengths, bond angles, dihedral angles, എന്നിവ കണക്കുക
00:25	ഫ്രഗ്മെബ്റ് ലൈബ്രറി കാണിക്കുക
00:27	ഡി.എൻ.എ. മോളിക്യുലസ് സൃഷ്ടിക്കുന്നതും Peptides.
00:31	ഇവിടെ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നത്: Ubuntu Linux OS version 14.04 , Avogadro version 1.1.1, വർക്കിംഗ് ഇന്റർനെറ്റ് കണക്ഷൻ പ്രവർത്തിക്കുന്നു.
00:44	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരാൻ, നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന രസതന്ത്രം അറിഞ്ഞിരിക്കണം. Avogadro,ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യാൻ,' കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ലിങ്ക് 'sourceforge.net/projects/avogadro.
00:53	Avogadro, ഞാൻ ഇതിനകം ഡൌൺലോഡ് ചെയ്തു.
00:56	Avogadro,തുറക്കാൻ Dash home 'ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
01:00	search bar,ൽ, e avogadro .എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
01:02	application. തുറക്കാൻe avogadro . ഐക്കണിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
01:08	'Xylene' മോളിക്യൂൾ chemical structure database . ഇമ്പോര്ട ചെയ്ത് നമുക്ക് ആരംഭിക്കാം.
01:15	import ചെയ്യാൻ ഒരു മോളിക്യുലസ് ഞങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഒരു ഇന്റർനെറ്റ് കണക്ഷൻ ആവശ്യമാണ്.
01:19	File മെനുവില് അമര്ത്തുക, Import . നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക.
01:23	സബ് മെനു തുറക്കുന്നു.
01:25	Fetch by chemical name തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
01:28	chemical name . ഡയലോഗ് ബോക്സ് കാണുന്നു.
01:30	പ്രദർശനത്തിനായി,search box.ൽ xylene 'എന്നു ടൈപ്പ് ചെയ്യാം.
01:36	OK ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
01:38	നമുക്കിപ്പോൾ ' Panel ൽ 'xylene' മോളിക്കുലെ ഉണ്ട്.
01:42	നമുക്ക് Panel ൽ മോളിക്യുലസ് വെയ്റ്റ് രോടീട്ടു ചെയ്യാം.
01:45	ടൂൾ ബാറിൽ' Navigation tool ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
01:49	കഴ്സറിനെ മോളിക്യുലസ് ൽ വയ്ക്കുക.
01:52	ഇടത് mouse ബട്ടൺ വലിച്ചിടുക.
01:56	വലിച്ചിടുന്ന ദിശ അമ്പടയാളങ്ങൾ ശ്രദ്ധിക്കുക.
02:00	translate തർജ്ജമ ചെയ്യുക, റൈറ്റ് മൌസ് ബട്ടൺ ഉപയോഗിച്ച് വലിക്കുക.
02:06	zoom in ചെയ്യാൻ ആയി മൌസ് വീൽ രം സ്ക്രോൾ ചെയ്ത് 'zoom out ചെയ്യുക.
02:10	ഒരു മോളിക്യുലസ് നിർമ്മിക്കുന്നത് എങ്ങനെയെന്ന് നമുക്ക് പഠിക്കാം.
02:14	ഒരു തന്മാത്ര ഉണ്ടാക്കാൻ ടൂൾ ബാറിലെ 'Draw Tool' ഐക്കണിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
02:19	Draw Settings മെനുവിൽ, നമുക്ക് കാണാം Element ഡ്രോപ്പ് ഡൌൺ ബട്ടൺ, Bond Order ഡ്രോപ്പ് ഡൌൺ ബട്ടൺ, Adjust Hydrogens ചെക്ക് ബോക്സ്.
02:30	ഘടനയിൽ ഹൈഡ്രജന്റെ ആവശ്യമില്ലെങ്കിൽ, Adjust Hydrogens ചെക്ക് ബോക്സ് അൺ-ചെക്ക് ചെയുക
02:37	Element ഡ്രോപ്പ്-ഡൌൺ പട്ടിക അവയിലെ എലെമെന്റ്സ് പട്ടിക കാണിക്കുന്നു.
02:42	മറ്റൊരു വിൻഡോയിൽ Periodic table കാണുന്നതിന് Other ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
02:48	വിൻഡോ അടയ്ക്കുന്നതിന് Close (X) അമർത്തുക.
02:51	നമുക്ക് Panel . ൽ Aniline ന്റെ' structure
02:55	Element ഡ്രോപ്പ് ഡൗൺ ലിസ്റ്റിൽ Carbon തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
02:59	Bond Order ഡ്രോപ്പ് ഡൗണിൽ നിന്ന് Single തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
03:03	Panel ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
03:05	ആറു കാർബൺ ആറ്റങ്ങളുടെ ക്ലോസ്ഡ് ചെയിൻ ബോണ്ട് ഉണ്ടാക്കാൻ ഡ്രാഗ് ചെയ്ത ഡ്രോപ്പ് ചെയുക .
03:10	ഇരട്ട ബോണ്ടുകൾ കാണിക്കാൻ, Bond Order ഡ്രോപ്പ് ഡൌണിൽ Double തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
03:16	Benzene 'ഘടന ലഭിക്കുന്നതിന് ഇതര ബോണ്ടുകളിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
03:21	നമുക്ക് Aniline സ്ട്രക്ച്ചർ പൂർത്തിയാക്കാം.
03:24	Element ഡ്രോപ് ഡൌൺ ലിസ്റ്റിൽ Nitrogen തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
03:29	Bond Order ഡ്രോപ്പ് ഡൗണിൽ നിന്ന് Single തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
03:33	ഘടനയിലും വലയിലും കാർബൺ ആറ്റങ്ങളിൽ ഏതെങ്കിലും ഒരു ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
03:39	Build മെനുവിലേക്ക് പോകുക Add Hydrogens . തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
03:45	Panel. ൽ Aniline ന്റെ ഘടനയുമുണ്ട്.
03:49	സ്ഥിരത ഉറപ്പുവരുത്തുന്നതിന് Aniline ഘടന Panel ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യണം.
03:56	ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യാൻ, ടൂൾ ബാറിൽ Auto Optimization Tool ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
04:02	AutoOptimization Settings ഇടത് വശത്ത് പ്രത്യക്ഷപ്പെടുന്നു.
04:06	' Force Field ഡ്രോപ്പ്-ഡൗൺ ലിസ്റ്റിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക, MMFF94 . തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
04:13	ചെറിയ ഓർഗാനിക് തന്മാത്രകൾ ഒപ്റ്റിമൈസുചെയ്യാൻ സാധാരണയായി MMFF94 ഉപയോഗിക്കുന്നു.
04:20	Start ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
04:23	ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ പൂർത്തിയാക്കാൻ കുറച്ച് സെക്കൻഡുകൾ എടുക്കും.
04:28	Optimization Settings. Stop ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
04:33	നമുക്ക് Aniline . ന്റെ bond lengths, bond angles and dihedral angles നമുക്ക് അളക്കാം.
04:40	ടൂൾ ബാറിൽ Click to Measure ഐക്കൺ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
04:44	ദൂരം അളക്കുന്നതിന്, തുടർച്ചയായി രണ്ട് കാർബൺ ആറ്റങ്ങളേയും ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
04:49	കോണുകളുടെ അളവെടുക്കാം, തുടർച്ചയായി 3 ആറ്റങ്ങളെങ്കിലും ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
04:55	dihedral angles, അളക്കുന്നതിന്, തുടർച്ചയായി 4 ആറ്റങ്ങളെങ്കിലും ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
05:02	അളവറ്റ മൂല്യങ്ങൾ Panel . താഴെ കാണുന്നു.
05:07	ഫയൽ' സേവ് ചെയ്യാൻ , Save As . എന്നിടത്ത് ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:13	Save Molecule Asഡയലോഗ് ബോക്സ് ദൃശ്യമാകുന്നു.
05:17	File Name Aniline.cml . എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
05:21	സ്ഥാനം 'ഡെസ്ക്ടോപ്പ്' ആയി തിരഞ്ഞെടുത്ത ശേഷം Save ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:28	ഒരു പുതിയ വിൻഡോ തുറക്കുന്നതിന് Newചിഹ്നത്തിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:32	Avogadro സോഫ്റ്റ്വെയറിന് fragment ലൈബ്രറി ഉപയോഗിച്ച് സങ്കീർണ്ണമായ തന്മാത്രകൾ നിർമ്മിക്കാൻ ഒരു സവിശേഷത ഉണ്ട്.
05:38	Build മെനുവിലേക്ക് പോവുക.
05:40	Insert തിരഞ്ഞെടുത്ത് Fragment ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
05:45	Insert Fragment ഡയലോഗ് ബോക്സ് തുറക്കുന്നു.
05:49	വിവിധ കെമിക്കൽ ഘടനകളുടെ cml ഫയലുകളുള്ള ഫോൾഡറിന്റെ ലിസ്റ്റ് നമുക്ക് കാണാൻ കഴിയും.
05:55	ഉദാഹരണത്തിന് നമുക്ക് alkenes ഫോൾഡർ തുറക്കാം.
06:00	ഫോൾഡറിന്റെ ഉള്ളടക്കങ്ങൾ കാണുന്നതിന് ഫോൾഡറിൽ ഡബിൾ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
06:04	2-methyl-buta-1,3-diene.cml . തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
06:10	Insert ബട്ടണിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
06:13	ഡയലോഗ് ബോക്സ് ക്ലോസ് ചെയ്യുന്നതിന് Close ക്ളിക്ക് ചെയ്യുക.
06:17	2-methyl-1,3-butadiene ഘടന ദൃശ്യമാകുന്നത് Panel .ആണ്.
06:22	Isoprene. എന്നാണ് സാധാരണ അറിയപ്പെടുന്നത്.
06:26	Isoprene. ഉപയോഗിച്ച് പല പ്രകൃതി ഉത്പന്നങ്ങളും നിർമ്മിക്കാൻ കഴിയും.
06:30	മോളിക്യൂൾ തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ട മോഡിലാണ്.
06:33	ഡി-സെലക്ട് ചെയ്യുന്നതിന്, 'CTRL, SHIFT' , A കീകൾ ഒരേസമയം അമർത്തുക.
06:39	ഉദാഹരണം: Vitamin A and natural rubber എന്നത് Isopreneതുടങ്ങിയവ ഉപയോഗിച്ചാണ് ഞാൻ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നത്.
06:47	Vitamin A, natural rubber .
06:51	ഞാൻ ഒരു മൂലയിലേക്ക് Isoprene translate ചെയ്യും
06:56	Build മെനുവിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക, Insert എന്നതിലേക്ക് നാവിഗേറ്റ് ചെയ്ത് Fragment 'തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
07:02	macrocycles ഫോൾഡറിലേക്ക് താഴേക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക; തുറക്കുന്നതിന് ഡബിൾ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
07:08	porphin ശകലം തെരഞ്ഞെടുത്ത് Insert എന്നിടത്ത് ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
07:14	ഡയലോഗ് ബോക്സ് അടയ്ക്കുക.
07:16	porphyrin ശകലം ഉപയോഗിച്ച് നമുക്ക് Chlorophyll Vitamin B12 . തുടങ്ങിയ കോമ്പ്ലസ് കെമിക്കൽ സ്ട്രക്ചേർസ് നിർമ്മിച്ച് കഴിയും.
07:25	Chlorophyll
07:27	Vitamin B12.
07:30	Avogadro .ഉപയോഗിച്ച് DNA peptides തുടങ്ങിയകെമിക്കൽ സ്ട്രക്ചേർസ്എളുപ്പത്തിൽ നിർമ്മിക്കാവുന്നതാണ്.
07:37	New ഐക്കൺ ഉപയോഗിച്ച് ഒരു പുതിയ വിൻഡോ തുറക്കുക.
07:41	' DNA മോളിക്യൂൾ ചേർക്കുന്നതിന് Build മെനുവിൽ പോയി Insert നാവിഗേറ്റ് ചെയ്ത്' സബ് മെനു ൽ നിന്ന് 'DNA/RNA ക്ലിക്ക് ചെയുക
07:51	Insert Nucleic Acids ഡയലോഗ് ബോക്സ് കാണുന്നു.
07:55	DNA/RNA Builder ൽ നിന്നും DNA ഡ്രോപ്പ് ഡൌൺ ചെയ്യുക.
08:00	നാല് nucleic acid bases buttonഎന്ന പേരിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു.
08:05	nucleic acid sequence. തിരഞ്ഞെടുക്കാൻ ബട്ടണുകളിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
08:10	acids നിങ്ങളുടെ സ്വന്തം ക്രമം തിരഞ്ഞെടുക്കാവുന്നതാണ്.
08:14	പ്രദർശനത്തിനായി ഞാൻ A T G C A T G C.
08:26	nucleic acids തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിനുള്ള ക്രമം Sequence ടെക്സ്റ്റ് ബോക്സിൽ ദൃശ്യമാകും.
08:32	' Bases Per Turn ഡ്രോപ്പ് ഡൗണിൽ ഒരു"5" തെരഞ്ഞെടുക്കുക, 'Helix ബേസ് ജോടിന്റെ എണ്ണം.
08:41	'Strands' ഒരെണ്ണം തിരഞ്ഞെടുക്കുക Single ബട്ടണിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
08:47	ഡയലോഗ് ബോക്സ് ക്ലോസ് ചെയ്യുന്നതിന് Close ക്ളിക്ക് ചെയ്യുക.
08:51	നമുക്കിപ്പോൾ ഒരു പാനൽ ഡിഎൻഎ മോളികുലെ പാനലിൽ പാനൽ ഉണ്ട്.
08:56	Zoom out ഘടനയും Panel . കേന്ദ്രഭാഗത്തേക്ക് വലിച്ചിടുക.
09:01	Panel ൽ DNA മോളികുല്ലെ , 'CTRL, Shift' , 'എ' 'കീകളിലൊന്ന് ഒരേ സമയം തെരഞ്ഞെടുക്കുക.
09:09	ഇൻസെർട്ട് മെനുവിൽ ഒരു Peptide ഓപ്ഷൻ Peptide സെക്യുഎൻസ് സൃഷ്ടിക്കാൻ ഞങ്ങൾക്കാകും.
09:16	ഒരു പുതിയ വിൻഡോ തുറക്കാൻ New ചിഹ്നത്തിൽ വീണ്ടും ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
09:21	Build മെനുവിലേക്ക് പോകുക, Insert Peptide . എന്നിവയിലേയ്ക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക.
09:26	Insert Peptide ഡയലോഗ് ബോക്സ് കാണുന്നു.
09:29	amino acids ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്തുകൊണ്ട്' Peptide എന്നതിനായുള്ള' അമിനോ ആസിഡുകൾ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
09:36	പ്രദർശനത്തിനായി ഞാൻ Glycine(Gly) -Valine(Val) -Proline(Pro) and Cystine(Cys) . (സിസ്)' എന്നീ ക്രമം തെരഞ്ഞെടുക്കും.
09:45	Sequence ടെക്സ്റ്റ് ബോക്സിൽ സെലക്ഷന്റെ ക്രമം പ്രത്യക്ഷപ്പെടുന്നു.
09:50	' Insert Peptide 'ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
09:53	Insert Peptide ഡയലോഗ് ബോക്സ് അടയ്ക്കുക.
09:57	Peptide 'പാനലിൽ' 'കാണപ്പെടുന്നു.
10:00	Peptide തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിന്.
10:07	താങ്കൾക്ക് ഇഷ്ടമുള്ള amino acids തിരഞ്ഞെടുക്കാം Peptide ക്രമം നിർമ്മിക്കാം.
10:13	നമുക്ക് ചുരുക്കാം.
10:15	ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിച്ചത്:
10:18	'ഡാറ്റാബേസിൽ നിന്ന് ഇറക്കുമതി ചെയ്യുന്ന മോളികൂളുകൾ,
10:21	തിരിക്കുക, സൂം ഇൻ ചെയ്യുക, സൂം ഔട്ട് ചെയ്യുക,
10:24	പാനലിലെ തന്മാത്രകൾ നിർമ്മിക്കുക,
10:26	force force field ഉം geometry optimize ചെയ്യുക,
10:30	ബോണ്ട് ലെങ്ത് , ബോണ്ട് ആംഗിള്സ് , ഡായ് ഹായ്ഡ്രൽ ആംഗിള്സ്,അളക്കുക
10:35	ഫ്രാഗ്മെന്റ് ലൈബ്രറി കണക്കാക്കുക ,
10:37	DNA മോളികൂസും ' Peptides ബിൽഡ് ചെയുക
10:41	അസൈൻമെൻറ് - താഴെ കൊടുത്തിരിക്കുന്ന അമിനോ ആസിഡ് റെസിഡ്യൂ ഉപയോഗിച്ചു് ഒരുprotein sequence' ഉണ്ടാക്കുക
10:49	'UFF' ഫോഴ്സ് ഫീൽഡ് ഉപയോഗിച്ച് ജിയോമെട്രിയിൽ ഒപ്റ്റിമൈസുചെയ്യുക.
10:53	' .cml 'ഫയൽ ആയി ഇമേജസ് സേവ് ചെയുക
10:58	Nueclic Acids AUGC സീക്വൻസ് ഉപയോഗിച്ച് RNA ഉണ്ടാക്കുക
11:04	'MMFF94' ഫോഴ്‌സ് ഫീൽഡ് ഉപയോഗിച്ച് ജിയോമെട്രി ഒപ്ടിമൈസ് ചെയ്യുക.
11:10	' '. Cml' ഫയൽ. ആയി ഇമേജസ് സേവ് ചെയുക
11:14	ഈ 'വീഡിയോ' സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് സംഗ്രഹിക്കുന്നു.
11:18	നിങ്ങൾക്ക് നല്ല 'ബാൻഡ്വിഡ്ത്' ഇല്ലെങ്കിൽ, നിങ്ങൾക്ക് 'ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത്' കാണാൻ കഴിയും.
11:23	'സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ' 'ഉപയോഗിച്ച് ഞങ്ങൾ വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുകയും സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകുകയും ചെയ്യുന്നു. ഞങ്ങളെ ബന്ധപ്പെടുക.
11:30	സ്പോട്ട് ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റ്, എൻഎംഇഐടി, എംഎച്ച്ആർഡി ഗവൺമെന്റ് ഓഫ് ഇന്ത്യ.
11:36	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ വിജി നായർ എന്നിവർ സംഭാവന ചെയ്യുന്നു. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി.

Contributors and Content Editors

Vijinair