CellDesigner/C3/Build-and-Modify-Process-Diagram/Bengali
From Script | Spoken-Tutorial
Title of the Script: Build and Modify Process Diagram
Author: Bella Tony
Keywords: Process Diagram, Macros, Alanine Biosythesis, Generic Protein, Aminotransferase
Time | Narration |
00:01 | CellDesigner এ Build and Modify Process Diagram এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
00:08 | এখানে আমরা শিখব: Macros এর ব্যবহার, কম্পোনেন্ট ড্র এরিয়াতে সরানো, স্পিসিসের চারপাশে রিঅ্যাকশন লাইন যোগ করা। |
00:18 | রিঅ্যাকশন লাইন এলাইন এবং প্রসারিত করা, একটি প্রোডাক্ট এবং রিঅ্যাকটেন্ট যোগ করা। |
00:23 | এই টিউটোরিয়ালের জন্য, উবুন্টু লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেম 14.04, CellDesigner সংস্করণ 4.3, Java সংস্করণ 1.7 ব্যবহার করছি। |
00:35 | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, শিক্ষার্থীদের স্নাতক স্তরের Biochemistry এবং CellDesigner ইন্টারফেস সম্পর্কে জানা উচিত। |
00:43 | না হলে, প্রাসঙ্গিক CellDesigner টিউটোরিয়ালের জন্য, Spoken Tutorial ওয়েবসাইটে যান। |
00:51 | এখন শুরু করি। |
00:53 | আপনি এখানে Alanine Biosynthesis এর একটি প্রচলিত ডায়াগ্রাম দেখেন। |
00:58 | এই প্রসেস ডায়াগ্রাম বানাতে CellDesigner ব্যবহার করব। |
01:02 | Ctrl + Alt + T কী একসাথে টিপে টার্মিনাল খুলুন। |
01:09 | এখন ./runCellDesigner4.3 লিখুন এবং এন্টার টিপুন। |
01:20 | আপনার টার্মিনালে CellDesigner উইন্ডোটি খুলেছে। |
01:24 | CTRL + N টিপে একটি নতুন ফাইল খুলুন এবং এটিকে Build and Modify Process Diagram নাম দিন। |
01:34 | প্রস্থ এবং উচ্চতা ডিফল্ট রাখুন এবং OK বোতামে ক্লিক করুন। |
01:39 | এখন Macros সম্পর্কে শিখি। |
01:42 | Macros প্রায়ই ব্যবহার করা Components সেট, যা সহজে ডায়াগ্রাম বানাতে সাহায্য করে। |
01:47 | টুলবারে, Catalysis এর জন্য Macros আইকনে ক্লিক করুন তারপর ড্র এরিয়াতে ক্লিক করুন। |
01:57 | এখন ড্র এরিয়াতে Macros-Catalysis reaction রয়েছে। |
02:02 | সকল কম্পোনেন্ট ড্র এরিয়ার অপর প্রান্তে সরানো শিখি। |
02:08 | তাই Edit মেনুতে এবং তারপর Select All এ ক্লিক করুন। |
02:16 | এছাড়া আপনি Ctrl + A কী প্রয়োগ করতে পারেন। |
02:21 | এখন সকল কম্পোনেন্ট লক্ষণীয় রয়েছে। |
02:24 | এখন লক্ষণীয় কম্পোনেন্টের কোথাও ক্লিক করুন এবং তাদের পছন্দসই স্থানে সরান। |
02:30 | এখন এগোই। |
02:32 | লক্ষণীয় করা কম্পোনেন্ট অচিহ্নিত করতে ড্র এরিয়াতে যে কোনো স্থানে ক্লিক করুন। |
02:37 | আবার ড্র এরিয়াতে, Generic Protein S1 এ ডান ক্লিক করুন। |
02:43 | তারপর Change Identity বিকল্পে ক্লিক করুন। |
02:47 | class বাক্সে, Protein কে Simple Molecule এ বদলান। |
02:53 | Name এ: 2-keto-isovalerate লিখুন |
02:58 | এবং তারপর Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
03:02 | The Same Species Exists ডায়ালগ বাক্সে No তে ক্লিক করুন। |
03:10 | তবে স্পিসিসের সকল কম্পোনেন্টে এই পরিবর্তন করতে চাইলে Yes এ ক্লিক করুন। এখানে No ক্লিক করব। |
03:20 | দেখুন Generic Protein S1, এখন 2-keto-isovalerate নামে simple molecule হয়েছে। |
03:30 | আমি নাম অন্তর্ভুক্ত করতে অণু টেনে আনবো। |
03:34 | end-point এর কেন্দ্রে Generic protein-S1 এ ডান ক্লিক করুন যা একটি প্রোডাক্ট। |
03:42 | Change identity কে Simple Molecule করুন এবং এটিকে Valine নাম দিন। |
03:50 | Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
03:52 | আপনার ড্র এরিয়াতে Valine রয়েছে। |
03:36 | তারপর, অনুঘটক S2 এর নাম বদলান। এতে ডান ক্লিক করুন এবং Edit Protein চয়ন করুন। |
04:06 | name এ, Aminotransferase লিখুন। |
04:11 | Update এ ক্লিক করুন এবং ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন। |
04:16 | নাম অন্তর্ভুক্ত করতে অণুর প্রান্ত ড্রেগ করুন। |
04:21 | তারপর, লিঙ্ক করা রিঅ্যাকশননের স্থিতি বদলাই। |
04:25 | end-point species অর্থাৎ Valine এর কেন্দ্রে ক্লিক করুন এবং পছন্দসই স্থানে ড্র্যাগ এবং ড্রপ করুন। |
04:33 | Aminotransferase এর সাথে এটি পুনরাবৃত্তি করুন। |
04:37 | লক্ষ্য করুন end-point Species যেদিকে যায় লিঙ্ক করা রিঅ্যাকশন তা অনুসরণ করে। |
04:44 | এখন reaction line কে species এর আশেপাশে জোড়া শিখব। |
04:49 | Reaction line কে Species এর আশেপাশে 16 টি সংযোগ বিন্দুতে যার কারোর সাথে যুক্ত করা যাবে। |
04:56 | আমি আপনাকে এটি করা দেখাবো। |
04:59 | CTRL + N টিপে একটি নতুন উইন্ডো খুলুন। |
05:04 | ফাইলটিকে Connection points নাম দিন। |
05:08 | প্রস্থ এবং উচ্চতা ডিফল্ট রাখুন এবং Ok বোতামে ক্লিক করুন। |
05:14 | ড্র এরিয়াতে, দুটি generic proteins আঁকুন এবং তাদের Protein 1 এবং Protein 2 নাম দিন। |
05:23 | মেন মেনুতে, State Transition আইকনে ক্লিক করুন। |
05:28 | তারপর, ড্র এরিয়াতে, মাউসকে start-point Species, Protein 1 এ ঘোরান। |
05:36 | লক্ষ্য করুন সকল 16 টি সংযোগ বিন্দু ধূসর রঙে লক্ষণীয় হয়। |
05:42 | উল্লেখ্য যখন কার্সারটি এর কোনো একটি সংযোগ বিন্দুতে যায়, এটি নীল রঙে বদলাবে। |
05:49 | একটি সংযোগ বিন্দুতে ক্লিক করুন। |
05:53 | একইভাবে মাউসকে end-point Species অর্থাৎ Protein 2 তে ঘোরান। |
06:00 | আবার, উপরোক্ত বর্ণন অনুযায়ী, আবশ্যক সংযোগ বিন্দুতে ক্লিক করুন। |
06:05 | চয়নিত সংযোগ বিন্দুর মাঝে একটি State Transition রিঅ্যাকশন লাইন গঠিত হয়েছে। |
06:12 | এরপর, আমরা Reaction line সারিবদ্ধ করব। |
06:16 | Protein 1 এবং Protein 2 এর মাঝে State transition reaction line এ ক্লিক করুন। |
06:21 | উল্লেখ্য যে reaction line এ 2 process nodes লক্ষণীয় হয়। |
06:27 | আমরা মাউস 2 process nodes এর মধ্যে কোনোটিতে ঘোরালে, একটি plus চিহ্ন দেখায়। |
06:34 | process nodes এর মধ্যে একটিতে ক্লিক করুন। |
06:37 | এখন পয়েন্টার ড্রেগ করুন এবং পছন্দসই connection point এ রাখুন। |
06:43 | লক্ষণীয় করা কম্পোনেন্ট আনচেক করতে ড্র এরিয়াতে যে কোনো স্থানে ক্লিক করুন। |
06:49 | reaction line বাড়াতে বা প্রসারিত করতে, প্রথমে এতে ক্লিক করুন। |
06:54 | এখন start-point বা end-point Species এ স্থিত process nodes এর যে কোনো একটিতে ক্লিক করুন। |
07:01 | reaction line প্রসারিত করতে মাউস পছন্দসই কনেকশন পয়েন্ট পর্যন্ত ড্রেগ করুন। |
07:07 | এখানে থেকে, প্রসেস ডায়াগ্রামের সাথে এগোই। |
07:12 | Build and Modify Process Diagram তে ফিরে আসি। |
07:16 | বিদ্যমান রিঅ্যাকশনে, একটি Reactant এবং একটি Product জুড়ুন। |
07:21 | টুলবার থেকে, 2 simple molecules এ ক্লিক করে ড্র এরিয়াতে রাখুন। |
07:27 | তাদের Glutamate এবং 2-Oxoglutarate নাম দিন। |
07:36 | তাদের ড্রেগ করুন তারপর Simple molecules: 2-keto-isovalerate এবং Valine এর কাছে রাখুন। |
07:44 | আগের বর্ণন অনুযায়ী, কম্পোনেন্টকে ড্র এরিয়াতে সারিবদ্ধ করি। |
07:49 | পূর্বে করা বর্ণন থেকে, আমি এখন কম্পোনেন্ট সারিবদ্ধ করেছি। |
07:55 | টুলবারে Add Product আইকনে ক্লিক করুন। |
08:00 | এখন মাউস State Transition রিঅ্যাকশন 2-keto-isovalerate এবং Valine এর মাঝে ঘোরান। |
08:07 | লক্ষণীয় করা process node এ ক্লিক করুন। |
08:10 | এরপর, মাউস 2-Oxoglutarate এ ঘোরান। |
08:17 | লক্ষণীয় করা 16 process nodes এর যে কোনো একটিতে ক্লিক করুন। |
08:21 | লক্ষ্য করুন, State Transition এবং 2-Oxoglutarate এর মাঝে একটি reaction line দেখায়। |
08:29 | একইভাবে Add Reactant আইকনে ক্লিক করুন। |
08:34 | মাউস Glutamate এ রেখে লক্ষণীয় হওয়া 16 process nodes থেকে একটিতে ক্লিক করুন। |
08:40 | তারপর, মাউস State Transition রিঅ্যাকশনে ঘোরান এবং process node এ ক্লিক করুন। |
08:49 | দেখুন যে State Transition এবং Glutamate এর মাঝে একটি reaction line দেখায়। |
08:55 | এরপর Reactant এবং Product সহ একটি সম্পূর্ণ Catalysis রিঅ্যাকশন রয়েছে। |
09:01 | আমি প্রসেস ডায়াগ্রামের অন্যান্য কম্পোনেন্ট সমাযোজিত করতে reaction সারিবদ্ধ করব। |
09:09 | টুলবার থেকে State Transition, Simple Molecule, Generic Protein এবং Catalysis আইকন ব্যবহার করুন। |
09:18 | এটি সম্পূর্ণ প্রসেস ডায়াগ্রাম। |
09:22 | এটি সঠিকভাবে দেখতে, মেন মেনু বারে View তে যান এবং Zoom Fit এ ক্লিক করুন। |
09:32 | এখন আপনি সম্পূর্ণ Process Diagram দেখেন। |
09:36 | সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা শিখেছি Macros এর ব্যবহার। |
09:42 | কম্পোনেন্ট ড্র এরিয়াতে সরানো, স্পিসিসের চারপাশে রিঅ্যাকশন লাইন যোগ করা। |
09:48 | রিঅ্যাকশন লাইন এলাইন এবং প্রসারিত করা, একটি Product এবং Reactant যোগ করা। |
09:54 | অনুশীলনী হিসাবে: CellDesigner টুলস দ্বারা Methionine Biosynthesis এর জন্য একটি প্রসেস ডায়াগ্রাম বানান, GTP / GD এর জন্য Macros অন্বেষণ করুন, একটি Curve রিঅ্যাকশন লাইন বানানো সম্পর্কে খোঁজ করুন। |
10:11 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প সম্পর্কে- |
10:14 | প্রদত্ত লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন, এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। |
10:19 | ভালো ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
09:24 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে। |
09:29 | অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। |
10:34 | অধিক জানতে contact@spoken-tutorial.org তে লিখুন। |
10:40 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প Talk to a Teacher প্রকল্পের অংশবিশেষ। এটি ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত। এই মিশন সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য: http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro |
10:54 | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। |