CellDesigner/C3/Build-and-Modify-Process-Diagram/Bengali

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search

Title of the Script: Build and Modify Process Diagram

Author: Bella Tony

Keywords: Process Diagram, Macros, Alanine Biosythesis, Generic Protein, Aminotransferase

Time Narration
00:01 CellDesigner এ Build and Modify Process Diagram এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:08 এখানে আমরা শিখব: Macros এর ব্যবহার, কম্পোনেন্ট ড্র এরিয়াতে সরানো, স্পিসিসের চারপাশে রিঅ্যাকশন লাইন যোগ করা।
00:18 রিঅ্যাকশন লাইন এলাইন এবং প্রসারিত করা, একটি প্রোডাক্ট এবং রিঅ্যাকটেন্ট যোগ করা।
00:23 এই টিউটোরিয়ালের জন্য, উবুন্টু লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেম 14.04, CellDesigner সংস্করণ 4.3, Java সংস্করণ 1.7 ব্যবহার করছি।
00:35 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, শিক্ষার্থীদের স্নাতক স্তরের Biochemistry এবং CellDesigner ইন্টারফেস সম্পর্কে জানা উচিত।
00:43 না হলে, প্রাসঙ্গিক CellDesigner টিউটোরিয়ালের জন্য, Spoken Tutorial ওয়েবসাইটে যান।
00:51 এখন শুরু করি।
00:53 আপনি এখানে Alanine Biosynthesis এর একটি প্রচলিত ডায়াগ্রাম দেখেন।
00:58 এই প্রসেস ডায়াগ্রাম বানাতে CellDesigner ব্যবহার করব।
01:02 Ctrl + Alt + T কী একসাথে টিপে টার্মিনাল খুলুন।
01:09 এখন ./runCellDesigner4.3 লিখুন এবং এন্টার টিপুন।
01:20 আপনার টার্মিনালে CellDesigner উইন্ডোটি খুলেছে।
01:24 CTRL + N টিপে একটি নতুন ফাইল খুলুন এবং এটিকে Build and Modify Process Diagram নাম দিন।
01:34 প্রস্থ এবং উচ্চতা ডিফল্ট রাখুন এবং OK বোতামে ক্লিক করুন।
01:39 এখন Macros সম্পর্কে শিখি।
01:42 Macros প্রায়ই ব্যবহার করা Components সেট, যা সহজে ডায়াগ্রাম বানাতে সাহায্য করে।
01:47 টুলবারে, Catalysis এর জন্য Macros আইকনে ক্লিক করুন তারপর ড্র এরিয়াতে ক্লিক করুন।
01:57 এখন ড্র এরিয়াতে Macros-Catalysis reaction রয়েছে।
02:02 সকল কম্পোনেন্ট ড্র এরিয়ার অপর প্রান্তে সরানো শিখি।
02:08 তাই Edit মেনুতে এবং তারপর Select All এ ক্লিক করুন।
02:16 এছাড়া আপনি Ctrl + A কী প্রয়োগ করতে পারেন।
02:21 এখন সকল কম্পোনেন্ট লক্ষণীয় রয়েছে।
02:24 এখন লক্ষণীয় কম্পোনেন্টের কোথাও ক্লিক করুন এবং তাদের পছন্দসই স্থানে সরান।
02:30 এখন এগোই।
02:32 লক্ষণীয় করা কম্পোনেন্ট অচিহ্নিত করতে ড্র এরিয়াতে যে কোনো স্থানে ক্লিক করুন।
02:37 আবার ড্র এরিয়াতে, Generic Protein S1 এ ডান ক্লিক করুন।
02:43 তারপর Change Identity বিকল্পে ক্লিক করুন।
02:47 class বাক্সে, Protein কে Simple Molecule এ বদলান।
02:53 Name এ: 2-keto-isovalerate লিখুন
02:58 এবং তারপর Apply বোতামে ক্লিক করুন।
03:02 The Same Species Exists ডায়ালগ বাক্সে No তে ক্লিক করুন।
03:10 তবে স্পিসিসের সকল কম্পোনেন্টে এই পরিবর্তন করতে চাইলে Yes এ ক্লিক করুন। এখানে No ক্লিক করব।
03:20 দেখুন Generic Protein S1, এখন 2-keto-isovalerate নামে simple molecule হয়েছে।
03:30 আমি নাম অন্তর্ভুক্ত করতে অণু টেনে আনবো।
03:34 end-point এর কেন্দ্রে Generic protein-S1 এ ডান ক্লিক করুন যা একটি প্রোডাক্ট।
03:42 Change identity কে Simple Molecule করুন এবং এটিকে Valine নাম দিন।
03:50 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
03:52 আপনার ড্র এরিয়াতে Valine রয়েছে।
03:36 তারপর, অনুঘটক S2 এর নাম বদলান। এতে ডান ক্লিক করুন এবং Edit Protein চয়ন করুন।
04:06 name এ, Aminotransferase লিখুন।
04:11 Update এ ক্লিক করুন এবং ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
04:16 নাম অন্তর্ভুক্ত করতে অণুর প্রান্ত ড্রেগ করুন।
04:21 তারপর, লিঙ্ক করা রিঅ্যাকশননের স্থিতি বদলাই।
04:25 end-point species অর্থাৎ Valine এর কেন্দ্রে ক্লিক করুন এবং পছন্দসই স্থানে ড্র্যাগ এবং ড্রপ করুন।
04:33 Aminotransferase এর সাথে এটি পুনরাবৃত্তি করুন।
04:37 লক্ষ্য করুন end-point Species যেদিকে যায় লিঙ্ক করা রিঅ্যাকশন তা অনুসরণ করে।
04:44 এখন reaction line কে species এর আশেপাশে জোড়া শিখব।
04:49 Reaction line কে Species এর আশেপাশে 16 টি সংযোগ বিন্দুতে যার কারোর সাথে যুক্ত করা যাবে।
04:56 আমি আপনাকে এটি করা দেখাবো।
04:59 CTRL + N টিপে একটি নতুন উইন্ডো খুলুন।
05:04 ফাইলটিকে Connection points নাম দিন।
05:08 প্রস্থ এবং উচ্চতা ডিফল্ট রাখুন এবং Ok বোতামে ক্লিক করুন।
05:14 ড্র এরিয়াতে, দুটি generic proteins আঁকুন এবং তাদের Protein 1 এবং Protein 2 নাম দিন।
05:23 মেন মেনুতে, State Transition আইকনে ক্লিক করুন।
05:28 তারপর, ড্র এরিয়াতে, মাউসকে start-point Species, Protein 1 এ ঘোরান।
05:36 লক্ষ্য করুন সকল 16 টি সংযোগ বিন্দু ধূসর রঙে লক্ষণীয় হয়।
05:42 উল্লেখ্য যখন কার্সারটি এর কোনো একটি সংযোগ বিন্দুতে যায়, এটি নীল রঙে বদলাবে।
05:49 একটি সংযোগ বিন্দুতে ক্লিক করুন।
05:53 একইভাবে মাউসকে end-point Species অর্থাৎ Protein 2 তে ঘোরান।
06:00 আবার, উপরোক্ত বর্ণন অনুযায়ী, আবশ্যক সংযোগ বিন্দুতে ক্লিক করুন।
06:05 চয়নিত সংযোগ বিন্দুর মাঝে একটি State Transition রিঅ্যাকশন লাইন গঠিত হয়েছে।
06:12 এরপর, আমরা Reaction line সারিবদ্ধ করব।
06:16 Protein 1 এবং Protein 2 এর মাঝে State transition reaction line এ ক্লিক করুন।
06:21 উল্লেখ্য যে reaction line এ 2 process nodes লক্ষণীয় হয়।
06:27 আমরা মাউস 2 process nodes এর মধ্যে কোনোটিতে ঘোরালে, একটি plus চিহ্ন দেখায়।
06:34 process nodes এর মধ্যে একটিতে ক্লিক করুন।
06:37 এখন পয়েন্টার ড্রেগ করুন এবং পছন্দসই connection point এ রাখুন।
06:43 লক্ষণীয় করা কম্পোনেন্ট আনচেক করতে ড্র এরিয়াতে যে কোনো স্থানে ক্লিক করুন।
06:49 reaction line বাড়াতে বা প্রসারিত করতে, প্রথমে এতে ক্লিক করুন।
06:54 এখন start-point বা end-point Species এ স্থিত process nodes এর যে কোনো একটিতে ক্লিক করুন।
07:01 reaction line প্রসারিত করতে মাউস পছন্দসই কনেকশন পয়েন্ট পর্যন্ত ড্রেগ করুন।
07:07 এখানে থেকে, প্রসেস ডায়াগ্রামের সাথে এগোই।
07:12 Build and Modify Process Diagram তে ফিরে আসি।
07:16 বিদ্যমান রিঅ্যাকশনে, একটি Reactant এবং একটি Product জুড়ুন।
07:21 টুলবার থেকে, 2 simple molecules এ ক্লিক করে ড্র এরিয়াতে রাখুন।
07:27 তাদের Glutamate এবং 2-Oxoglutarate নাম দিন।
07:36 তাদের ড্রেগ করুন তারপর Simple molecules: 2-keto-isovalerate এবং Valine এর কাছে রাখুন।
07:44 আগের বর্ণন অনুযায়ী, কম্পোনেন্টকে ড্র এরিয়াতে সারিবদ্ধ করি।
07:49 পূর্বে করা বর্ণন থেকে, আমি এখন কম্পোনেন্ট সারিবদ্ধ করেছি।
07:55 টুলবারে Add Product আইকনে ক্লিক করুন।
08:00 এখন মাউস State Transition রিঅ্যাকশন 2-keto-isovalerate এবং Valine এর মাঝে ঘোরান।
08:07 লক্ষণীয় করা process node এ ক্লিক করুন।
08:10 এরপর, মাউস 2-Oxoglutarate এ ঘোরান।
08:17 লক্ষণীয় করা 16 process nodes এর যে কোনো একটিতে ক্লিক করুন।
08:21 লক্ষ্য করুন, State Transition এবং 2-Oxoglutarate এর মাঝে একটি reaction line দেখায়।
08:29 একইভাবে Add Reactant আইকনে ক্লিক করুন।
08:34 মাউস Glutamate এ রেখে লক্ষণীয় হওয়া 16 process nodes থেকে একটিতে ক্লিক করুন।
08:40 তারপর, মাউস State Transition রিঅ্যাকশনে ঘোরান এবং process node এ ক্লিক করুন।
08:49 দেখুন যে State Transition এবং Glutamate এর মাঝে একটি reaction line দেখায়।
08:55 এরপর Reactant এবং Product সহ একটি সম্পূর্ণ Catalysis রিঅ্যাকশন রয়েছে।
09:01 আমি প্রসেস ডায়াগ্রামের অন্যান্য কম্পোনেন্ট সমাযোজিত করতে reaction সারিবদ্ধ করব।
09:09 টুলবার থেকে State Transition, Simple Molecule, Generic Protein এবং Catalysis আইকন ব্যবহার করুন।
09:18 এটি সম্পূর্ণ প্রসেস ডায়াগ্রাম।
09:22 এটি সঠিকভাবে দেখতে, মেন মেনু বারে View তে যান এবং Zoom Fit এ ক্লিক করুন।
09:32 এখন আপনি সম্পূর্ণ Process Diagram দেখেন।
09:36 সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা শিখেছি Macros এর ব্যবহার।
09:42 কম্পোনেন্ট ড্র এরিয়াতে সরানো, স্পিসিসের চারপাশে রিঅ্যাকশন লাইন যোগ করা।
09:48 রিঅ্যাকশন লাইন এলাইন এবং প্রসারিত করা, একটি Product এবং Reactant যোগ করা।
09:54 অনুশীলনী হিসাবে: CellDesigner টুলস দ্বারা Methionine Biosynthesis এর জন্য একটি প্রসেস ডায়াগ্রাম বানান, GTP / GD এর জন্য Macros অন্বেষণ করুন, একটি Curve রিঅ্যাকশন লাইন বানানো সম্পর্কে খোঁজ করুন।
10:11 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প সম্পর্কে-
10:14 প্রদত্ত লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন, এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।
10:19 ভালো ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন।
09:24 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে।
09:29 অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
10:34 অধিক জানতে contact@spoken-tutorial.org তে লিখুন।
10:40 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প Talk to a Teacher প্রকল্পের অংশবিশেষ। এটি ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত। এই মিশন সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য: http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro
10:54 আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Satarupadutta