Biopython/C2/Blast/Sanskrit

Time	Narration
00:01	Biopython टूल्स् उपयुज्य, BLAST विषयके अस्मिन् अनुशिक्षणे भवद्भ्यः स्वागतम् ।
00:06	अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं “क्वैरि सीक्वेन्स्” निमित्तम् “बयो पैथन्” (Biopython) टूल् उपयुज्य "BLAST" (ब्लास्ट्) रन् कर्तुं ,
00:13	तथा अधिक-विश्लेषणार्थं BLAST औट्पुट् पार्स् कर्तुं पठामः ।
00:17	इदम् अनुशिक्षणम् अवगन्तुं भवद्भिः पदवीपूर्वकक्षायाः जीवरसायनशास्त्रम् अथवा बयो इन्फ़र्म्याटिक्स्
00:24	तथा बेसिक् Python (पैथन्) प्रोग्रामिंग् इत्येतेषां ज्ञानम् सम्पादनीयम् ।
00:27	पर्चन्यां दत्तं पैथन् अनुशिक्षणं पश्यन्तु ।
00:31	इदम् अनुशिक्षणं रेकार्ड् कर्तुम् , अहं Ubuntu OS इत्यस्य 14.10 तम-आवृत्तेः,
00:37	Python इत्यस्य 2.7.8 तम-आवृत्तेः,
00:41	Ipython interpreter इत्यस्य 2.3.0 तम-आवृत्तेः,
00:46	Biopython इत्यस्य 1.64 तम-आवृत्तेः तथा सक्रिय-अन्तर्जाल-सम्पर्कस्य च उपयोगं करोमि ।
00:52	'ब्लास्ट्' (BLAST), एतत् ‘बेसिक् लोकल् अलैन्मेंट् सर्च् टूल्’ इत्यस्य सङ्क्षिप्तं रूपम् ।
00:57	एतत् सिक्वेन्स् सम्बद्धां सूचनां दर्शयितुम् उपलभ्यमानं किञ्चन अल्गोरिदम् वर्तते।
01:02	एतत् प्रोग्राम्, “न्यूक्लियोटैड्” अथवा प्रोटीन् सीक्वेन्स् डेटाबेस् मध्ये विद्यमान-सीक्वेन्स् एतैः सह सादृश्यं कल्पयति । तथा कल्पितानां संख्याशास्त्रीयप्रामुख्यम् अनुजानाति ।
01:14	BLAST रन् कर्तुं द्वे विभिन्ने मार्गे स्तः ।
01:17	भवतां यन्त्रे लोकल् BLAST कुर्वन्तु अथवा NCBI सर्वर् द्वारा, अन्तर्जाले BLAST रन् कुर्वन्तु ।
01:24	बयोपैथन् मध्ये ब्लास्ट् रन् करणं द्विस्तरात्मकं भवति ।
01:28	प्रथमं, भवतां “क्वैरि सीक्वेन्स्” निमित्तम् BLAST रन् कृत्वा औट्पुट् प्राप्नुवन्तु ।
01:33	द्वितीयम्, अधिकविश्लेषणार्थं “ब्लास्ट्” औट्पुट् पार्स् कुर्वन्तु ।
01:38	वयं टर्मिनल् उद्घाट्य “न्यूक्लियोटैड् सीक्वेन्स्” निमित्तं ब्लास्ट् रन् कुर्मः ।
01:43	Ctrl, Alt तथा T कीलकानि एककाले नोदयित्वा टर्मिनल् उद्घाटयन्तु ।
01:48	प्राम्प्ट् मध्ये ipython इति टण्कनं कृत्वा Enter नुदन्तु ।
01:52	अस्मिन् अनुशिक्षणे NCBI BLAST सौलभ्यमुपयुज्य ब्लास्ट् इतीदम् अन्तर्जाले कथं रन् करणीयमिति अहं प्रदर्शयामि ।
02:01	प्राम्प्ट् मध्ये इत्थं टण्कनं कुर्वन्तु : from Bio.Blast Import NCBIWWW तथा Enter नुदन्तु ।
02:14	तदनन्तरं अन्तर्जाले BLAST रन् कर्तुं प्राम्प्ट् मध्ये इत्थं टण्कनं कुर्वन्तु : result = NCBIWWW.qblast ("blastn", "nt", "186429").
02:20	वयं NCBIWWW माड्यूल् मध्ये, qblast फङ्क्षन् उपयोगं कुर्मः ।
02:25	qblast फङ्क्षन्, त्रीणि आर्ग्यूमेण्ट्स् स्वीकरोति ।
02:29	प्रथमं आर्ग्युमेण्ट्, सर्च्-निमित्तम् उपयुज्यमानं blast इत्याख्यं प्रोग्राम् ।
02:33	द्वितीयम् – अन्विष्यमाणानि डेटाबेस् इत्येतानि सूचयति ।
02:38	तृतीयम् आर्ग्युमेण्ट् - ’क्वैरि सीक्वेन्स्’ अस्ति ।
02:43	क्वैरि सीक्वेन्स् निमित्तम् इन्पुट् GI (जिऐ) संख्या, अथवा 'FASTA' फैल् रूपेणापि भवितुमर्हति अथवा एतत् ’सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्’ अपि भवितुमर्हति ।
02:53	एतत् प्रदर्शनाय, एकं ’न्यूक्लियोटैड् सीक्वेन्स्’ निमित्तं अहं ’GI सङ्ख्या’याः उपयोगं करोमि ।
02:58	'GI सङ्ख्या ', 'इन्सुलिन्' इत्यस्य एकं ’न्यूक्लियोटैड् सीक्वेन्स्’ निमित्तम् अस्ति ।
03:03	qblast फङ्क्षन्, अनेकानि इतराणि चितानि आर्ग्युमेण्ट्स् अपि स्वीकरोति ।
03:09	एतानि आर्ग्युमेण्ट्स्, भवद्भिः BLAST जालपुटे युज्यमानानां विभिन्न-प्यारामीटर्स् इत्येतेषां सादृश्यं भजते।
03:15	qblast फङ्क्षन्, BLAST फलितांशान् xml फार्माट् मध्ये प्रत्यर्पयति ।
03:20	टर्मिनल् प्रति प्रत्यागच्छतु ।
03:22	अस्माभिः योग्यं ’ब्लास्ट्’ प्रोग्राम् उपयोगः करणीयः ।
03:25	एतत्, अस्माकं ’क्वैरि सीक्वेन्स्’, तथा ’न्यूक्लियोटैड्’ अस्ति वा अथवा ’प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ अस्ति वा इत्येतत् अवलम्बते ।
03:30	अस्माकं प्रश्नः ’न्यूक्लियोटैड्’ इत्यतः वयं blastn प्रोग्राम् उपयोगं कुर्मः, "nt" इत्येतत्, nucleotide डेटाबेस् सूचयति ।
03:39	एतस्य विषये विवरणानि NCBI BLAST जालपुटे उपलभ्यन्ते ।
03:45	’ब्लास्ट्’ औट्पुट् result इत्याख्ये वेरियेबल् मध्ये xml फ़ैल्-रूपेण स्टोर् कृतम् अस्ति ।
03:51	Enter नुदन्तु ।
03:53	भवताम् अन्तर्जालवेगमवलम्ब्य BLAST सर्च् समापयितुं केचन निमेषाः आवश्यकाः ।
03:59	इतोऽपि परिष्कारात् पूर्वं xml फ़ैल् डिस्क् मध्ये सेव् करणं मुख्यम् ।
04:05	xml फ़ैल् रक्षितुं अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टैप् कुर्वन्तु ।
04:09	कोड् इत्यस्य एतानि वाक्यानि, अन्वेषणस्य फलितांशान् blast.xml इति, home फ़ोल्डर् मध्ये सेव् करोति ।
04:18	भवतां home फ़ोल्डर् गच्छन्तु, फैल् अभिजानन्तु ।
04:21	फैल् उपरि क्लिक् कृत्वा तत्र विद्यमानं परीक्षन्ताम् ।
04:30	भवन्तः एकं FASTA फ़ैल् क्वैरि इव उपयोगं कर्तुम् इच्छन्ति चेत्, एतत् टेक्स्ट् फ़ैल् मध्ये दर्शितं कोड् उपयोगं कुर्वन्तु ।
04:36	एकम् FASTA फ़ैल्-तः ’सीक्वेन्स् रेकार्ड् अब्जेक्ट्’, क्वैरि इव उपयोक्तुम् इच्छन्ति चेत्, तन्निमित्तं कोड् अत्र अस्ति ।
04:42	टर्मिनल् प्रति आगच्छन्तु ।
04:44	डेटा बहिरानेतुं ’फैल्’ पार्स्-करणम् अग्रिमं सोपानम् ।
04:48	इन्पुट् निमित्तं xml फैल् उद्घाटनं पार्सिंग् इत्यस्य प्रथमं सोपानम् ।
04:53	प्राम्प्ट्-मध्ये, अधोभागे निर्दिष्टं टङ्कयित्वा Enter नुदन्तु ।
04:57	तदनन्तरम्, NCBIXML इति माड्यूल् "Bio.Blast" प्याकेज् तः इम्पोर्ट् कुर्वन्तु ।
05:05	Enter की नुदन्तु ।
05:07	’ब्लास्ट्’ औट्पुट् पार्स् कर्तुं अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टण्कयन्तु ।
05:11	ब्लास्ट् औट्पुट् तः भवन्तः एक्स्ट्राक्ट् कर्तुम् इच्छन्तः सर्वान् अंशान् 'BLAST’ रेकार्ड् वहति ।
05:18	अस्माकं ब्लास्ट् रिपोर्ट् मध्ये, किञ्चन निर्दिष्टपरिमाणात् अधिकं विद्यमान hit अधिकृत्य कांश्चन अंशान् वयं प्रिण्ट् कुर्मः ।
05:27	अधोनिर्दिष्टं कोड् टण्कयन्तु ।
05:30	एकं मेच् महत्त्वभूतं स्यात् चेत् तदर्थं, निरीक्षितं 'स्कोर्', 0.01 तः न्यूनं भवितव्यम् ।
05:37	एकैकं hsp इत्युक्ते, 'है स्कोरिंग् पेर्' निमित्तं वयं title, length, hsp score, gaps expect value च प्राप्नुमः ।
05:49	क्वैरियुक्त-स्ट्रिङ्ग्स्, अलैन्-कृतं डेटाबेस् सीक्वेन्स्, म्याच् तथा मिस्-म्याच् स्थानसूचकानि स्ट्रिङ्ग्स् अपि वयं प्रिंट् करिष्यामः ।
06:02	औट्पुट् प्राप्तुं Enter की द्विवारं नुदन्तु ।
06:05	औट्पुट् पश्यतु ।
06:09	प्रत्येकं योजनेषु, वयं length, score, gaps, evalue तथा strings एतानि प्राप्तवन्तः ।
06:16	Bio.Blast प्याकेज् मध्ये उपलब्धानि अन्यानि फङ्क्षन्स् उपयुज्य भवद्भिः अपेक्षिताः अंशाः प्राप्तुं शक्याः ।
06:24	वयं अस्य अनुशिक्षणस्य अन्ते स्मः ।
06:26	सङ्क्षेपेण,अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं GI संख्यामुपयुज्य ‘न्यूक्लियोटैड् सीक्वेन्स् क्वैरि’ निमित्तम् ब्लास्ट् रन् कर्तुं,
06:36	तथा Bio.Blast.Record माड्यूल् उपयुज्य BLAST औट्पुट् पार्स् कर्तुं पठितवन्तः ।
06:43	गृहकार्यम् – भवद्भिः चितस्य एकस्य ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ निमित्तम् BLAST Search रन् कुर्वन्तु ।
06:50	औट्पुट् सञ्चिकां सेव् कृत्वा तस्यां वर्तमानान् डेटा पार्स् कुर्वन्तु ।
06:55	अस्यां सञ्चिकायां यथा दर्शितं तद्वत् भवद्भिः समापितं गृहकार्यं अधोनिर्दिष्ट-कोड् वाक्ययुक्तं भवेत् ।
07:01	कोड् अवलोकयन्तु । अस्माकं क्वैरि प्रोटीन् सिक्वेन्स् इत्यतः अस्माभिः BLAST सर्च् निमित्तं blastp प्रोग्राम् तथा "nr" नाम नान्-रिडण्डण्ट् प्रोटीन् डेटाबेस् उपयुक्तम् ।
07:16	अस्यां पर्चन्यां वर्तमानं वीडियो स्पोकन् ट्युटोरियल् योजनां विवृणोति ।
07:20	कृपया एतत् डौन्लोड् कृत्वा पश्यतु ।
07:22	स्पोकन् ट्युटोरियल् प्राजेक्ट् गणः कार्यशालाः सञ्चालयति तथा आन्लैन् परीक्षाः अपि चालयति । उत्तीर्णेभ्यः प्रमाणपत्रं च यच्छति ।
07:30	अधिकविवरणार्थम् अस्माकं सम्पर्कं कुर्वन्तु ।
07:33	स्पोकन् ट्युटोरियल् योजना राष्ट्रियसाक्षरतामिषन् ICT, MHRD द्वारा भारतसर्वकारस्य सहयोगं प्राप्तवती अस्ति ।
07:40	अस्याः योजनायाः विषये अधिकं विवरणम् अत्र पर्चन्याम् उपलभ्यते ।
07:45	अस्य अनुशिक्षणस्य अनुवादकः डा. उदयन हेगडे, प्रवाचकश्च नवीनभट्टः, उप्पिनपट्टनम् । धन्यवादाः ।

Contributors and Content Editors

NaveenBhat, Sandhya.np14, Udayana