Biopython/C2/Blast/Assamese

From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 11:14, 3 April 2019 by Mousumi (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Time
Narration
00:01 Biopython টুল্স ব্যবহাৰ কৰা BLAST এই টিউটোৰিয়েলত আপোনাক  স্বাগতম।
00:06 ইয়াতে Biopython টুল্স ব্যবহাৰ কৰি query sequence এৰ বাবে BLAST ৰান কৰা শিকিম।
00:13 আৰু আৰো বিশ্লেষণৰ বাবে BLAST আউটপুটক parse কৰা।
00:17 টিউটোৰিয়েলটো অনুসৰণ কৰিবলৈ অস্নাতকৰ বায়োকেমিস্ট্ৰ বা বায়োইনফৰমেটিক্স
00:24 আৰু মৌলিক Python প্ৰোগ্ৰামিং সম্পর্কে জানোব লাগিব।
00:27 প্ৰদত্ত লিঙ্কত Python টিউটোৰিয়েল চাওক।
00:31 টিউটোৰিয়েলটো ৰেকর্ড কৰিবলৈ ব্যবহাৰ কৰিছো: উবুন্টু OS সংস্কৰণ 14.10
00:37 Python সংস্কৰণ 2.7.8
00:41 Ipython interpretor সংস্কৰণ 2.3.0
00:46 Biopython সংস্কৰণ 1.64 আৰু এটা কার্যকৰ ইন্টাৰনেট সংযোগ।
00:52 BLAST এৰ মানে হৈছে Basic Local Alignment Search Tool.
00:57 এইটো ক্ৰমৰ তথ্য তুলনা কৰাৰ এটা এলগৰিদম।
01:02 প্ৰোগ্ৰামে ডেটাবেসত ক্ৰমৰ তুলনা nucleotide বা protein ক্ৰমৰ সৈতে কৰে আৰু মিলবোৰৰ পৰিসংখ্যানৰ গুৰুত্ব গণনা কৰে।
01:14 BLAST ৰান কৰাৰ দুটা ভিন্ন উপায় আছে:
01:17 আপোনাৰ মেশিনত লোকেল BLAST বা NCBI সার্ভাৰ দ্বাৰা ইন্টাৰনেটত BLAST ৰান কৰা।
01:24 Biopython ত BLAST ৰান কৰাৰ দুটা ধাপ আছে।
01:28 প্ৰথমত, ক্যোয়েৰী ক্ৰমৰ বাবে BLAST ৰান কৰক আৰু কিছু আউটপুট পাব।
01:33 দ্বিতীয় হেছে, আৰো বিশ্লেষণৰ বাবে BLAST আউটপুটক parse কৰক।
01:38 মই টার্মিনেল খুলি নিউক্লিওটাইড ক্ৰমৰ বাবে BLAST ৰান কৰিম।
01:43 Ctrl, Alt আৰু T কী একসৈতে টিপি টার্মিনেল খুলক।
01:48 প্ৰম্পটত লিখক: ipython আৰু এন্টাৰ টিপক।
01:52 এই টিউটোৰিয়েলত NCBI BLAST সার্ভিস ব্যবহাৰ কৰি ইন্টাৰনেটত BLAST ৰান কৰা দেখোৱাম।
02:01 প্ৰম্পটত নিম্ন লিখক: from Bio.Blast Import NCBIWWW, Enter টিপক।
02:14 ইয়াৰ পিছত ইন্টাৰনেটত BLAST ৰান কৰিবলৈ প্ৰম্পটত নিম্ন লিখক।
02:20 NCBIWWW মডিউলত qblast function ফাংশন ব্যবহাৰ কৰিম।
02:25 qblast ফাংশনে তিনটা আর্গুমেন্ট লয়:
02:29 প্ৰথম আর্গুমেন্ট হৈছে blast program যি বিছৰাত ব্যবহৃত হয়।
02:33 দ্বিতীয়ত, সেই ডেটাবেসক নির্দিষ্ট কৰা, যি বিৰুদ্ধে খোঁজা হৈছে।
02:38 তৃতীয় আর্গুমেন্ট হল query sequence.
02:43 ক্যোয়েৰি ক্ৰমৰ বাবে ইনপুট GI নম্বৰ বা FASTA ফাইলৰ আকাৰত হব পাৰে। বা এইটো sequence record object ও হব পাৰে।
02:53 এইটোক দেখাবলৈ, মই nucleotide sequence এৰ বাবে GI নম্বৰ ব্যবহাৰ কৰিছো।
02:58 GI নম্বৰ হৈছে insulin এৰ nucleotide sequence এৰ বাবে।
03:03 qblast ফাংশনে অন্য বিকল্প আর্গুমেন্টও লয়।
03:09 এই আর্গুমেন্টবোৰ বিভিন্ন পেৰামিটাৰৰ সমান যাক BLAST ৱেব পেজত সেট কৰিব পাৰে।
03:15 qblast ফাংশনে xml ফৰম্যাটত BLAST ফলাফল ৰিটার্ন কৰিব।
03:20 টার্মিনেলত উভতি যাওক।
03:22 query sequence, nucleotide নে protein sequence হয়, ইয়াৰ উপৰত ভিত্তি কৰি উপযুক্ত Blast প্ৰোগ্ৰাম ব্যবহাৰ কৰিব লাগিব।
03:30 যিহেতু আমাৰ কোয়েৰি হল nucleotide, মই blastn প্ৰোগ্ৰাম ব্যবহাৰ কৰিম আৰু nt, nucleotide ডাটাবেসক বোঝায়।
03:39 এই সম্পর্কে বর্ণন NCBI BLAST ওয়েবপেজত উপলব্ধ।
03:45 blast আউটপুট xml ফাইলৰ আকাৰত, result নামৰ ভ্যাৰিয়েবলত সংৰক্ষিত হয়।
03:51 এন্টাৰ টিপক।
03:53 ইন্টাৰনেটৰ গতিৰ উপৰত নির্ভৰ কৰি, এইটোৱে BLAST বিচৰা সম্পন্ন কৰাত কিছু সময় লব পাৰে।
03:59 আগোৱাই যোৱাৰ আগে xml ফাইলক ডিস্কত সংৰক্ষণ কৰা গুৰুত্বপূর্ণ।
04:05 xml ফাইলটো সংৰক্ষণ কৰিবলৈ নিম্ন লাইনটো লিখক।
04:09 কোডৰ এই লাইনবোৰে home ফোল্ডাৰত blast.xml হিসাবে বিচৰা ফলাফলক সংৰক্ষণ কৰিব।
04:18 home ফোল্ডাৰত যাওক আৰু ফাইলটো বিচাৰক।
04:21 ফাইলত টিপক আৰু ফাইলৰ বিষয়বস্তু ছেক কৰক।
04:30 আপোনি FASTA ফাইলক query হিসাবে ব্যবহাৰ কৰিব বিচাৰিলে এই টেক্সট ফাইলত প্ৰদর্শিত কোড ব্যবহাৰ কৰক।
04:36 আপোনি query এৰ হিচাবে এটা FASTA ফাইলৰ পৰা sequence record objectক ব্যবহাৰ কৰিব বিচাৰিলে, এইটোৱে সেই কোড।
04:42 টার্মিনেলত উভতি যাওক।
04:44 পিছৰ ধাপ, ডেটা এক্সট্র্যাক্ট কৰিবলৈ ফাইলক parse কৰা।
04:48 পার্সিংত প্ৰথম ধাপ হল ইনপুটৰ বাবে xml ফাইল খোলা।
04:53 প্ৰম্পটত নিম্ন লিখক। এন্টাৰ টিপক।
04:57 ইয়াৰ পিছত Bio.Blast প্যাকেজৰ পৰা NCBIXML মডিউলক ইম্পোর্ট কৰক।
05:05 Enter টিপক।
05:07 Blast আউটপুক parse কৰিবলৈ নিম্ন লাইনটো লিখক।
05:11 BLAST আউটপুটৰ পৰা এক্সট্র্যাক্ট কৰিব বিচৰা সকলো তথ্য BLAST recordত থাকে।
05:18 এতিয়া BLAST report ত সকলো hits এৰ কিছু তথ্য প্রিন্ট কৰো যি এটা নির্দিষ্ট থ্রেশহোল্ডৰত চে ডাঙৰ।
05:27 তলৰ কোড লিখক।
05:30 matchক গুৰুত্বপূর্ণ হোৱাৰ বাবে অপেক্ষিত স্কোৰ 0.01 চে কম হোৱা উচিত।
05:37 প্ৰতিটো hsp অর্থাৎ হাই স্কোৰিঙ পেয়াৰ এৰ বাবে মই title, length, hsp score, gaps আৰু expect value পাও।
05:49 মই ক্যোয়েৰী থকা স্ট্ৰি্ংস, এলাইন কৰা ডেটাবেস সিকোয়েন্স আৰু স্ট্ৰি্ং যি ম্যাচ আৰু মিসম্যাচ স্থিতিক নির্দিষ্ট কৰে, সেইটোও প্রিন্ট কৰিম।
06:02 আউটপুট পাবলৈ দুইবাৰ এন্টাৰ কী টিপক।
06:05 আউটপুট চাওক।
06:09 প্ৰতিটো এলাইনমেন্টৰ বাবে length, score, gaps, e value আৰু strings আছে।
06:16 Bio.Blast প্যাকেজত উপলব্ধ অন্যান্য ফাংশন দ্বাৰা প্ৰয়োজনীয় তথ্য এক্সটার্ক্ট কৰিব পাৰে।
06:24 মই টিউটোৰিয়েলৰ শেষলৈ আহিছো।
06:26 সংক্ষেপে, ইয়াতে GI নম্বৰ দ্বাৰা কোয়েৰি নিউক্লিওটাইডৰ ক্ৰমৰ বাবে BLAST ফাংশন ৰান কৰা
06:36 আৰু Bio.Blast.Record মডিউল দ্বাৰা BLAST আউটপুট parse কৰা শিকিছো।
06:43 অনুশীলনী ৰুপে, আপোনাৰ পছন্দৰ প্ৰোটিন ক্ৰমৰ বাবে BLAST Search ৰান কৰক।
06:50 আউটপুট ফাইলক সংৰক্ষণ কৰি ফাইলত থাকা ডেটা parse কৰক।
06:55 আপোনাৰ সম্পন্ন কাম এই ফাইলত দেখোৱাৰ মতে কোডৰ নিম্ন লাইন থকা উচিত।
07:01 কোড চাওক। যিহেতু query হল protein sequence, মই blastp প্ৰোগ্ৰাম আৰু nr যি BLAST এৰ বাবে নন-ৰিডান্ডেন্ট প্ৰোটিন ডাটাবেস, তাক ব্যবহাৰ কৰিছো।
07:16 এই লিঙ্কত উপলব্ধ ভিডিওটো প্ৰকল্পক সাৰসংক্ষেপে বোঝায়।
07:20 এইটোক ডাউনলোড কৰি চাওক।
07:22 স্পোকেন টিউটোৰিয়েল প্ৰকল্প দলে কর্মশালাৰ আয়োজন কৰে আৰু অনলাইন পৰীক্ষা পাস কৰিলে প্ৰশংসাপত্ৰ দিয়ে।
07:30 অধিক জানিবলৈ আমাৰ সৈতে যোগাযোগ কৰক।
07:33 স্পোকেন টিউটোৰিয়েল প্ৰকল্প ভাৰত সৰকাৰৰ NMEICT, MHRD দ্বাৰা সমর্থিত।
07:40 এই বিষয়ে বিস্তাৰিত তথ্য এই লিঙ্কত প্ৰাপ্তিসাধ্য।
07:45 আইআইটি বোম্বেৰ পৰা মই বিদায় লৈছো। অংশগ্্ৰহণৰ বাবে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Mousumi