Biopython/C2/Blast/Assamese

Time	Narration
00:01	Biopython টুল্স ব্যবহাৰ কৰা BLAST এই টিউটোৰিয়েলত আপোনাক  স্বাগতম।
00:06	ইয়াতে Biopython টুল্স ব্যবহাৰ কৰি query sequence এৰ বাবে BLAST ৰান কৰা শিকিম।
00:13	আৰু আৰো বিশ্লেষণৰ বাবে BLAST আউটপুটক parse কৰা।
00:17	টিউটোৰিয়েলটো অনুসৰণ কৰিবলৈ অস্নাতকৰ বায়োকেমিস্ট্ৰ বা বায়োইনফৰমেটিক্স
00:24	আৰু মৌলিক Python প্ৰোগ্ৰামিং সম্পর্কে জানোব লাগিব।
00:27	প্ৰদত্ত লিঙ্কত Python টিউটোৰিয়েল চাওক।
00:31	টিউটোৰিয়েলটো ৰেকর্ড কৰিবলৈ ব্যবহাৰ কৰিছো: উবুন্টু OS সংস্কৰণ 14.10
00:37	Python সংস্কৰণ 2.7.8
00:41	Ipython interpretor সংস্কৰণ 2.3.0
00:46	Biopython সংস্কৰণ 1.64 আৰু এটা কার্যকৰ ইন্টাৰনেট সংযোগ।
00:52	BLAST এৰ মানে হৈছে Basic Local Alignment Search Tool.
00:57	এইটো ক্ৰমৰ তথ্য তুলনা কৰাৰ এটা এলগৰিদম।
01:02	প্ৰোগ্ৰামে ডেটাবেসত ক্ৰমৰ তুলনা nucleotide বা protein ক্ৰমৰ সৈতে কৰে আৰু মিলবোৰৰ পৰিসংখ্যানৰ গুৰুত্ব গণনা কৰে।
01:14	BLAST ৰান কৰাৰ দুটা ভিন্ন উপায় আছে:
01:17	আপোনাৰ মেশিনত লোকেল BLAST বা NCBI সার্ভাৰ দ্বাৰা ইন্টাৰনেটত BLAST ৰান কৰা।
01:24	Biopython ত BLAST ৰান কৰাৰ দুটা ধাপ আছে।
01:28	প্ৰথমত, ক্যোয়েৰী ক্ৰমৰ বাবে BLAST ৰান কৰক আৰু কিছু আউটপুট পাব।
01:33	দ্বিতীয় হেছে, আৰো বিশ্লেষণৰ বাবে BLAST আউটপুটক parse কৰক।
01:38	মই টার্মিনেল খুলি নিউক্লিওটাইড ক্ৰমৰ বাবে BLAST ৰান কৰিম।
01:43	Ctrl, Alt আৰু T কী একসৈতে টিপি টার্মিনেল খুলক।
01:48	প্ৰম্পটত লিখক: ipython আৰু এন্টাৰ টিপক।
01:52	এই টিউটোৰিয়েলত NCBI BLAST সার্ভিস ব্যবহাৰ কৰি ইন্টাৰনেটত BLAST ৰান কৰা দেখোৱাম।
02:01	প্ৰম্পটত নিম্ন লিখক: from Bio.Blast Import NCBIWWW, Enter টিপক।
02:14	ইয়াৰ পিছত ইন্টাৰনেটত BLAST ৰান কৰিবলৈ প্ৰম্পটত নিম্ন লিখক।
02:20	NCBIWWW মডিউলত qblast function ফাংশন ব্যবহাৰ কৰিম।
02:25	qblast ফাংশনে তিনটা আর্গুমেন্ট লয়:
02:29	প্ৰথম আর্গুমেন্ট হৈছে blast program যি বিছৰাত ব্যবহৃত হয়।
02:33	দ্বিতীয়ত, সেই ডেটাবেসক নির্দিষ্ট কৰা, যি বিৰুদ্ধে খোঁজা হৈছে।
02:38	তৃতীয় আর্গুমেন্ট হল query sequence.
02:43	ক্যোয়েৰি ক্ৰমৰ বাবে ইনপুট GI নম্বৰ বা FASTA ফাইলৰ আকাৰত হব পাৰে। বা এইটো sequence record object ও হব পাৰে।
02:53	এইটোক দেখাবলৈ, মই nucleotide sequence এৰ বাবে GI নম্বৰ ব্যবহাৰ কৰিছো।
02:58	GI নম্বৰ হৈছে insulin এৰ nucleotide sequence এৰ বাবে।
03:03	qblast ফাংশনে অন্য বিকল্প আর্গুমেন্টও লয়।
03:09	এই আর্গুমেন্টবোৰ বিভিন্ন পেৰামিটাৰৰ সমান যাক BLAST ৱেব পেজত সেট কৰিব পাৰে।
03:15	qblast ফাংশনে xml ফৰম্যাটত BLAST ফলাফল ৰিটার্ন কৰিব।
03:20	টার্মিনেলত উভতি যাওক।
03:22	query sequence, nucleotide নে protein sequence হয়, ইয়াৰ উপৰত ভিত্তি কৰি উপযুক্ত Blast প্ৰোগ্ৰাম ব্যবহাৰ কৰিব লাগিব।
03:30	যিহেতু আমাৰ কোয়েৰি হল nucleotide, মই blastn প্ৰোগ্ৰাম ব্যবহাৰ কৰিম আৰু nt, nucleotide ডাটাবেসক বোঝায়।
03:39	এই সম্পর্কে বর্ণন NCBI BLAST ওয়েবপেজত উপলব্ধ।
03:45	blast আউটপুট xml ফাইলৰ আকাৰত, result নামৰ ভ্যাৰিয়েবলত সংৰক্ষিত হয়।
03:51	এন্টাৰ টিপক।
03:53	ইন্টাৰনেটৰ গতিৰ উপৰত নির্ভৰ কৰি, এইটোৱে BLAST বিচৰা সম্পন্ন কৰাত কিছু সময় লব পাৰে।
03:59	আগোৱাই যোৱাৰ আগে xml ফাইলক ডিস্কত সংৰক্ষণ কৰা গুৰুত্বপূর্ণ।
04:05	xml ফাইলটো সংৰক্ষণ কৰিবলৈ নিম্ন লাইনটো লিখক।
04:09	কোডৰ এই লাইনবোৰে home ফোল্ডাৰত blast.xml হিসাবে বিচৰা ফলাফলক সংৰক্ষণ কৰিব।
04:18	home ফোল্ডাৰত যাওক আৰু ফাইলটো বিচাৰক।
04:21	ফাইলত টিপক আৰু ফাইলৰ বিষয়বস্তু ছেক কৰক।
04:30	আপোনি FASTA ফাইলক query হিসাবে ব্যবহাৰ কৰিব বিচাৰিলে এই টেক্সট ফাইলত প্ৰদর্শিত কোড ব্যবহাৰ কৰক।
04:36	আপোনি query এৰ হিচাবে এটা FASTA ফাইলৰ পৰা sequence record objectক ব্যবহাৰ কৰিব বিচাৰিলে, এইটোৱে সেই কোড।
04:42	টার্মিনেলত উভতি যাওক।
04:44	পিছৰ ধাপ, ডেটা এক্সট্র্যাক্ট কৰিবলৈ ফাইলক parse কৰা।
04:48	পার্সিংত প্ৰথম ধাপ হল ইনপুটৰ বাবে xml ফাইল খোলা।
04:53	প্ৰম্পটত নিম্ন লিখক। এন্টাৰ টিপক।
04:57	ইয়াৰ পিছত Bio.Blast প্যাকেজৰ পৰা NCBIXML মডিউলক ইম্পোর্ট কৰক।
05:05	Enter টিপক।
05:07	Blast আউটপুক parse কৰিবলৈ নিম্ন লাইনটো লিখক।
05:11	BLAST আউটপুটৰ পৰা এক্সট্র্যাক্ট কৰিব বিচৰা সকলো তথ্য BLAST recordত থাকে।
05:18	এতিয়া BLAST report ত সকলো hits এৰ কিছু তথ্য প্রিন্ট কৰো যি এটা নির্দিষ্ট থ্রেশহোল্ডৰত চে ডাঙৰ।
05:27	তলৰ কোড লিখক।
05:30	matchক গুৰুত্বপূর্ণ হোৱাৰ বাবে অপেক্ষিত স্কোৰ 0.01 চে কম হোৱা উচিত।
05:37	প্ৰতিটো hsp অর্থাৎ হাই স্কোৰিঙ পেয়াৰ এৰ বাবে মই title, length, hsp score, gaps আৰু expect value পাও।
05:49	মই ক্যোয়েৰী থকা স্ট্ৰি্ংস, এলাইন কৰা ডেটাবেস সিকোয়েন্স আৰু স্ট্ৰি্ং যি ম্যাচ আৰু মিসম্যাচ স্থিতিক নির্দিষ্ট কৰে, সেইটোও প্রিন্ট কৰিম।
06:02	আউটপুট পাবলৈ দুইবাৰ এন্টাৰ কী টিপক।
06:05	আউটপুট চাওক।
06:09	প্ৰতিটো এলাইনমেন্টৰ বাবে length, score, gaps, e value আৰু strings আছে।
06:16	Bio.Blast প্যাকেজত উপলব্ধ অন্যান্য ফাংশন দ্বাৰা প্ৰয়োজনীয় তথ্য এক্সটার্ক্ট কৰিব পাৰে।
06:24	মই টিউটোৰিয়েলৰ শেষলৈ আহিছো।
06:26	সংক্ষেপে, ইয়াতে GI নম্বৰ দ্বাৰা কোয়েৰি নিউক্লিওটাইডৰ ক্ৰমৰ বাবে BLAST ফাংশন ৰান কৰা
06:36	আৰু Bio.Blast.Record মডিউল দ্বাৰা BLAST আউটপুট parse কৰা শিকিছো।
06:43	অনুশীলনী ৰুপে, আপোনাৰ পছন্দৰ প্ৰোটিন ক্ৰমৰ বাবে BLAST Search ৰান কৰক।
06:50	আউটপুট ফাইলক সংৰক্ষণ কৰি ফাইলত থাকা ডেটা parse কৰক।
06:55	আপোনাৰ সম্পন্ন কাম এই ফাইলত দেখোৱাৰ মতে কোডৰ নিম্ন লাইন থকা উচিত।
07:01	কোড চাওক। যিহেতু query হল protein sequence, মই blastp প্ৰোগ্ৰাম আৰু nr যি BLAST এৰ বাবে নন-ৰিডান্ডেন্ট প্ৰোটিন ডাটাবেস, তাক ব্যবহাৰ কৰিছো।
07:16	এই লিঙ্কত উপলব্ধ ভিডিওটো প্ৰকল্পক সাৰসংক্ষেপে বোঝায়।
07:20	এইটোক ডাউনলোড কৰি চাওক।
07:22	স্পোকেন টিউটোৰিয়েল প্ৰকল্প দলে কর্মশালাৰ আয়োজন কৰে আৰু অনলাইন পৰীক্ষা পাস কৰিলে প্ৰশংসাপত্ৰ দিয়ে।
07:30	অধিক জানিবলৈ আমাৰ সৈতে যোগাযোগ কৰক।
07:33	স্পোকেন টিউটোৰিয়েল প্ৰকল্প ভাৰত সৰকাৰৰ NMEICT, MHRD দ্বাৰা সমর্থিত।
07:40	এই বিষয়ে বিস্তাৰিত তথ্য এই লিঙ্কত প্ৰাপ্তিসাধ্য।
07:45	আইআইটি বোম্বেৰ পৰা মই বিদায় লৈছো। অংশগ্্ৰহণৰ বাবে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Mousumi