UCSF-Chimera/C4/Axes-and-Planes/Bengali
From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 12:08, 16 February 2018 by Satarupadutta (Talk | contribs)
|
|
---|---|
00:01 | Chimera দ্বারা Axes and Planes এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
00:06 | এখানে আমরা Chimera উইন্ডোতে কাঠামো খোলা শিখব। |
00:12 | কাঠামো সরানো, ঘোরানো এবং জুম করা। স্কেল এবং ক্লিপ করা এবং ডিসপ্লে বদলানো। |
00:20 | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের Biochemistry বা Structural Biology এর সাথে পরিচিত হতে হবে। |
00:29 | টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি উবুন্টু লিনাক্স OS সংস্করণ 14.04 এবং Chimera সংস্করণ 1.10.2,
মোজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 35.0 এবং কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ। |
00:47 | UCSF Chimera আণবিক কাঠামোর বিশ্লেষণ এবং ইন্টারেক্টিভ ভিজুয়ালাইজেশনের জন্য একটি সফটওয়্যার। |
00:55 | Chimera সান ফ্রান্সিস্কোতে ক্যালিফোর্নিয়া ইউনিভার্সিটির Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics দ্বারা বিকশিত। |
01:05 | অধিক তথ্য প্রদত্ত লিঙ্কে উপলব্ধ। |
01:09 | Chimera উইন্ডো শুরু করতে, ডেস্কটপে Chimera আইকনে ডাবল ক্লিক করুন। |
01:16 | একটি Rapid access ইন্টারফেস খোলে। |
01:20 | Rapid access উইন্ডো আপনার ঘন ঘন ব্যবহৃত ডেটা এবং টুল অ্যাক্সেস করতে দেয়। |
01:27 | উইন্ডোর নীচে ডান কোণে lightning bolt আইকনে ক্লিক করুন। |
01:32 | এটি গ্রাফিক্স উইন্ডো দেখাবে। 3D structures এবং অন্যান্য তথ্য এই উইন্ডোতে দেখায়। |
01:40 | lightning bolt আইকনে ক্লিক করে দুটি উইন্ডোর মাঝে টগল করুন। |
01:45 | এখন graphics উইন্ডোতে ফিরে যাই। |
01:48 | Chimera তে অনেক কাজ দুটি উপায়ে সম্পন্ন করা হয়। |
01:53 | প্রথমে menu bar দ্বারা যা Chimera উইন্ডোর উপরের অংশে স্থিত। |
01:59 | দ্বিতীয়ত command line এ কমান্ড লিখে। |
02:03 | command line দেখাতে Favorites মেনুতে ক্লিক করুন। |
02:06 | নীচে স্ক্রোল করুন এবং command line বিকল্পে ক্লিক করুন। |
02:10 | একটি command ডায়লগ বাক্স উইন্ডোর নীচের অংশে দেখায়। |
02:15 | একটি নির্দিষ্ট কাজের জন্য command টেক্সট বাক্সে লেখা হবে। |
02:21 | আমরা এই বৈশিষ্ট্য সম্পর্কে পরবর্তী টিউটোরিয়ালে আরও শিখব। |
02:25 | উইন্ডোর আকার বদলাতে, উইন্ডোর যে কোনো একটি কোণা টানুন। |
02:30 | এখন দেখি যে protein কাঠামো কিভাবে খোলে। |
02:34 | এটি 3 টি উপায়ে করতে পারেন। ইন্টারনেটের সাথে যুক্ত থাকলে File মেনুতে ক্লিক করুন। |
02:40 | নীচে স্ক্রোল করুন এবং Fetch by ID বিকল্পে ক্লিক করুন। |
02:45 | স্ক্রীনে একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে। |
02:48 | কাঠামোটি আনয়ন করতে আপনি বিভিন্ন ডেটাবেসে জুড়তে পারেন। |
02:53 | প্রদর্শন করতে, আমি একটি protein কাঠামো দেখাতে চাই। |
02:58 | আমি বিকল্প থেকে PDB চয়ন করব. আপনি যে protein অণু দেখাতে চান তার 4 অক্ষরের PDB code লিখুন। |
03:08 | আমি 1zik (one z i k) লিখব। |
03:12 | এটি Leucine zipper প্রোটিনের জন্য pdb কোড। Fetch বোতামে ক্লিক করুন। |
03:19 | ডিফল্টভাবে, protein এর একটি রিবন প্রদর্শন ডিসপ্লে উইন্ডোতে দেখাবে। |
03:25 | আমরা কাঠামো আনতে একটি command ও লিখতে পারি। |
03:29 | command line টেক্সট বাক্সে open 1zik লিখুন। |
03:35 | ডিসপ্লে উইন্ডোতে কাঠামো খুলতে এন্টার টিপুন। |
03:40 | ইন্টারনেটের সাথে যুক্ত না থাকায় আপনি ইতিমধ্যে ডাউনলোড করা pdb ফাইল খুলতে পারেন। |
03:46 | স্ক্রীনে স্থিত কাঠামো মুছে ফেলতে Favorites মেনু নীচে স্ক্রোল করুন এবং Model Panel বিকল্পে ক্লিক করুন। |
03:55 | Model Panel ডায়লগ বাক্স খোলে। |
03:58 | model id তে ক্লিক করুন, তারপর Close বিকল্পে ক্লিক করুন। |
04:04 | model panel উইন্ডোটি বন্ধ করুন। |
04:07 | এখন আমি একটি PDB ফাইল ডাউনলোড করা দেখাবো। |
04:12 | PDB ফাইল ডাউনলোড করতে একটি ইন্টারনেট সংযোগ প্রয়োজন। |
04:17 | File মেনুতে নীচে স্ক্রোল করুন এবং Fetch by ID বিকল্পে ক্লিক করুন। |
04:23 | একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে। |
04:26 | ডায়লগ বাক্সের নীচে স্ক্রোল করুন। |
04:30 | web page বোতামে ক্লিক করুন। |
04:33 | PDB database ওয়েব পেজ ব্রাউজারে খোলে। |
04:37 | আপনি protein এর জন্য pdb কোড জানলে এটি প্রদত্ত টেক্সট বাক্সে লিখুন বা protein এর নাম লিখুন। |
04:46 | আমি leucine zipper এর জন্য pdb কোড জানি, তাই আমি টেক্সট বাক্সে 1zik লিখব। |
04:54 | Go বোতামে ক্লিক করুন। |
04:57 | পৃষ্ঠাটি স্ক্রোল করুন। |
04:59 | পৃষ্ঠার ডানদিকে স্থিত Download files বোতামে ক্লিক করুন। |
05:06 | ড্রপ-ডাউন মেনু থেকে PDB-file-text বিকল্পে ক্লিক করুন। |
05:12 | একটি ডায়লগ বাক্স দেখায়। |
05:14 | Save File বিকল্পে ক্লিক করুন। |
05:17 | Ok বোতামে ক্লিক করুন। |
05:20 | ডাউনলোড করা pdb ফাইল এখন Downloads ফোল্ডারে সংরক্ষিত হবে। |
05:25 | Chimera উইন্ডোতে ফিরে যান। |
05:27 | ডায়ালগ বাক্সটি বন্ধ করুন। |
05:30 | ইতিমধ্যে ডাউনলোড করা pdb ফাইল খুলতে File এ Open বিকল্পে ক্লিক করুন। |
05:37 | Downloads ফোল্ডারে যান। 1zik.pdb ফাইল চয়ন করুন। |
05:44 | Open বোতামে ক্লিক করুন। |
05:47 | প্যানেলে leucine zipper এর একটি মডেল দেখায়। |
05:51 | ডিফল্টরূপে, দুটি peptide chains ধূসর ফিতা হিসাবে প্রদর্শিত হয়। |
05:57 | প্যানেলে কাঠামো আনতে মাউস বোতাম ব্যবহার করুন। |
06:01 | ঘূর্ণনের জন্য বাম মাউস বোতাম |
06:04 | মাঝারি মাউস বোতাম xy translation নিয়ন্ত্রণ করে। |
06:08 | ডান মাউস বোতাম বা মাউস হুইল জুম ইন বা জুম আউট করতে। |
06:13 | কাঠামোর ইন্টারেক্টিভ স্কেলিং এবং ক্লিপিং এর জন্য: Favorites menu থেকে Side View বিকল্প ব্যবহার করুন। |
06:20 | একটি viewing window খোলে। |
06:22 | কাঠামোর একটি ছোট সংস্করণ উইন্ডোতে খোলে। |
06:27 | বাম দিকের হলুদ বর্গ দর্শকের চোখের স্থিতি বোঝায়। |
06:32 | বাম মাউস বোতাম দ্বারা ছোট বর্গ সরানোর চেষ্টা করুন। |
06:36 | এটি অনুভূমিকভাবে টেনে এনে scale factor সমন্বয় করুন। |
06:41 | চোখের স্থিতিতে ডাবল ক্লিক করলে ক্যামেরা মোড বদলানোর মেনু দেখায়। |
06:46 | clipping planes অর্থাৎ দুটি উল্লম্ব লাইন বাম মাউস বোতাম ব্যবহার করে চালান। |
06:53 | উইন্ডোতে আরো ভিউইং কন্ট্রোল রয়েছে যা আপনি যাচাই করতে পারেন। |
06:58 | viewing window বন্ধ করুন। |
07:01 | এখন এই কাঠামো বদলানো শিখব। |
07:04 | প্রথম ধাপ হল আপনার সংশোধন করার কাঠামো চয়ন করা। |
07:09 | এখন, আমি সম্পূর্ণ protein কাঠামো atoms হিসাবে দেখাতে চাই। |
07:15 | মেনু বারে Select মেনুতে ক্লিক করুন। |
07:19 | মেনু বারের Select মেনু আমাদের কাঠামোর ভিন্ন অংশ চয়নের অনুমতি দেয়। |
07:25 | যেমন chain, element, residue, ligand ইত্যাদি। |
07:31 | Select মেনু থেকে কিছু চয়ন করা না হলে এর মানে আমাদের সম্পূর্ণ কাঠামো সংশোধন করতে হবে। |
07:39 | এখন Actions মেনুতে যান এবং বিকল্প থেকে atoms/bonds চয়ন করুন। |
07:46 | সাব-মেনু থেকে show তে ক্লিক করুন। |
07:49 | আমরা স্ক্রীনে পরমাণু এবং কাঠামোর অংশ ফিতা হিসাবে দেখি। |
07:55 | এখন ফিতা সরাতে Action মেনু থেকে ফিতা চয়ন করুন। |
08:00 | তারপর hide বিকল্পে ক্লিক করুন। |
08:03 | এখন সম্পূর্ণ কাঠামো স্টিক ডিসপ্লে হিসাবে দেখায়। |
08:08 | এখন কাঠামোর আরেকটু সংশোধন করি। |
08:13 | নিম্ন ধাপ এটিকে ball and stick ডিসপ্লেতে বদলায়। |
08:18 | Actions মেনুতে ক্লিক করুন। |
08:21 | atoms/bonds এ স্ক্রোল করুন। |
08:24 | সাব-মেনু থেকে ball and stick চয়ন করুন। |
08:28 | লক্ষ্য করুন কাঠামো হাইড্রোজেন পরমাণু ছাড়া রয়েছে। |
08:33 | হাইড্রোজেন পরমাণু জুড়তে, Tools মেনুতে স্ক্রোল করুন। |
08:37 | Structure Editing এ ক্লিক করুন। |
08:40 | সাব-মেনু থেকে Add hydrogens বিকল্প চয়ন করুন। |
08:45 | ডায়লগ বাক্সে, প্রদর্শন হিসাবে চয়ন করুন। |
08:49 | OK বোতামে ক্লিক করুন। |
08:52 | এখন কাঠামো hydrogen পরমাণু সহ দেখাচ্ছে। |
08:57 | সাধারণত protein এর কাঠমো জল অণুর সাথে যুক্ত হয়। |
09:02 | জলের অণু লুকোতে Select মেনুতে যান, Residue তে স্ক্রোল করুন, HOH বিকল্পে ক্লিক করুন। |
09:13 | স্ক্রীনটি দেখুন; সকল জলের অণু এখন লক্ষণীয়। |
09:18 | actions মেনুতে যান, Atoms\bonds তে স্ক্রোল করুন এবং hide বিকল্পে ক্লিক করুন। |
09:26 | এটি কাঠামো থেকে জলের অণু লুকিয়ে রাখে। |
09:30 | মেনু বারের Presets বিকল্পতে ডিসপ্লে বদলাতে আরো কিছু বিকল্প রয়েছে। |
09:36 | আপনি Interactive 1 বিকল্পে ক্লিক করলে: কাঠামো ফিতা এবং বিভিন্ন peptide chains ভিন্ন রঙে দেখায়। |
09:45 | Interactive 2 কাঠামো atoms ডিসপ্লেতে বদলাবে। |
09:50 | Interactive 1 ডিসপ্লেতে ফিরে যান। |
09:53 | আমরা নির্বাচনযোগ্যভাবে peptide chains এর রঙও বদলাতে পারি। |
09:57 | Select নীচে স্ক্রোল করুন এবং সাব-মেনু থেকে chain A চয়ন করুন। |
10:02 | chain A এখন লক্ষণীয় হয়। |
10:05 | Actions মেনুতে যান তারপর কলরে স্ক্রোল করুন, হলুদ চয়ন করুন। |
10:11 | Chain A এখন হলুদ রঙে দেখায়। |
10:15 | চয়ন মুছে ফেলতে কীবোর্ডে CTRL কী ধরে থাকুন এবং Chimera উইন্ডোতে ফাঁকা স্থানে ক্লিক করুন। |
10:23 | আমরা টিউটোরিয়ালের শেষে এসেছি। |
10:26 | Chimera উইন্ডো থেকে প্রস্থান করতে File মেনুতে যান এবং Quit বিকল্পে ক্লিক করুন। |
10:32 | সংক্ষিপ্তকরণ করি, এখানে Chimera উইন্ডোতে কাঠামো খোলা এবং প্রোটিন কাঠামোর জন্য পিডিবি ফাইল ডাউনলোড করা শিখেছি। |
10:43 | কাঠামোটি সরানো, ঘোরানো এবং জুম করা। স্কেল এবং ক্লিপ করা। |
10:49 | মেনু বারে মেনু ব্যবহার করে ডিসপ্লে বদলানো। |
10:53 | জলের অণু সরানো এবং hydrogens যোগ করা। |
10:57 | অনুশীলনীর জন্য PDB ডেটাবেস থেকে Leucine zipper এর pdb ফাইল ডাউনলোড করুন। |
11:04 | File মেনুতে Open বিকল্প দ্বারা Chimera উইন্ডোতে pdb ফাইল খুলুন। |
11:10 | পরমাণুর ডিসপ্লে wire এ এবং সকল aromatic rings কে disks এ বদলান। |
11:16 | আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ দেখাবে। |
11:21 | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। |
11:26 | এটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
11:28 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। |
11:34 | অধিক জানতে আমাদের লিখুন। |
11:38 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। |
11:44 | এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য। |
11:48 | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। |