UCSF-Chimera/C4/Axes-and-Planes/Bengali

Time	Narration
00:01	Chimera দ্বারা Axes and Planes এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06	এখানে আমরা অক্ষ, প্লেন এবং সেন্ট্রোয়েড দেখানো শিখব,
00:12	2D লেবেল এবং Per-Model ক্লিপিং।
00:17	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে।
00:23	না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইট যান।
00:28	টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04,
00:34	Chimera সংস্করণ 1.10.1,
00:38	মজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:45	এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:48	command টেক্সট বাক্সে লিখুন: 1EMA. এন্টার টিপুন।
00:55	প্যানেলে সবুজ ফ্লুরোসেন্ট প্রোটিনের কাঠামো খোলে।
01:00	Tools মেনুতে ক্লিক করুন।
01:02	Structure Analysis বিকল্পে স্ক্রোল করুন। সাব-মেনু থেকে Axes, Planes, Centroids এ ক্লিক করুন।
01:11	Structure Measurements ডায়লগ বাক্স খোলে।
01:15	এখানে Define axes, Define plane, Define centroid ট্যাব রয়েছে।
01:24	Define axes ট্যাবে ক্লিক করুন। এটি Define axes ডায়ালগ বাক্স খোলে।
01:31	এখানে পরমাণু সেট এবং অন্যান্য অক্ষের প্যারামিটার নির্দিষ্ট করতে পারি।
01:37	প্যানেলে, কাঠামোর মাঝ থেকে পছন্দের কিছু রেসিডিউ চয়ন করুন।
01:43	রেসিডিউ চয়ন করতে - CTRL এবং Shift কী একসাথে টিপে রেসিডিউতে ক্লিক করুন।
01:55	Define Axes ডায়লগ বাক্সে, Selected atoms রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
02:02	অক্ষের নাম হিসাবে axis1 লিখুন।
02:06	color well এ ক্লিক করুন। color editor থেকে একটি রঙ চয়ন করুন। color editor বন্ধ করুন।
02:14	অক্ষের বেধ বদলাতে - angstroms রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
02:19	টেক্সট বাক্সে সংখ্যা বদলে 0.25 করুন। OK বোতামে ক্লিক করুন।
02:27	প্যানেল লক্ষ্য করুন। চয়নিত পরমাণুর জন্য অক্ষ আঁকা হয়েছে।
02:33	Select মেনু দ্বারা চয়ন মুছে ফেলুন।
02:37	Structure Measurement ডায়ালগ বাক্সে এই অক্ষের জন্য একটি অবজেক্ট উত্পন্ন হয়।
02:43	অক্ষ মুছে ফেলতে, row তে ক্লিক করুন। ডায়ালগ বাক্সের নীচে Delete বোতামে ক্লিক করুন।
02:51	এখন কাঠামোতে প্লেন জুড়তে, Define plane ট্যাবে ক্লিক করুন।
02:57	Define Plane ডায়ালগ বাক্সে, প্লেনের নাম বদলে plane1 করুন।
03:03	এখানে শুধুমাত্র চয়নিত পরমাণুর জন্য প্লেন তৈরী হয়েছে।
03:08	প্যানেলে, কাঠামোর মাঝ থেকে পছন্দের কয়েকটি রেসিডিউ চয়ন করুন।
03:14	একসাথে CTRL এবং Shift কী টিপুন এবং রেসিডিউতে ক্লিক করুন।
03:23	Define Plane ডায়লগ বাক্সে color well এ ক্লিক করুন।
03:28	color editor থেকে একটি রঙ চয়ন করুন। color-editor বন্ধ করুন।
03:34	OK বোতামে ক্লিক করুন। প্যানেল লক্ষ্য করুন।
03:39	চয়নিত পরমাণুর উপর ভিত্তি করে একটি প্লেন তৈরী হয়েছে।
03:44	Select মেনু দ্বারা চয়ন মুছে ফেলুন।
03:48	প্লেন মুছুন, Structure Measurements ডায়লগ বাক্সে plane ID তে ক্লিক করুন।
03:55	Delete বোতামে ক্লিক করুন।
03:58	centroid দেখাতে Define Centroid ট্যাবে ক্লিক করুন।
04:03	Define centroid ডায়লগ বাক্স খোলে।
04:07	সেন্ট্রয়েড বানাতে কাঠামোতে 64 এবং 68 রেসিডিউ চয়ন করুন।
04:14	Define Centroid ডায়ালগ বাক্সে, সেন্ট্রয়েডের নাম হিসাবে centroid1 লিখুন।
04:21	আগে দেখানোর মত, color well থেকে একটি রঙ চয়ন করুন।
04:26	color-editor বন্ধ করুন। OK বোতামে ক্লিক করুন।
04:31	চয়নিত পরমাণুর জন্য Centroid এখন প্যানেলে প্রদর্শিত।
04:36	চয়ন মুছে ফেলুন এবং centroid মুছে দিন।
04:42	Structure Measurements ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
04:45	2D-Labels যেমন টেক্সট এবং অ্যারো কাঠামোতে যুক্ত করা যেতে পারে।
04:52	Tools মেনু থেকে Utilities বিকল্প দ্বারা 2D labels টুল শুরু করুন।
04:59	Labels, Arrows এবং color কী এর জন্য ট্যাব সহ 2D-Labels ডায়লগ বাক্স খোলে।
05:07	লেবেল জুড়তে Labels ট্যাবে ক্লিক করুন।
05:11	ডিফল্টরূপে ডায়ালগ বাক্সের নীচে use mouse for label placement বিকল্প চয়নিত।
05:20	color well এ ক্লিক করুন, লেবেলের জন্য রঙ চয়ন করুন। color editor বন্ধ করুন।
05:28	যেখানে আপনি লেবেল রাখতে চান প্যানেলে ক্লিক করুন।
05:32	ডায়ালগ বাক্সে X এবং Y স্থানাঙ্ক সহ Label id দেখায়।
05:38	এখন, Text এলাকায় লেবেল টেক্সট লিখুন।
05:42	লিখুন Green Fluorescent Protein. এন্টার টিপুন।
05:49	বাম মাউস বোতাম দ্বারা ড্রেগ করে নির্মিত লেবেল রিপোজিটরী করা যেতে পারে।
05:56	লেবেল মুছে ফেলতে, ডায়লগ বাক্সে label id চয়ন করুন। delete বোতামে ক্লিক করুন।
06:05	অ্যারো জুড়তে ডায়ালগ বাক্সে Arrows ট্যাবে ক্লিক করুন।
06:10	ডায়ালগ বাক্সের নীচে Arrow weight ফীল্ডে,
06:15	অ্যারোর বেধ বদলাতে সংখ্যাটি পরিবর্তন করুন।
06:19	পাতলা অ্যারো বানাতে আমি 0.5 লিখব।
06:24	Arrow head style বোতামে ক্লিক করুন। ড্রপ ডাউন মেনু থেকে একটি বিকল্প চয়ন করুন।
06:30	আমি Pointy চয়ন করব।
06:33	কার্সারটি প্যানেলে রাখুন, মাউস বোতামে ধরে রেখে ক্লিক করুন।
06:39	অ্যারো প্রসারিত করতে ড্রেগ করুন। মাউস বোতাম ছেড়ে দিন।
06:46	তার দৈর্ঘ্য বদলাতে বা পুনর্বিন্যস্ত করতে অ্যারোর প্রান্ত ড্রেগ করুন।
06:54	অ্যারো সারাতে এটি মাঝ থেকে ড্রেগ করুন।
06:58	arrow id এর পাশে color well এ ক্লিক করে অ্যারোর রঙ বদলান।
07:04	একটি রঙ চয়ন করুন। color-editor বন্ধ করুন।
07:08	2D-Labels ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন। File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন।
07:15	একটি নতুন সেশন খুলুন।
07:18	per-model clipping বর্ণন করতে - উদাহরণ হিসাবে myoglobin এর কাঠামো ব্যবহার করব।
07:25	command টেক্সট বাক্সে লিখুন open 1mbo. এন্টার টিপুন।
07:32	Tools মেনু স্ক্রোল করুন, Depiction চয়ন করুন।
07:37	সাব-মেনু থেকে Per-Model clipping এ ক্লিক করুন।
07:42	Per-Model clipping ডায়লগ বাক্স খোলে।
07:46	Per-Model Clipping ভিন্ন মডেল ভিন্ন উপায়ে ক্লিপ করার অনুমতি দেয়।
07:52	এটি একক প্লেন যা মডেলের দৃশ্যমান এবং অদৃশ্য ভাগ পৃথক করে।
07:59	প্রতিটি মডেলের শুধুমাত্র একটি Per-Model Clipping প্লেন থাকতে পারে।
08:04	একটি মডেল এবং তার পৃষ্ঠ পৃথক মডেল হিসাবে গণ্য করা হয়।
08:09	প্যানেলে ফিরে যান। Per-Model Clipping ডায়ালগ বাক্সে Model ড্রপ ডাউন মেনু বর্তমান মডেল দেখায়।
08:18	Enable clipping চয়ন করুন; এটি ক্লিপিং প্লেন সক্রিয় করে।
08:25	মডেলের দৃশ্যমান অংশ প্লেনের পেছনে রয়েছে। Enable clipping আনচেক করুন।
08:33	মডেলের জন্য একটি পৃষ্ঠ বানান। Actions মেনুতে ক্লিক করুন, Surface এ স্ক্রোল করুন। Show তে ক্লিক করুন।
08:43	এখন কাঠামো একটি পকেট দেখায় যেখানে Heme গ্রুপ কঠিনভাবে আবদ্ধ।
08:50	Model ডায়ালগ বাক্সে ড্রপ-ডাউন মেনুতে দুটি মডেল দেখায়। মডেল (1mbo) এবং সারফেসের সাথে মডেল।
09:00	সারফেসের সাথে মডেল চয়ন করুন। Enable clipping এ ক্লিক করুন।
09:06	প্যানেল লক্ষ্য করুন।
09:10	শুধুমাত্র মডেলের পৃষ্ঠ ক্লিপ করা হয়েছে।
09:14	Use slab mode with thickness এ ক্লিক করুন।
09:18	এটি স্ল্যাবের বেধ অনুযায়ী মডেলের অংশ দেখার অনুমতি দেয়।
09:24	স্ল্যাবের বেধ বদলে 0.5 করুন।
09:28	টেক্সট বাক্সে 0.5 লিখুন এবং এন্টার টিপুন। প্যানেল লক্ষ্য করুন।
09:37	ডায়ালগ বাক্সে, Adjust clipping with mouse এ ক্লিক করুন।
09:43	Translation এর জন্য button 2 এবং Rotation এর জন্য button 3 বরাদ্দ।
09:51	Surface capping বোতামে ক্লিক করুন।
09:55	Surface capping ডায়ালগ বাক্সে, Cap surfaces at clip planes চয়ন করুন।
10:02	Use cap color এ ক্লিক করুন।
10:05	color well থেকে রঙ চয়ন করুন।
10:09	color editor বন্ধ করুন। টুপি শৈলী হিসাবে solid চয়ন করুন। ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।
10:18	Chimera উইন্ডোতে, Actions মেনু দ্বারা পৃষ্ঠতলের স্বচ্ছতা 20% পর্যন্ত করুন।
10:26	প্যানেলটি দেখুন। স্ল্যাব এখন রঙ্গিন এবং স্বচ্ছ।
10:33	কেন্দ্র মাউস বোতাম টেনে ধরে রাখুন। এক দিকে ক্লিপিং প্লেন সরাতে মাউস টেনে আনুন।
10:42	ক্লিপিং প্লেন সরাতে, ডান মাউস বোতাম ধরে রেখে মাউস টেনে আনুন।
10:50	প্যানেলটি দেখুন। heme গ্রুপ এখন খুব স্পষ্টরূপে দৃশ্যমান।
10:57	সংক্ষিপ্তকরণ করি, এখানে আমরা অক্ষ, প্লেন এবং সেন্ট্রোয়েড দেখানো শিখেছি,
11:05	2D লেবেল দেখানো এবং Arrows আঁকা।
11:09	Per-Model clipping টুল দ্বারা মডেল ক্লিপ করুন।
11:13	অনুশীলনীর জন্য, Chymotrypsin এর মডেল খুলুন।
11:18	প্লেন অঙ্কন করুন। Per-Model Clipping টুল দ্বারা কাঠামো ক্লিপ করুন।
11:24	নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। ভালো ব্যান্ডউইডথ না থাকে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন।
11:32	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
11:39	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
11:45	আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta