UCSF-Chimera/C4/Attributes/Bengali
From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 12:06, 16 February 2018 by Satarupadutta (Talk | contribs)
|
|
---|---|
00:01 | Attributes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
00:06 | এখানে আমরা শিখব পরমাণু এবং residues এর জন্য লেবেল দেখানো। |
00:12 | Select menu দ্বারা বা Picking দ্বারা পরমাণু এবং residues চয়ন করা। |
00:17 | residues এর রঙ এবং প্রদর্শন বদলানো। |
00:21 | পরমাণু যুক্ত করা, মোছা বা বদলানো, বন্ড ঘোরানো। |
00:27 | ডিসপ্লে উইন্ডোতে একাধিক মডেল খুলুন। মডেল চয়ন করে স্থানান্তর করুন। |
00:34 | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে আপনার স্নাতক স্তরের Biochemistry সম্পর্কে জানতে হবে। |
00:40 | বা structural biology জানতে হবে। প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান। |
00:47 | টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি Ubuntu Operating System সংস্করণ 14.04. |
00:52 | Chimera সংস্করণ 1.10.2 |
00:57 | Mozilla Firefox ব্রাউজার 35.0 |
01:01 | এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ। |
01:04 | এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি। |
01:07 | rapid access window তে, এখন ব্যবহৃত ডেটার সূচী থেকে 1zik এ ক্লিক করুন। |
01:15 | graphics window তে Leucine zipper এর একটি মডেল খোলে। |
01:20 | কাঠামোর ভিন্ন ভিন্ন উপাদান যেমন: রেসিডিউ, পরমাণু, বন্ড ইত্যাদি Chimera তে উপলব্ধ টুল দ্বারা সংশোধন করা যেতে পারে। |
01:31 | প্রথম ধাপ হল চয়ন করা। |
01:34 | চয়ন করার বিভিন্ন উপায় রয়েছে: মেনু বারে Select মেনু ব্যবহার করে। |
01:40 | graphics উইন্ডো থেকে Picking |
01:43 | কমান্ড লাইনে কমান্ড লিখে বা Favorites মেনুতে স্থিত Model Panel এবং Sequence বিকল্প চয়ন করে |
01:53 | chimera উইন্ডোতে ফিরে যান। |
01:55 | Leucine zipper মোটিফ leucine রেসিডিউয়ের পর্যায়ক্রমিক পুনরাবৃত্তি দ্বারা হয়। |
02:02 | এখন দেখাই যে এই কাঠামোতে স্থিত leucine কিভাবে লক্ষণীয় করে। |
02:08 | প্রিসেট মেনু থেকে interactive 2 বিকল্প চয়ন করুন। |
02:12 | এটি কাঠামোকে পরমাণু ডিসপ্লেতে দেখাবে। Select মেনু থেকে Residue বিকল্প চয়ন করুন। |
02:20 | সাব-মেনুতে অনেক বিকল্প রয়েছে। |
02:23 | অ্যামিনো অ্যাসিড ক্যাটাগরী মেনুতে এই অ্যামিনো অ্যাসিড গ্রুপ রয়েছে: aliphatic, aromatic, hydrophobic, polar ইত্যাদি। |
02:34 | এই কাঠামোতে স্থিত অ্যামিনো অ্যাসিড রেসিডিউয়ের সূচী স্ট্যান্ডার্ড অ্যামিনো অ্যাসিড মেনুতে উপলব্ধ।
leucine এ ক্লিক করুন। |
02:42 | সকল leucine রেসিডিউ এখন লক্ষণীয় হয়। |
02:46 | actions মেনুতে ক্লিক করুন এবং color চয়ন করুন। |
02:49 | আমি রঙের সূচী থেকে হলুদ চয়ন করব। সকল leucines এখন হলুদ রঙে দেখায়। |
02:57 | চয়ন মুছে ফেলতে, Select মেনুতে ক্লিক করুন। তারপর Clear selection বিকল্পে ক্লিক করুন। |
03:03 | Leucine, hydrophobic হওয়ায় এটি প্রোটিনের hydrophobic কোষে আবদ্ধ। |
03:09 | Presets বিকল্প দ্বারা প্রদর্শন রিবনসে বদলান। Interactive 1 এ ক্লিক করুন। |
03:17 | স্ক্রীন থেকে রেসিডিউ চয়ন করতে কার্সার কাঠামোর উপর রাখুন। |
03:22 | সনাক্তকরণ তথ্য সহ একটি pop-up balloon দেখায়। |
03:26 | এতে residue এর নাম, নম্বর এবং চেনের মত তথ্য রয়েছে। |
03:32 | আপনি কার্সার সরালে balloon অদৃশ্য হয়ে যায়। |
03:36 | কার্সার চেন A এর প্রথম residue তে নিয়ে আসুন, যা হল arginine. |
03:41 | কীবোর্ডের CTRL কী টিপে ধরে থাকুন এবং মাউসের বাম বোতামে ক্লিক করুন। CTRL কী ছেড়ে দিন। |
03:49 | রেসিডিউয়ের আউটলাইন লক্ষণীয় হয়। ডিফল্টরূপে চয়ন সবুজ রঙে থাকে। |
03:57 | আপনি একাধিক চয়ন করতে চাইলে; কীবোর্ডে CTRL এবং Shift উভয় কী টিপে ধরে থাকুন। |
04:04 | মাউস পেপটাইড চেনের উপর রাখুন। আপনার পছন্দের residues তে ক্লিক করুন। |
04:10 | কীবোর্ড থেকে CTRL এবং Shift উভয় কী ছেড়ে দিন। |
04:14 | এখন আপনি সংশোধনের জন্য রেসিডিউ চয়ন করেছেন। |
04:18 | Actions মেনু থেকে একটি বিকল্প চয়ন করুন। Actions মেনুতে ক্লিক করুন। |
04:23 | উদাহরণস্বরূপ পরমাণু প্রদর্শন করতে, atoms/bonds চয়ন করুন।
Show তে ক্লিক করুন। |
04:30 | চয়নিত রেসিডিউ এখন পরমাণুর প্রদর্শনে দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন। |
04:36 | আমরা Picking এর কাঠামোতে স্থিত পরমাণু বা বন্ডে পরিবর্তন করতে পারি। |
04:42 | কার্সারকে একটি অবজেক্ট যেমন একটি পরমাণু বা বন্ডে রাখুন। |
04:47 | এটি তার লেবেলের তথ্য একটি atomspec balloon এ দেখাবে। |
04:52 | পরমাণুর জন্য Atomspec balloon এ এমন তথ্য রয়েছে যেমন: Residue এর নাম, নম্বর, চেইন এবং পরমাণুর নাম। |
05:01 | পরমাণু চয়ন করতে, কীবোর্ডে CTRL কী টিপে ধরে থাকুন। |
05:06 | CTRL কী টিপে থাকার সময় সেই পরমাণুতে ক্লিক করুন যা বদলাতে চান। |
05:11 | পরমাণুটি এখন লক্ষণীয়। পরমাণুতে সংশোধন করতে CTRL কী ধরে রেখে পরমাণুতে ডাবল ক্লিক করুন। |
05:20 | context menu বিকল্প সহ খোলে। |
05:24 | Modify-atom বিকল্পে ক্লিক করুন। CTRL কী ছেড়ে দিন। |
05:30 | Build Structure উইন্ডো খোলে। |
05:33 | চয়নিত পরমাণু বদলাই যা হল মিথাইল গ্রুপে নাইট্রোজেন। |
05:38 | Build Structure উইন্ডোতে, ‘element এ carbon, bonds এ 4 এবং Apply বোতামে ক্লিক করুন। |
05:49 | প্যানেলটি দেখুন। |
05:51 | মিথাইল গ্রুপ এখন বিদ্যমান কাঠামোতে জুড়ে গেছে। উইন্ডো বন্ধ করুন। |
05:57 | বন্ড ঘোরানোরও একটি বিকল্প রয়েছে। |
06:00 | যে বন্ড আপনি ঘোরাতে চান তার উপর কার্সর রাখুন। |
06:04 | বন্ড সম্পর্কিত তথ্য atomspec balloon এ দেখায়। |
06:09 | বন্ড চয়ন করতে, কার্সার বন্ডের উপর রাখুন। |
06:13 | CTRL কী টিপে ধরে থাকুন। বাম মাউস বোতামে ক্লিক করুন। |
06:18 | চয়নিত বন্ড এখন লক্ষণীয় হয়েছে। CTRL কী টিপে থেকে বন্ডে ডবল ক্লিক করুন। |
06:26 | কীবোর্ডে CTRL কী ছেড়ে দিন। |
06:29 | context-menu খোলে। rotate bond বিকল্পে ক্লিক করুন। |
06:35 | স্ক্রীনে Build Structure ডায়লগ বাক্স দেখায়। |
06:39 | ডায়ালগ বাক্সে স্থিত রোটেটিং টুলে ক্লিক করুন এবং ঘোরান। |
06:46 | প্যানেলটি দেখুন। চয়নিত বন্ড এখন ঘুরছে। |
06:51 | আপনি কাঙ্ক্ষিত কোণে পৌঁছে গেলে ঘোরানো বন্ধ করুন। ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন। |
06:57 | চয়ন মুছে ফেলুন। আমরা চেন লক্ষণীয় করতে টুল মেনু থেকে Sequence বিকল্প ব্যবহার করতে পারি। |
07:05 | টুলস মেনুর নীচে যান এবং Sequence বিকল্পে ক্লিক করুন। |
07:10 | সাব-মেনু থেকে Sequence চয়ন করুন। |
07:13 | Show model sequence ডায়লগ বাক্স দেখায়। |
07:17 | আপনি Chain A চয়ন করতে চাইলে Chain A তে ক্লিক করুন। তারপর show তে ক্লিক করুন। |
07:23 | স্ক্রীনে অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম সহ আরেকটি ডায়ালগ বাক্স দেখায়। |
07:28 | amino acid residues একক অক্ষর সমাহার দ্বারা প্রদর্শিত হয়। |
07:34 | চয়ন করতে ক্রমে ক্লিক করুন। |
07:37 | প্যানেল লক্ষ্য করুন, Chain A এখন লক্ষণীয় হয়। |
07:41 | উইন্ডো বন্ধ করতে Quit এ ক্লিক করুন। |
07:44 | Actions মেনুতে যান, Color এ স্ক্রোল করুন। হলুদ বিকল্পে ক্লিক করুন। |
07:50 | Chain A এখন হলুদ রঙে দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন। |
07:55 | আমরা Chimera window তে একাধিক কাঠামো খুলতে পারি। |
07:59 | দ্বিতীয় কাঠামো খুলতে ফাইল মেনু নীচে স্ক্রোল করুন। |
08:03 | Fetch by ID তে ক্লিক করুন। |
08:06 | Fetch structure by ID ডায়ালগ বাক্স খোলে। |
08:11 | PDB বিকল্প চয়ন করুন। তারপর 4 অক্ষরের PDB code লিখুন। উদাহরণস্বরুপ human insulin এর জন্য 4ex1 লিখুন। |
08:23 | fetch বোতামে ক্লিক করুন। |
08:25 | প্যানেলে দুটি প্রোটিন কাঠামো অপরের একে উপরে আসে। |
08:29 | দুটি ওভারল্যাপিং কাঠামো আলাদা করতে: আমাদের একটি মডেল চয়ন করে প্যানেলে আনতে হবে। |
08:36 | favorites মেনু দ্বারা Command line খুলুন। |
08:39 | Command line উইন্ডোর নীচের অংশে দেখায়। |
08:43 | মডেল জিরো আনচেক করতে ক্লিক করুন, যা leucine zipper দেখায়। |
08:48 | কার্সারটি insulin কাঠামোতে আনুন: মাউসের মাঝের বোতাম টিপুন। |
08:54 | তারপর মডেলটি প্যানেলের পছন্দসই স্থানে সরানোর জন্য টানুন। মাউস বোতামে ছেড়ে দিন। |
09:01 | মডেলটি চয়নপূর্বক স্ক্রীন থেকে সরাতে Favorites মেনু দ্বারা মডেল প্যানেল খুলুন। |
09:08 | Model Panel ডায়লগ বাক্স দেখায়। |
09:11 | যে মডেল আপনি সরাতে চান সেই model ID তে ক্লিক করে তা চয়ন করুন। |
09:16 | উদাহরণস্বরূপ আমি স্ক্রীন থেকে insulin মডেল সরাতে চাই। |
09:21 | model ID তে ক্লিক করুন। Close বিকল্পে ক্লিক করুন। |
09:26 | প্যানেলটি দেখুন। insulin এর মডেল এখন স্ক্রীন থেকে সরে গেছে। |
09:32 | মডেল প্যানেল উইন্ডো বন্ধ করুন। |
09:34 | আমরা এই টিউটোরিয়ালের শেষে এসেছি। |
09:37 | আমরা যা শিখেছি তা সংক্ষিপ্তকরণ করি। |
09:40 | এখানে আমরা পরমাণু এবং residues এর লেবেল করা শিখেছি। |
09:46 | Select menu দ্বারা বা Picking দ্বারা পরমাণু এবং residues চয়ন করা। |
09:51 | residues এর রঙ এবং প্রদর্শন বদলানো। |
09:55 | পরমাণু যোগ করা, মোছা বা বদলানো, বন্ড ঘোরানো। |
10:00 | ডিসপ্লে উইন্ডোতে একাধিক মডেল খোলা। মডেল চয়ন করা এবং সরানো। |
10:06 | অনুশীলনীর জন্য chimera উইন্ডোতে human insulin, pdb code 4ex1 এর কাঠামো খুলুন। |
10:14 | সকল hydrophobic অ্যামিনো অ্যাসিড residues কে নীল রঙ করুন। |
10:19 | সকল polar residues কে লাল রঙ করুন। |
10:23 | আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ হওয়া উচিত। |
10:29 | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।
এটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
10:36 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
অধিক জানতে আমাদের লিখুন। |
10:45 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য। |
10:55 | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। |