UCSF-Chimera/C4/Attributes/Bengali

Time	Narration
00:01	Attributes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:05	এখানে আমরা শিখব: পরমাণু, রেসিডিউ এবং মডেলের বৈশিষ্ট্য বদলানো।
00:13	B-factor ভ্যালু অনুযায়ী প্রোটিনে পরমাণু রঙ করা।
00:18	kdHydrophobicity ভ্যালু অনুযায়ী রেসিডিউ রঙ করা।
00:24	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেসের সাথে পরিচিত হতে হবে। না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
00:33	টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:50	এখানে, আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:54	কমান্ড লাইন দ্বারা, Leucine zipper এর গঠন খুলুন।
00:52	কমান্ড টেক্সট বাক্সে লিখুন: open 1zik. এন্টার টিপুন।
01:05	প্যানেলে মডেল ribbons হিসাবে দেখায়।
01:10	Presets মেনু দ্বারা ডিসপ্লে Interactive 2 তে বদলান।
01:14	জলের অণু লুকোতে কমান্ড লাইনে লিখুন delete solvent, এন্টার টিপুন।
01:22	ডিসপ্লে স্টিকে বদলাতে লিখুন: rep stick, এন্টার টিপুন।
01:30	কাঠামোতে হাইড্রোজেন জুড়তে লিখুন addh.
01:36	এখন, শিখি যে এই কাঠামোর জন্য পরমাণু এবং রেসিডিউয়ের বৈশিষ্ট্য কিভাবে বদলায়।
01:43	Attributes হল নাম এবং ভ্যালুর সাথে বৈশিষ্ট্য।
01:47	Chimera তে আইটেম যেমন পরমাণু, বন্ড, রেসিডিউ এবং আণবিক মডেলের বৈশিষ্ট্য রয়েছে।
01:54	Attributes বদলানোর বিভিন্ন উপায় রয়েছে।
01:57	Favorites মেনু দ্বারা Model Panel খুলুন।
02:01	স্ক্রিনে Model Panel ডায়লগ বাক্স খোলে।
02:05	প্যানেলে ডান দিকে attributes বোতামে ক্লিক করুন।
02:10	স্ক্রিনে 1zik এর জন্য Attributes ডায়লগ বাক্স খোলে।
02:15	ডায়ালগ বাক্সে attribute তালিকা রয়েছে।
02:18	তালিকায় Molecule Attributes এবং তার কম্পোনেন্ট পরমাণু, বন্ড এবং রেসিডিউ বৈশিষ্ট্য রাখে।
02:28	Molecule Attributes চয়ন করুন।
02:31	উপলব্ধ attributes উইন্ডোতে তালিকাবদ্ধ।
02:35	উদাহরণস্বরূপ - অ্যারোমেটিক রিং এর ডিসপ্লে বদলাতে, aromatic display এর পাশের বোতামে ক্লিক করুন।
02:42	ড্রপ ডাউন থেকে True চয়ন করুন।
02:45	Aromatic ring style এ disk চয়ন করুন।
02:49	aromatic color এর পাশে color well এ ক্লিক করুন।
02:53	color editor থেকে রঙ চয়ন করুন।
02:56	ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
02:59	প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। সকল aromatic rings কেন্দ্রে ডিস্কের সাথে দেখায়।
03:06	কাঠামোর ডিসপ্লে ball and stick এ বদলান।
03:10	কমান্ড লাইনে লিখুন rep bs.
03:16	Attributes ডায়লগ বাক্সে, পরমাণুগুলির Van der Walls ব্যাসার্ধ বদলান।
03:22	ball scale এর ভ্যালু বদলে 0.5 করুন। এন্টার টিপুন।
03:27	প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। পরমাণু অনেক বড় পরমাণু ব্যাসার্ধের সাথে দেখায়।
03:33	Molecular Attributes চেক বাক্সে আবার ক্লিক করুন।
03:38	তালিকা থেকে Component Atom Attributes এ ক্লিক করুন।
03:43	সংশ্লিষ্ট উইন্ডোতে, atom style বোতামে ক্লিক করুন।
03:48	ড্রপ ডাউন মেনুতে অনেক বিকল্প রয়েছে।
03:51	ডিসপ্লে cpk তে বদলাতে sphere এ ক্লিক করুন।
03:55	প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন।
03:57	sticks ডিসপ্লেতে ফিরে যেতে dot চয়ন করুন।
04:02	এখন Component Bond Attributes এ ক্লিক করুন।
04:10	এখানে bond style কে stick বা wire এ বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
04:13	Component Residue Attributes এ ক্লিক করুন।
04:17	এখানে ribbon এর বৈশিষ্ট্য বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
04:22	Presets মেনু ব্যবহার করে, প্যানেলে স্ট্রাকচারের ডিসপ্লে ribbons এ বদলান।
04:28	এখন Attribute ডায়ালগ বাক্সে ক্লিক করুন।
04:32	Attribute ডায়লগ বক্সে, ribbon color এর পাশের color well এ ক্লিক করুন। রিবন রঙ চয়ন করুন।
04:41	color editor বন্ধ করতে close বিকল্পে ক্লিক করুন।
04:46	ribbon এবং scaling এর ক্রস-সেকশন বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
04:52	ডায়ালগ বক্স বন্ধ করুন।
04:55	Presets মেনু ব্যবহার করে আবার পরমাণুর প্রদর্শন বদলান।
05:00	Tools মেনু ব্যবহার করে Attributes বদলানো যেতে পারে।
05:03	Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure Analysis এ স্ক্রোল করুন।
05:09	সাব-মেনু থেকে Render by Attribute বিকল্প চয়ন করুন।
05:14	Render by attribute ডায়ালগ বাক্স খোলে।
05:17	এখানে পরমাণু, রেসিডিউ, অণু, segmentation regions ইত্যাদির বৈশিষ্ট্য বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
05:27	atoms চয়ন করুন। Render এ ক্লিক করুন।
05:32	উপলব্ধ বিকল্প যাচাই করতে Attribute তালিকায় ক্লিক করুন।
05:37	তালিকা দুটি বিকল্প দেখায়: bfactor এবং occupancy
05:43	এই দুটি বৈশিষ্ট্য ইনপুট PDB ফাইল থেকে পড়া যেতে পারে।
05:48	bfactor চয়ন করুন।
05:50	রঙিন উল্লম্ব বারের সাথে ভ্যালুর একটি হিস্টোগ্রাম দেখাবে।
05:55	B-factor ভ্যালু macromolecule এ গতিশীলতার মাপ দেয়।
06:01	কম B-factor ভ্যালুর পরমাণু যা সুব্যবস্থিত, স্ট্রাকচারের একটি অংশ।
06:08	বড় B-factor ভ্যালুর পরমাণু যা খুব নমনীয়, স্ট্রাকচারের একটি অংশ।
06:15	প্রোটিনের কাঠামোর জন্য PDB ফাইল B-factor তথ্য রাখে।
06:21	প্যানেলে ফিরে যান।
06:23	উল্লম্ব বার মাউস দিয়ে হিস্টোগ্রাম বরাবর টেনে আনা যেতে পারে।
06:29	B-factor এর ভ্যালু Value টেক্সট বাক্সে দেখায়।
06:34	নীল উল্লম্ব বারটিকে শূন্যে, লালকে 100 এ ড্রেগ করুন।
06:41	তারপর সাদা বারকে 50 তে ফিক্স করুন।
06:45	Colors বোতামে ক্লিক করুন।
06:48	color atoms, keep opaque এবং color surfaces চেক করুন।
06:55	ডিফল্ট কালার palette blue এবং red রয়েছে।
06:59	আপনি ড্রপ ডাউন মেনু দ্বারা কলর palette বদলাতে পারেন।
07:04	Apply বোতামে ক্লিক করুন।
07:07	প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। উচ্চ B-factor ভ্যালু সহ পরমাণু লাল এবং নিম্ন নীলে দেখায়।
07:16	প্রত্যাশিত, উচ্চ B-factor সহ পরমাণু কাঠামোর বাইরে রয়েছে।
07:22	এখন, রেসিডিউসের বৈশিষ্ট্য বদলাই।
07:26	Select by Attribute ডায়ালগ বাক্সে, Attributes বোতামে ক্লিক করুন।
07:32	ড্রপ ডাউন থেকে, residues চয়ন করুন।
07:36	Render এ ক্লিক করুন।
07:38	রেসিডিউয়ের জন্য সেই বৈশিষ্ট্য kdHydrophobicity scale রাখে।
07:44	ড্রপ ডাউন মেনু থেকে kdHydrophobicity এ ক্লিক করুন।
07:48	হিস্টোগ্রামে ভ্যালু দেখায়।
07:52	kdHydrophobicity scales সেই ভ্যালু যা অ্যামিনো অ্যাসিড রেসিডিউয়ের আপেক্ষিক হাইড্রোফোবিসিটি সংজ্ঞায়িত করে।
08:00	KdHydrophobicity ভ্যালু hydrophobic residues এর জন্য পজিটিভ এবং polar residues এর জন্য নেগেটিভ হয়।
08:09	রেসিডিউয়ের Hydrophobicity, colors বা worms দেখা যেতে পারে।
08:15	Colors চয়ন করুন। ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার চয়নিত।
08:21	Apply বোতামে ক্লিক করুন। প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন।
08:26	hydrophobic residues এর রঙ লাল এবং polar residues এর রঙ নীল হয়।
08:33	Worms বোতামে ক্লিক করুন। Apply তে ক্লিক করুন।
08:38	প্যানেলটি দেখুন।
08:41	Worms হল সংশোধিত রিবনর্স যা ব্যাসার্ধে পরিবর্তিত হয়।
08:47	অধিকাংশ hydrophobic residues স্ট্রাকচারের ভেতরের দিকে হয়।
08:52	ডিফল্টরূপে, বড় hydrophobic residues বড় ব্যাসার্ধ দিয়ে দেখাবে।
09:00	স্ট্রাকচারকে সাধারণ রিবন্সে ফিরিয়ে আনতে।
09:03	worm-style এ ক্লিক করুন এবং non-worm বিকল্প চয়ন করুন।
09:09	OK বোতামে ক্লিক করুন।
09:12	File মেনু ব্যবহার করে Chimera সেশন বন্ধ করুন।
09:16	এটি সংক্ষিপ্তকরণ করি, এখানে আমরা শিখেছি: পরমাণু, রেসিডিউ এবং মডেলের বৈশিষ্ট্য বদলানো।
09:25	B-factor ভ্যালু অনুযায়ী প্রোটিনে পরমাণু রঙ করা।
09:30	kdHydrophobicity ভ্যালু অনুযায়ী রেসিডিউ রঙ করা।
09:35	অনুশীলনী হিসাবে, প্যানেলে hemoglobin (PDB code: 2HCO) এর মডেল খুলুন। B-factor ভ্যালু অনুযায়ী পরমাণু রঙ করুন।
09:44	kdHydrophobicity ভ্যালু অনুযায়ী রেসিডিউ রঙ করুন।
09:49	নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
09:56	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
10:04	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
10:10	আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta