UCSF-Chimera/C4/Attributes/Bengali

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
Time
Narration
00:01 Attributes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:05 এখানে আমরা শিখব: পরমাণু, রেসিডিউ এবং মডেলের বৈশিষ্ট্য বদলানো।
00:13 B-factor ভ্যালু অনুযায়ী প্রোটিনে পরমাণু রঙ করা।
00:18 kdHydrophobicity ভ্যালু অনুযায়ী রেসিডিউ রঙ করা।
00:24 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেসের সাথে পরিচিত হতে হবে। না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
00:33 টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:50 এখানে, আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:54 কমান্ড লাইন দ্বারা, Leucine zipper এর গঠন খুলুন।
00:52 কমান্ড টেক্সট বাক্সে লিখুন: open 1zik. এন্টার টিপুন।
01:05 প্যানেলে মডেল ribbons হিসাবে দেখায়।
01:10 Presets মেনু দ্বারা ডিসপ্লে Interactive 2 তে বদলান।
01:14 জলের অণু লুকোতে কমান্ড লাইনে লিখুন delete solvent, এন্টার টিপুন।
01:22 ডিসপ্লে স্টিকে বদলাতে লিখুন: rep stick, এন্টার টিপুন।
01:30 কাঠামোতে হাইড্রোজেন জুড়তে লিখুন addh.
01:36 এখন, শিখি যে এই কাঠামোর জন্য পরমাণু এবং রেসিডিউয়ের বৈশিষ্ট্য কিভাবে বদলায়।
01:43 Attributes হল নাম এবং ভ্যালুর সাথে বৈশিষ্ট্য।
01:47 Chimera তে আইটেম যেমন পরমাণু, বন্ড, রেসিডিউ এবং আণবিক মডেলের বৈশিষ্ট্য রয়েছে।
01:54 Attributes বদলানোর বিভিন্ন উপায় রয়েছে।
01:57 Favorites মেনু দ্বারা Model Panel খুলুন।
02:01 স্ক্রিনে Model Panel ডায়লগ বাক্স খোলে।
02:05 প্যানেলে ডান দিকে attributes বোতামে ক্লিক করুন।
02:10 স্ক্রিনে 1zik এর জন্য Attributes ডায়লগ বাক্স খোলে।
02:15 ডায়ালগ বাক্সে attribute তালিকা রয়েছে।
02:18 তালিকায় Molecule Attributes এবং তার কম্পোনেন্ট পরমাণু, বন্ড এবং রেসিডিউ বৈশিষ্ট্য রাখে।
02:28 Molecule Attributes চয়ন করুন।
02:31 উপলব্ধ attributes উইন্ডোতে তালিকাবদ্ধ।
02:35 উদাহরণস্বরূপ - অ্যারোমেটিক রিং এর ডিসপ্লে বদলাতে, aromatic display এর পাশের বোতামে ক্লিক করুন।
02:42 ড্রপ ডাউন থেকে True চয়ন করুন।
02:45 Aromatic ring style এ disk চয়ন করুন।
02:49 aromatic color এর পাশে color well এ ক্লিক করুন।
02:53 color editor থেকে রঙ চয়ন করুন।
02:56 ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
02:59 প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। সকল aromatic rings কেন্দ্রে ডিস্কের সাথে দেখায়।
03:06 কাঠামোর ডিসপ্লে ball and stick এ বদলান।
03:10 কমান্ড লাইনে লিখুন rep bs.
03:16 Attributes ডায়লগ বাক্সে, পরমাণুগুলির Van der Walls ব্যাসার্ধ বদলান।
03:22 ball scale এর ভ্যালু বদলে 0.5 করুন। এন্টার টিপুন।
03:27 প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। পরমাণু অনেক বড় পরমাণু ব্যাসার্ধের সাথে দেখায়।
03:33 Molecular Attributes চেক বাক্সে আবার ক্লিক করুন।
03:38 তালিকা থেকে Component Atom Attributes এ ক্লিক করুন।
03:43 সংশ্লিষ্ট উইন্ডোতে, atom style বোতামে ক্লিক করুন।
03:48 ড্রপ ডাউন মেনুতে অনেক বিকল্প রয়েছে।
03:51 ডিসপ্লে cpk তে বদলাতে sphere এ ক্লিক করুন।
03:55 প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন।
03:57 sticks ডিসপ্লেতে ফিরে যেতে dot চয়ন করুন।
04:02 এখন Component Bond Attributes এ ক্লিক করুন।
04:10 এখানে bond style কে stick বা wire এ বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
04:13 Component Residue Attributes এ ক্লিক করুন।
04:17 এখানে ribbon এর বৈশিষ্ট্য বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
04:22 Presets মেনু ব্যবহার করে, প্যানেলে স্ট্রাকচারের ডিসপ্লে ribbons এ বদলান।
04:28 এখন Attribute ডায়ালগ বাক্সে ক্লিক করুন।
04:32 Attribute ডায়লগ বক্সে, ribbon color এর পাশের color well এ ক্লিক করুন। রিবন রঙ চয়ন করুন।
04:41 color editor বন্ধ করতে close বিকল্পে ক্লিক করুন।
04:46 ribbon এবং scaling এর ক্রস-সেকশন বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
04:52 ডায়ালগ বক্স বন্ধ করুন।
04:55 Presets মেনু ব্যবহার করে আবার পরমাণুর প্রদর্শন বদলান।
05:00 Tools মেনু ব্যবহার করে Attributes বদলানো যেতে পারে।
05:03 Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure Analysis এ স্ক্রোল করুন।
05:09 সাব-মেনু থেকে Render by Attribute বিকল্প চয়ন করুন।
05:14 Render by attribute ডায়ালগ বাক্স খোলে।
05:17 এখানে পরমাণু, রেসিডিউ, অণু, segmentation regions ইত্যাদির বৈশিষ্ট্য বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
05:27 atoms চয়ন করুন। Render এ ক্লিক করুন।
05:32 উপলব্ধ বিকল্প যাচাই করতে Attribute তালিকায় ক্লিক করুন।
05:37 তালিকা দুটি বিকল্প দেখায়: bfactor এবং occupancy
05:43 এই দুটি বৈশিষ্ট্য ইনপুট PDB ফাইল থেকে পড়া যেতে পারে।
05:48 bfactor চয়ন করুন।
05:50 রঙিন উল্লম্ব বারের সাথে ভ্যালুর একটি হিস্টোগ্রাম দেখাবে।
05:55 B-factor ভ্যালু macromolecule এ গতিশীলতার মাপ দেয়।
06:01 কম B-factor ভ্যালুর পরমাণু যা সুব্যবস্থিত, স্ট্রাকচারের একটি অংশ।
06:08 বড় B-factor ভ্যালুর পরমাণু যা খুব নমনীয়, স্ট্রাকচারের একটি অংশ।
06:15 প্রোটিনের কাঠামোর জন্য PDB ফাইল B-factor তথ্য রাখে।
06:21 প্যানেলে ফিরে যান।
06:23 উল্লম্ব বার মাউস দিয়ে হিস্টোগ্রাম বরাবর টেনে আনা যেতে পারে।
06:29 B-factor এর ভ্যালু Value টেক্সট বাক্সে দেখায়।
06:34 নীল উল্লম্ব বারটিকে শূন্যে, লালকে 100 এ ড্রেগ করুন।
06:41 তারপর সাদা বারকে 50 তে ফিক্স করুন।
06:45 Colors বোতামে ক্লিক করুন।
06:48 color atoms, keep opaque এবং color surfaces চেক করুন।
06:55 ডিফল্ট কালার palette blue এবং red রয়েছে।
06:59 আপনি ড্রপ ডাউন মেনু দ্বারা কলর palette বদলাতে পারেন।
07:04 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
07:07 প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। উচ্চ B-factor ভ্যালু সহ পরমাণু লাল এবং নিম্ন নীলে দেখায়।
07:16 প্রত্যাশিত, উচ্চ B-factor সহ পরমাণু কাঠামোর বাইরে রয়েছে।
07:22 এখন, রেসিডিউসের বৈশিষ্ট্য বদলাই।
07:26 Select by Attribute ডায়ালগ বাক্সে, Attributes বোতামে ক্লিক করুন।
07:32 ড্রপ ডাউন থেকে, residues চয়ন করুন।
07:36 Render এ ক্লিক করুন।
07:38 রেসিডিউয়ের জন্য সেই বৈশিষ্ট্য kdHydrophobicity scale রাখে।
07:44 ড্রপ ডাউন মেনু থেকে kdHydrophobicity এ ক্লিক করুন।
07:48 হিস্টোগ্রামে ভ্যালু দেখায়।
07:52 kdHydrophobicity scales সেই ভ্যালু যা অ্যামিনো অ্যাসিড রেসিডিউয়ের আপেক্ষিক হাইড্রোফোবিসিটি সংজ্ঞায়িত করে।
08:00 KdHydrophobicity ভ্যালু hydrophobic residues এর জন্য পজিটিভ এবং polar residues এর জন্য নেগেটিভ হয়।
08:09 রেসিডিউয়ের Hydrophobicity, colors বা worms দেখা যেতে পারে।
08:15 Colors চয়ন করুন। ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার চয়নিত।
08:21 Apply বোতামে ক্লিক করুন। প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন।
08:26 hydrophobic residues এর রঙ লাল এবং polar residues এর রঙ নীল হয়।
08:33 Worms বোতামে ক্লিক করুন। Apply তে ক্লিক করুন।
08:38 প্যানেলটি দেখুন।
08:41 Worms হল সংশোধিত রিবনর্স যা ব্যাসার্ধে পরিবর্তিত হয়।
08:47 অধিকাংশ hydrophobic residues স্ট্রাকচারের ভেতরের দিকে হয়।
08:52 ডিফল্টরূপে, বড় hydrophobic residues বড় ব্যাসার্ধ দিয়ে দেখাবে।
09:00 স্ট্রাকচারকে সাধারণ রিবন্সে ফিরিয়ে আনতে।
09:03 worm-style এ ক্লিক করুন এবং non-worm বিকল্প চয়ন করুন।
09:09 OK বোতামে ক্লিক করুন।
09:12 File মেনু ব্যবহার করে Chimera সেশন বন্ধ করুন।
09:16 এটি সংক্ষিপ্তকরণ করি, এখানে আমরা শিখেছি: পরমাণু, রেসিডিউ এবং মডেলের বৈশিষ্ট্য বদলানো।
09:25 B-factor ভ্যালু অনুযায়ী প্রোটিনে পরমাণু রঙ করা।
09:30 kdHydrophobicity ভ্যালু অনুযায়ী রেসিডিউ রঙ করা।
09:35 অনুশীলনী হিসাবে, প্যানেলে hemoglobin (PDB code: 2HCO) এর মডেল খুলুন। B-factor ভ্যালু অনুযায়ী পরমাণু রঙ করুন।
09:44 kdHydrophobicity ভ্যালু অনুযায়ী রেসিডিউ রঙ করুন।
09:49 নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
09:56 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
10:04 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
10:10 আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta