UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Bengali

Time	Narration
00:01	Superimposing and Morphing এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06	এখানে আমরা শিখব ডিসপ্লেকে পরমাণুতে বদলাতে কমান্ড লেখা।
00:12	ribbons দেখা এবং লুকোনো।
00:14	amino acid residues এর রঙ বদলানো।
00:18	এক এক residues লেবেল করা।
00:21	solvent অণু সরানো এবং ইমেজ বিভিন্ন ফাইল ফরম্যাটে সংরক্ষণ করা।
00:28	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের Biochemistry সম্পর্কে জানতে হবে।
00:34	Structural Biology এবং Chimera interface এর সাথে পরিচিত হতে হবে।
00:40	প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
00:44	টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি উবুন্টু OS সংস্করণ 14.04 chimera সংস্করণ 1.10.2.
00:53	Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
01:00	Chimera উইন্ডো খুলতে Chimera আইকনে ডাবল ক্লিক করুন।
01:06	graphics window খুলতে lightning bolt আইকনে ক্লিক করুন।
01:10	এখানে আমি দেখাবো যে কাঠামোতে পরিবর্তন আনতে commands কিভাবে প্রয়োগ করে।
01:16	Favorites মেনু ব্যবহার করে Command Line খুলুন।
01:20	Chimera উইন্ডোর নীচের অংশে একটি command text box দেখায়।
01:25	menus ব্যবহার করে কাজগুলি commands দ্বারা সম্পন্ন করা যায়।
01:31	Chimera Commands সম্পর্কে।
01:34	Chimera commands, Command line এ প্রবিষ্ট করা হয়।
01:38	semicolon সেপারেটর দ্বারা একাধিক commands একই লাইনে মিলিত হতে পারে।
01:43	command নিষ্পাদিত করতে Enter কী টিপুন।
01:47	পূর্ববর্তী commands এ command History থেকে অ্যাক্সেস করা যায়।
01:51	commands সম্পর্কে আরো তথ্য প্রদত্ত লিঙ্কে দেওয়া হয়েছে।
01:56	Chimera উইন্ডোতে ফিরে আসুন। একটি কমান্ড লিখে leucine zipper এর একটি মডেল খুলি।
02:03	command একটি command শব্দ দিয়ে শুরু হয়।
02:06	command line টেক্সট বাক্সে open space 1zik লিখুন।
02:13	আপনার একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ প্রয়োজন।
02:17	command নিষ্পাদিত করতে Enter টিপুন।
02:20	কাঠামো পর্দায় দেখায়।
02:23	ribbons ডিসপ্লেকে atoms এ বদলাতে command line text box এ লিখুন: The command word display এবং এন্টার টিপুন।
02:34	এখন atoms display তে protein এর কাঠামো রয়েছে।
02:38	এই কাঠামো আংশিকভাবে ribbons হিসাবে দেখায়।
02:42	ribbons লুকোতে লিখুন wave symbol যা tilda নামেও পরিচিত, তারপর command শব্দ ribbon লিখুন।
02:51	tilda সহ কমান্ড রিভার্স ফাংশন নির্দেশ করে।
02:55	এখানে, এরপর ribbon keyword দ্বারা tilda চিহ্ন ribbons লুকোয়। এন্টার টিপুন।
03:03	আমরা atoms, bonds, surfaces ইত্যাদি রঙ্গিন করতে color command ব্যবহার করতে পারি।
03:10	উদাহরণস্বরূপ, সকল leucines এর রঙ বদলাতে লিখুন: Color space yellow space colon এবং তারপর amino acid এর জন্য তিনটি অক্ষরের ছোট রূপ।
03:24	leucine এর জন্য, আমি লিখব leu.
03:28	এখানে color yellow argument সহ command word রয়েছে এবং লক্ষ্য হল কাঠামোর সকল leucines.
03:37	আপনি লক্ষ্য নির্দিষ্ট না করলে সম্পূর্ণ কাঠামো হলুদ রঙের হবে। এন্টার টিপুন।
03:45	panel টি দেখুন। সকল leucines এখন হলুদ রঙে রয়েছে।
03:51	আমরা একটি বিশেষ স্থানের amino acid কে বিশেষ রঙ দ্বারা রঙ করতে পারি।
03:56	উদাহরণস্বরূপ histidine এর রঙ বদলাতে, যা chain B তে স্থান 18 এ উপস্থিত, লিখুন color space red space colon18.B এবং এন্টার টিপুন।
04:13	প্যানেলটি দেখুন। histidine এখন লাল হয়ে গেছে।
04:19	সম্পূর্ণ কাঠামোর ডিসপ্লে CPK spacefill এ বদলাতে, rep লিখুন।
04:26	rep কীওয়ার্ড represent এর সংক্ষিপ্ত রূপ। rep space sphere; এন্টার টিপুন।
04:37	প্যানেলটি দেখুন।
04:39	কাঠামো stick ডিসপ্লেতে ফিরিয়ে আনতে, আবার লিখুন rep space stick এবং এন্টার টিপুন।
04:50	solvent অণুর কাঠামো লুকোতে লিখুন del (মুছে ফেলতে), space solvent. এন্টার টিপুন।
05:02	চয়নের জন্য residues সক্রিয় করতে, select command শব্দ চয়ন করুন।
05:08	command line টেক্সট বাক্সে লিখুন, select space colon তারপর রেসিডিউ এর সংখ্যা এবং chain.
05:18	উদাহরণস্বরূপ chain B এর স্থানে 28 এ উপস্থিত lysine সক্রিয় করতে লিখুন select space colon তারপর 28 dot B. এন্টার টিপুন।
05:34	এখন চয়নিত residue এর label দেখাতে লিখুন rlabel space sel. এন্টার টিপুন।
05:44	প্যানেলটি দেখুন। চয়নিত residue এর residue label প্রদর্শিত হয়।
05:51	পূর্বে চয়নিত residue অচয়নিত করতে, select command পেতে আপ অ্যারো কী টিপুন।
05:59	command এর প্রারম্ভে tilda চিহ্ন লিখুন। এন্টার টিপুন।
06:05	Help menu তে keywords এবং command index এর একটি তালিকা উপলব্ধ।
06:09	Help menu তে ক্লিক করুন, স্নীচে ক্রোল করুন এবং Commands index এ ক্লিক করুন।
06:16	commands লিখতে keywords এর সূচী সহ একটি web-page খোলে।
06:22	Chimera উইন্ডোতে ফিরে আসুন।
06:25	আপনি ব্যাকগ্রাউন্ডের রঙ কালো থেকে নীলে বদলাতে চাইলে লিখুন: background space solid space blue. এন্টার টিপুন।
06:38	প্যানেল এখন নীল রঙে রয়েছে।
06:41	Command এর হিস্ট্রি দেখতে, Command line এর ডান পাশে স্থিত কালো ত্রিভুজে ক্লিক করুন।
06:48	Command history পূর্বে ব্যবহৃত কমান্ড তালিকাভুক্ত করে।
06:53	Commands, Command এ ক্লিক করে আবার নিষ্পাদিত করা যায়।
06:57	Command line লুকোতে, ড্রপ ডাউন মেনুতে Hide command line বিকল্পে ক্লিক করুন।
07:03	আপনার নির্মিত কাঠামো save করার অনেক বিকল্প রয়েছে। File menu খুলুন।
07:09	আপনি এটি করতে পারেন: Restore a Session, Save a Session
07:14	ইমেজ JPEG বা PNG ফরম্যাটে সংরক্ষণ করুন।
07:19	ইমেজ PDB বা Mol2 ফাইল হিসাবে সংরক্ষণ করুন, দৃশ্য Export করুন ইত্যাদি।
07:27	প্রদর্শন করতে, ইমেজে JPEG ফরম্যাটে সংরক্ষণ করি।
07:33	Save image বিকল্পে ক্লিক করুন। একটি Save image ডায়লগ বাক্স খোলে।
07:40	ফাইলের স্থান হিসাবে ডেস্কটপ চয়ন করুন।
07:44	File name কে 1zik লিখুন। File name কে JPEG হিসাবে লিখুন।
07:52	আপনার প্রয়োজন অনুযায়ী ইমেজের আকার নিশ্চিত করুন।
07:56	প্রদর্শন করতে, আমি প্রস্থ হিসাবে 800 এবং উচ্চতা হিসাবে 600 লিখব।
08:05	Save বোতামে ক্লিক করুন। ইমেজ ডেস্কটপে 1zik.jpg হিসাবে সংরক্ষণ হয়।
08:15	সংক্ষিপ্তকরণ করি যে এখানে আমরা শিখেছি।
08:17	এখানে আমরা কমান্ড লিখেছি, display কে atoms এ বদলানো।
08:22	ribbons দেখানো এবং লুকোনো।
08:25	amino acid residues এর রঙ বদলানো।
08:28	আলাদা আলাদা residues লেবেল করা.
08:31	solvent molecules মুছে ফেলা। ইমেজ ভিন্ন ভিন্ন ফাইল ফরম্যাটে সংরক্ষণ করা।
08:38	অনুশীলনী হিসাবে Human oxy-hemoglobin (PDB code: 2dn1) এর কাঠামো লোড করতে কম্যান্ড লিখুন।
08:48	ডিসপ্লে atoms এ বদলান এবং ribbons লুকোন।
08:52	সকল histidine residues কে সবুজ রঙ করুন।
08:56	solvent molecules সরান এবং ইমেজ JPEG ফরম্যাটে সংরক্ষণ করুন।
09:03	আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ হওয়া উচিত।
09:12	নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
09:19	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
09:29	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
09:35	এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
09:40	আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta