UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Bengali

Time	Narration
00:01	Superimposing এবং Morphing এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06	এখানে আমরা শিখব: একই প্রোটিনের ভিন্ন ভিন্ন কাঠামো তুলনা এবং সুপারইম্পোজ করা।
00:13	conformations মর্ফ করা এবং ট্রাজেক্টরী বানানো।
00:17	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে।
00:22	না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
00:27	এখানে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:43	এখানে, আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:46	graphic access ইন্টারফেস থেকে, 3w7f ফাইলে ক্লিক করুন।
00:53	স্ক্রিনে Squalin Synthase স্ট্রাকচার খোলে।
00:57	এখন, superimposing এর জন্য এই স্ট্রাকচার বানাই।
01:01	এটি একই প্রোটিনের দুটি কপি রাখে।
01:05	কমান্ড লাইন দ্বারা তাদের একটি চেন মুছে দিন।
01:09	আমি কমান্ড হিস্ট্রিতে ক্লিক করে কমান্ডটি আবার কল করব।
01:14	কমান্ড হিস্ট্রি ডায়লগ বাক্স থেকে delete:.a কমান্ড চয়ন করুন।
01:20	এন্টার টিপুন।
01:22	এরপর স্ট্রাকচার থেকে solvent অণু সরাতে, আমি কমান্ড লিখব del solvent, এন্টার টিপুন।
01:32	এই স্ট্রাকচার সাবস্ট্রেট এনালগ Farnesyl thiopyrophosphate, সংক্ষেপে FPS এ আবদ্ধ।
01:40	আমরা দুটি অনুরূপ প্রোটিনকে তাদের সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের সাথে তুলনা করতে সুপারইম্পোজ করব।
01:46	এর জন্য, আমরা সাবস্ট্রট ছাড়া একই এনজাইমের স্ট্রাকচার খুঁজবো।
01:52	কমান্ড লাইনে লিখুন open 2zco, এন্টার টিপুন।
02:02	নতুন স্ট্রাকচার নীল রঙে রয়েছে।
02:05	এখন, এই দুটি স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ হতে প্রস্তুত।
02:10	Superimposition বা Structural alignment দুই বা অধিক প্রোটিন স্ট্রাকচার তুলনা করার একটি টুল।
02:18	অ্যালাইনমেন্ট তাদের আকৃতি এবং ত্রিমাত্রিক conformation ভিত্তিক।
02:24	superimposing শুরু করার আগে, আমরা টুলবারে কিছু আইকন রাখি।
02:30	Favorites মেনুতে ক্লিক করুন।
02:32	Add to favorites/Tool bar বিকল্পে স্ক্রোল করুন।
02:37	Preferences ডায়লগ বাক্স খোলে।
02:40	Category ড্রপ ডাউন থেকে, Tools চয়ন করুন।
02:44	Settings শিরোনামে, On Tool bar কলামে বাক্স চেক করুন।
02:53	নিম্নের জন্য বাক্স চেক করুন Command line , Model Panel, Side View
02:59	নীচে স্ক্রোল করুন এবং MatchMaker এবং Match-Align এ ক্লিক করুন।
03:05	আপনি আপনার নিজস্ব টুলবার কাস্টমাইজ করতে পারেন।
03:08	আপনার প্রয়োজন অনুসারে টুল চয়ন করুন।
03:12	প্যানেলটি দেখুন।
03:14	প্যানেলের উপরে Tool bar আইকন জুড়ে গেছে।
03:19	Tool bar এর স্থিতি বদলাতে, Toolbar placement বোতামে ক্লিক করুন।
03:25	ড্রপ ডাউন মেনু থেকে বিকল্প চয়ন করুন।
03:29	টুল বারে সকল আইকন জুড়ে নিলে, Save বোতামে ক্লিক করুন।
03:35	ডায়ালগ বক্স বন্ধ করতে Close এ ক্লিক করুন।
03:39	কাঠামো এখন বিভিন্ন স্থিতিতে রয়েছে।
03:43	এখন, MatchMaker ফাংশন ব্যবহার করে স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ করি।
03:48	Tool bar এ MatchMaker টুলে ক্লিক করুন।
03:53	MatchMaker ডায়ালগ বাক্স খোলে।
03:56	Reference structure হিসাবে 3w7f এ ক্লিক করুন।
04:01	এখন, ডিফল্ট সেটিংস রেখেই এগোই । OK বোতামে টিপুন।
04:07	প্যানেলটি দেখুন।
04:09	দুটি কাঠামো একে অপরের উপর সুপারইম্পোজ হয়।
04:13	দুটি কাঠামো একে অপরের উপর প্রায় পুরোপুরি সুপারইম্পোজ।
04:19	একটি ছোট অংশ বাদ দিয়ে যা অপ্রাসঙ্গিক।
04:23	এই নন-সুপারইম্পোজেবল অংশে জড়িত ফ্রাগমেন্ট অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা 53 থেকে শুরু হয়ে অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা 57 পর্যন্ত হয়।
04:34	MatchMaker, রেসিডিউয়ের ধরন এবং সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার দ্বারা সিকোয়েন্স এলাইনমেন্ট করে।
04:40	তারপর সিকোয়েন্স এলাইনড রেসিডিউ 3D তে ফিট করে।
04:44	এখন Match-Align টুল যাচাই করি।
04:48	টুলবার থেকে Match-Align টুলে ক্লিক করুন। একটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
04:55	চেন চয়ন করতে, তাদের pdb Ids এ ক্লিক করুন।
04:59	OK বোতামে ক্লিক করুন।
05:03	sequence alignment ডায়লগ বাক্স খোলে।
05:05	এই বাক্সে, অন্তিম ফিটে ব্যবহৃত অ্যামিনো অ্যাসিড জোড়া হালকা কমলা বাক্স সমেত দেখায়।
05:13	রেসিডিউ 52-54 এ লুপ বাদে স্ট্রাকচার প্রায়ই একই রকম।
05:21	কার্সার সংশ্লিষ্ট এক অক্ষর কোডের উপর রাখুন।
05:25	52 থেকে 54 পর্যন্ত রেসিডিউ, সিকোয়েয়েন্সের অন্তরালের কারণে স্থানান্তরিত হয়।
05:33	কার্সার ব্যবহার করে এই অংশটি চয়ন করুন।
05:38	প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন।
05:41	সিকোয়েন্সের সেই চয়নিত অংশ লক্ষণীয় হয়।
05:45	এটি কাঠামোর নন-সুপারইম্পোজেবল অংশের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ।
05:50	আপনি Actions মেনু দ্বারা এই নন-সুপারইম্পোজেবল অংশের রঙ বদলাতে পারেন।
05:55	Actions মেনুতে ক্লিক করুন।
05:57	Color এ স্ক্রোল করুন, orange-red বিকল্পে ক্লিক করুন।
06:02	এখন এই অংশটি লক্ষণীয় হয়েছে।
06:05	চয়ন মুছে দিন এবং ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
06:10	এখন, দেখি যে conformations কিভাবে মর্ফ করে এবং ট্রাজেক্টরী বানায়।
06:15	Morphing, মূল ইনপুট স্ট্রাকচারের মাঝে মধ্যবর্তী স্ট্রাকচারের শৃঙ্খলা গনণা করতে জড়িত।
06:23	নির্মিত অন্তর্বর্তী স্ট্রাকচারের শৃঙ্খলা Molecular Dynamics Movie শর্টে MD Movie এর মত সংরক্ষণ করা যেতে পারে।
06:32	প্যানেলে ফিরে যান।
06:34	Tools মেনু থেকে morphing টুল শুরু করুন।
06:37	Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure Comparison এ স্ক্রোল করুন।
06:42	Morph conformations বিকল্পে ক্লিক করুন।
06:46	Morph conformations ডায়লগ বাক্স খোলে।
06:50	Add এ ক্লিক করুন।
06:52	Models ডায়লগ বাক্সের ফলিত তালিকাতে confirmations এ জুড়তে মডেল সংখ্যা জিরো অর্থাৎ, 3w7f এ ডাবল ক্লিক করুন।
07:03	পরের মডেল সংখ্যা 1 অর্থাৎ 2zco তে ক্লিক করুন।
07:10	তারপর 3w7f অর্থাৎ মডেল সংখ্যা জিরোতে আবার ক্লিক করুন।
07:16	এই সিকোয়েন্স লিগ্যান্ড এর মর্ফ ট্রাজেক্টরী সম্পর্কিত, যা স্ট্রাকচার থেকে খালি স্ট্রাকচার পর্যন্ত এবং আবার ফিরতে আবদ্ধ।
07:26	model list ডায়ালগ বন্ধ করুন।
07:29	Morph conformations ডায়লগ বাক্সে Create এ ক্লিক করুন।
07:34	কয়েক সেকেন্ড পর, একটি MD Movie তৈরী হয়।
07:39	স্ক্রিনে ডায়লগ বাক্স দেখায়।
07:42	ডায়লগ বাক্সে মুভি চালাতে প্লে বা পজ বোতাম রয়েছে।
07:46	প্লে করতে অ্যারো বোতামে ক্লিক করুন।
07:50	প্যানেলটি দেখুন।
07:52	কনফার্মেশনের মর্ফিং একটি মুভি হিসাবে প্লে করা হচ্ছে।
07:57	মুভি থামান এবং MD movie ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।
08:02	সংক্ষিপ্তকরণ করি যে এখানে কি শিখেছি।
08:05	এখানে আমরা শিখেছি: একই প্রোটিনের ভিন্ন ভিন্ন কাঠামো তুলনা এবং সুপারইম্পোজ করা।
08:12	conformations মর্ফ করা এবং ট্রাজেক্টরী বানানো।
08:16	ট্রাজেক্টরী Molecular Dynamics Movie হিসাবে সংরক্ষণ করা।
08:20	অনুশীলনী হিসাবে, PDB কোড 1TAG এবং 1TND সহ GTP বাইন্ডিং প্রোটিনের স্ট্রাকচার খুলুন।
08:31	MatchMaker টুল দ্বারা স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ করুন।
08:34	Sequence Alignment টুল দ্বারা, অসমান ক্ষেত্র সনাক্ত করুন।
08:41	নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
08:48	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
08:57	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
09:09	আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta