UCSF-Chimera/C2/Surface-Properties/Tamil

Time	Narration
00:01	Chimeraவில், Surface Propertyகள், குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:06	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது, protein மற்றும் DNA structureகளுக்கு, surfaceகளை காட்டுவது.
00:12	Amino acid hydrophobicity மற்றும்Electrostatic Potentialஆல், வண்ணம் பூசப்பட்ட, protein surface ன் imageகளை உருவாக்குவது.
00:22	இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, Chimera interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும்.
00:33	இங்கு, நான், Ubuntu OS பதிப்பு 14.04, Chimera பதிப்பு 1.10.2,
00:42	Mozilla firefox browser 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.
00:49	இங்கு, ஒரு Chimera windowஐ நான் திறந்துள்ளேன்.
00:52	Command lineஐ பயன்படுத்தி, RTX CPD toxinன் ஒரு structureஐ திறக்கவும்.
00:58	Favorites menuஐ பயன்படுத்தி, Command Lineஐ திறக்கவும்.
01:02	Command line text boxல், டைப் செய்க: Open space 3eeb.
01:10	3eeb , RTX CPD toxin.க்கான, pdb code ஆகும். Enterஐ அழுத்தவும்.
01:18	Protein structure, panelலில் காட்டப்படுகிறது. அது, proteinனின் இரண்டு பிரதிகளைக் கொண்டிருக்கிறது.
01:26	பிரதிகளின் ஒன்றான, அதாவது, chain A ஐ நீக்க, command lineல், commandகளை டைப் செய்யவும்.
01:33	Command line text boxல், டைப் செய்க: delete colon dot a.. Enterஐ அழுத்தவும்.
01:43	Panelஐ கவனிக்கவும். Enzymeன் பிரதிகளில் ஒன்று, நீக்கப்பட்டுவிட்டது.
01:48	Protease domain , ligand inositol hexakisphosphate. உடன் பிணைக்கப்படுகிறது. சுருக்கமாக, IHP மற்றும்Sodium ion.
01:58	அடுத்து, ligandக்கு அருகே, சிவப்பு புள்ளிகளாக இருக்கின்ற, solvent moleculeகளை நீக்கவும். டைப் செய்க: delete space solvent. Enterஐ அழுத்தவும்.
02:09	Ligandஉடன் இருக்கின்ற, sodium ionஐ நீக்க, டைப் செய்க: delete ions. Enterஐ அழுத்தவும்.
02:19	இப்போது, Presets optionஐ பயன்படுத்தி, proteinனின் structureஐ நாம் காட்டலாம்.
02:25	Menu barல் இருக்கின்ற, Presets optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:29	Interactive 3, hydrophobicity surfaceஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
02:34	இது, amino acid hydrophobicity. ஆல், color-code செய்யப்பட்ட, ஒரு molecular surfaceஐ காட்டும்.
02:41	பெரும்பாலான polar residueகளுக்கு, நீல நிறம்.
02:45	பெரும்பாலானhydrophobic.க்கு, செம்மஞ்சள் சிவப்பு. Neutral residueகளுக்கு, வெள்ளை.
02:52	வழக்கமாக, தங்கள் surface பகுதிகள் மூலம், proteinகள், மற்ற proteinகள் மற்றும் moleculeகளுடன் தொடர்பு கொள்கின்றன.
02:59	ஒரு proteinஐ , அதன் molecular surfaceன் மூலம் வர்ணிப்பது, பின்வருவனவற்றிற்கு உதவுகிறது: Protein folding பற்றிய ஆய்வு.
03:06	Biomolecular recognitionன் கணிப்பு.
03:09	drug binding cavityகளை துப்பறிதல், மற்றும், Molecular Graphics.
03:15	Chimera windowக்கு திரும்பவும்.
03:18	அடுத்து, proteinக்கான, electrostatic potential surfaceஐ காட்ட:
03:24	Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். Surface\Binding Analysis. க்கு scroll செய்யவும்.
03:30	Sub-menuவில் இருந்து, coulombic surface coloringஐ தேர்வு செய்யவும்.
03:36	ஒரு Coulombic Surface 'Coloring dialog box திறக்கிறது.
03:41	நிறங்கள், மற்றும், அதற்கு தொடர்புடைய மதிப்புகளை மாற்றலாம்.
03:45	பெரும்பாலான சமயம், default settingகள், சிறப்பாக வேலை செய்கின்றன. OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
03:51	Panelலில், electrostatic potential surface.ஐ காட்டுகின்ற proteinஐ நாம் கொண்டிருக்கிறோம்.
03:57	Negative potentialக்கு, சிவப்பு நிறம். Positive potentialக்கு, நீலம். Neutralக்கு, வெள்ளை.
04:07	இப்போது, வெளியீடு, விளக்கக்காட்சிகளுக்கு, உயர் தர imageகளை எப்படி உருவாக்குவதென காண்போம்:
04:14	Command Set attributeஐ பயன்படுத்தி, inositol ligandன் stickகளை சிறிது தடிப்பாக்கவும்: setattr space m space stickScale 2. Enterஐ அழுத்தவும்.
04:35	நல்ல image settingகளுக்கு, publication presetஐ பயன்படுத்தவும்.
04:40	மீண்டும், Presets menuவில் கீழே scroll செய்து, Publication 1ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
04:45	வெள்ளை பின்னணி, கருப்பு outlineகள், அதிக மென்மையுடைய முனைகளைக் கொண்ட, ஒரு imageஐ இது உருவாக்கும்.
04:54	வரியின் தடிப்பு, lightning போன்ற மற்ற parameterகளை, இவ்விடத்தில் நாம் சரிசெய்யலாம்.
05:02	Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். கீழே scroll செய்து, Viewing Controls.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:08	Sub-menuவில் இருந்து, lightingஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:11	வெவ்வேறு viewing settingகளை மாற்ற, tabகளுடன் கூடிய ஒரு Viewing window, திறக்கிறது:
05:16	Camera, Sideview, Rotation, Effects, Lighting, போன்றவை.
05:23	Lightings optionனின் கீழ்: ஒரு எளிய line drawing தோற்றத்தை காண, mode பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். பட்டியலில் இருந்து, ambientஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
05:34	Panelஐ கவனிக்கவும்.
05:36	முன்னிருப்பான lighting mode ஐ திருப்பிக்கொடுக்க: Two-point optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
05:42	Windowஐ மூட, close பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
05:46	File menuவில் இருக்கின்ற, Save image optionஐ பயன்படுத்தி, imageஐ சேமிக்கவும்.
05:51	இப்போது, ஒரு DNA structure க்கான, surface representationஐ காண்போம்.
05:56	தற்போதைய அமர்வை மூடவும். File menuஐ க்ளிக் செய்யவும். கீழே scroll செய்து, Close Session optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:04	Graphics windowஐ திறக்கவும். Command lineஐ பயன்படுத்தி, DNAன் structureஐ பெறவும்.
06:11	Command line text boxல், டைப் செய்க: open 1d86 . Enterஐ அழுத்தவும்.
06:20	ஒரு molecule, netropsin உடன் பிணைக்கப்பட்ட, ஒரு double helical DNA னின் structure தெரிகிறது.
06:27	Netropsin, antibiotic மற்றும்antiviral propertyகளை கொண்ட, ஒரு polyamide ஆகும்.
06:34	தொடக்கத்தில், இந்த structure, ribbonகளாக காட்டப்படுகிறது.
06:39	Nucleic acid sugarகள் மற்றும்baseகள், tube மற்றும் slab representationகளாக காட்டப்படுகின்றன.
06:46	Presets menu வில், கீழே scroll செய்து, interactive 2 optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:53	இது, DNAஐ wireஆகவும், netropsinஐ sphereகளாகவும் காட்டுகிறது.
06:59	Solventஐ நீக்க, commandஐ டைப் செய்யவும். delete space solvent . Enterஐ அழுத்தவும்.
07:09	இந்த structureக்கான, surfaceஐ காட்ட, Actions menuவில், கீழே scroll செய்து, surfaceஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். Sub-menuவில் இருந்து, showஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
07:20	Panelஐ கவனிக்கவும். DNA structure, இப்போது, surface.உடன் காட்டப்படுகிறது.
07:27	இப்படத்தில், Major groove மற்றும் minor groove, தெளிவாகத் தெரிகிறது.
07:33	ligand, netropsin, minor grooveஉடன் பிணைக்கப்பட்டிருப்பது தெரிகிறது.
07:38	Surfaceகளைக் காட்ட, 3 வெவ்வேறு வழிகள் இருக்கின்றன.
07:41	Actions menuவில், கீழே scroll செய்து, surfaceஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.Sub-menu, 3 optionகளைக் கொண்டிருக்கிறது: Solid, mesh மற்றும்dot.
07:52	முன்னிருப்பாக, surface, solidஆக காட்டப்படுகிறது.
07:57	Mesh surfaceஐ காட்ட, meshஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:02	Dot surfaceஐ காட்ட, dotஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:07	Solid surfaceக்கு திரும்பி வர, solidஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:11	Solid surfaceக்கான, transparencyன் degreeஐ நாம் சரிசெய்யலாம்.
08:16	மீண்டும், Actions menuக்கு சென்று, Surfaceஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:20	Transparency optionஐ தேர்ந்தெடுத்து, percentage option ஐ தேர்வு செய்யவும்.
08:25	விளக்கத்திற்கு, நான் 50%ஐ தேர்வு செய்கிறேன்.
08:29	Panelஐ கவனிக்கவும்.
08:31	Surfaceக்கு, ஒரு வேறுபட்ட நிறத்தை கொடுக்க: Actions menuவில் இருக்கின்ற, Color optionஐ க்ளிக் செய்யவும். கீழே scroll செய்து, all optionsஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:41	ஒரு color Actions dialog box திறக்கிறது.
08:45	“coloring applies to” settingஐ , surfaces.க்கு மாற்றவும்.
08:51	surfaces'க்கு அடுத்து இருக்கின்ற, radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
08:55	Color panelல் இருந்து, உங்களுக்கு விருப்பமான நிறத்தை க்ளிக் செய்யவும். நான் dim grayஐ தேர்வு செய்கிறேன்.
09:02	Panelஐ கவனிக்கவும். Surfaceன் நிறம், இப்போது, dim gray.க்கு மாறியிருப்பதை கவனிக்கவும். Dialog boxஐ மூடவும்.
09:11	File menuவில் இருக்கின்ற, Save image optionஐ பயன்படுத்தி, imageஐ சேமிக்கவும்.
09:16	சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, protein மற்றும்DNA structureகளுக்கு,Amino acid hydrophobicity surface மற்றும்Electrostatic Potential surfaceஐ காட்டுவது.
09:30	வெவ்வேறு viewing settingகளை பயன்படுத்தி, வெளியிடுவதற்கு, உயர் தர imageகளை உருவாக்குவது.
09:37	இப்போது, பயிற்சியாக, human hemoglobin (pdb code: 2dn1)ன் structureக்கு, amino acid hydrophobicity surface மற்றும்electrostatic potential surfaceஐ காட்டவும்.
09:51	hem ligandஐ பச்சை நிறமாக்கவும். நிறைவுபெற்ற உங்கள் பயிற்சி, பின்வருமாறு காணப்பட வேண்டும்.
10:11	பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.
10:18	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.
10:28	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.
10:39	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.

Contributors and Content Editors

Jayashree, Priyacst, Venuspriya