UCSF-Chimera/C3/Structure-Analysis/Tamil

Time	Narration
00:01	Structureன் ஆய்வு குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:05	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: Structureல் இருக்கின்ற, atomகளுக்கு இடையே உள்ள தூரத்தை கணக்கிடுவது, Hydrogen bondகளை காட்டுவது, non-polar interactionகளை அடையாளம் காட்டுவது.
00:16	வெவ்வேறு rotamerகளைப் பெற, residueக்களில் இருக்கின்ற, bondகளை சுழற்றுவது.
00:21	இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, Chimera interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும்.
00:30	இங்கு நான்: Ubuntu OS பதிப்பு14.04 ,Chimera பதிப்பு 1.10.2 ,Mozilla firefox browser 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.
00:46	இங்கு, ஒரு Chimera windowஐ நான் திறந்துள்ளேன்.
00:49	Command lineஐ பயன்படுத்தி, Squalene Synthase.ன் ஒரு structureஐ திறக்கவும். அது, ஒரு, pdb code 3w7fஉடன் கூடிய, ஒரு Transferace enzyme ஆகும்.
01:00	Command lineல் டைப் செய்க: Open space 3w7f. Enterஐ அழுத்தவும்.
01:09	Enzymeன் ஒரு model, panelலில் காட்டப்படுகிறது.
01:12	Presets menuஐ பயன்படுத்தி, displayஐ , Interactive 1, க்கு மாற்றவும்.
01:18	Protein, இரண்டு பிரதிகளாக காட்டப்படுகிறது.
01:21	பிரதிகளில் ஒன்றை நீக்க, டைப் செய்க: delete colon dot a. Enterஐ அழுத்தவும்.
01:29	Structureல் இருந்து, solvent moleculeகளை நீக்க, டைப் செய்க: delete solvent. Enterஐ அழுத்தவும்.
01:37	இந்த structureல், ligand, farnesyl thiopyrophosphate. ஆகும்.
01:43	Commandகளை பயன்படுத்தி, ligand residue label செய்யவும். டைப் செய்க: rlabel space ligand. Enterஐ அழுத்தவும்.
01:53	இந்த structureல், இரண்டு farnesyl thiopyrophosphate இருக்கின்றன: அதாவது, சுருக்கமாக, FPS .
02:01	Structureகள், sticks displayல் காட்டப்பட்டுள்ளன.
02:05	Structureஐ சுழற்றி, பெரிதாக்கவும்.
02:08	FPSன், phosphate oxygenகளுக்கு, hydrogen bondகளை கொடையளிக்கக் கூடிய, பல side chainகள் உள்ளன.
02:15	Side-chain residueக்களில் இருக்கின்ற atomகளின் மீது, cursorஐ வைக்கவும்.
02:21	Serine 21 residueஐ கண்டுபிடிக்கவும்.
02:23	இப்போது, Serine 21னின் oxygen, மற்றும், FPS.ன், மிக அருகில் இருக்கின்ற, phosphate oxygenக்கும் இடையே உள்ள தூரத்தை அளவிடவும்.
02:32	தூரத்தை அளவிட, Serine 21 residueன் oxygenஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
02:37	CTRL keyஐ அழுத்திக்கொண்டே, Serine 21.ன் side chain oxygenஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:43	CTRL மற்றும்Shift keyகளை அழுத்திக்கொண்டே, FPS.ன், மிக அருகில் இருக்கின்ற, phosphate oxygenஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும்.
02:52	Context menu.வில் இருந்து, Show Distance ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
02:56	Panelஐ கவனிக்கவும். இரண்டு atomகளுக்கும் இடையே உள்ள தூரம், காட்டப்படுகிறது. தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும்.
03:04	இவ்வாறே, Tyrosine 21னின் side chain oxygen, மற்றும், FPS.ன், அதே phosphate oxygenக்கும் இடையே உள்ள தூரத்தை அளவிடவும்.
03:15	தூரங்கள், hydrogen bondகளுடன், ஒரே சீராகத் தெரிகிறது.
03:20	2.2ல் இருந்து, 2.5 Angstromகள் வரை , donor மற்றும் acceptor துரங்களைக் கொண்ட Hydrogen bondகள், strong என வகைப்படுத்தப்படுகின்றன. 2.5ல் இருந்து 3.2, moderate. 3.2ல் இருந்து 4.0, weak.
03:36	Select menuஐ பயன்படுத்தி, ligandஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
03:40	Residue optionக்கு scroll செய்யவும். Sub-menuவில் இருந்து, FPSஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:46	FPSஆல் உருவாக்கப்பட்ட, hydrogen bondகளை, கண்டுபிடிப்பதற்கான, எளிய வழி, Tools menuவில் இருந்து, Find Hydrogen bond அம்சத்தை பயன்படுத்துவதாகும்.
03:55	Structure Analysis option.ல், FindHbondஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:01	ஒரு H-Bond Parameters dialog திறக்கிறது.
04:05	வண்ணம் பூசப்பட்ட boxஐ , க்ளிக் செய்து, hydrogen bondன் நிறத்தை பொருத்தவும்.
04:09	தடியான வரிக்கு, line widthஐ , 3.0க்கு பொருத்தவும்.
04:13	Label Hydrogen bond with distanceக்கு எதிரே உள்ள check boxஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:21	Only find H-bonds with at least one end selected.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:26	பின், Write information to reply logஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:31	OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
04:33	Panelஐ கவனிக்கவும். குறிப்பிட்ட நிறம், மற்றும் வரியின் அகலத்தை கொண்ட, pseudo-bondகளாக, Hydrogen bondகள் காட்டப்படுகின்றன.
04:42	Bondன் விவரங்களை, Reply logல் காணலாம்.
04:45	Favorites menu.ஐ பயன்படுத்தி, Reply log ஐ திறக்கவும்.
04:49	ஒவ்வொருhydrogen bond பற்றிய தகவலும், இங்கு கொடுக்கப்பட்டுள்ளது.
04:53	Dialog boxஐ மூடவும்.
04:55	Structureல் இருந்து, hydrogen bondகளை நீக்க வேண்டுமெனில், command lineல் டைப் செய்க: Tilda symbol , தொடர்ந்து, hbond . Enterஐ அழுத்தவும்.
05:07	Structure Analysis optionனின் கீழ், Tools menuவில், மற்றொரு feature உள்ளது.
05:13	அது, Findclashes/contacts ஆகும். ஒரு dialog box திறக்கிறது.
05:19	Clashகள், மற்றும்Contactகள், போன்ற, non-polar interactionகளை, இந்த feature, அடையாளம் காண்கிறது.
05:26	Clashகள் என்பன, atomகள் மிகவும் நெருக்கமாக இருக்கின்ற, சாதகமற்ற interactionகள் ஆகும்.
05:33	Contactகள் அனைத்தும், நேரடி interactionகளாகும்: polar மற்றும்non-polar, favorable மற்றும்unfavorable ( Clashகளையும் சேர்த்து).
05:43	FPS residueக்களின், contactsஐ , மற்ற atomகளுடன், அடையாளம் காண்போம்.
05:48	Select menuஐ பயன்படுத்தி, FPS residueஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
05:52	Find Clashes/Contacts dialog box.ல், Designateஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:58	அது, 48 atoms designated. என்று காட்டுகிறது.
06:02	“All other atoms”க்கு எதிரே இருக்கின்ற, radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
06:06	Clash/Contact Parametersஐ , முன்னிருப்பானContact.க்கு set செய்யவும்.
06:11	Treatment of Clash/Contact Atoms,ன் கீழ், பின்வரும் check boxகளை க்ளிக் செய்யவும். Select Draw pseudo-bonds If endpoint atom hidden மற்றும் Write information to reply log
06:27	OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். Panelஐ கவனிக்கவும்.
06:32	FPS residueக்களின், எல்லா contactகளும் காட்டப்படுகின்றன.
06:37	Reply Log.ஐ திறக்கவும். Atom-atom contacts, இங்கு பட்டிலிடப்பட்டுள்ளது.
06:44	Dialog boxஐ மூடவும்.
06:46	இப்போது, சில, clashகளை காட்டுவோம்.
06:49	Residue Tyrosine 248ன் மீது, கவனம் செலுத்துவோம்.
06:54	Command lineல், டைப் செய்க: focus space colon 248. Enterஐ அழுத்தவும்.
07:03	தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும்.
07:06	இப்போது, Tyrosine 248 residue.ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
07:10	CTRL keyஐ அழுத்திக்கொண்டே, Tyrosine 248.ல், எந்த atomஐயும் க்ளிக் செய்யவும்.
07:15	முழு moleculeஐயும் தேர்ந்தெடுக்க, keyboardல், up arrow keyஐ அழுத்தவும்.
07:20	இப்போது, Tyrosine 248ஐ , interactiveஆக சுழற்றி, Clashகளை தேடுவோம்.
07:27	Tyrosine 248னின், 4 Angstromகளினுள் உள்ள residueக்களை காட்டுவோம்.
07:32	Command lineல், டைப் செய்க: display, disp space colon 248 space z less than four. (disp :248 z<4). Enterஐ அழுத்தவும்.
07:45	Clashகளை காட்ட, Tools menuவில் இருந்து, FindClashes/Contacts optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
07:53	Designateஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:55	“All other atoms”க்கு எதிரே இருக்கின்ற, பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
07:59	Clash/Contact Parameters ஐ , Clash. க்கு set செய்யவும். Treatment of Clash/Contact Atoms ஐ , Selectக்கு set செய்யவும். Draw pseudobonds , If end point atom hidden.
08:11	Frequency of Checking ஐ , Continuouslyக்கு set செய்யவும்.
08:15	Dialog boxஐ மறைக்கவும்.
08:18	Tyrosine 248னின், side chainஐ interactiveஆக சுழற்ற;
08:22	CTRL keyஐ அழுத்திக்கொண்டே, ribbonஉடன் இணைக்கப்பட்டுள்ள, bondஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும்.
08:29	context menu.வில் இருந்து, rotate bond optionஐ தேர்வு செய்யவும்.
08:33	ஒரு Build structure dialog திறக்கிறது.
08:36	Dialலில் இருக்கின்ற, pointerஐ இழுத்து, bondஐ சுழற்றவும்.
08:41	மாறாக, angle மதிப்புகளை மாற்ற, கருப்பு arrow headகளை, க்ளிக் செய்யவும்.
08:47	Panelஐ கவனிக்கவும். Side-chain நகருகையில், புது pseudo-bondகள், உருவாக்கப்படுகின்றன, அல்லது, மறைகின்றன.
08:55	Bond, அதன், அசல் இடத்தை மீண்டும் வந்தடைய: Bondக்கு கீழ் இருக்கின்ற entryஐ க்ளிக் செய்யவும். Revertஐ தேர்வு செய்யவும்.
09:03	மீண்டும், bondஐ க்ளிக் செய்யவும். பின், bond, என்றும் சுழலாமல் இருக்க, Deactivate செய்யவும்.
09:09	Dialog boxஐ மூடவும்.
09:11	Tools menuவில் இருக்கின்ற optionஐ பயன்படுத்தி, Tyrosine 248ன், எல்லா rotamerகளையும் நாம் ஒப்பிடலாம்.
09:18	முதலில், Tryrosine 248.ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
09:22	Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். Structure editing.க்கு scroll செய்யவும்.
09:26	Rotamers optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
09:29	Rotamer dialog boxல், rotamer libraryல் இருந்து, Dunbrackஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
09:36	OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
09:38	Panelலில், rotamerகள், wire representationஆக காட்டப்படுகின்றன.
09:43	மற்றொரு dialog box, திறக்கிறது. rotamer.ஐ காட்ட, dialog boxல் இருக்கின்ற வரிகளை க்ளிக் செய்யவும். Panelஐ கவனிக்கவும்.
09:52	rotamer.களுக்கு, Clash மற்றும், hydrogen bondகளையும், கண்டறியலாம்.
09:58	முதலில், Columns, பின், Addஐ க்ளிக் செய்யவும். Clashesஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
10:03	Dialog-boxல், OK ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
10:06	இப்போது, hydrogen bondகளை சேர்க்க: Columnsஐ க்ளிக் செய்யவும். Add, and select hydrogen bonds.க்கு scroll செய்யவும்.
10:15	Hydrogen bonds dialog boxல், OK ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
10:19	Dialogஐ கவனிக்கவும். இரண்டு புது columnகள் சேர்க்கப்படுகின்றன.
10:24	இப்போது, ஒவ்வொரு, rotamer உம், பல Clashகளை உருவாக்குகின்றன, ஆனால், hydrogen bondகளை உருவாக்கவில்லை.
10:30	ஒரு வேறுபட்ட residueல், bondகளை சுழற்றி, rotamerகளை கண்டுபிடிக்க, முயற்சிக்கவும்.
10:35	சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது- Structureல் இருக்கின்ற, atomகளுக்கு இடையே உள்ள தூரத்தை கணக்கிடுவது.
10:43	Hydrogen bondகளை காட்டுவது, non-polar interactionகளை அடையாளம் காட்டுவது.
10:48	Clashகள், மற்றும்,contactகளை கண்டுபிடிக்க, bondகளை சுழற்றுவது. வெவ்வேறு rotamerகளை ஒப்பிடுவது.
10:56	பயிற்சியாக, Squalene Synthaseன் ஒரு , pdb code 3w7f .ஐ திறக்கவும்.
11:03	Clashகள், மற்றும்,contactகளை தீர்மானிக்க, Tyrosine 41ல் இருக்கும், bondகளை சுழற்றவும். பின், rotamerகளை ஒப்பிடவும்.
11:11	பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.
11:17	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.
11:27	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.
11:37	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி

Contributors and Content Editors

Jayashree, Venuspriya