UCSF-Chimera/C2/Structure-Manipulation/Hindi

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Time	Narration
00:01	Chimera का उपयोग करके 'Structure Manipulation' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है
00:06	इस ट्यूटोरियल में हम Chimera विंडो पर संरचना खोलना सीखेंगे
00:12	संरचना को चलाना, घुमाना और ज़ूम करना, स्केल और क्लिप करना और डिस्प्ले को बदलना
00:20	इस ट्यूटोरियल का अनुसरण करने के लिए आपको स्नातक स्तर की 'Biochemistry' का ज्ञान होना चाहिए या ‘Structural Biology’ से परिचित होना चाहिए
00:29	इस ट्यूटोरियल को रिकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ 'Ubuntu Linux’ OS वर्जन 14.04 और Chimera वर्जन 1.10.2 'Mozilla Firefox' ब्राउज़र 35.0 और एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन
00:47	'UCSF Chimera' आणविक संरचनाओं और पारस्परिक विज़ुलाइज़ेशन के लिए एक सॉफ्टवेर है
00:55	'Chimera' कैलिफ़ोर्निया यूनिवर्सिटी,सेन फ्रांसिस्को में 'Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics' द्वारा विकसित किया गया है
01:05	ज्यादा जानकारी दिए गए लिंक पर उपलब्ध है
01:09	‘Chimera’ विंडो को शुरू करने के लिए डेस्कटॉप के 'Chimera' आइकन पर डबल क्लिक करें
01:16	एक 'Rapid access' इंटरफ़ेस खुलती है
01:20	'Rapid access' विंडो आपको बहुधा प्रयोग किये गए डाटा और टूल्स एक्सेस करने देती है
01:27	विंडो के निचले दायें कोने में 'lightning bolt' आइकन पर क्लिक करें
01:32	यह विंडो 'graphics' दर्शायेगा, '3D structures' और अन्य डाटा इस विंडो पर दिखाई देते हैं
01:40	'lightning bolt' आइकन पर क्लिक करके दो विन्डोज़ के बीच टॉगल कर सकते हैं
01:45	अब मैं 'graphics' विंडो पर वापस जाती हूँ
01:48	'Chimera' में अनेक कार्य दो तरीकों से पूरे किये जाते हैं
01:53	पहला, 'menu bar' का उपयोग करके, जो कि 'Chimera' विंडो के ऊपरी हिस्से में स्थित है
01:59	दूसरा, 'command line' पर कमांड्स देकर
02:03	'command line' दिखाने के लिए 'Favorites' मेनू पर क्लिक करें
02:06	ऊपर से नीचे जाएँ और 'command line' विकल्प पर क्लिक करें
02:10	एक 'command' डायलॉग बॉक्स विंडो के निचले हिस्से में दिखाई देता है
02:15	किसी खास कार्य के लिए 'commands' टेक्स्ट बॉक्स में लिखे जाने होते हैं
02:21	हम इस विशेषता के बारे में और अधिक आने वाले ट्यूटोरियल्स में सीखेगें
02:25	विंडो को छोटा या बड़ा करने के लिए विंडो के किसी भी कोने को पकड़कर खींचें
02:30	अब देखें कि एक 'protein' संरचना को कैसे खोलते हैं
02:34	आप इसे तीन प्रकार से कर सकते हैं, यदि आप इन्टरनेट से जुड़े हैं तो 'File' मेनू पर क्लिक करें
02:40	ऊपर से नीचे जाएँ और 'Fetch by ID' विकल्प पर क्लिक करें
02:45	स्क्रीन पर एक डायलॉग बॉक्स खुलता है
02:48	संरचना को निकलने के लिए आप अनेकों डेटाबेसेस को कनेक्ट कर सकते हैं
02:53	प्रदर्शन के लिए, मैं एक 'protein' संरचना दिखाना चाहती हूँ
02:58	मैं विकल्पों से 'PDB' चुनुगीं, आप जिस 'protein' अणु को दर्शाना चाहते हैं उसका चार अक्षर 'PDB code' टाइप करें
03:08	मैं '1zik' (one z i k) टाइप करुँगी
03:12	ये 'Leucine zipper' प्रोटीन के लिए 'pdb' कोड है, 'Fetch' बटन पर क्लिक करें
03:19	डिफ़ॉल्ट रूप से, प्रदर्शन विंडो पर 'protein' का एक रिबन प्रदर्शन दिखाई देगा
03:25	हम संरचना को निकालने के लिए 'command' भी टाइप कर सकते हैं
03:29	'command line' टेक्स्ट बॉक्स में 'open 1zik' टाइप करें
03:35	प्रदर्शन विंडो पर संरचना खोलने के लिए 'Enter' दबाएँ
03:40	इन्टरनेट से ना जुड़े होने पर आप पहले से ही डाउनलोड की हुई 'pdb' फाइल खोल सकते हैं
03:46	स्क्रीन पर मौजूद संरचना को मिटाने के लिए: 'Favorites' मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ और 'Model Panel' विकल्प पर क्लिक करें
03:55	'Model Panel' डायलॉग बॉक्स खुलता है
03:58	'model id' पर क्लिक करें, इसके बाद 'Close' विकल्प पर क्लिक करें
04:04	'model panel' विंडो को बंद कर दें
04:07	अब मैं दिखाउंगी कि 'PDB' फाइल को कैसे डाउनलोड किया जाता है
04:12	आपको 'PDB' फाइल डाउनलोड करने के लिए एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन की जरुरत पड़ती है
04:17	'File' मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ और 'Fetch by ID' विकल्प पर क्लिक करें
04:23	एक डायलॉग बॉक्स खुलता है
04:26	डायलॉग बॉक्स में ऊपर से नीचे तक जाएँ
04:30	'web page' बटन पर क्लिक करें
04:33	'PDB database' वेब पेज ब्राउज़र में खुलता है
04:37	यदि आप 'protein' के लिए 'pdb' कोड जानते हैं तो इसे दिए गए टेक्स्ट बॉक्स में टाइप करें या फिर 'protein' का नाम टाइप करें
04:46	मैं 'leucine zipper' के लिए 'pdb' कोड जानती हूँ अतः मैं टेक्स्ट बॉक्स में ‘1zik’ टाइप करुँगी
04:54	'Go' बटन पर क्लिक करें
04:57	पेज पर ऊपर से नीचे जाएँ
04:59	पेज के दाहिने कोने में स्थित 'Download files' बटन पर क्लिक करें
05:06	ड्रॉप-डाउन मेनू से 'PDB-file-text' विकल्प पर क्लिक करें
05:12	एक डायलॉग बॉक्स दिखाई देता है
05:14	'Save File' विकल्प पर क्लिक करें
05:17	'Ok' बटन पर क्लिक करें
05:20	डाउनलोड की गयी 'pdb' फाइल अब 'Downloads' फोल्डर में सेव की जाएगी
05:25	'Chimera' विंडो पर वापस जाएँ
05:27	डायलॉग बॉक्स को बंद करें
05:30	पहले से ही डाउनलोड की गयी 'pdb' फाइल को खोलने के लिए 'File' में 'Open' विकल्प पर क्लिक करें
05:37	फोल्डर पर जाएँ, '1zik.pdb' फाइल चुनें
05:44	'Open' बटन पर क्लिक करें
05:47	पैनल पर 'leucine zipper' का मॉडल प्रदर्शित होता है
05:51	डिफ़ॉल्ट रूप से, दो 'peptide chains' ग्रे रिबंस की तरह प्रदर्शित होती हैं
05:57	संरचना को पैनल पर लाने के लिए माउस बटन का उपयोग करें
06:01	रोटेशन के लिए बायाँ माउस बटन
06:04	मध्य माउस बटन 'xy translation' नियंत्रित करता है
06:08	दायाँ माउस बटन या माउस व्हील ज़ूम इन या ज़ूम आउट करने के लिए
06:13	संरचना की पारस्परिक स्केलिंग और क्लिपिंग के लिए: 'Favorites menu' से 'Side View' विकल्प का उपयोग करें
06:20	एक 'viewing window' खुलती है
06:22	संरचना का एक छोटा प्रारूप विंडो पर खुलता है
06:27	बायीं तरफ पीला वर्ग दर्शक की आंख की स्थिति दर्शाता है
06:32	छोटे वर्ग को बाएं माउस बटन का उपयोग करके चलने की कोशिश करें
06:36	इसको क्षैतिज स्थिति में खींचते हुए 'scale factor' समायोजित करें
06:41	आंख की स्थिति को डबल क्लिक करने से कैमरा मोड बदलने का मेनू प्रदर्शित होता है
06:46	'clipping planes' अर्थात दो उर्ध्वाधर रेखाओं को बाएं माउस बटन का उपयोग करके चलायें
06:53	विंडो पर और भी प्रदर्शन नियंत्रण हैं जिन्हें आप जाँच सकते हैं
06:58	'viewing window' को बंद करें
07:01	अब हम संरचना में परिवर्तन करना सीखेंगे
07:04	स्टेप संरचना के उस भाग को चुनना होता है जिसमें हम संशोधन करना चाहते हैं
07:09	अभी के लिए, मैं पूरी 'protein' संरचना को 'atoms' की तरह दर्शाना चाहती हूँ
07:15	मेनू बार में 'Select' मेनू पर क्लिक करें
07:19	मेनू बार में Select मेनू हमें संरचना के अलग-अलग भाग चुनने देता है
07:25	जैसे कि 'chain, element, residue, ligand' आदि
07:31	तथापि, यदि Select मेनू से कुछ भी नही चुना जाता तो इसका मतलब है कि हमें पूरी संरचना में संशोधन करना है
07:39	अब 'Actions' मेनू पर जाएँ और विकल्पों से 'atoms/bonds' चुनें
07:46	सब-मेनू से 'show’ पर क्लिक करें
07:49	हम स्क्रीन पर परमाणुओं और संरचना के भागों को रिबंस की तरह भी देखते हैं
07:55	अब रिबंस को मिटने के लिए Action मेनू से रिबंस को चुनें
08:00	फिर 'hide' विकल्प पर क्लिक करें
08:03	अब पूरी संरचना स्टिक्स डिस्प्ले की तरह दिखाई देती है
08:08	अब संरचना का संशोधन थोड़ा और करते हैं
08:13	निम्न स्टेप्स इसे बॉल और स्टिक्स डिस्प्ले में बदल देंगे
08:18	'Actions' मेनू पर क्लिक करें
08:21	ऊपर से नीचे ‘atoms/bonds’ पर जाएँ
08:24	सब-मेनू से ball and stick चुनें
08:28	ध्यान दें की संरचना बिना हाइड्रोजन परमाणुओं के है
08:33	हाइड्रोजन परमाणुओं को जोड़ने के लिए 'Tools' मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ
08:37	'Structure Editing' पर क्लिक करें
08:40	सब-मेनू से 'Add hydrogens' विकल्प चुनें
08:45	डायलॉग बॉक्स में दर्शाए गए की तरह चुनाव करें
08:49	'OK' बटन पर क्लिक करें
08:52	देखें की अब संरचना 'hydrogen' परमाणुओं के साथ दिखाई देती है
08:57	सामान्यतः 'protein' संरचना जल अणुओं के साथ जुड़ी होती है
09:02	जल अणुओं को छिपाने के लिए 'Select ' मेनू पर जाएँ, फिर 'Residue' पर ऊपर से नीचे जाएँ, 'HOH' विकल्प पर क्लिक करें
09:13	स्क्रीन को देखें, सभी जल अणु हाईलाइट हो गये हैं
09:18	'actions' मेनू पर जाएँ, फिर ऊपर से नीचे 'Atoms\bonds' पर जाएँ और 'hide' विकल्प पर क्लिक करें
09:26	ये संरचना से जल अणुओं को छिपा देगा
09:30	मेनू बार के 'Presets' विकल्प में डिस्प्ले को बदलने के लिए कुछ और भी विकल्प होते हैं
09:36	जब आप 'Interactive 1' विकल्प पर क्लिक करते हैं: संरचना रिबंस और भिन्न रंगों में दोनों 'peptide chains' में दिखाई देती है
09:45	'Interactive 2' डिस्प्ले को 'atoms' में बदल देगा
09:50	'Interactive 1' डिस्प्ले पर वापस जाएँ
09:53	हम चयनपुर्वक 'peptide chains' का रंग भी बदल सकते हैं
09:57	'Select' मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ और सब-मेनू से 'chain A' चुनें
10:02	'chain A' अब हाईलाइट हो जाती है
10:05	'Actions' मेनू पर जाएँ फिर कलर पर जाएँ, पीला चुनें
10:11	‘चेन A’ अब पीले रंग में दिखाई देती है
10:15	चुनाव को हटाने के लिए 'CTRL' की को दबाएँ और 'Chimera' विंडो पर खाली जगह में क्लिक करें
10:23	अब हम इस ट्यूटोरियल के अंत में आ गए हैं
10:26	'Chimera' विंडो से निकलने के लिए, 'File' मेनू पर जाएँ और 'Quit' विकल्प पर क्लिक करें
10:32	इसे सारांशित करते हैं, इन ट्यूटोरियल में हमने 'Chimera' विंडो में संरचना को खोलना व संरचनाओं के लिए फाइल डाउनलोड करना सीखा है
10:43	संरचना को चलाना, घुमाना और ज़ूम करना, स्केल और क्लिप करना
10:49	मेनू बार में मेनूज़ उपयोग करके डिस्प्ले बदलना
10:53	जल अणुओं को हटाना और 'hydrogens' जोड़ना
10:57	नियत कार्य के लिए 'PDB' डेटाबेस से 'Leucine zipper' की 'pdb' फाइल डाउनलोड करें
11:04	'File' मेनू में 'Open' विकल्प का उपयोग करके 'Chimera' विंडो पर 'pdb' फाइल खोलें
11:10	परमाणुओं के डिस्प्ले को 'wire' में और सभी 'aromatic rings' को 'disks' में बदलें
11:16	आपका पूर्ण नियत कार्य निम्न प्रकार दिखेगा
11:21	निम्न लिंक का वीडीयो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है
11:26	कृपया इसको डाउनलोड करें और देखें
11:28	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को सर्टिफिकेट देती है
11:34	ज्यादा जानकारी के लिए हमें लिखें
11:38	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD, भारत सरकार द्वारा वित्त-पोषित है
11:44	इस मिशन पर अधिक जानकारी दिए हुए लिंक पर उपलब्ध है
11:48	आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ, हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद

Contributors and Content Editors

Shruti arya