UCSF-Chimera/C2/Structure-Manipulation/Hindi
From Script | Spoken-Tutorial
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| 00:01 | Chimera का उपयोग करके 'Structure Manipulation' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है
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| 00:06 | इस ट्यूटोरियल में हम Chimera विंडो पर संरचना खोलना सीखेंगे |
| 00:12 | संरचना को चलाना, घुमाना और ज़ूम करना, स्केल और क्लिप करना और डिस्प्ले को बदलना |
| 00:20 | इस ट्यूटोरियल का अनुसरण करने के लिए आपको स्नातक स्तर की 'Biochemistry' का ज्ञान होना चाहिए या ‘Structural Biology’ से परिचित होना चाहिए |
| 00:29 | इस ट्यूटोरियल को रिकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ 'Ubuntu Linux’ OS वर्जन 14.04 और Chimera वर्जन 1.10.2 'Mozilla Firefox' ब्राउज़र 35.0 और एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन |
| 00:47 | 'UCSF Chimera' आणविक संरचनाओं और पारस्परिक विज़ुलाइज़ेशन के लिए एक सॉफ्टवेर है |
| 00:55 | 'Chimera' कैलिफ़ोर्निया यूनिवर्सिटी,सेन फ्रांसिस्को में 'Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics' द्वारा विकसित किया गया है |
| 01:05 | ज्यादा जानकारी दिए गए लिंक पर उपलब्ध है |
| 01:09 | ‘Chimera’ विंडो को शुरू करने के लिए डेस्कटॉप के 'Chimera' आइकन पर डबल क्लिक करें |
| 01:16 | एक 'Rapid access' इंटरफ़ेस खुलती है |
| 01:20 | 'Rapid access' विंडो आपको बहुधा प्रयोग किये गए डाटा और टूल्स एक्सेस करने देती है |
| 01:27 | विंडो के निचले दायें कोने में 'lightning bolt' आइकन पर क्लिक करें |
| 01:32 | यह विंडो 'graphics' दर्शायेगा, '3D structures' और अन्य डाटा इस विंडो पर दिखाई देते हैं |
| 01:40 | 'lightning bolt' आइकन पर क्लिक करके दो विन्डोज़ के बीच टॉगल कर सकते हैं |
| 01:45 | अब मैं 'graphics' विंडो पर वापस जाती हूँ |
| 01:48 | 'Chimera' में अनेक कार्य दो तरीकों से पूरे किये जाते हैं |
| 01:53 | पहला, 'menu bar' का उपयोग करके, जो कि 'Chimera' विंडो के ऊपरी हिस्से में स्थित है |
| 01:59 | दूसरा, 'command line' पर कमांड्स देकर |
| 02:03 | 'command line' दिखाने के लिए 'Favorites' मेनू पर क्लिक करें |
| 02:06 | ऊपर से नीचे जाएँ और 'command line' विकल्प पर क्लिक करें |
| 02:10 | एक 'command' डायलॉग बॉक्स विंडो के निचले हिस्से में दिखाई देता है |
| 02:15 | किसी खास कार्य के लिए 'commands' टेक्स्ट बॉक्स में लिखे जाने होते हैं |
| 02:21 | हम इस विशेषता के बारे में और अधिक आने वाले ट्यूटोरियल्स में सीखेगें |
| 02:25 | विंडो को छोटा या बड़ा करने के लिए विंडो के किसी भी कोने को पकड़कर खींचें |
| 02:30 | अब देखें कि एक 'protein' संरचना को कैसे खोलते हैं |
| 02:34 | आप इसे तीन प्रकार से कर सकते हैं, यदि आप इन्टरनेट से जुड़े हैं तो 'File' मेनू पर क्लिक करें |
| 02:40 | ऊपर से नीचे जाएँ और 'Fetch by ID' विकल्प पर क्लिक करें |
| 02:45 | स्क्रीन पर एक डायलॉग बॉक्स खुलता है |
| 02:48 | संरचना को निकलने के लिए आप अनेकों डेटाबेसेस को कनेक्ट कर सकते हैं |
| 02:53 | प्रदर्शन के लिए, मैं एक 'protein' संरचना दिखाना चाहती हूँ |
| 02:58 | मैं विकल्पों से 'PDB' चुनुगीं, आप जिस 'protein' अणु को दर्शाना चाहते हैं उसका चार अक्षर 'PDB code' टाइप करें |
| 03:08 | मैं '1zik' (one z i k) टाइप करुँगी |
| 03:12 | ये 'Leucine zipper' प्रोटीन के लिए 'pdb' कोड है, 'Fetch' बटन पर क्लिक करें |
| 03:19 | डिफ़ॉल्ट रूप से, प्रदर्शन विंडो पर 'protein' का एक रिबन प्रदर्शन दिखाई देगा |
| 03:25 | हम संरचना को निकालने के लिए 'command' भी टाइप कर सकते हैं |
| 03:29 | 'command line' टेक्स्ट बॉक्स में 'open 1zik' टाइप करें |
| 03:35 | प्रदर्शन विंडो पर संरचना खोलने के लिए 'Enter' दबाएँ |
| 03:40 | इन्टरनेट से ना जुड़े होने पर आप पहले से ही डाउनलोड की हुई 'pdb' फाइल खोल सकते हैं
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| 03:46 | स्क्रीन पर मौजूद संरचना को मिटाने के लिए: 'Favorites' मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ और 'Model Panel' विकल्प पर क्लिक करें |
| 03:55 | 'Model Panel' डायलॉग बॉक्स खुलता है |
| 03:58 | 'model id' पर क्लिक करें, इसके बाद 'Close' विकल्प पर क्लिक करें |
| 04:04 | 'model panel' विंडो को बंद कर दें |
| 04:07 | अब मैं दिखाउंगी कि 'PDB' फाइल को कैसे डाउनलोड किया जाता है |
| 04:12 | आपको 'PDB' फाइल डाउनलोड करने के लिए एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन की जरुरत पड़ती है |
| 04:17 | 'File' मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ और 'Fetch by ID' विकल्प पर क्लिक करें |
| 04:23 | एक डायलॉग बॉक्स खुलता है |
| 04:26 | डायलॉग बॉक्स में ऊपर से नीचे तक जाएँ |
| 04:30 | 'web page' बटन पर क्लिक करें |
| 04:33 | 'PDB database' वेब पेज ब्राउज़र में खुलता है |
| 04:37 | यदि आप 'protein' के लिए 'pdb' कोड जानते हैं तो इसे दिए गए टेक्स्ट बॉक्स में टाइप करें या फिर 'protein' का नाम टाइप करें |
| 04:46 | मैं 'leucine zipper' के लिए 'pdb' कोड जानती हूँ अतः मैं टेक्स्ट बॉक्स में ‘1zik’ टाइप करुँगी |
| 04:54 | 'Go' बटन पर क्लिक करें |
| 04:57 | पेज पर ऊपर से नीचे जाएँ |
| 04:59 | पेज के दाहिने कोने में स्थित 'Download files' बटन पर क्लिक करें |
| 05:06 | ड्रॉप-डाउन मेनू से 'PDB-file-text' विकल्प पर क्लिक करें |
| 05:12 | एक डायलॉग बॉक्स दिखाई देता है |
| 05:14 | 'Save File' विकल्प पर क्लिक करें |
| 05:17 | 'Ok' बटन पर क्लिक करें |
| 05:20 | डाउनलोड की गयी 'pdb' फाइल अब 'Downloads' फोल्डर में सेव की जाएगी |
| 05:25 | 'Chimera' विंडो पर वापस जाएँ |
| 05:27 | डायलॉग बॉक्स को बंद करें |
| 05:30 | पहले से ही डाउनलोड की गयी 'pdb' फाइल को खोलने के लिए 'File' में 'Open' विकल्प पर क्लिक करें |
| 05:37 | फोल्डर पर जाएँ, '1zik.pdb' फाइल चुनें |
| 05:44 | 'Open' बटन पर क्लिक करें |
| 05:47 | पैनल पर 'leucine zipper' का मॉडल प्रदर्शित होता है |
| 05:51 | डिफ़ॉल्ट रूप से, दो 'peptide chains' ग्रे रिबंस की तरह प्रदर्शित होती हैं |
| 05:57 | संरचना को पैनल पर लाने के लिए माउस बटन का उपयोग करें |
| 06:01 | रोटेशन के लिए बायाँ माउस बटन |
| 06:04 | मध्य माउस बटन 'xy translation' नियंत्रित करता है |
| 06:08 | दायाँ माउस बटन या माउस व्हील ज़ूम इन या ज़ूम आउट करने के लिए |
| 06:13 | संरचना की पारस्परिक स्केलिंग और क्लिपिंग के लिए: 'Favorites menu' से 'Side View' विकल्प का उपयोग करें |
| 06:20 | एक 'viewing window' खुलती है |
| 06:22 | संरचना का एक छोटा प्रारूप विंडो पर खुलता है |
| 06:27 | बायीं तरफ पीला वर्ग दर्शक की आंख की स्थिति दर्शाता है |
| 06:32 | छोटे वर्ग को बाएं माउस बटन का उपयोग करके चलने की कोशिश करें |
| 06:36 | इसको क्षैतिज स्थिति में खींचते हुए 'scale factor' समायोजित करें |
| 06:41 | आंख की स्थिति को डबल क्लिक करने से कैमरा मोड बदलने का मेनू प्रदर्शित होता है |
| 06:46 | 'clipping planes' अर्थात दो उर्ध्वाधर रेखाओं को बाएं माउस बटन का उपयोग करके चलायें |
| 06:53 | विंडो पर और भी प्रदर्शन नियंत्रण हैं जिन्हें आप जाँच सकते हैं |
| 06:58 | 'viewing window' को बंद करें |
| 07:01 | अब हम संरचना में परिवर्तन करना सीखेंगे |
| 07:04 | स्टेप संरचना के उस भाग को चुनना होता है जिसमें हम संशोधन करना चाहते हैं |
| 07:09 | अभी के लिए, मैं पूरी 'protein' संरचना को 'atoms' की तरह दर्शाना चाहती हूँ |
| 07:15 | मेनू बार में 'Select' मेनू पर क्लिक करें |
| 07:19 | मेनू बार में Select मेनू हमें संरचना के अलग-अलग भाग चुनने देता है |
| 07:25 | जैसे कि 'chain, element, residue, ligand' आदि |
| 07:31 | तथापि, यदि Select मेनू से कुछ भी नही चुना जाता तो इसका मतलब है कि हमें पूरी संरचना में संशोधन करना है
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| 07:39 | अब 'Actions' मेनू पर जाएँ और विकल्पों से 'atoms/bonds' चुनें |
| 07:46 | सब-मेनू से 'show’ पर क्लिक करें |
| 07:49 | हम स्क्रीन पर परमाणुओं और संरचना के भागों को रिबंस की तरह भी देखते हैं |
| 07:55 | अब रिबंस को मिटने के लिए Action मेनू से रिबंस को चुनें |
| 08:00 | फिर 'hide' विकल्प पर क्लिक करें |
| 08:03 | अब पूरी संरचना स्टिक्स डिस्प्ले की तरह दिखाई देती है |
| 08:08 | अब संरचना का संशोधन थोड़ा और करते हैं |
| 08:13 | निम्न स्टेप्स इसे बॉल और स्टिक्स डिस्प्ले में बदल देंगे |
| 08:18 | 'Actions' मेनू पर क्लिक करें |
| 08:21 | ऊपर से नीचे ‘atoms/bonds’ पर जाएँ |
| 08:24 | सब-मेनू से ball and stick चुनें |
| 08:28 | ध्यान दें की संरचना बिना हाइड्रोजन परमाणुओं के है |
| 08:33 | हाइड्रोजन परमाणुओं को जोड़ने के लिए 'Tools' मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ |
| 08:37 | 'Structure Editing' पर क्लिक करें |
| 08:40 | सब-मेनू से 'Add hydrogens' विकल्प चुनें |
| 08:45 | डायलॉग बॉक्स में दर्शाए गए की तरह चुनाव करें |
| 08:49 | 'OK' बटन पर क्लिक करें |
| 08:52 | देखें की अब संरचना 'hydrogen' परमाणुओं के साथ दिखाई देती है |
| 08:57 | सामान्यतः 'protein' संरचना जल अणुओं के साथ जुड़ी होती है |
| 09:02 | जल अणुओं को छिपाने के लिए 'Select ' मेनू पर जाएँ, फिर 'Residue' पर ऊपर से नीचे जाएँ, 'HOH' विकल्प पर क्लिक करें |
| 09:13 | स्क्रीन को देखें, सभी जल अणु हाईलाइट हो गये हैं |
| 09:18 | 'actions' मेनू पर जाएँ, फिर ऊपर से नीचे 'Atoms\bonds' पर जाएँ और 'hide' विकल्प पर क्लिक करें |
| 09:26 | ये संरचना से जल अणुओं को छिपा देगा |
| 09:30 | मेनू बार के 'Presets' विकल्प में डिस्प्ले को बदलने के लिए कुछ और भी विकल्प होते हैं |
| 09:36 | जब आप 'Interactive 1' विकल्प पर क्लिक करते हैं: संरचना रिबंस और भिन्न रंगों में दोनों 'peptide chains' में दिखाई देती है |
| 09:45 | 'Interactive 2' डिस्प्ले को 'atoms' में बदल देगा |
| 09:50 | 'Interactive 1' डिस्प्ले पर वापस जाएँ |
| 09:53 | हम चयनपुर्वक 'peptide chains' का रंग भी बदल सकते हैं |
| 09:57 | 'Select' मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ और सब-मेनू से 'chain A' चुनें |
| 10:02 | 'chain A' अब हाईलाइट हो जाती है |
| 10:05 | 'Actions' मेनू पर जाएँ फिर कलर पर जाएँ, पीला चुनें |
| 10:11 | ‘चेन A’ अब पीले रंग में दिखाई देती है |
| 10:15 | चुनाव को हटाने के लिए 'CTRL' की को दबाएँ और 'Chimera' विंडो पर खाली जगह में क्लिक करें |
| 10:23 | अब हम इस ट्यूटोरियल के अंत में आ गए हैं |
| 10:26 | 'Chimera' विंडो से निकलने के लिए, 'File' मेनू पर जाएँ और 'Quit' विकल्प पर क्लिक करें |
| 10:32 | इसे सारांशित करते हैं, इन ट्यूटोरियल में हमने 'Chimera' विंडो में संरचना को खोलना व संरचनाओं के लिए फाइल डाउनलोड करना सीखा है |
| 10:43 | संरचना को चलाना, घुमाना और ज़ूम करना, स्केल और क्लिप करना |
| 10:49 | मेनू बार में मेनूज़ उपयोग करके डिस्प्ले बदलना |
| 10:53 | जल अणुओं को हटाना और 'hydrogens' जोड़ना |
| 10:57 | नियत कार्य के लिए 'PDB' डेटाबेस से 'Leucine zipper' की 'pdb' फाइल डाउनलोड करें |
| 11:04 | 'File' मेनू में 'Open' विकल्प का उपयोग करके 'Chimera' विंडो पर 'pdb' फाइल खोलें |
| 11:10 | परमाणुओं के डिस्प्ले को 'wire' में और सभी 'aromatic rings' को 'disks' में बदलें |
| 11:16 | आपका पूर्ण नियत कार्य निम्न प्रकार दिखेगा |
| 11:21 | निम्न लिंक का वीडीयो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है |
| 11:26 | कृपया इसको डाउनलोड करें और देखें |
| 11:28 | स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को सर्टिफिकेट देती है |
| 11:34 | ज्यादा जानकारी के लिए हमें लिखें |
| 11:38 | स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD, भारत सरकार द्वारा वित्त-पोषित है |
| 11:44 | इस मिशन पर अधिक जानकारी दिए हुए लिंक पर उपलब्ध है |
| 11:48 | आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ, हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद |
