UCSF-Chimera/C4/Attributes/Tamil

Time	Narration
00:01	Attributeகள் குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:06	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: atomகள், residueக்கள், மற்றும் modelகளின், attributeகளை மாற்றுவது.
00:13	B-factor மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, ஒரு proteinல் உள்ள atomகளுக்கு வண்ணம் பூசுவது.
00:18	kdhydrophobicity மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, residueக்களுக்கு வண்ணம் பூசுவது.
00:24	இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, Chimera interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும்.
00:33	இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு நான்: Ubuntu OS பதிப்பு14.04 ,Chimera பதிப்பு 1.10.2 ,Mozilla firefox browser 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.
00:50	இங்கு, ஒரு Chimera windowஐ நான் திறந்துள்ளேன்.
00:52	Command lineஐ பயன்படுத்தி, Leucine zipper. ன் structureஐ திறக்கவும்.
00:54	command text boxல், டைப் செய்க: open 1zik. Enterஐ அழுத்தவும்.
01:05	Panelலில் இருக்கின்ற, model, ribbonகளாக காட்டப்படுகிறது.
01:10	Presets menuஐ பயன்படுத்தி, displayஐ , Interactive 2 . க்கு மாற்றவும்.
01:14	நீரின் moleculeகளை மறைக்க, Command lineல், டைப் செய்க: delete solvent. Enterஐ அழுத்தவும்.
01:22	Displayஐ , sticksக்கு மாற்ற, டைப் செய்க: rep stick. Enterஐ அழுத்தவும்.
01:30	Structureக்கு hydrogenகளை சேர்க்கவும். டைப் செய்க: addh .
01:36	இப்போது, இந்த structureக்கான, atoms and residuesன், attributeகளை, எப்படி மாற்றுவது என்று கற்போம்.
01:43	Attributeகள், பெயர்கள், மற்றும் மதிப்புகளுடன் கூடிய, propertyகளாகும்.
01:47	Chimeraவில், atoms, bonds, residues மற்றும்molecule models போன்ற itemகள், Attributeகளை கொண்டிருக்கின்றன.
01:54	Attributeகளை மாற்ற, வெவ்வேறு வழிகள் உள்ளன.
01:57	Favorites menuஐ பயன்படுத்தி, Model Panelஐ , திறக்கவும்.
02:01	Model Panel dialog box, திரையில் தோன்றுகிறது.
02:05	Panelன், வலது பக்கத்தில் இருக்கின்ற, attributes பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
02:10	1zikக்கான, Attributes dialog box, திரையில் தோன்றுகிறது.
02:15	Dialog box, attribute பட்டியலை கொண்டிருக்கிறது.
02:18	பின்வருவனவற்றை, பட்டியல் கொண்டிருக்கிறது. Molecule Attributeகள், மற்றும் அதன் கள், Atom, bond மற்றும் residue attributeக்கள்.
02:28	Molecule Attributes.ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
02:31	கிடைக்கின்ற attributeகள், windowவில் பட்டியலிடப்பட்டுள்ளன.
02:35	உதாரணத்திற்கு- aromatic ringகளின் displayஐ மாற்ற, aromatic displayக்கு அடுத்து இருக்கின்ற பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
02:42	Drop-downல் இருந்து, Trueஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
02:45	Aromatic ring styleஐ , disk என தேர்ந்தெடுக்கவும்.
02:49	Aromatic colorக்கு அடுத்து இருக்கின்ற color well ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:53	Color editorல் இருந்து, நிறத்தை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
02:56	Dialog boxஐ மூடவும்.
02:59	Panelஐ கவனிக்கவும். எல்லா aromatic ringகளும், நடுவில் diskகளுடன் காட்டப்படுகின்றன.
03:06	Structureன் ஐ, ball and stickக்கு மாற்றவும்.
03:10	Command lineல், டைப் செய்க: rep bs.
03:16	Attributes dialog boxல், atomகளின், Van der Walls radii ஐ மாற்றவும்.
03:22	ball scaleன் மதிப்பை, 0.5 க்கு மாற்றவும். Enterஐ அழுத்தவும்.
03:27	Panelஐ கவனிக்கவும். Atomகள், பெரிய atomic radii யுடன் காட்டப்படுகின்றன.
03:33	மீண்டும், Molecular Attributes check boxஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:38	பட்டியலில் இருந்து, Component Atom Attributesஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:43	அதற்கான windowவில், atom style buttonஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:48	Drop-down menu, பல optionகளை கொண்டிருக்கிறது.
03:51	Displayஐ , cpkக்கு மாற்ற, sphereஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:55	Panelஐ கவனிக்கவும்.
03:57	Sticks displayஐ திரும்பிக் கொண்டு வர, dotஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
04:02	இப்போது, Component Bond Attributes.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:10	இங்கு, bond styleஐ , stick அல்லது wireக்கு மாற்ற, optionகள் இருக்கின்றன.
04:13	Component Residue Attributes.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:17	இங்கு, ribbonனின் attributeகளை மாற்ற, நமக்கு, optionகள் இருக்கின்றன.
04:22	Presets menuஐ பயன்படுத்தி, panelலில் இருக்கின்ற, structureன் displayஐ , ribbonsக்கு மாற்றவும்.
04:28	இப்போது, Attribute dialog-boxஐ க்ளிக் செய்கிறேன்.
04:32	இப்போது, Attribute dialog-boxல், ribbon colorக்கு அடுத்து இருக்கின்ற, color well ஐ க்ளிக் செய்யவும். ஒரு ribbon நிறத்தை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
04:41	பின், color editorஐ மூட, close optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:46	ribbonனின், cross-section மற்றும் scalingஐ மாற்ற, optionகள் இருக்கின்றன.
04:52	Dialog-boxஐ மூடவும்.
04:55	மீண்டும், Presets menuஐ பயன்படுத்தி, displayஐ , atoms க்கு மாற்றவும்.
05:00	Tools menuஐ பயன்படுத்தியும், attributeகளை மாற்றலாம்.
05:03	Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். Structure Analysisக்கு scroll செய்யவும்.
05:09	Sub-menuவில் இருந்து, Render by Attribute optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
05:14	Render by attribute dialog box திறக்கிறது.
05:17	இங்கு, atomகள், residueகள், moleculeகள், segmentation regionகளின், attributeகளை மாற்றுவதற்கு, optionகள் இருக்கின்றன.
05:27	Atomsஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். Render.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:32	இருக்கின்ற optionகளை சரிபார்க்க, Attribute பட்டியலை க்ளிக் செய்யவும்.
05:37	பட்டியல், இரண்டு optionகளை காட்டுகிறது: bfactor மற்றும்occupancy.
05:43	இந்த இரண்டு attributeகளை, input PDB file லில் இருந்து படிக்கலாம்.
05:48	bfactor.ஐ தேர்வு செய்யவும்.
05:50	வண்ணம் பூசப்பட்ட, செங்குத்தான barகளுடன், மதிப்புகளின் ஒரு histogram, தோன்றும்.
05:55	B-factor மதிப்புகள், macromoleculeலில் இருக்கின்ற இயங்குதிறனின் ஒரு அளவீடாகும்.
06:01	குறைந்த, B-factor மதிப்புகளைக் கொண்ட atomகள், நன்றாக ஒழுங்குபடுத்தப்பட்ட structureன் ஒரு பகுதியை சேர்ந்தவையாகும்.
06:08	பெரிய B-factor மதிப்புகளைக் கொண்ட atomகள், மிகவும் இணக்கமான, structureன் பகுதியை சேர்ந்தவையாகும்.
06:15	ஒரு protein structureக்கான, PDB file, B-factor தகவலைக் கொண்டிருக்கிறது.
06:21	Panelக்கு திரும்பவும்.
06:23	செங்குத்தான barகளை, mouseஐ வைத்து, histogram நெடுகிலும் இழுக்கலாம்.
06:29	B-factorன் மதிப்பு, Value text boxல் காட்டப்படுகிறது.
06:34	நீல செங்குத்தான barஐ , பூஜ்யத்திற்கும், சிவப்பை, 100க்கு இழுக்கவும்.
06:41	பின், வெள்ளை barஐ , மதிப்பு 50ல், பொருத்தவும்.
06:45	Colors பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
06:48	color atoms, keep opaque மற்றும்color surfaces.க்கான, optionகளை check செய்யவும்.
06:55	முன்னிருப்பான color palette, நீலம் மற்றும் சிவப்பு ஆகும்.
06:59	Drop-down menuஐ பயன்படுத்தி, நீங்கள் color paletteஐ மாற்றலாம்.
07:04	Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
07:07	Panelஐ கவனிக்கவும். அதிக B-factor மதிப்புகளைக் கொண்ட atomகள், சிவப்பிலும், குறைந்தவை நீலத்திலும் காட்டப்படுகின்றன.
07:16	எதிர்பார்த்தது போல், அதிக B-factor மதிப்புகளைக் கொண்ட atomகள், structureன் வெளியில் இருக்கின்றன.
07:22	இப்போது, residueக்களின், attributeகளை மாற்றுவோம்.
07:26	Select by Attribute dialog boxல், Attributes பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
07:32	Drop-downல் இருந்து, residuesஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
07:36	Render.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:38	Residueகளுக்கான, attributeகள், kdHydrophobicity scaleஐ கொண்டிருக்கிறது.
07:44	Drop-down menuவில் இருந்து, kdHydrophobicityஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:48	மதிப்புகள், histogramல் காட்டப்படுகின்றன.
07:52	kdHydrophobicity scales என்பன, amino acid residueக்களின், relative hydrophobicityஐ வரையறுக்கின்ற மதிப்புகளாகும்.
08:00	KdHydrophobicity மதிப்புகள், hydrophobic residueகளுக்கு, positiveஆகவும், polar residueகளுக்கு, negativeஆகவும், இருக்கின்றன.
08:09	Residueக்களின் Hydrophobicityஐ , நிறங்கள் அல்லது wormகளை வைத்து காட்டலாம்.
08:15	Colorsஐ தேர்வு செய்யவும். முன்னிருப்பாக, சில parameterகள் தேர்ந்தெடுக்கப்படுகின்றன.
08:21	Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். Panelஐ கவனிக்கவும்.
08:26	hydrophobic residueக்கள் சிவப்பிலும், polar residueக்கள் நீலத்திலும் வண்ணம் பூசப்படுகின்றன.
08:33	Worms பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். Applyஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:38	Panelஐ கவனிக்கவும்.
08:41	Wormகள் என்பன, radiusல் மாறுபடுகின்ற, மாற்றியமைக்கப்பட்ட ribbonகளாகும்.
08:47	பெரும்பாலான, hydrophobic residueக்கள், structureன் உட்புறத்தை பார்க்கின்றன.
08:52	முன்னிருப்பாக, அதிக hydrophobic residueக்கள், பெரிய radiusஉடன் காட்டப்படும்.
09:00	Structureஐ , இயல்பான ribbonக்கு திருப்ப:
09:03	Worm-style பட்டனை க்ளிக் செய்து, non-worm optionஐ தேர்வு செய்யவும்.
09:09	OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
09:12	File menuஐ பயன்படுத்தி, Chimera sessionஐ மூடவும்.
09:16	சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, atomகள், residueக்கள், மற்றும் modelகளின், attributeகளை மாற்றுவது.
09:25	B-factor மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, ஒரு proteinல் உள்ள atomகளுக்கு வண்ணம் பூசுவது.
09:30	kdhydrophobicity மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, residueக்களுக்கு வண்ணம் பூசுவது.
09:35	பயிற்சியாக, panelலில், hemoglobin (PDB code: 2HCO)ன் ஒரு modelஐ திறக்கவும். B-factor மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, atomகளுக்கு வண்ணம் பூசவும்.
09:44	kdhydrophobicity மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, residueக்களுக்கு வண்ணம் பூசவும்.
09:49	இந்த வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில், அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.
09:56	நாங்கள், ஸ்போகன் டுடோரியல்களை பயன்படுத்தி, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, சான்றிதழ்கள் தருகிறோம். எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.
10:04	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது.
10:10	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.

Contributors and Content Editors

Jayashree, Priyacst, Venuspriya