UCSF-Chimera/C2/Picking-and-Selection/Tamil

Time	Narration
00:01	Chimeraஐ பயன்படுத்தி, Picking மற்றும் தேர்ந்தெடுப்பு குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:06	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது, atomகள் மற்றும் residueகளுக்கு, labelகளை காட்டுவது.
00:12	Select menuஐ பயன்படுத்தி, அல்லது, Picking மூலம், atomகள் மற்றும் residueக்களை தேர்ந்தெடுப்பது.
00:17	Residueக்களின், நிறம் மற்றும் displayஐ மாற்றுவது.
00:21	Atomகளை, சேர்ப்பது, நீக்குவது, மற்றும், மாற்றுவது, bondகளை சுழற்றுவது.
00:27	Display windowவில், ஒன்றுக்கும் மேற்பட்ட modelஐ திறப்பது. Modelஐ தேர்ந்தெடுத்து, நகர்த்துவது.
00:34	இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு இளங்கலைBiochemistry தெரிந்து இருக்க வேண்டும்.
00:40	அல்லது, structural biology பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும்.
00:47	இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு, நான், Ubuntu Operating System பதிப்பு. 14.04
00:52	Chimera பதிப்பு 1.10.2
00:57	Mozilla firefox browser 35.0
01:01	மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.
01:04	இங்கு, ஒரு Chimera windowஐ நான் திறந்துள்ளேன்.
01:07	Rapid access windowவில், recently accessed data பட்டியலில் இருந்து, 1zik ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
01:15	Graphics windowவில், Leucine zipperன் ஒரு model, திறக்கிறது.
01:20	Residueக்கள், atomக்கள், bondகள், போன்ற, structureன் தனிப்பட்ட componentகளை, Chimeraவில் கிடைக்கின்ற toolகளை பயன்படுத்தி, மாற்றலாம்.
01:31	முதல் படி, தேர்ந்தெடுப்பை செய்வதாகும்.
01:34	ஒரு தேர்ந்தெடுப்பை செய்ய, வெவ்வேறு வழிகள் உள்ளன: Menu barல் இருக்கின்ற, Select menuஐ பயன்படுத்துவது.
01:40	graphics windowல் இருந்து picking செய்வது.
01:43	Command lineல், commandகளை டைப் செய்வது. அல்லது, Favorites menuல் இருக்கும், Model Panel மற்றும் Sequence optionஐ தேர்ந்தெடுப்பது.
01:53	Chimera windowக்கு திரும்பவும்.
01:55	Leucine zipper motif, தொடர் வரிசையில், leucine residueக்களை மீண்டும் மீண்டும் கொண்டிருக்கிறது.
02:02	இந்த structureல் இருக்கின்ற, leucine residueக்களை, எப்படி முன்னிலைப்படுத்துவது என்று நான் இப்போது விளக்குகிறேன்.
02:08	Presets menuவில் இருந்து, interactive 2 optionஐ தேர்வு செய்யவும்.
02:12	இது, structureஐ , atoms displayக்கு மாற்றிவிடும். Select menuவில் இருந்து, Residue optionஐ தேர்வு செய்யவும்.
02:20	Sub-menu, பல optionகளை கொண்டிருக்கிறது.
02:23	Amino acid category menu, amino acidகளை: aliphatic, aromatic, hydrophobic, polar, போன்ற குழுக்களாக கொண்டிருக்கிறது.
02:34	Standard amino acid menu, structureல் இருக்கின்ற, amino acid residueக்களின் பட்டியல் ஒன்றை கொண்டிருக்கிறது. leucineஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:42	எல்லா, leucine residueக்களும் இப்போது முன்னிலைப்படுத்தப்படுகின்றன.
02:46	Actions menuஐ க்ளிக் செய்து, color.ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
02:49	நிறங்களின் பட்டியலில் இருந்து, நான் மஞ்சளை தேர்வு செய்கிறேன். எல்லா leucineகளும், இப்போது மஞ்சள் நிறத்தில் காட்டப்படுகின்றன.
02:57	தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்ய, Select menuஐ க்ளிக் செய்யவும். பின், Clear selection optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:03	Leucine, hydrophobicஆக இருப்பதினால், அது, proteinனின் hydrophobic coreயினுள் தொகுக்கப்படுகிறது.
03:09	இப்போது, presets optionஐ பயன்படுத்தி, displayஐ ribbonsக்கு மாற்றவும். Interactive 1ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:17	திரையிலிருந்து, ஒரு residueஐ pick செய்ய: Cursorஐ structureன் மேல் வட்டமிடவும்.
03:22	அடையாளம் காண்பதற்கான தகவலுடன், ஒரு pop-up balloon தோன்றுகிறது.
03:26	அது, residueன் பெயர், residueன் எண், மற்றும், Chain போன்ற தகவல்களைக் கொண்டிருக்கிறது.
03:32	Cursorஐ நீங்கள் நகர்த்தும் போது, balloon மறைந்துவிடுகிறது.
03:36	Chain A ல் இருக்கின்ற, முதல் residue, அதாவது, arginineக்கு, cursorஐ கொண்டு வரவும்.
03:41	Keyboardல் CTRL key ஐ அழுத்திக்கொண்டே, இடது mouse பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். CTRL key ஐ விடவும்.
03:49	Residueன் outline, முன்னிலைப்படுத்தப்படுகிறது. முன்னிருப்பாக, தேர்ந்தெடுப்பு, பச்சை நிறத்தில் outline செய்யப்படுகிறது.
03:57	ஒன்றுக்கும் மேற்பட்ட residueஐ நீங்கள் தேர்ந்தெடுக்க வேண்டுமெனில்: Keyboardல் CTRL மற்றும் Shift key ஐ அழுத்திக்கொண்டே இருக்கவும்.
04:04	Peptide chainனின் மீது mouseஐ வட்டமிடவும். நீங்கள் pick செய்ய விரும்புகின்ற residueக்களின் மீது, க்ளிக் செய்யவும்.
04:10	Keyboardல் இருந்து, CTRL மற்றும் Shift keyகளை விடவும்.
04:14	இப்போது, மாற்றியமைப்பதற்கான residueக்களை, நீங்கள் pick செய்துவிட்டீர்கள்.
04:18	Actions menuல் இருந்து, ஒரு optionஐ தேர்வு செய்யவும். Actions menuஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:23	உதாரணத்திற்கு, atomsஐ காட்ட, atoms/bonds.ஐ தேர்வு செய்யவும். Showஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:30	தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட residueக்கள், இப்போது atoms displayல் தெரிகின்றன. தேர்ந்தெடுப்பை clear செய்யவும்.
04:36	Strucutureல் இருக்கின்ற, atomகள் அல்லது bondகளையும், Picking மூலம், நாம் மாற்றலாம்.
04:42	Atom அல்லதுbond போன்ற, ஒரு objectன் மீது, cursorஐ வைக்கவும்.
04:47	இது, அதன் label தகவலை, ஒரு atomspec balloonல் காட்டும்.
04:52	ஒரு atomக்கான, Atomspec balloon, residueன் பெயர், எண், chain மற்றும் atomன் பெயர் போன்ற தகவல்களைக் கொண்டிருக்கிறது.
05:01	ஒரு atomஐ தேர்ந்தெடுக்க, Keyboardல் CTRL key ஐ அழுத்திக்கொண்டே இருக்கவும்.
05:06	CTRL key ஐ அழுத்திக்கொண்டே, நீங்கள் மாற்ற விரும்புகின்ற atomஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:11	Atom இப்போது முன்னிலைப்படுத்த்தப்பட்டுவிட்டது. Atomஐ மாற்ற, CTRL key ஐ அழுத்திக்கொண்டே, atomஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும்.
05:20	ஒரு context menu , optionகளுடன் திறக்கிறது.
05:24	Modify-atom optionஐ க்ளிக் செய்யவும். CTRL key ஐ விடவும்.
05:30	ஒரு Build Structure window திறக்கிறது.
05:33	தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டatom, அதாவது, Nitrogenஐ , ஒரு methyl groupக்கு மாற்றுவோம்.
05:38	Build Structure windowவில், elementஆக carbonஐயும், bondsஐ 4 ஆகவும், தேர்ந்தெடுத்து, பின், apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
05:49	Panelஐ கவனிக்கவும்.
05:51	இப்போது, existing structureக்கு, ஒரு methyl group சேர்க்கப்படுகிறது. Windowஐ மூடவும்.
05:57	Bondகளை சுழற்றவும் ஒரு option உள்ளது.
06:00	நீங்கள் சுழற்ற விரும்பும் bondன் மீது, cursorஐ வட்டமிடவும்.
06:04	Bondக்கு தொடர்புடைய தகவல்கள், atomspec balloonல் தோன்றுகிறது.
06:09	ஒரு atomஐ தேர்ந்தெடுக்க, bondன் மீது cursorஐ வைக்கவும்.
06:13	CTRL key ஐ அழுத்திக்கொண்டே இருக்கவும். இடதுmouse பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
06:18	தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டbond, இப்போது முன்னிலைப்படுத்த்தப்பட்டுவிட்டது. CTRL key ஐ அழுத்திக்கொண்டே, bondஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும்.
06:26	Keyboardல், CTRL key ஐ விடவும்.
06:29	ஒரு context-menu திறக்கிறது. rotate bond optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:35	ஒரு , Build Structure dialog box திரையில் தோன்றுகிறது.
06:39	Dialog boxல் இருக்கின்ற, rotating toolஐ க்ளிக் செய்து, சுழற்றவும்.
06:46	Panelஐ கவனிக்கவும். தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட bond, இப்போது சுழல்கிறது.
06:51	விருப்பமான angleஐ அடைந்தவுடன், சுழற்றுவதை நிறுத்தவும். Dialog boxஐ மூடவும்.
06:57	தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும். Chainகளை முன்னிலைப்படுத்த, tools menuல் இருக்கின்ற, Sequence optionஐயும் நாம் பயன்படுத்தலாம்.
07:05	Tools menuல் கீழே scroll செய்து, Sequence optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:10	Sub-menuவில் இருந்து, Sequenceஐ தேர்வு செய்யவும்.
07:13	ஒரு Show model sequence dialog box தோன்றுகிறது.
07:17	Chain Aஐ தேர்ந்தெடுக்க வேண்டுமெனில், chain A ஐ க்ளிக் செய்யவும். பின், showஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:23	Amino acid sequenceஉடன், மற்றொருdialog box திரையில் தோன்றுகிறது.
07:28	Amino acid residueக்கள், ஒற்றை எழுத்து சுருக்கங்களால், வர்ணிக்கப்படுகின்றன.
07:34	தேர்ந்தெடுக்க, sequenceஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:37	Panelஐ கவனிக்கவும், Chain A இப்போது முன்னிலைப்படுத்த்தப்பட்டுவிட்டது.
07:41	Windowஐ மூட, quitஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:44	Actions menuக்கு சென்று, colorக்கு கீழே scroll செய்யவும். மஞ்சள் optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:50	Chain A இப்போது, மஞ்சள் நிறத்தில் உள்ளது. தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும்.
07:55	Chimera windowவில், ஒன்றுக்கும் மேற்பட்ட structureஐ நாம் திறக்கலாம்.
07:59	இரண்டாவது structureஐ திறக்க: File menuவில், கீழே scroll செய்யவும்.
08:03	Fetch by IDஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:06	ஒரு Fetch structure by ID dialog box திறக்கிறது.
08:11	PDB optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். பின் 4 எழுத்து, PDB codeஐ டைப் செய்யவும். உதாரணத்திற்கு, human insulinஐ பெற, டைப் செய்க: 4ex1.
08:23	fetch பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
08:25	இரண்டு protein structureகளும், panelலில் ஒன்றன் மேல் ஒன்றாக உள்ளன.
08:29	ஒன்றன் மேல் ஒன்றாக உள்ள structureகளைப் பிரிக்க: panelலில், ஒரு modelஐ தேர்ந்தெடுத்து நகர்த்த வேண்டும்.
08:36	Favorites menuஐ பயன்படுத்தி, Command lineஐ திறக்கவும்.
08:39	Command line, windowவின் கீழே தோன்றுகிறது.
08:43	leucine zipperஐ வர்ணிக்கின்ற, model zeroஐ uncheck செய்ய, அதை க்ளிக் செய்யவும்.
08:48	Cursorஐ , insulin structureக்கு கொண்டு வரவும்: நடு mouse பட்டனை அழுத்திக்கொண்டே இருக்கவும்.
08:54	பின், panelலில், விரும்புகின்ற இடத்திற்கு, insulin modelஐ நகர்த்த, அதை இழுக்கவும். Mouse பட்டனை விடவும்.
09:01	திரையிலிருந்து, குறிப்பிட்ட modelஐ நீக்க: Favorites menuஐ பயன்படுத்தி, model panel ஐ திறக்கவும்.
09:08	ஒரு Model Panel dialog box தோன்றுகிறது.
09:11	model IDஐ க்ளிக் செய்து, நீங்கள் நீக்க விரும்புகின்ற modelஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
09:16	உதாரணத்திற்கு, திரையிலிருந்து, insulin modelஐ நான் நீக்க விரும்புகிறேன்.
09:21	model IDஐ க்ளிக் செய்யவும். Close optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
09:26	Panelஐ கவனிக்கவும். Insulinனின் model, இப்போது, திரையிலிருந்து நீக்கப்பட்டுவிட்டது.
09:32	model panel windowஐ மூடவும்.
09:34	இத்துடன், நாம் இந்த டுடோரியலின் முடிவுக்கு வந்துவிட்டோம்.
09:37	நாம் கற்றதை, சுருங்கச் சொல்ல.
09:40	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, atomகள் மற்றும் residueகளுக்கு, labelகளை காட்டுவது.
09:46	Select menuஐ பயன்படுத்தி, அல்லது, Picking மூலம், atomகள் மற்றும் residueக்களை தேர்ந்தெடுப்பது.
09:51	Residueக்களின், நிறம் மற்றும் displayஐ மாற்றுவது.
09:55	Atomகளை, சேர்ப்பது, நீக்குவது, மற்றும், மாற்றுவது. Bondகளை சுழற்றுவது.
10:00	Display windowவில், ஒன்றுக்கும் மேற்பட்ட modelஐ திறப்பது. Modelஐ தேர்ந்தெடுத்து, நகர்த்துவது.
10:06	பயிற்சியாக, Chimera windowவில், human insulinன் ஒரு structureஆன, pdb code 4ex1ஐ திறக்கவும்.
10:14	எல்லா hydrophobic amino acid residueக்களையும், நீல நிறமாக்கவும்.
10:19	எல்லா polar residueக்களையும், சிவப்பு நிறமாக்கவும்.
10:23	நிறைவுபெற்ற உங்கள் பயிற்சி, பின்வருமாறு காணப்பட வேண்டும்.
10:29	பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.
10:36	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.
10:45	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.
10:55	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.

Contributors and Content Editors

Jayashree, Venuspriya