CellDesigner/C3/Build-and-Modify-Process-Diagram/Bengali

Title of the Script: Build and Modify Process Diagram

Author: Bella Tony

Keywords: Process Diagram, Macros, Alanine Biosythesis, Generic Protein, Aminotransferase

Time	Narration
00:01	CellDesigner এ Build and Modify Process Diagram এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:08	এখানে আমরা শিখব: Macros এর ব্যবহার, কম্পোনেন্ট ড্র এরিয়াতে সরানো, স্পিসিসের চারপাশে রিঅ্যাকশন লাইন যোগ করা।
00:18	রিঅ্যাকশন লাইন এলাইন এবং প্রসারিত করা, একটি প্রোডাক্ট এবং রিঅ্যাকটেন্ট যোগ করা।
00:23	এই টিউটোরিয়ালের জন্য, উবুন্টু লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেম 14.04, CellDesigner সংস্করণ 4.3, Java সংস্করণ 1.7 ব্যবহার করছি।
00:35	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, শিক্ষার্থীদের স্নাতক স্তরের Biochemistry এবং CellDesigner ইন্টারফেস সম্পর্কে জানা উচিত।
00:43	না হলে, প্রাসঙ্গিক CellDesigner টিউটোরিয়ালের জন্য, Spoken Tutorial ওয়েবসাইটে যান।
00:51	এখন শুরু করি।
00:53	আপনি এখানে Alanine Biosynthesis এর একটি প্রচলিত ডায়াগ্রাম দেখেন।
00:58	এই প্রসেস ডায়াগ্রাম বানাতে CellDesigner ব্যবহার করব।
01:02	Ctrl + Alt + T কী একসাথে টিপে টার্মিনাল খুলুন।
01:09	এখন ./runCellDesigner4.3 লিখুন এবং এন্টার টিপুন।
01:20	আপনার টার্মিনালে CellDesigner উইন্ডোটি খুলেছে।
01:24	CTRL + N টিপে একটি নতুন ফাইল খুলুন এবং এটিকে Build and Modify Process Diagram নাম দিন।
01:34	প্রস্থ এবং উচ্চতা ডিফল্ট রাখুন এবং OK বোতামে ক্লিক করুন।
01:39	এখন Macros সম্পর্কে শিখি।
01:42	Macros প্রায়ই ব্যবহার করা Components সেট, যা সহজে ডায়াগ্রাম বানাতে সাহায্য করে।
01:47	টুলবারে, Catalysis এর জন্য Macros আইকনে ক্লিক করুন তারপর ড্র এরিয়াতে ক্লিক করুন।
01:57	এখন ড্র এরিয়াতে Macros-Catalysis reaction রয়েছে।
02:02	সকল কম্পোনেন্ট ড্র এরিয়ার অপর প্রান্তে সরানো শিখি।
02:08	তাই Edit মেনুতে এবং তারপর Select All এ ক্লিক করুন।
02:16	এছাড়া আপনি Ctrl + A কী প্রয়োগ করতে পারেন।
02:21	এখন সকল কম্পোনেন্ট লক্ষণীয় রয়েছে।
02:24	এখন লক্ষণীয় কম্পোনেন্টের কোথাও ক্লিক করুন এবং তাদের পছন্দসই স্থানে সরান।
02:30	এখন এগোই।
02:32	লক্ষণীয় করা কম্পোনেন্ট অচিহ্নিত করতে ড্র এরিয়াতে যে কোনো স্থানে ক্লিক করুন।
02:37	আবার ড্র এরিয়াতে, Generic Protein S1 এ ডান ক্লিক করুন।
02:43	তারপর Change Identity বিকল্পে ক্লিক করুন।
02:47	class বাক্সে, Protein কে Simple Molecule এ বদলান।
02:53	Name এ: 2-keto-isovalerate লিখুন
02:58	এবং তারপর Apply বোতামে ক্লিক করুন।
03:02	The Same Species Exists ডায়ালগ বাক্সে No তে ক্লিক করুন।
03:10	তবে স্পিসিসের সকল কম্পোনেন্টে এই পরিবর্তন করতে চাইলে Yes এ ক্লিক করুন। এখানে No ক্লিক করব।
03:20	দেখুন Generic Protein S1, এখন 2-keto-isovalerate নামে simple molecule হয়েছে।
03:30	আমি নাম অন্তর্ভুক্ত করতে অণু টেনে আনবো।
03:34	end-point এর কেন্দ্রে Generic protein-S1 এ ডান ক্লিক করুন যা একটি প্রোডাক্ট।
03:42	Change identity কে Simple Molecule করুন এবং এটিকে Valine নাম দিন।
03:50	Apply বোতামে ক্লিক করুন।
03:52	আপনার ড্র এরিয়াতে Valine রয়েছে।
03:36	তারপর, অনুঘটক S2 এর নাম বদলান। এতে ডান ক্লিক করুন এবং Edit Protein চয়ন করুন।
04:06	name এ, Aminotransferase লিখুন।
04:11	Update এ ক্লিক করুন এবং ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
04:16	নাম অন্তর্ভুক্ত করতে অণুর প্রান্ত ড্রেগ করুন।
04:21	তারপর, লিঙ্ক করা রিঅ্যাকশননের স্থিতি বদলাই।
04:25	end-point species অর্থাৎ Valine এর কেন্দ্রে ক্লিক করুন এবং পছন্দসই স্থানে ড্র্যাগ এবং ড্রপ করুন।
04:33	Aminotransferase এর সাথে এটি পুনরাবৃত্তি করুন।
04:37	লক্ষ্য করুন end-point Species যেদিকে যায় লিঙ্ক করা রিঅ্যাকশন তা অনুসরণ করে।
04:44	এখন reaction line কে species এর আশেপাশে জোড়া শিখব।
04:49	Reaction line কে Species এর আশেপাশে 16 টি সংযোগ বিন্দুতে যার কারোর সাথে যুক্ত করা যাবে।
04:56	আমি আপনাকে এটি করা দেখাবো।
04:59	CTRL + N টিপে একটি নতুন উইন্ডো খুলুন।
05:04	ফাইলটিকে Connection points নাম দিন।
05:08	প্রস্থ এবং উচ্চতা ডিফল্ট রাখুন এবং Ok বোতামে ক্লিক করুন।
05:14	ড্র এরিয়াতে, দুটি generic proteins আঁকুন এবং তাদের Protein 1 এবং Protein 2 নাম দিন।
05:23	মেন মেনুতে, State Transition আইকনে ক্লিক করুন।
05:28	তারপর, ড্র এরিয়াতে, মাউসকে start-point Species, Protein 1 এ ঘোরান।
05:36	লক্ষ্য করুন সকল 16 টি সংযোগ বিন্দু ধূসর রঙে লক্ষণীয় হয়।
05:42	উল্লেখ্য যখন কার্সারটি এর কোনো একটি সংযোগ বিন্দুতে যায়, এটি নীল রঙে বদলাবে।
05:49	একটি সংযোগ বিন্দুতে ক্লিক করুন।
05:53	একইভাবে মাউসকে end-point Species অর্থাৎ Protein 2 তে ঘোরান।
06:00	আবার, উপরোক্ত বর্ণন অনুযায়ী, আবশ্যক সংযোগ বিন্দুতে ক্লিক করুন।
06:05	চয়নিত সংযোগ বিন্দুর মাঝে একটি State Transition রিঅ্যাকশন লাইন গঠিত হয়েছে।
06:12	এরপর, আমরা Reaction line সারিবদ্ধ করব।
06:16	Protein 1 এবং Protein 2 এর মাঝে State transition reaction line এ ক্লিক করুন।
06:21	উল্লেখ্য যে reaction line এ 2 process nodes লক্ষণীয় হয়।
06:27	আমরা মাউস 2 process nodes এর মধ্যে কোনোটিতে ঘোরালে, একটি plus চিহ্ন দেখায়।
06:34	process nodes এর মধ্যে একটিতে ক্লিক করুন।
06:37	এখন পয়েন্টার ড্রেগ করুন এবং পছন্দসই connection point এ রাখুন।
06:43	লক্ষণীয় করা কম্পোনেন্ট আনচেক করতে ড্র এরিয়াতে যে কোনো স্থানে ক্লিক করুন।
06:49	reaction line বাড়াতে বা প্রসারিত করতে, প্রথমে এতে ক্লিক করুন।
06:54	এখন start-point বা end-point Species এ স্থিত process nodes এর যে কোনো একটিতে ক্লিক করুন।
07:01	reaction line প্রসারিত করতে মাউস পছন্দসই কনেকশন পয়েন্ট পর্যন্ত ড্রেগ করুন।
07:07	এখানে থেকে, প্রসেস ডায়াগ্রামের সাথে এগোই।
07:12	Build and Modify Process Diagram তে ফিরে আসি।
07:16	বিদ্যমান রিঅ্যাকশনে, একটি Reactant এবং একটি Product জুড়ুন।
07:21	টুলবার থেকে, 2 simple molecules এ ক্লিক করে ড্র এরিয়াতে রাখুন।
07:27	তাদের Glutamate এবং 2-Oxoglutarate নাম দিন।
07:36	তাদের ড্রেগ করুন তারপর Simple molecules: 2-keto-isovalerate এবং Valine এর কাছে রাখুন।
07:44	আগের বর্ণন অনুযায়ী, কম্পোনেন্টকে ড্র এরিয়াতে সারিবদ্ধ করি।
07:49	পূর্বে করা বর্ণন থেকে, আমি এখন কম্পোনেন্ট সারিবদ্ধ করেছি।
07:55	টুলবারে Add Product আইকনে ক্লিক করুন।
08:00	এখন মাউস State Transition রিঅ্যাকশন 2-keto-isovalerate এবং Valine এর মাঝে ঘোরান।
08:07	লক্ষণীয় করা process node এ ক্লিক করুন।
08:10	এরপর, মাউস 2-Oxoglutarate এ ঘোরান।
08:17	লক্ষণীয় করা 16 process nodes এর যে কোনো একটিতে ক্লিক করুন।
08:21	লক্ষ্য করুন, State Transition এবং 2-Oxoglutarate এর মাঝে একটি reaction line দেখায়।
08:29	একইভাবে Add Reactant আইকনে ক্লিক করুন।
08:34	মাউস Glutamate এ রেখে লক্ষণীয় হওয়া 16 process nodes থেকে একটিতে ক্লিক করুন।
08:40	তারপর, মাউস State Transition রিঅ্যাকশনে ঘোরান এবং process node এ ক্লিক করুন।
08:49	দেখুন যে State Transition এবং Glutamate এর মাঝে একটি reaction line দেখায়।
08:55	এরপর Reactant এবং Product সহ একটি সম্পূর্ণ Catalysis রিঅ্যাকশন রয়েছে।
09:01	আমি প্রসেস ডায়াগ্রামের অন্যান্য কম্পোনেন্ট সমাযোজিত করতে reaction সারিবদ্ধ করব।
09:09	টুলবার থেকে State Transition, Simple Molecule, Generic Protein এবং Catalysis আইকন ব্যবহার করুন।
09:18	এটি সম্পূর্ণ প্রসেস ডায়াগ্রাম।
09:22	এটি সঠিকভাবে দেখতে, মেন মেনু বারে View তে যান এবং Zoom Fit এ ক্লিক করুন।
09:32	এখন আপনি সম্পূর্ণ Process Diagram দেখেন।
09:36	সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা শিখেছি Macros এর ব্যবহার।
09:42	কম্পোনেন্ট ড্র এরিয়াতে সরানো, স্পিসিসের চারপাশে রিঅ্যাকশন লাইন যোগ করা।
09:48	রিঅ্যাকশন লাইন এলাইন এবং প্রসারিত করা, একটি Product এবং Reactant যোগ করা।
09:54	অনুশীলনী হিসাবে: CellDesigner টুলস দ্বারা Methionine Biosynthesis এর জন্য একটি প্রসেস ডায়াগ্রাম বানান, GTP / GD এর জন্য Macros অন্বেষণ করুন, একটি Curve রিঅ্যাকশন লাইন বানানো সম্পর্কে খোঁজ করুন।
10:11	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প সম্পর্কে-
10:14	প্রদত্ত লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন, এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।
10:19	ভালো ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন।
09:24	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে।
09:29	অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
10:34	অধিক জানতে contact@spoken-tutorial.org তে লিখুন।
10:40	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প Talk to a Teacher প্রকল্পের অংশবিশেষ। এটি ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত। এই মিশন সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য: http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro
10:54	আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Satarupadutta