CellDesigner/C3/Customizing-Diagram-Layout/Gujarati

Time	Narration
00:01	નમસ્તે મિત્રો. CellDesigner’ના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ ‘Customizing Diagram Layout’ માં તમારું સ્વાગત છે.
00:08	આ ટ્યૂટોરિઅલમાં , આપણે શીખીશું કે કેવી રીતે : Reaction lineનો color, shape અને width બદલી શકાય,
00:19	Reaction lineમાં Anchor points ઉમેરવા , Componentsને સંરેખિત કરવા, Reaction ids બતાવવા / છુપાવવા.
00:30	આપણે આ પણ શીખીશું કે કેવી રીતે  : Componentsમાં Notes(નોંધ) ઉમેરવી, Proteinને એડિટ કરવું, information ને એડિટ કરવી.
00:39	અને ડાઇગ્રામનું bird’s eye view મેળવવું.
00:44	આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા, હું Ubuntu Linux OS 14.04 ,CellDesigner version 4.3 અને  Java version 1.7નો ઉપયોગ કરી રહી છું.
01:01	આ ટ્યૂટોરિઅલને સમજવા તમે undergraduate Biochemistryના અને CellDesigner ઇન્ટરફેઝના પરિચિત હોવા જરૂરી છો.
01:12	જો તમે ન જાણતા હોવ,તો તેને સંબંધિત CellDesigner tutorials અમારી વેબસાઈટ ‘’’www.spoken-tutorial.org’’’  ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
01:20	તો ચાલુ શરૂઆત કરીએ.
01:22	અગાઉના ટ્યૂટોરિઅલ્સમાંના એક માટે અભ્યાસ હતો કે - Methionine Biosynthesis માટે એક process diagram બનાવવો.
01:32	હું તે જ ડાયગ્રામને અહીં ઉદાહરણ તરીકે વાપરી રહી છું . અને તેને કેવી રીતે કસ્ટમાઇઝ(ફેરફાર કરવા) કરવું તે તમને સમજાવીશ.
01:43	ચોલો તો મને CellDesigner ઇન્ટરફેઝ ઉપર જતા રહેવા દો.
01:47	અહીં તમે જે જોઈ રહ્યા છો તે Methionine Biosynthesis માટે નો process diagram છે.
01:53	અહીં તમે આ ટ્યૂટોરિઅલને અટકાવી દો અને જે Methionine Biosynthesis process diagram તમે બનાવ્યો છે તે ખોલો.
02:01	જો તમારી પાસે સેવ કરેલી ફાઈલ ન હોય તો તમને આપવામાં આવેલ code fileને ખોલી શકો છો.
02:08	તો ચાલો હું આ diagramમાં ફેરફાર કરવાનું શરુ કરું.
02:12	ચાલો પાછા Cell designer ઇન્ટરફેઝ ઉપર જઈએ.
02:16	હું Reaction lineના width અને  color બદલવાથી શરુ કરું .
02:22	તે કરવા માટે , હું Homoserine અને Succinyl homoserine વચ્ચેના State Transitionને સિલેક્ટ કરી રહી છું .
02:30	હવે main menu બારમાંના  “Component” ઉપર જાઓ.
02:35	અને  “Change color & shape” વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
02:39	અથવા તો , તમે Reaction line ઉપર  રાઈટ-ક્લિક કરો અને “Change color & shape” વિકલ્પ સિલેક્ટ કરો.
02:47	“Change color & shape” નામનો ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે .
02:53	થોડી જાડી Reaction line માટે ,Line Width ને 1.0 થી ઉચ્ચ સંખ્યામાં બદલો .
03:02	હું તેને બદલીને 3.0 કરીશ.
03:06	Reaction lineનો રંગ બદલવા , Color panel ઉપર જાઓ.
03:12	Color panel માં એક color wheel દેખાય છે,જેમાં હેન્ડલ જેવું પોઇન્ટર છે.
03:19	પોઇન્ટરને ક્લિક કરી પકડી રાખો અને પછી તમને યોગ્ય ગમતો રંગ સિલેક્ટ કરવા તેને ગોળ ફેરવો.
03:25	હું ભૂરા રંગનો એક શેડ પસંદ કરીશ.
03:28	ત્યાર બાદ , 'color triangle'ની અંદર ક્યાંય પણ ક્લિક કરો.
03:34	ત્યાર બાદ, આ નાનું સર્કલ ક્લિક કરો અને આ પોઇન્ટર તરફ ડ્રોપ કરો.
03:40	બધા જ ફેરફારો કાર્ય બાદ , Apply ઉપર ક્લિક કરો અને પછી Ok ઉપર ક્લિક કરો.
03:48	ધ્યાનથી જુઓ આ Reaction line હવે થોડી જાડી દેખાય છે અને તેનો રંગ ભૂરા શેડનો દેખાય છે.
03:55	ત્યાર બાદ આપણે શીખીશું કે Reaction line ઉપર Anchor points કેવી રીતે ઉમેરવા.
04:01	અને એન્કર પોઇન્ટ શા માટે Reaction lines ના ફરતે ફરવા માટે ઉપયોગી છે.
04:09	તેમને વ્યવસ્થિત આકાર આપવા અને draw area ઉપર તેમને વ્યવસ્થિત સ્થિતિમાં મુકવા.
04:16	ચાલો CellDesigner interface ઉપર પાછા આવીએ .
04:20	કોઈ પણ Reaction line સિલેક્ટ કરો.
04:23	હુંHomoserine અને Succinyl Homoserine વચ્ચેની તે જ State Transition reaction line સિલેક્ટ કરીશ.
04:31	કર્સર દ્વારા, આ લાઈન ઉપર, એ ચોક્કસ સ્થળ પસંદ કરો જ્યાં Anchor point મુકાવો જોઈએ.
04:39	ચોક્કસ પોઇન્ટનું સિલેક્શન કાર્ય પછી , રાઈટ - ક્લિક કરી અને Add Anchor Point સિલેક્ટ કરો.
04:47	તમે Reaction line ઉપર પાસાં કરેલા ચોક્કસ સ્થળે એક નવો Anchor point ઉમેરાયેલો જોઈ શકશો.
04:55	ચાલો હું તમને બતાઉં કે એક રિએક્શન લાઈનમાં ફેરફાર કરવા Anchor Points કેવી રીતે મદદ કરે છે.
05:03	ચાલો હું એક નવી વીન્ડો ખોલું અને તેને નામ આપું Anchor અને OK ઉપર ક્લિક કરું.
05:11	હવે GTP/GDP માટે આ આઇકોન ઉપર ક્લિક કરીએ.
05:18	અને draw વિસ્તાર ઉપર ક્યાંય પણ ક્લિક કરીએ.
05:22	Reaction line ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ અને Add Anchor point ઉપર ક્લિક કરીએ.
05:29	Reaction lineને draw વિસ્તારમાં ક્યાં પણ ડ્રેગ કરો અને ડ્રોપ કરો.
05:37	ત્યાર બાદ આપણે જોઈશું કે આ કમ્પોનંટ્સને draw area ઉપર કેવી રીતે align કરવા.
05:44	ચાલો આપણે પાછા Methionine biosynthesis process diagram વીન્ડોવ ઉપર જઈએ.
05:50	પ્રકાશિત થયેલ  Reaction line ને અનચેક કરવા draw area ઉપર ક્યાંય પણ ક્લિક કરીએ.
05:56	હવે , 'Shift' કી ને પડકી રાખો અને draw areaમાં રહેલ વિવિધ Species ઉપર ક્લિક કરો.
06:04	Edit મેનુ ઉપર જાઓ , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Alignmentને સિલેક્ટ કરો અને પછી Alignment type ઉપર ક્લિક કરો .
06:15	વૈકલ્પિક રીતે ટૂલબાર ઉપરના આઇકોન Alignment ઉપર ક્લિક કરો.
06:21	ટૂલ બાર ઉપરના અન્ય બીજા  Alignment વિકલ્પો તમારી જાતે શોધો.
06:27	ચાલો આપણે આ alignment ને હવે undo કરીએ અને આગળ વધીએ.
06:31	જ્યારે Reaction ઉપર કામ કરતા હોઈએ ત્યારે , process diagram ઉપર આપણે Reaction ids ને કેવી રીતે show/hide કરી શકીએ ?
06:39	ચાલો તે શીખીએ.
06:41	'View' ઉપર જઈએ , નીચે સ્ક્રોલ કરીએ અને 'Show Reaction Id'ને અનચેક કરીએ.
06:48	જુઓ હવે draw area ઉપરના રિએક્શનને સંબંધિત Reaction ids દેખાશે નહીં.
06:55	જો તમારે આ Reaction Idને બતાવવા હોય તો આ પ્રમાણે કરો.
07:01	'View' ઉપર જાઓ , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને 'Show Reaction Id' ઉપર ક્લિક કરો.
07:08	draw area ઉપર reactionsને સંબંધિત Reaction ids દ્રશ્યમાન થઇ જશે.
07:15	draw area ઉપર આપણે બધા  Components (Compartment, Species or Reaction) માં નોટ્સ(નોંધણીઓ) પણ ઉમેરી શકીએ છીએ.
07:21	ચાલો શીખીએ કે તે કેવી રીતે કરાય.
07:24	draw area ઉપરના એક Species ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ.
07:28	હું CoA ઉપર ક્લિક કરીશ.
07:32	નીચે સ્ક્રોલ કરો અને ‘Species Notes’ ઉપર ક્લિક કરો .
07:35	એક Pop Up મેનુ દૃશ્યમાન થાય છે.
07:38	એક 'Species Notes' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે . Speciesને સંબંધિત લખાણ ટાઈપ કરો.
07:46	હું આ મુજબ ટાઈપ કરીશ.
07:49	'OK' ક્લિક કરીએ.
07:51	ધ્યાનથી જુઓ કે Notes Areaમાં notes information દેખાય છે.
07:58	વૈકલ્પિક રીતે એક Speciesમાં નોટ્સ ઉમેરવા , draw area ઉપર તે Species ને ક્લિક કરો.
08:06	હું Succinate ઉપર ક્લિક કરીશ.
08:09	પછી , Edit Notes ટેબ ઉપર ક્લિક કરો , જે CellDesigner વીન્ડોવના નીચે જમણી બાજુના ખૂણામાં છે.
08:18	એક પૉપ અપ વીન્ડોવ ખુલશે.
08:21	Species-ને સંબંધિત લખાણ ટાઈપ કરો.
08:25	હું ટાઈપ કરીશ અને  'OK' ઉપર ક્લિક કરીશ.
08:30	તે જ પ્રમાણે આપણે Proteinને પણ એડિટ કરી શકીએ.
08:35	તે કરવા draw area ઉપરના આ કમ્પોનન્ટ ઉપર રાઈટ ક્લિક કરો.
08:40	હું Homoserine succinyl transferase ઉપર ક્લિક કરીશ.
08:46	નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Edit Proteinને ક્લિક કરો.
08:51	Protein નામનું એક ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર દેખાશે.
08:55	name boxમાં Protein નું નામ એન્ટર કરો.
09:00	હું name boxમાં ટાઈપ કરીશ O-succinyltransferase .
09:06	‘Update’ ઉપર ક્લિક કરો અને ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
09:11	આપણે Proteinમાં regions પણ ઉમેરી શકીએ.
09:15	draw area ઉપર રહેલ એક Protein ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરો.
09:19	હું  O-succinyltransferase. ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીશ.
09:24	નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Edit Protein ઉપર ક્લિક કરો.
09:29	એક ડાયલોગ બોક્સ,Protein સ્ક્રીન ઉપર દેખાય છે.
09:33	‘residues/regions’ ટેબ નીચે,  'Add' બટન ઉપર ક્લિક કરો.
09:40	ડાયલોગ બોક્સ- ModificationResidue/Bindingregionમાં  :
09:46	ડ્રોપ ડાઉન મેનુમાંથી ‘Type’ ને  ‘Binding region તરીકે સિલેક્ટ કરીએ.
09:52	આવશ્યક વેલ્યુ પર કર્સર ખસેડીને સાઈઝ અને એન્ગલ બદલો.
09:59	તેના ડેમો તરીકે, હું Size ને 15 અને Angle ને 38 સિલેક્ટ કરીશ.
10:09	પછી ‘Close’ ઉપર ક્લિક કરીએ.
10:12	Update ઉપર ક્લિક કરીએ.
10:14	અને આ બોક્સને બંધ કરીએ.
10:17	જો કે આપણને Methionine Biosynthesis માં region ઉમેરવાની જરૂર નથી એટલે હું આ ફેરફારોને undo કરું છું.
10:25	ત્યાર બાદ માહિતીઓને કેવી રીતે એડિટ કરાય તે શીખીએ .
10:30	draw area ઉપર રહેલા component ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ.
10:33	હું Homoserine ઉપર ક્લિક કરીશ.
10:37	નીચે સ્ક્રોલ કરો અને ‘Edit Information’ ઉપર ક્લિક કરો.
10:41	સ્ક્રીન ઉપર ‘Edit Information’ ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
10:46	ડાયલોગ બોક્સમાં આ મુજબ કરો - ‘state’ ટેબની નીચે Open ને સિલેક્ટ કરો.
10:54	‘prefix’ ટેબ નીચેના mt. ને સિલેક્ટ કરો.
10:59	‘label’ ટેબ નીચેના dna.ને સિલેક્ટ કરો.
11:04	‘Ok’. ઉપર ક્લિક કરો.
11:07	તમે draw area ઉપર દેખાઈ રહેલી માહિતી mt:dna જોઈ શકો છો.
11:15	હું Edit Informationને undo કરીશ કારણકે મને તેની Methionine Biosynthesisમાં જરૂર નથી.
11:23	કેટલાક કેસીસમાં , process diagram અટપટો(જટિલ) હોય શકે છે.
11:28	આવા કેસીસમાં , Bird's eye view મદદરૂપ થાય છે કારણકે તેનાથી મોટા મોડેલની અંદર નેવિગેટ કરવું અનુકૂળ રહે છે.
11:37	આઇકોન Bird's eye view  ઉપર ક્લિક કરીએ.
11:41	લાલ ચોરસને Bird’s Eye Viewની અંદર લઇ જાઓ.
11:46	નોંધ લો કે draw areaઉપર દેખાતું દૃશ્ય તે મુજબ ખસે છે.
11:52	તો અહીં આપણું આ ટ્યૂટોરિઅલ સમાપ્ત થાય છે.
11:56	ચાલો સારાંશ જોઈએ. આ ટ્યૂટોરિઅલમાં,આપણે શીખ્યા કે કેવી રીતે : Reaction lineના color, shape અને width બદલી શકાય
12:07	Reaction lineમાં Anchor points ઉમેરતા , Componentsને સંરેખિત કરતા, Reaction ids બતાડતાં / છુપાવતા.
12:18	આપણે આ પણ શીખ્યા કે કેવી રીતે - Componentsમાં Notes(નોંધ) ઉમેરવી.
12:23	Proteinને એડિટ કરવું, information ને એડિટ કરવી.
12:27	ડાયગ્રામનું એકદમ બારીકાઇ(Bird’s Eye View )થી નિરીક્ષણ કરવું.
12:32	અભ્યાસ માટે CellDesignerના ટૂલ્સની મદદથી Glycolysis Process Diagram બનાવો.
12:41	Reaction lineના જુદા જુદા આકારો(shapes) શોધો.
12:47	આ લિંક :www.spoken-tutorial.org ઉપરનો વિડીયો નિહાળો તે આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ યોજના વિષે માહિતી આપે છે.
12:52	જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ન હોય તો તમે તેને ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
12:57	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે.જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે.
13:06	વધુ માહિતી માટે અમને અહીં લખો : [mail માટે :contact@spoken-tutorial.org]
13:13	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટ એ ટોક ટુ અ ટીચર યોજનાનો એક ભાગ છે. જે આઇસીટી,એમએચઆરડી,ભારત સરકાર દ્વારા શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધારભૂત છે. આ ઉપર વધુ માહિતી ’’’’spoken hyphen tutorial dot org slash NMEICT hyphen Intro ’’’ ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
13:29	અનુવાદ કરનાર હું છું શિવાની ગડા. આભાર.

Contributors and Content Editors

Shivanigada