CellDesigner/C3/Customizing-Diagram-Layout/Gujarati

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
Time Narration
00:01 નમસ્તે મિત્રો. CellDesigner’ના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ ‘Customizing Diagram Layout’ માં તમારું સ્વાગત છે.
 00:08 આ ટ્યૂટોરિઅલમાં , આપણે શીખીશું કે કેવી રીતે : Reaction lineનો color, shape અને width બદલી શકાય,
 00:19 Reaction lineમાં Anchor points ઉમેરવા , Componentsને સંરેખિત કરવા, Reaction ids બતાવવા / છુપાવવા.
00:30   આપણે આ પણ શીખીશું કે કેવી રીતે  : Componentsમાં Notes(નોંધ) ઉમેરવી, Proteinને એડિટ કરવું, information ને એડિટ કરવી.
00:39 અને ડાઇગ્રામનું bird’s eye view મેળવવું.
00:44 આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા, હું Ubuntu Linux OS 14.04 ,CellDesigner version 4.3 અને  Java version 1.7નો ઉપયોગ કરી રહી છું.
01:01 આ ટ્યૂટોરિઅલને સમજવા તમે undergraduate Biochemistryના અને CellDesigner ઇન્ટરફેઝના પરિચિત હોવા જરૂરી છો.
01:12 જો તમે ન જાણતા હોવ,તો તેને સંબંધિત CellDesigner tutorials અમારી વેબસાઈટ ‘’’www.spoken-tutorial.org’’’  ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
01:20 તો ચાલુ શરૂઆત કરીએ.
01:22 અગાઉના ટ્યૂટોરિઅલ્સમાંના એક માટે અભ્યાસ હતો કે - Methionine Biosynthesis માટે એક process diagram બનાવવો.
01:32 હું તે જ ડાયગ્રામને અહીં ઉદાહરણ તરીકે વાપરી રહી છું . અને તેને કેવી રીતે કસ્ટમાઇઝ(ફેરફાર કરવા) કરવું તે તમને સમજાવીશ.
01:43 ચોલો તો મને CellDesigner ઇન્ટરફેઝ ઉપર જતા રહેવા દો.
01:47 અહીં તમે જે જોઈ રહ્યા છો તે Methionine Biosynthesis માટે નો process diagram છે.
 01:53 અહીં તમે આ ટ્યૂટોરિઅલને અટકાવી દો અને જે Methionine Biosynthesis process diagram તમે બનાવ્યો છે તે ખોલો.
02:01 જો તમારી પાસે સેવ કરેલી ફાઈલ ન હોય તો તમને આપવામાં આવેલ code fileને ખોલી શકો છો.
02:08 તો ચાલો હું આ diagramમાં ફેરફાર કરવાનું શરુ કરું.
02:12 ચાલો પાછા Cell designer ઇન્ટરફેઝ ઉપર જઈએ.
02:16 હું Reaction lineના width અને  color બદલવાથી શરુ કરું .
02:22 તે કરવા માટે , હું Homoserine અને Succinyl homoserine વચ્ચેના State Transitionને સિલેક્ટ કરી રહી છું .
02:30 હવે main menu બારમાંના  “Component” ઉપર જાઓ.
02:35 અને  “Change color & shape” વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
02:39 અથવા તો , તમે Reaction line ઉપર  રાઈટ-ક્લિક કરો અને “Change color & shape” વિકલ્પ સિલેક્ટ કરો.
02:47 Change color & shape” નામનો ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે .
02:53 થોડી જાડી Reaction line માટે ,Line Width ને 1.0 થી ઉચ્ચ સંખ્યામાં બદલો .
03:02 હું તેને બદલીને 3.0 કરીશ.
03:06 Reaction lineનો રંગ બદલવા , Color panel ઉપર જાઓ.
03:12 Color panel માં એક color wheel દેખાય છે,જેમાં હેન્ડલ જેવું પોઇન્ટર છે.
03:19 પોઇન્ટરને ક્લિક કરી પકડી રાખો અને પછી તમને યોગ્ય ગમતો રંગ સિલેક્ટ કરવા તેને ગોળ ફેરવો.
03:25 હું ભૂરા રંગનો એક શેડ પસંદ કરીશ.
03:28 ત્યાર બાદ , 'color triangle'ની અંદર ક્યાંય પણ ક્લિક કરો.
03:34 ત્યાર બાદ, આ નાનું સર્કલ ક્લિક કરો અને આ પોઇન્ટર તરફ ડ્રોપ કરો.
03:40 બધા જ ફેરફારો કાર્ય બાદ , Apply ઉપર ક્લિક કરો અને પછી Ok ઉપર ક્લિક કરો.
03:48 ધ્યાનથી જુઓ આ Reaction line હવે થોડી જાડી દેખાય છે અને તેનો રંગ ભૂરા શેડનો દેખાય છે.
03:55 ત્યાર બાદ આપણે શીખીશું કે Reaction line ઉપર Anchor points કેવી રીતે ઉમેરવા.
04:01 અને એન્કર પોઇન્ટ શા માટે Reaction lines ના ફરતે ફરવા માટે ઉપયોગી છે.
04:09 તેમને વ્યવસ્થિત આકાર આપવા અને draw area ઉપર તેમને વ્યવસ્થિત સ્થિતિમાં મુકવા.   
04:16 ચાલો CellDesigner interface ઉપર પાછા આવીએ .
04:20 કોઈ પણ Reaction line સિલેક્ટ કરો.
04:23 હુંHomoserine અને Succinyl Homoserine વચ્ચેની તે જ State Transition reaction line સિલેક્ટ કરીશ.
04:31 કર્સર દ્વારા, આ લાઈન ઉપર, એ ચોક્કસ સ્થળ પસંદ કરો જ્યાં Anchor point મુકાવો જોઈએ.
04:39 ચોક્કસ પોઇન્ટનું સિલેક્શન કાર્ય પછી , રાઈટ - ક્લિક કરી અને Add Anchor Point સિલેક્ટ કરો.
04:47 તમે Reaction line ઉપર પાસાં કરેલા ચોક્કસ સ્થળે એક નવો Anchor point ઉમેરાયેલો જોઈ શકશો.
04:55 ચાલો હું તમને બતાઉં કે એક રિએક્શન લાઈનમાં ફેરફાર કરવા Anchor Points કેવી રીતે મદદ કરે છે.
05:03 ચાલો હું એક નવી વીન્ડો ખોલું અને તેને નામ આપું Anchor અને OK ઉપર ક્લિક કરું.
05:11 હવે GTP/GDP માટે આ આઇકોન ઉપર ક્લિક કરીએ.
05:18 અને draw વિસ્તાર ઉપર ક્યાંય પણ ક્લિક કરીએ.
05:22 Reaction line ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ અને Add Anchor point ઉપર ક્લિક કરીએ.
05:29 Reaction lineને draw વિસ્તારમાં ક્યાં પણ ડ્રેગ કરો અને ડ્રોપ કરો.
05:37 ત્યાર બાદ આપણે જોઈશું કે આ કમ્પોનંટ્સને draw area ઉપર કેવી રીતે align કરવા.
05:44 ચાલો આપણે પાછા Methionine biosynthesis process diagram વીન્ડોવ ઉપર જઈએ.
05:50 પ્રકાશિત થયેલ  Reaction line ને અનચેક કરવા draw area ઉપર ક્યાંય પણ ક્લિક કરીએ.
05:56 હવે , 'Shift' કી ને પડકી રાખો અને draw areaમાં રહેલ વિવિધ Species ઉપર ક્લિક કરો.
06:04 Edit મેનુ ઉપર જાઓ , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Alignmentને સિલેક્ટ કરો અને પછી Alignment type ઉપર ક્લિક કરો .
06:15 વૈકલ્પિક રીતે ટૂલબાર ઉપરના આઇકોન Alignment ઉપર ક્લિક કરો.
06:21 ટૂલ બાર ઉપરના અન્ય બીજા  Alignment વિકલ્પો તમારી જાતે શોધો.
06:27 ચાલો આપણે આ alignment ને હવે undo કરીએ અને આગળ વધીએ.
06:31 જ્યારે Reaction ઉપર કામ કરતા હોઈએ ત્યારે , process diagram ઉપર આપણે Reaction ids ને કેવી રીતે show/hide કરી શકીએ ?
06:39 ચાલો તે શીખીએ.
06:41 'View' ઉપર જઈએ , નીચે સ્ક્રોલ કરીએ અને 'Show Reaction Id'ને અનચેક કરીએ.
06:48 જુઓ હવે draw area ઉપરના રિએક્શનને સંબંધિત Reaction ids દેખાશે નહીં.
06:55 જો તમારે આ Reaction Idને બતાવવા હોય તો આ પ્રમાણે કરો.
07:01 'View' ઉપર જાઓ , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને 'Show Reaction Id' ઉપર ક્લિક કરો.
07:08 draw area ઉપર reactionsને સંબંધિત Reaction ids દ્રશ્યમાન થઇ જશે.
07:15 draw area ઉપર આપણે બધા  Components (Compartment, Species or Reaction) માં નોટ્સ(નોંધણીઓ) પણ ઉમેરી શકીએ છીએ.
07:21 ચાલો શીખીએ કે તે કેવી રીતે કરાય.
07:24 draw area ઉપરના એક Species ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ.
07:28 હું CoA ઉપર ક્લિક કરીશ.
07:32 નીચે સ્ક્રોલ કરો અને ‘Species Notes’ ઉપર ક્લિક કરો .
07:35 એક Pop Up મેનુ દૃશ્યમાન થાય છે.
07:38 એક 'Species Notes' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે . Speciesને સંબંધિત લખાણ ટાઈપ કરો.
07:46 હું આ મુજબ ટાઈપ કરીશ.
07:49 'OK' ક્લિક કરીએ.
07:51 ધ્યાનથી જુઓ કે Notes Areaમાં notes information દેખાય છે.
07:58 વૈકલ્પિક રીતે એક Speciesમાં નોટ્સ ઉમેરવા , draw area ઉપર તે Species ને ક્લિક કરો.
08:06 હું Succinate ઉપર ક્લિક કરીશ.
08:09 પછી , Edit Notes ટેબ ઉપર ક્લિક કરો , જે CellDesigner વીન્ડોવના નીચે જમણી બાજુના ખૂણામાં છે.
08:18 એક પૉપ અપ વીન્ડોવ ખુલશે.
08:21 Species-ને સંબંધિત લખાણ ટાઈપ કરો.
08:25 હું ટાઈપ કરીશ અને  'OK' ઉપર ક્લિક કરીશ.
08:30 તે જ પ્રમાણે આપણે Proteinને પણ એડિટ કરી શકીએ.
08:35 તે કરવા draw area ઉપરના આ કમ્પોનન્ટ ઉપર રાઈટ ક્લિક કરો.
08:40 હું Homoserine succinyl transferase ઉપર ક્લિક કરીશ.
08:46 નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Edit Proteinને ક્લિક કરો.
08:51 Protein નામનું એક ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર દેખાશે.
08:55 name boxમાં Protein નું નામ એન્ટર કરો.
09:00 હું name boxમાં ટાઈપ કરીશ O-succinyltransferase .
09:06 ‘Update’ ઉપર ક્લિક કરો અને ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
09:11 આપણે Proteinમાં regions પણ ઉમેરી શકીએ.
09:15 draw area ઉપર રહેલ એક Protein ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરો.
09:19 હું  O-succinyltransferase. ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીશ.
09:24 નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Edit Protein ઉપર ક્લિક કરો.
09:29 એક ડાયલોગ બોક્સ,Protein સ્ક્રીન ઉપર દેખાય છે.
09:33 residues/regions’ ટેબ નીચે,  'Add' બટન ઉપર ક્લિક કરો.
09:40 ડાયલોગ બોક્સ- ModificationResidue/Bindingregionમાં  :
09:46 ડ્રોપ ડાઉન મેનુમાંથી ‘Type’ ને  ‘Binding region તરીકે સિલેક્ટ કરીએ.
09:52 આવશ્યક વેલ્યુ પર કર્સર ખસેડીને સાઈઝ અને એન્ગલ બદલો.
09:59 તેના ડેમો તરીકે, હું Size ને 15 અને Angle ને 38 સિલેક્ટ કરીશ.
10:09 પછી ‘Close’ ઉપર ક્લિક કરીએ.
10:12 Update ઉપર ક્લિક કરીએ.
10:14 અને આ બોક્સને બંધ કરીએ.
10:17 જો કે આપણને Methionine Biosynthesis માં region ઉમેરવાની જરૂર નથી એટલે હું આ ફેરફારોને undo કરું છું.
10:25 ત્યાર બાદ માહિતીઓને કેવી રીતે એડિટ કરાય તે શીખીએ .
10:30 draw area ઉપર રહેલા component ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ.
10:33 હું Homoserine ઉપર ક્લિક કરીશ.
10:37 નીચે સ્ક્રોલ કરો અને ‘Edit Information’ ઉપર ક્લિક કરો.
10:41 સ્ક્રીન ઉપર ‘Edit Information’ ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
10:46 ડાયલોગ બોક્સમાં આ મુજબ કરો - state’ ટેબની નીચે Open ને સિલેક્ટ કરો.
10:54 prefix’ ટેબ નીચેના mt. ને સિલેક્ટ કરો.
10:59 ‘label’ ટેબ નીચેના dna.ને સિલેક્ટ કરો.
11:04 ‘Ok’. ઉપર ક્લિક કરો.
11:07 તમે draw area ઉપર દેખાઈ રહેલી માહિતી mt:dna જોઈ શકો છો.
11:15 હું Edit Informationને undo કરીશ કારણકે મને તેની Methionine Biosynthesisમાં જરૂર નથી.
11:23 કેટલાક કેસીસમાં , process diagram અટપટો(જટિલ) હોય શકે છે.
11:28 આવા કેસીસમાં , Bird's eye view મદદરૂપ થાય છે કારણકે તેનાથી મોટા મોડેલની અંદર નેવિગેટ કરવું અનુકૂળ રહે છે.
11:37 આઇકોન Bird's eye view  ઉપર ક્લિક કરીએ.
11:41 લાલ ચોરસને Bird’s Eye Viewની અંદર લઇ જાઓ.
11:46 નોંધ લો કે draw areaઉપર દેખાતું દૃશ્ય તે મુજબ ખસે છે.
11:52 તો અહીં આપણું આ ટ્યૂટોરિઅલ સમાપ્ત થાય છે.
11:56 ચાલો સારાંશ જોઈએ. આ ટ્યૂટોરિઅલમાં,આપણે શીખ્યા કે કેવી રીતે : Reaction lineના color, shape અને width બદલી શકાય
12:07 Reaction lineમાં Anchor points ઉમેરતા , Componentsને સંરેખિત કરતા, Reaction ids બતાડતાં / છુપાવતા.
12:18 આપણે આ પણ શીખ્યા કે કેવી રીતે - Componentsમાં Notes(નોંધ) ઉમેરવી.
12:23 Proteinને એડિટ કરવું, information ને એડિટ કરવી.
12:27 ડાયગ્રામનું એકદમ બારીકાઇ(Bird’s Eye View )થી નિરીક્ષણ કરવું.
12:32 અભ્યાસ માટે CellDesignerના ટૂલ્સની મદદથી Glycolysis Process Diagram બનાવો.
12:41 Reaction lineના જુદા જુદા આકારો(shapes) શોધો.
12:47 આ લિંક :www.spoken-tutorial.org ઉપરનો વિડીયો નિહાળો તે આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ યોજના વિષે માહિતી આપે છે.
12:52 જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ન હોય તો તમે તેને ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
12:57 સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે.જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે.
13:06 વધુ માહિતી માટે અમને અહીં લખો : [mail માટે :contact@spoken-tutorial.org]
13:13 સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટ એ ટોક ટુ અ ટીચર યોજનાનો એક ભાગ છે. જે આઇસીટી,એમએચઆરડી,ભારત સરકાર દ્વારા શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધારભૂત છે. આ ઉપર વધુ માહિતી ’’’’spoken hyphen tutorial dot org slash NMEICT hyphen Intro ’’’ ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
13:29 અનુવાદ કરનાર હું છું શિવાની ગડા. આભાર.

Contributors and Content Editors

Shivanigada