Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Bengali

Time	Narration
00:01	Manipulating Sequences এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06	এখানে আমরা Biopython টুল্স ব্যবহার করব: একটি রেন্ডম DNA সিকোয়েন্স বানাতে।
00:13	নির্দিষ্ট স্থানে DNA সিকোয়েন্স স্লাইস করতে।
00:17	নতুন সিকোয়েন্স বানাতে দুটি সিকোয়েন্স একসাথে শ্রেণীবদ্ধ করতে।
00:22	সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্য নির্ণয় করতে।
00:26	পৃথক বেসেস বা স্ট্রিং এর অংশের সংখ্যা গণনা করতে।
00:31	একটি নির্দিষ্ট বেস বা স্ট্রিং এর অংশ খুঁজতে।
00:35	একটি সিকোয়েন্স অবজেক্টকে পরিবর্তনযোগ্য সিকোয়েন্স অবজেক্টে বদলাতে।
00:40	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের বায়োকেমিস্ট্রি বা বায়োইনফরমেটিক্স
00:47	এবং মৌলিক Python প্রোগ্রামিং সম্পর্কে জানতে হবে।
00:51	না হলে প্রদত্ত লিঙ্কে Python টিউটোরিয়াল দেখুন।
00:56	টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: উবুন্টু OS সংস্করণ 14.10
01:03	Python সংস্করণ 2.7.8
01:07	Ipython interpretor সংস্করণ 2.3.0
01:12	Biopython সংস্করণ 1.64
01:16	এখন টার্মিনাল খুলুন এবং ipython ইন্টারপ্রেটার শুরু করুন।
01:21	Ctrl, Alt এবং T কী একসাথে টিপুন।
01:26	প্রম্পটে লিখুন: ipython এবং এন্টার টিপুন।
01:31	Ipython প্রম্পট পর্দায় দেখায়।
01:35	Biopython দ্বারা আমরা যে কোনো নির্দিষ্ট দৈর্ঘ্যের রেন্ডম DNA সিকোয়েন্সের জন্য সিকোয়েন্স অবজেক্ট বানাতে পারি।
01:44	এখন 20 টি বেসের একটি DNA সিকোয়েন্সের জন্য একটি সিকোয়েন্স অবজেক্ট বানাই।
01:50	প্রম্পটে লিখুন: import random, এন্টার টিপুন।
01:56	এরপর, Bio প্যাকেজ থেকে Seq মডিউল ইম্পোর্ট করুন।
02:01	প্রায়ই Seq কে seek হিসাবে উচ্চারিত করা হয়।
02:06	প্রম্পটে লিখুন: From Bio dot Seq import Seq, এন্টার টিপুন।
02:15	আমরা DNA সিকোয়েন্সে অক্ষর নির্দিষ্ট করতে Bio.Alphabet মডিউল ব্যবহার করব।
02:22	লিখুন: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna, এন্টার টিপুন।
02:32	সেই রেন্ডম DNA সিকোয়েন্সের একটি সিকোয়েন্স অবজেক্ট বানাতে নিম্ন কমান্ড লিখুন।
02:38	সেই কমান্ড dna1 ভ্যারিয়েবলে সংরক্ষণ করুন।
02:42	লক্ষ্য করুন: এই কমান্ডে একটি ডাবল উদ্ধৃতির বদলে দুটি একক উদ্ধৃতি ব্যবহৃত হয়েছে। এন্টার টিপুন।
02:50	আউটপুটের জন্য লিখুন: dna1 এন্টার টিপুন।
02:55	আউটপুট রেন্ডম DNA সিকোয়েন্সের জন্য সিকোয়েন্স অবজেক্ট দেখায়।
03:00	আপনি একটি নতুন সিকোয়েন্স চাইলে উপরের মত একই কমান্ড পেতে আপ-অ্যারো কী টিপুন। এন্টার টিপুন।
03:11	আউটপুটের জন্য, ভ্যারিয়েবল নাম dna1 লিখুন। এন্টার টিপুন।
03:17	আউটপুট একটি নতুন DNA সিকোয়েন্স দেখায় যা আগেরটির থেকে ভিন্ন।
03:23	Sequence Objects সম্পর্কে:
03:25	সিকোয়েন্স অবজেক্ট সাধারণত স্বাভাবিক Python স্ট্রিং এর মত কাজ করে।
03:30	তাই স্বাভাবিক নিয়ম অনুসরণ করুন যা Python স্ট্রিং এর জন্য করেন।
03:35	Python এ, আমরা 1 এর বদলে 0 দিয়ে শুরু করে স্ট্রিং এ অক্ষর গণনা করি।
03:41	সিকোয়েন্সে প্রথম অক্ষর হল স্থান 0.
03:45	টার্মিনালে ফিরে আসুন।
03:47	প্রায়ই আপনাকে সিকোয়েন্সের একটি অংশ দিয়ে কাজ করতে হতে পারে।
03:52	এখন স্ট্রিংয়ের অংশ এক্সট্র্যাক্ট করে তাদের সিকোয়েন্স অবজেক্ট হিসেবে সংরক্ষণ করা দেখি।
03:58	উদাহরণস্বরূপ, আমরা DNA সিকোয়েন্সকে দুটি স্থানে স্লাইস করব।
04:04	প্রথমে 6 এবং 7 বেসেসের মাঝে।
04:08	এটি সিকোয়েন্সের শুরু থেকে 6 তম বেস পর্যন্ত ফ্রাগমেন্ট এক্সটার্ক্ট করবে।
04:15	দ্বিতীয় স্লাইস 11 এবং 12 বেসেসের মাঝে থাকবে।
04:20	দ্বিতীয় ফ্রাগমেন্ট সিকোয়েন্সের 12 তম বেস থেকে শেষ পর্যন্ত হবে।
04:26	প্রথম ফ্রাগমেন্ট এক্সট্রাক্ট করতে প্রম্পটে নিম্ন কমান্ড লিখুন।
04:31	String1 equal to dna1 within brackets 0 semicolon 6
04:39	string1 প্রথম ফ্রাগমেন্ট সংরক্ষণ করার ভ্যারিয়েবল।
04:43	কমান্ড অনুসরণ করুন যেমন স্বাভাবিক Python এ করে।
04:47	এই বন্ধনীতে বন্ধ কোলন থেকে পৃথক করা শুরু এবং থামানো স্থিতি রয়েছে।
04:53	এই স্থিতি শুরুকে অন্তর্ভুক্ত করে কিন্তু স্টপকে করে না। এন্টার টিপুন।
05:01	আউটপুট দেখতে লিখুন: string1, এন্টার টিপুন।
05:04	আউটপুট সিকোয়েন্স অবজেক্টের মত প্রথম ফ্রাগমেন্ট দেখায়।
05:10	সিকোয়েন্সের দ্বিতীয় স্ট্রিং এক্সট্র্যাক্ট করতে আপ-অ্যারো কী টিপে নিম্নের মত কমান্ড এডিট করুন:
05:17	ভ্যারিয়েবলের নাম বদলে string2 এবং স্থিতি বদলে 11 এবং 20 করুন।
05:24	আউটপুটের জন্য লিখুন: string2, এন্টার টিপুন।
05:30	এখন দ্বিতীয় ফ্রাগমেন্টও সিকোয়েন্স অবজেক্টের মত রয়েছে।
05:34	এখন শ্রেণীবদ্ধ করুন অর্থাৎ দুটি স্ট্রিং একসাথে জুড়ে নতুন ফ্রাগমেন্ট বানান।
05:42	ভ্যারিয়েবল dna2 তে নতুন সিকোয়েন্স সংরক্ষণ করুন।
05:46	লিখুন: dna2 equal to string1 plus string2, এন্টার টিপুন।
05:53	লক্ষ্য করুন: আমরা অসঙ্গত বর্ণমালার সিকোয়েন্স জুড়তে পারি না।
05:59	অর্থাৎ, একটি সিকোয়েন্স বানাতে DNA সিকোয়েন্স একটি প্রোটিন সিকোয়েন্স শ্রেণীবদ্ধ করতে পারে না।
06:07	দুটি সিকোয়েন্সের বর্ণমালার অ্যাট্রিবিউট একই থাকা আবশ্যক।
06:12	আউটপুট দেখতে লিখুন: dna2, এন্টার টিপুন।
06:17	আউটপুট নতুন সিকোয়েন্স দেখায় যা string1 এবং string2 এর সমন্বয়।
06:23	নতুন সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্য নির্ণয় করতে, আমরা len ফাংশন ব্যবহার করব।
06:29	লিখুন: len বন্ধনীতে dna2, এন্টার টিপুন।
06:34	আউটপুট 15 বেস লম্বা সিকোয়েন্স দেখায়।
06:39	আমরা সিকোয়েন্সে উপস্থিত পৃথক বেসেসের সংখ্যা গণনা করতে পারি।
06:44	এটি করতে আমরা count() ফাংশন ব্যবহার করব।
06:47	উদাহরণস্বরূপ- সিকোয়েন্সে উপস্থিত alanines সংখ্যা গণনা করতে, নিম্ন কমান্ড লিখুন: dna2 dot count বন্ধনীতে ডবল উদ্ধৃতিতে অক্ষর A.
07:02	এন্টার টিপুন।
07:04	আউটপুট সিকোয়েন্স dna2 তে উপস্থিত alanines এর সংখ্যা দেখায়।
07:10	একটি নির্দিষ্ট বেস বা স্ট্রিং এর অংশ খুঁজতে আমরা find() ফাংশন ব্যবহার করব।
07:16	লিখুন: dna2 dot find বন্ধনীতে ডবল উদ্ধৃতিতে GC, এন্টার টিপুন।
07:26	আউটপুট স্ট্রিং এ GC এর উপস্থিতির প্রথম ইন্সট্যান্সের স্থিতি নির্দেশ করে।
07:32	সাধারণত সিকোয়েন্স অবজেক্ট এডিট করা যায় না।
07:35	সিকোয়েন্স এডিট করতে এটি রূপান্তরযোগ্য সিকোয়েন্স অবজেক্টে বদলাতে হবে।
07:41	এটি করতে লিখুন: dna3 equal to dna2 dot to mutable বন্ধনী খুলুন এবং বন্ধ করুন। এন্টার টিপুন।
07:52	আউটপুটের জন্য লিখুন: dna3, এন্টার টিপুন।
07:55	এখন সিকোয়েন্স অবজেক্ট এডিট করা যেতে পারে।
07:59	এখন বেস সিকোয়েন্স দ্বারা বদলাই।
08:01	উদাহরণস্বরূপ- পঞ্চম স্থানে উপস্থিত বেসকে alanine দ্বারা বদলাতে লিখুন dna3 বন্ধনীতে 5 ইকুয়াল টু ডাবল উদ্ধৃতিতে অক্ষর A. এন্টার টিপুন।
08:19	আউটপুটের জন্য লিখুন: dna3 এন্টার টিপুন।
08:24	আউটপুট দেখুন। পঞ্চম স্থানে cytosine, alanine দ্বারা বদলে গেছে।
08:31	স্ট্রিং এর একটি অংশ বদলাতে নিম্ন কমান্ডটি লিখুন।
08:35	Dna3 বন্ধনীতে 6 সেমিকোলন 10 ইকুয়াল টু ডাবল উদ্ধৃতিতে ATGC, এন্টার টিপুন।
08:45	আউটপুটের জন্য লিখুন: dna3 এন্টার টিপুন।
08:52	আউটপুট দেখায় যে 6 থেকে 9 পর্যন্ত স্থানে 4 টি বেসেস নতুন বেসেস ATGC দ্বারা বদলে গেছে।
09:01	একবার সিকোয়েন্স অবজেক্ট এডিট করলে এটিকে আবার read only ফর্মে বদলান।
09:07	নিম্ন লিখুন: dna4 equal to dna3 dot to seq বন্ধনী খুলুন এবং বন্ধ করুন। এন্টার টিপুন।
09:19	আউটপুটের জন্য লিখুন: dna4 এন্টার টিপুন।
09:25	সংক্ষিপ্তকরণ করি।
09:27	এখানে শিখেছি: একটি রেন্ডম DNA সিকোয়েন্স বানানো।
09:32	নির্দিষ্ট স্থানে DNA সিকোয়েন্স স্লাইস করা।
09:36	একটি নতুন সিকোয়েন্স বানাতে দুটি সিকোয়েন্স যোগ করুন অর্থাৎ, শ্রেণীবদ্ধ করা।
09:43	আমরা এও শিখেছি: len, count এবং find ফাংশনের ব্যবহার।
09:49	সিকোয়েন্স অবজেক্ট পরিবর্তনযোগ্য সিকোয়েন্স অবজেক্টে বদলানো এবং স্ট্রিং এর অংশ বা বেসের স্থান বদলানো।
09:57	অনুশীলনী হিসাবে 30 টি বেসেসের রেন্ডম DNA সিকোয়েন্স বানান।
10:02	Biopython টুল্স দ্বারা GC পার্সেন্টেজ এবং সিকোয়েন্সের আণবিক ওজন গণনা করুন।
10:09	আপনার সম্পন্ন কাজটি নিম্নরূপ হবে।
10:13	আউটপুট পার্সেন্টেজ হিসাবে GC কন্টেন্ট দেখায়।
10:18	আউটপুট DNA সিকোয়েন্সের আণবিক ওজন দেখায়।
10:23	এই ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়।
10:26	এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
10:30	আমরা কর্মশালার আয়োজন করি এবং প্রশংসাপত্র দেই।
10:32	অধিক জানতে যোগাযোগ করুন।
10:35	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত।
10:43	আইআইটি বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহণের জন্য ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Satarupadutta