Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Bengali
From Script | Spoken-Tutorial
Time | Narration |
00:01 | Manipulating Sequences এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
00:06 | এখানে আমরা Biopython টুল্স ব্যবহার করব: একটি রেন্ডম DNA সিকোয়েন্স বানাতে। |
00:13 | নির্দিষ্ট স্থানে DNA সিকোয়েন্স স্লাইস করতে। |
00:17 | নতুন সিকোয়েন্স বানাতে দুটি সিকোয়েন্স একসাথে শ্রেণীবদ্ধ করতে। |
00:22 | সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্য নির্ণয় করতে। |
00:26 | পৃথক বেসেস বা স্ট্রিং এর অংশের সংখ্যা গণনা করতে। |
00:31 | একটি নির্দিষ্ট বেস বা স্ট্রিং এর অংশ খুঁজতে। |
00:35 | একটি সিকোয়েন্স অবজেক্টকে পরিবর্তনযোগ্য সিকোয়েন্স অবজেক্টে বদলাতে। |
00:40 | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের বায়োকেমিস্ট্রি বা বায়োইনফরমেটিক্স |
00:47 | এবং মৌলিক Python প্রোগ্রামিং সম্পর্কে জানতে হবে। |
00:51 | না হলে প্রদত্ত লিঙ্কে Python টিউটোরিয়াল দেখুন। |
00:56 | টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: উবুন্টু OS সংস্করণ 14.10 |
01:03 | Python সংস্করণ 2.7.8 |
01:07 | Ipython interpretor সংস্করণ 2.3.0 |
01:12 | Biopython সংস্করণ 1.64 |
01:16 | এখন টার্মিনাল খুলুন এবং ipython ইন্টারপ্রেটার শুরু করুন। |
01:21 | Ctrl, Alt এবং T কী একসাথে টিপুন। |
01:26 | প্রম্পটে লিখুন: ipython এবং এন্টার টিপুন। |
01:31 | Ipython প্রম্পট পর্দায় দেখায়। |
01:35 | Biopython দ্বারা আমরা যে কোনো নির্দিষ্ট দৈর্ঘ্যের রেন্ডম DNA সিকোয়েন্সের জন্য সিকোয়েন্স অবজেক্ট বানাতে পারি। |
01:44 | এখন 20 টি বেসের একটি DNA সিকোয়েন্সের জন্য একটি সিকোয়েন্স অবজেক্ট বানাই। |
01:50 | প্রম্পটে লিখুন: import random, এন্টার টিপুন। |
01:56 | এরপর, Bio প্যাকেজ থেকে Seq মডিউল ইম্পোর্ট করুন। |
02:01 | প্রায়ই Seq কে seek হিসাবে উচ্চারিত করা হয়। |
02:06 | প্রম্পটে লিখুন: From Bio dot Seq import Seq, এন্টার টিপুন। |
02:15 | আমরা DNA সিকোয়েন্সে অক্ষর নির্দিষ্ট করতে Bio.Alphabet মডিউল ব্যবহার করব। |
02:22 | লিখুন: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna, এন্টার টিপুন। |
02:32 | সেই রেন্ডম DNA সিকোয়েন্সের একটি সিকোয়েন্স অবজেক্ট বানাতে নিম্ন কমান্ড লিখুন। |
02:38 | সেই কমান্ড dna1 ভ্যারিয়েবলে সংরক্ষণ করুন। |
02:42 | লক্ষ্য করুন: এই কমান্ডে একটি ডাবল উদ্ধৃতির বদলে দুটি একক উদ্ধৃতি ব্যবহৃত হয়েছে। এন্টার টিপুন। |
02:50 | আউটপুটের জন্য লিখুন: dna1 এন্টার টিপুন। |
02:55 | আউটপুট রেন্ডম DNA সিকোয়েন্সের জন্য সিকোয়েন্স অবজেক্ট দেখায়। |
03:00 | আপনি একটি নতুন সিকোয়েন্স চাইলে উপরের মত একই কমান্ড পেতে আপ-অ্যারো কী টিপুন। এন্টার টিপুন। |
03:11 | আউটপুটের জন্য, ভ্যারিয়েবল নাম dna1 লিখুন। এন্টার টিপুন। |
03:17 | আউটপুট একটি নতুন DNA সিকোয়েন্স দেখায় যা আগেরটির থেকে ভিন্ন। |
03:23 | Sequence Objects সম্পর্কে: |
03:25 | সিকোয়েন্স অবজেক্ট সাধারণত স্বাভাবিক Python স্ট্রিং এর মত কাজ করে। |
03:30 | তাই স্বাভাবিক নিয়ম অনুসরণ করুন যা Python স্ট্রিং এর জন্য করেন। |
03:35 | Python এ, আমরা 1 এর বদলে 0 দিয়ে শুরু করে স্ট্রিং এ অক্ষর গণনা করি। |
03:41 | সিকোয়েন্সে প্রথম অক্ষর হল স্থান 0. |
03:45 | টার্মিনালে ফিরে আসুন। |
03:47 | প্রায়ই আপনাকে সিকোয়েন্সের একটি অংশ দিয়ে কাজ করতে হতে পারে। |
03:52 | এখন স্ট্রিংয়ের অংশ এক্সট্র্যাক্ট করে তাদের সিকোয়েন্স অবজেক্ট হিসেবে সংরক্ষণ করা দেখি। |
03:58 | উদাহরণস্বরূপ, আমরা DNA সিকোয়েন্সকে দুটি স্থানে স্লাইস করব। |
04:04 | প্রথমে 6 এবং 7 বেসেসের মাঝে। |
04:08 | এটি সিকোয়েন্সের শুরু থেকে 6 তম বেস পর্যন্ত ফ্রাগমেন্ট এক্সটার্ক্ট করবে। |
04:15 | দ্বিতীয় স্লাইস 11 এবং 12 বেসেসের মাঝে থাকবে। |
04:20 | দ্বিতীয় ফ্রাগমেন্ট সিকোয়েন্সের 12 তম বেস থেকে শেষ পর্যন্ত হবে। |
04:26 | প্রথম ফ্রাগমেন্ট এক্সট্রাক্ট করতে প্রম্পটে নিম্ন কমান্ড লিখুন। |
04:31 | String1 equal to dna1 within brackets 0 semicolon 6 |
04:39 | string1 প্রথম ফ্রাগমেন্ট সংরক্ষণ করার ভ্যারিয়েবল। |
04:43 | কমান্ড অনুসরণ করুন যেমন স্বাভাবিক Python এ করে। |
04:47 | এই বন্ধনীতে বন্ধ কোলন থেকে পৃথক করা শুরু এবং থামানো স্থিতি রয়েছে। |
04:53 | এই স্থিতি শুরুকে অন্তর্ভুক্ত করে কিন্তু স্টপকে করে না। এন্টার টিপুন। |
05:01 | আউটপুট দেখতে লিখুন: string1, এন্টার টিপুন। |
05:04 | আউটপুট সিকোয়েন্স অবজেক্টের মত প্রথম ফ্রাগমেন্ট দেখায়। |
05:10 | সিকোয়েন্সের দ্বিতীয় স্ট্রিং এক্সট্র্যাক্ট করতে আপ-অ্যারো কী টিপে নিম্নের মত কমান্ড এডিট করুন: |
05:17 | ভ্যারিয়েবলের নাম বদলে string2 এবং স্থিতি বদলে 11 এবং 20 করুন। |
05:24 | আউটপুটের জন্য লিখুন: string2, এন্টার টিপুন। |
05:30 | এখন দ্বিতীয় ফ্রাগমেন্টও সিকোয়েন্স অবজেক্টের মত রয়েছে। |
05:34 | এখন শ্রেণীবদ্ধ করুন অর্থাৎ দুটি স্ট্রিং একসাথে জুড়ে নতুন ফ্রাগমেন্ট বানান। |
05:42 | ভ্যারিয়েবল dna2 তে নতুন সিকোয়েন্স সংরক্ষণ করুন। |
05:46 | লিখুন: dna2 equal to string1 plus string2, এন্টার টিপুন। |
05:53 | লক্ষ্য করুন: আমরা অসঙ্গত বর্ণমালার সিকোয়েন্স জুড়তে পারি না। |
05:59 | অর্থাৎ, একটি সিকোয়েন্স বানাতে DNA সিকোয়েন্স একটি প্রোটিন সিকোয়েন্স শ্রেণীবদ্ধ করতে পারে না। |
06:07 | দুটি সিকোয়েন্সের বর্ণমালার অ্যাট্রিবিউট একই থাকা আবশ্যক। |
06:12 | আউটপুট দেখতে লিখুন: dna2, এন্টার টিপুন। |
06:17 | আউটপুট নতুন সিকোয়েন্স দেখায় যা string1 এবং string2 এর সমন্বয়। |
06:23 | নতুন সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্য নির্ণয় করতে, আমরা len ফাংশন ব্যবহার করব। |
06:29 | লিখুন: len বন্ধনীতে dna2, এন্টার টিপুন। |
06:34 | আউটপুট 15 বেস লম্বা সিকোয়েন্স দেখায়। |
06:39 | আমরা সিকোয়েন্সে উপস্থিত পৃথক বেসেসের সংখ্যা গণনা করতে পারি। |
06:44 | এটি করতে আমরা count() ফাংশন ব্যবহার করব। |
06:47 | উদাহরণস্বরূপ- সিকোয়েন্সে উপস্থিত alanines সংখ্যা গণনা করতে, নিম্ন কমান্ড লিখুন: dna2 dot count বন্ধনীতে ডবল উদ্ধৃতিতে অক্ষর A. |
07:02 | এন্টার টিপুন। |
07:04 | আউটপুট সিকোয়েন্স dna2 তে উপস্থিত alanines এর সংখ্যা দেখায়। |
07:10 | একটি নির্দিষ্ট বেস বা স্ট্রিং এর অংশ খুঁজতে আমরা find() ফাংশন ব্যবহার করব। |
07:16 | লিখুন: dna2 dot find বন্ধনীতে ডবল উদ্ধৃতিতে GC, এন্টার টিপুন। |
07:26 | আউটপুট স্ট্রিং এ GC এর উপস্থিতির প্রথম ইন্সট্যান্সের স্থিতি নির্দেশ করে। |
07:32 | সাধারণত সিকোয়েন্স অবজেক্ট এডিট করা যায় না। |
07:35 | সিকোয়েন্স এডিট করতে এটি রূপান্তরযোগ্য সিকোয়েন্স অবজেক্টে বদলাতে হবে। |
07:41 | এটি করতে লিখুন: dna3 equal to dna2 dot to mutable বন্ধনী খুলুন এবং বন্ধ করুন। এন্টার টিপুন। |
07:52 | আউটপুটের জন্য লিখুন: dna3, এন্টার টিপুন। |
07:55 | এখন সিকোয়েন্স অবজেক্ট এডিট করা যেতে পারে। |
07:59 | এখন বেস সিকোয়েন্স দ্বারা বদলাই। |
08:01 | উদাহরণস্বরূপ- পঞ্চম স্থানে উপস্থিত বেসকে alanine দ্বারা বদলাতে লিখুন dna3 বন্ধনীতে 5 ইকুয়াল টু ডাবল উদ্ধৃতিতে অক্ষর A. এন্টার টিপুন। |
08:19 | আউটপুটের জন্য লিখুন: dna3 এন্টার টিপুন। |
08:24 | আউটপুট দেখুন। পঞ্চম স্থানে cytosine, alanine দ্বারা বদলে গেছে। |
08:31 | স্ট্রিং এর একটি অংশ বদলাতে নিম্ন কমান্ডটি লিখুন। |
08:35 | Dna3 বন্ধনীতে 6 সেমিকোলন 10 ইকুয়াল টু ডাবল উদ্ধৃতিতে ATGC, এন্টার টিপুন। |
08:45 | আউটপুটের জন্য লিখুন: dna3 এন্টার টিপুন। |
08:52 | আউটপুট দেখায় যে 6 থেকে 9 পর্যন্ত স্থানে 4 টি বেসেস নতুন বেসেস ATGC দ্বারা বদলে গেছে। |
09:01 | একবার সিকোয়েন্স অবজেক্ট এডিট করলে এটিকে আবার read only ফর্মে বদলান। |
09:07 | নিম্ন লিখুন: dna4 equal to dna3 dot to seq বন্ধনী খুলুন এবং বন্ধ করুন। এন্টার টিপুন। |
09:19 | আউটপুটের জন্য লিখুন: dna4 এন্টার টিপুন। |
09:25 | সংক্ষিপ্তকরণ করি। |
09:27 | এখানে শিখেছি: একটি রেন্ডম DNA সিকোয়েন্স বানানো। |
09:32 | নির্দিষ্ট স্থানে DNA সিকোয়েন্স স্লাইস করা। |
09:36 | একটি নতুন সিকোয়েন্স বানাতে দুটি সিকোয়েন্স যোগ করুন অর্থাৎ, শ্রেণীবদ্ধ করা। |
09:43 | আমরা এও শিখেছি: len, count এবং find ফাংশনের ব্যবহার। |
09:49 | সিকোয়েন্স অবজেক্ট পরিবর্তনযোগ্য সিকোয়েন্স অবজেক্টে বদলানো এবং স্ট্রিং এর অংশ বা বেসের স্থান বদলানো। |
09:57 | অনুশীলনী হিসাবে 30 টি বেসেসের রেন্ডম DNA সিকোয়েন্স বানান। |
10:02 | Biopython টুল্স দ্বারা GC পার্সেন্টেজ এবং সিকোয়েন্সের আণবিক ওজন গণনা করুন। |
10:09 | আপনার সম্পন্ন কাজটি নিম্নরূপ হবে। |
10:13 | আউটপুট পার্সেন্টেজ হিসাবে GC কন্টেন্ট দেখায়। |
10:18 | আউটপুট DNA সিকোয়েন্সের আণবিক ওজন দেখায়। |
10:23 | এই ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়। |
10:26 | এটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
10:30 | আমরা কর্মশালার আয়োজন করি এবং প্রশংসাপত্র দেই। |
10:32 | অধিক জানতে যোগাযোগ করুন। |
10:35 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত। |
10:43 | আইআইটি বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহণের জন্য ধন্যবাদ। |