Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Hindi

Time	Narration
00:01	'Introduction to Biopython' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।
00:05	इस ट्यूटोरियल में हम निम्न करना सीखेंगे: * 'Biopython' की महत्वपूर्ण विशेषताएँ।
00:10	लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम पर डाउनलोड और संस्थापन से सम्बंधित जानकारी
00:15	और 'Biopython' टूल्स उपयोग करके प्रोटीन सीक्वेंस me DNA सीक्वेंस का 'ट्रान्सलेशन'
00:22	इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको निम्न के साथ परिचित होना चाहिए-
00:25	स्नातक स्तर की बायोकेमिस्ट्री या बायोइन्फॉर्मेटिक्स
00:29	और बुनियादी 'Python' प्रोग्रामिंग।
00:31	दिए गए लिंक पर 'Python' ट्यूटोरियल्स को देखें।
00:35	इस ट्यूटोरियल को रेकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ: * 'Ubuntu OS' वर्जन 12.04
00:41	'Python' वर्जन 2.7.3
00:44	'Ipython' वर्जन 0.12.1 और
00:48	'Biopython' वर्जन 1.58.
00:51	'Biopython' कम्प्यूटेशनल बायोलॉजी (जीव-विज्ञान) के लिए मॉड्यूल्स का संग्रह होता है।
00:57	यह बायोइन्फॉर्मेटिक्स के लिए आवश्यक सबसे बुनियादी से अग्रिम तक कार्य कर सकता है।
01:03	'Biopython' टूल्स निम्न के लिए उपयोग किये जाते हैं:
01:05	'Parsing', यानि विभिन्न फाइल फॉर्मेट्स जैसे 'FASTA', 'Genbank' आदि से जानकारी एक्सट्रैक्ट करना है।
01:14	डेटाबेस वेबसाइट्स जैसे 'NCBI', 'ExPASY' आदि से डेटा डाउनलोड करना।
01:22	'बायोइन्फॉर्मेटिक अल्गोरिद्म्स' जैसे 'BLAST' को रन करता है।
01:26	यह सीक्वेंसेस पर सामान्य ऑपरेशन्स करने के लिए टूल्स रखता है।
01:31	उदाहरणस्वरुप 'कॉम्पलिमेंट्स', 'ट्रांस्क्रिप्शन', 'ट्रांसलेशन' आदि प्राप्त करने के लिए।
01:38	अलाइनमेंट्स के साथ डीलिंग के लिए कोड
01:40	और कार्यों को अलग-अलग प्रक्रियाओं में विभाजित करने के लिए कोड।
01:46	डाउनलोड से सम्बंधित जानकारी:
01:48	'Biopython' पैकेज, 'Python' वितरण का भाग नहीं होता है; इसे अलग से डाउनलोड करने की ज़रुरत होती है।
01:54	अधिक जानकारी के लिए निम्न लिंक पर जाएँ।
01:59	'Linux' सिस्टम पर संस्थापन:
02:02	'Synaptic Package Manager' उपयोग करके 'Python, Ipython' और 'Biopython' संस्थापित करें।
02:08	पूर्वावश्यक सॉफ्टवेयर स्वतः ही संस्थापित किया जायेगा।
02:13	अतिरिक्त पैकेजेस 'ग्राफ़िक आउटपुट्स' और 'प्लॉट्स' के लिए संस्थापित होने चाहिए।
02:18	'Ctrl, Alt' और 'T' कीज़ एकसाथ दबाकर 'टर्मिनल' खोलें।
02:24	मैंने अपने सिस्टम पर 'Python, Ipython' और 'Biopython' पहले से ही संस्थापित कर लिए हैं।
02:30	'Ipython' इंटरप्रेटर शुरू करें टाइप करें 'ipython' और एंटर दबाएं।
02:35	स्क्रीन पर 'IPython' प्रॉम्प्ट दिखता है।
02:38	'Biopython' का संस्थापन जाँचने के लिए- प्रॉम्प्ट पर टाइप करें 'import Bio', एंटर दबाएं।
02:48	यदि आपको कोई एरर मैसेज नहीं मिलता है तो इसका मतलब 'Biopython' संस्थापित हो गया है।
02:54	यहाँ, मैं आपको याद दिला दूँ कि 'Python' लैंग्वेज केस सेन्सिटिव है।
02:59	कीवर्ड्स, वेरिएबल्स या फंक्शन्स टाइप करते समय सावधानी रखें।
03:04	उदाहरण के लिए उपरोक्त लाइन में 'import' का 'i' छोटे अक्षरों में और 'Bio' का 'B' बड़े अक्षरों में है।
03:12	इस ट्यूटोरियल में 'DNA' सीक्वेंस को ट्रान्सलेट करने के लिए हम 'Biopython' मॉड्यूल्स का उपयोग करेंगे।
03:19	इसमें निम्न स्टेप्स होते हैं ।
03:22	पहले, कोडिंग 'DNA strand' के लिए एक 'sequence object' बनाते हैं।
03:27	आगे, 'DNA' स्ट्रैंड का 'mRNA' पर कोडिंग का 'ट्रांसक्रिप्शन'
03:32	अंततः, 'mRNA' का 'प्रोटीन' सीक्वेंस पर 'ट्रान्सलेशन'
03:37	उदाहरण के लिए हम इस स्लाइड पर प्रदर्शित कोडिंग 'DNA' स्ट्रैंड उपयोग करेंगे।
03:42	यह छोटे 'प्रोटीन' सीक्वेंस के लिए कोड करता है।
03:46	पहली स्टेप उपरोक्त कोडिंग 'DNA' स्ट्रैंड के लिये एक 'सीक्वेंस ऑब्जेक्ट' बनाना है।
03:52	अब 'टर्मिनल' पर वापस जाते हैं।
03:55	एक सीक्वेंस ऑब्जेक्ट बनाने के लिए 'Bio' पैकेज से 'Seq' मॉड्यूल इम्पोर्ट करें।
04:02	'Seq' मॉड्यूल सीक्वेंस ऑब्जेक्ट्स को संचित करने और प्रक्रिया के तरीके यानि मेथड्स देता है।
04:08	प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'from Bio dot Seq import Seq' और एंटर दबाएं।
04:17	आगे, स्ट्रैंड में स्पष्ट रूप से अक्षरों का उल्लेख करें जब अपना 'सीक्वेंस ऑब्जेक्ट' बना रहे हों।
04:24	यानि, उल्लिखित करना है कि क्या अक्षरों का सीक्वेंस 'न्यूक्लिओटाइड्स' या 'एमिनो एसिड्स' के लिए कोड करता है।
04:32	ऐसा करने के लिए हम 'Alphabet (अक्षरों)' पैकेज से 'IUPAC' मॉड्यूल उपयोग करेंगे।
04:38	प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'from Bio dot Alphabet import IUPAC' एंटर दबाएं।
04:48	ध्यान दें कि हमने 'Seq' और 'IUPAC' मॉड्यूल्स को लोड करने के लिए 'import' और 'from' स्टेटमेंट्स उपयोग किये हैं।
04:56	सीक्वेंस ऑब्जेक्ट को 'cdna' नामक वेरिएबल में संचित करें।
05:01	नार्मल स्ट्रिंग्स की तरह प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'cdna equal to Seq'।
05:08	सीक्वेंस को डबल कोट्स और ब्रैकेट्स में रखें।
05:13	हम जानते हैं कि हमारा सीक्वेंस 'DNA' फ्रैग्मेंट है। अतः 'आर्ग्युमेंट' की तरह 'unambiguous DNA' एल्फ़ाबेट ऑब्जेक्ट टाइप करें।
05:21	आउटपुट के लिए टाइप करें: 'cdna' एंटर दबाएं।
05:26	आउटपुट सीक्वेंस ऑब्जेक्ट की तरह 'DNA sequence' दिखाता है।
05:30	अब कोडिंग 'DNA' स्ट्रैंड को सम्बंधित 'mRNA' में ट्रांसक्राइब करते हैं।
05:35	हम 'Seq' मॉड्यूल का बिल्ट-इन 'transcribe' मेथड उपयोग करेंगे।
05:39	निम्न कोड टाइप करें:
05:41	आउटपुट को वेरिएबल 'mrna' में संचित करें।
05:45	प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'mrna equal to cdna dot transcribe ब्रैकेट खोलें और बंद करें', एंटर दबाएं।
05:55	आउटपुट के लिए टाइप करें: 'mrna' एंटर दबाएं।
06:01	आउटपुट देखें।
06:02	'transcribe' मेथड 'DNA' सीक्वेंस में 'Thiamin' को 'Uracil' से बदलता है।
06:09	आगे इस 'mRNA' को सम्बंधित 'प्रोटीन' सीक्वेंस पर 'ट्रांसलेट' करने के लिए 'translate' मेथड उपयोग करें।
06:16	निम्न कोड टाइप करें: 'protein equal to mrna dot translate ब्रैकेट खोलें और बंद करें'. एंटर दबाएं।
06:27	अगर उल्लिखित नहीं है तो 'translate' मेथड स्टैण्डर्ड जेनेटिक कोड उपयोग करके 'RNA' या 'DNA' सीक्वेंस को ट्रांसलेट करता है, ।
06:36	आउटपुट एक अमीनो एसिड सीक्वेंस दिखाता है।
06:40	आउटपुट ट्रांसलेट की हुई सीक्वेंस में 'stop codons' की उपस्थिति से सम्बंधित जानकारी भी दिखाता है।
06:47	प्रोटीन सीक्वेंस के अंत में ऐस्टरिस्क देखें। यह 'stop codon' दिखाता है।
06:53	उपरोक्त कोड में 'transcription' के लिए हमने कोडिंग 'DNA' स्ट्रैंड उपयोग किया है।
06:59	बायोपाइथन में 'transcribe' मेथड केवल कोडिंग DNA स्ट्रैंड पर कार्य करता है।
07:04	यद्यपि वास्तविक बायोलॉजिकल सिस्टम में 'ट्रांसक्रिप्शन' की प्रक्रिया 'टेम्पलेट स्ट्रैंड' के साथ शुरू होती है।
07:11	यदि आप 'टेम्पलेट स्ट्रैंड' के साथ शुरू कर रहे हैं तो टर्मिनल पर प्रदर्शित की तरह 'reverse complement' मेथड उपयोग करके इसे कोडिंग स्ट्रैंड में बदलें।
07:20	कोडिंग स्ट्रैंड के लिए उपरोक्त प्रदर्शित की तरह शेष कोड का अनुसरण करें।
07:24	बायोपाइथन में मेथड्स उपयोग करके हमने 'DNA' सीक्वेंस को 'प्रोटीन' सीक्वेंस पर ट्रांसलेट किया है।
07:31	इस कोड का उपयोग करके किसी भी साइज़ का 'DNA' सीक्वेंस प्रोटीन सीक्वेंस पर ट्रांसलेट किया जा सकता है।
07:37	इसे सारांशित करते हैं।
07:38	इस ट्यूटोरियल में हमने निम्न करना सीखा:
07:41	'Biopython' की महत्वपूर्ण विशेषताएं।
07:43	'Linux OS' पर डाउनलोड और संस्थापन से सम्बंधित जानकारी
07:48	दिए हुए 'DNA' स्ट्रैंड के लिए सीक्वेंस ऑब्जेक्ट बनाना।
07:52	DNA सीक्वेंस का 'mRNA' पर 'Transcription'
07:56	'mRNA' का प्रोटीन सीक्वेंस पर 'Translation'
08:00	अब एक नियत कार्य
08:02	दिए हुए 'DNA' सीक्वेंस को 'प्रोटीन' सीक्वेंस में ट्रांसलेट करें।
08:06	आउटपुट देखें।
08:08	प्रोटीन सीक्वेंस आंतरिक 'stop codon' रखता है।
08:11	जैसा कि प्रकृति में होता है 'stop codon' फ्रेम में पहले तक 'DNA' ट्रांसलेट करें।
08:17	आपका पूर्ण नियत कार्य निम्न कोड रखना चाहिए।
08:20	ध्यान दें कि हमने 'translate()' मेथड में 'to underscore stop' आर्ग्युमेंट उपयोग किया है। आउटपुट पर ध्यान दें।
08:27	ख़ुद 'stop codon' ट्रांसलेट नहीं किया जाता है।
08:31	'stop' सिंबल आपके 'प्रोटीन' सीक्वेंस के अंत में सम्मिलित नहीं किया जाता है।
08:36	यह वीडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट को सारांशित करता है।
08:39	अच्छी बैंडविड्थ न मिलने पर आप इसे डाउनलोड कर सकते हैं।
08:43	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है।
08:50	अधिक जानकारी के लिए कृपया हमें लिखें।
08:53	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट भारत सरकार के MHRD के NMEICT द्वारा निधिबद्ध है।
08:59	इस मिशन पर अधिक जानकारी इस लिंक पर उपलब्ध है।
09:03	आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।

Contributors and Content Editors

Sakinashaikh, Shruti arya