Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Hindi
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00:01 | 'Introduction to Biopython' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है। |
00:05 | इस ट्यूटोरियल में हम निम्न करना सीखेंगे: * 'Biopython' की महत्वपूर्ण विशेषताएँ। |
00:10 | लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम पर डाउनलोड और संस्थापन से सम्बंधित जानकारी |
00:15 | और 'Biopython' टूल्स उपयोग करके प्रोटीन सीक्वेंस me DNA सीक्वेंस का 'ट्रान्सलेशन' |
00:22 | इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको निम्न के साथ परिचित होना चाहिए- |
00:25 | स्नातक स्तर की बायोकेमिस्ट्री या बायोइन्फॉर्मेटिक्स |
00:29 | और बुनियादी 'Python' प्रोग्रामिंग। |
00:31 | दिए गए लिंक पर 'Python' ट्यूटोरियल्स को देखें। |
00:35 | इस ट्यूटोरियल को रेकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ: * 'Ubuntu OS' वर्जन 12.04 |
00:41 | 'Python' वर्जन 2.7.3 |
00:44 | 'Ipython' वर्जन 0.12.1 और |
00:48 | 'Biopython' वर्जन 1.58. |
00:51 | 'Biopython' कम्प्यूटेशनल बायोलॉजी (जीव-विज्ञान) के लिए मॉड्यूल्स का संग्रह होता है। |
00:57 | यह बायोइन्फॉर्मेटिक्स के लिए आवश्यक सबसे बुनियादी से अग्रिम तक कार्य कर सकता है। |
01:03 | 'Biopython' टूल्स निम्न के लिए उपयोग किये जाते हैं: |
01:05 | 'Parsing', यानि विभिन्न फाइल फॉर्मेट्स जैसे 'FASTA', 'Genbank' आदि से जानकारी एक्सट्रैक्ट करना है। |
01:14 | डेटाबेस वेबसाइट्स जैसे 'NCBI', 'ExPASY' आदि से डेटा डाउनलोड करना। |
01:22 | 'बायोइन्फॉर्मेटिक अल्गोरिद्म्स' जैसे 'BLAST' को रन करता है। |
01:26 | यह सीक्वेंसेस पर सामान्य ऑपरेशन्स करने के लिए टूल्स रखता है। |
01:31 | उदाहरणस्वरुप 'कॉम्पलिमेंट्स', 'ट्रांस्क्रिप्शन', 'ट्रांसलेशन' आदि प्राप्त करने के लिए। |
01:38 | अलाइनमेंट्स के साथ डीलिंग के लिए कोड |
01:40 | और कार्यों को अलग-अलग प्रक्रियाओं में विभाजित करने के लिए कोड। |
01:46 | डाउनलोड से सम्बंधित जानकारी: |
01:48 | 'Biopython' पैकेज, 'Python' वितरण का भाग नहीं होता है; इसे अलग से डाउनलोड करने की ज़रुरत होती है। |
01:54 | अधिक जानकारी के लिए निम्न लिंक पर जाएँ। |
01:59 | 'Linux' सिस्टम पर संस्थापन: |
02:02 | 'Synaptic Package Manager' उपयोग करके 'Python, Ipython' और 'Biopython' संस्थापित करें। |
02:08 | पूर्वावश्यक सॉफ्टवेयर स्वतः ही संस्थापित किया जायेगा। |
02:13 | अतिरिक्त पैकेजेस 'ग्राफ़िक आउटपुट्स' और 'प्लॉट्स' के लिए संस्थापित होने चाहिए। |
02:18 | 'Ctrl, Alt' और 'T' कीज़ एकसाथ दबाकर 'टर्मिनल' खोलें। |
02:24 | मैंने अपने सिस्टम पर 'Python, Ipython' और 'Biopython' पहले से ही संस्थापित कर लिए हैं। |
02:30 | 'Ipython' इंटरप्रेटर शुरू करें टाइप करें 'ipython' और एंटर दबाएं। |
02:35 | स्क्रीन पर 'IPython' प्रॉम्प्ट दिखता है। |
02:38 | 'Biopython' का संस्थापन जाँचने के लिए- प्रॉम्प्ट पर टाइप करें 'import Bio', एंटर दबाएं। |
02:48 | यदि आपको कोई एरर मैसेज नहीं मिलता है तो इसका मतलब 'Biopython' संस्थापित हो गया है। |
02:54 | यहाँ, मैं आपको याद दिला दूँ कि 'Python' लैंग्वेज केस सेन्सिटिव है। |
02:59 | कीवर्ड्स, वेरिएबल्स या फंक्शन्स टाइप करते समय सावधानी रखें। |
03:04 | उदाहरण के लिए उपरोक्त लाइन में 'import' का 'i' छोटे अक्षरों में और 'Bio' का 'B' बड़े अक्षरों में है। |
03:12 | इस ट्यूटोरियल में 'DNA' सीक्वेंस को ट्रान्सलेट करने के लिए हम 'Biopython' मॉड्यूल्स का उपयोग करेंगे। |
03:19 | इसमें निम्न स्टेप्स होते हैं । |
03:22 | पहले, कोडिंग 'DNA strand' के लिए एक 'sequence object' बनाते हैं। |
03:27 | आगे, 'DNA' स्ट्रैंड का 'mRNA' पर कोडिंग का 'ट्रांसक्रिप्शन' |
03:32 | अंततः, 'mRNA' का 'प्रोटीन' सीक्वेंस पर 'ट्रान्सलेशन' |
03:37 | उदाहरण के लिए हम इस स्लाइड पर प्रदर्शित कोडिंग 'DNA' स्ट्रैंड उपयोग करेंगे। |
03:42 | यह छोटे 'प्रोटीन' सीक्वेंस के लिए कोड करता है। |
03:46 | पहली स्टेप उपरोक्त कोडिंग 'DNA' स्ट्रैंड के लिये एक 'सीक्वेंस ऑब्जेक्ट' बनाना है। |
03:52 | अब 'टर्मिनल' पर वापस जाते हैं। |
03:55 | एक सीक्वेंस ऑब्जेक्ट बनाने के लिए 'Bio' पैकेज से 'Seq' मॉड्यूल इम्पोर्ट करें। |
04:02 | 'Seq' मॉड्यूल सीक्वेंस ऑब्जेक्ट्स को संचित करने और प्रक्रिया के तरीके यानि मेथड्स देता है। |
04:08 | प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'from Bio dot Seq import Seq' और एंटर दबाएं। |
04:17 | आगे, स्ट्रैंड में स्पष्ट रूप से अक्षरों का उल्लेख करें जब अपना 'सीक्वेंस ऑब्जेक्ट' बना रहे हों। |
04:24 | यानि, उल्लिखित करना है कि क्या अक्षरों का सीक्वेंस 'न्यूक्लिओटाइड्स' या 'एमिनो एसिड्स' के लिए कोड करता है। |
04:32 | ऐसा करने के लिए हम 'Alphabet (अक्षरों)' पैकेज से 'IUPAC' मॉड्यूल उपयोग करेंगे। |
04:38 | प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'from Bio dot Alphabet import IUPAC' एंटर दबाएं। |
04:48 | ध्यान दें कि हमने 'Seq' और 'IUPAC' मॉड्यूल्स को लोड करने के लिए 'import' और 'from' स्टेटमेंट्स उपयोग किये हैं। |
04:56 | सीक्वेंस ऑब्जेक्ट को 'cdna' नामक वेरिएबल में संचित करें। |
05:01 | नार्मल स्ट्रिंग्स की तरह प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'cdna equal to Seq'। |
05:08 | सीक्वेंस को डबल कोट्स और ब्रैकेट्स में रखें। |
05:13 | हम जानते हैं कि हमारा सीक्वेंस 'DNA' फ्रैग्मेंट है। अतः 'आर्ग्युमेंट' की तरह 'unambiguous DNA' एल्फ़ाबेट ऑब्जेक्ट टाइप करें। |
05:21 | आउटपुट के लिए टाइप करें: 'cdna' एंटर दबाएं। |
05:26 | आउटपुट सीक्वेंस ऑब्जेक्ट की तरह 'DNA sequence' दिखाता है। |
05:30 | अब कोडिंग 'DNA' स्ट्रैंड को सम्बंधित 'mRNA' में ट्रांसक्राइब करते हैं। |
05:35 | हम 'Seq' मॉड्यूल का बिल्ट-इन 'transcribe' मेथड उपयोग करेंगे। |
05:39 | निम्न कोड टाइप करें: |
05:41 | आउटपुट को वेरिएबल 'mrna' में संचित करें। |
05:45 | प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'mrna equal to cdna dot transcribe ब्रैकेट खोलें और बंद करें', एंटर दबाएं। |
05:55 | आउटपुट के लिए टाइप करें: 'mrna' एंटर दबाएं। |
06:01 | आउटपुट देखें। |
06:02 | 'transcribe' मेथड 'DNA' सीक्वेंस में 'Thiamin' को 'Uracil' से बदलता है। |
06:09 | आगे इस 'mRNA' को सम्बंधित 'प्रोटीन' सीक्वेंस पर 'ट्रांसलेट' करने के लिए 'translate' मेथड उपयोग करें। |
06:16 | निम्न कोड टाइप करें: 'protein equal to mrna dot translate ब्रैकेट खोलें और बंद करें'. एंटर दबाएं। |
06:27 | अगर उल्लिखित नहीं है तो 'translate' मेथड स्टैण्डर्ड जेनेटिक कोड उपयोग करके 'RNA' या 'DNA' सीक्वेंस को ट्रांसलेट करता है, । |
06:36 | आउटपुट एक अमीनो एसिड सीक्वेंस दिखाता है। |
06:40 | आउटपुट ट्रांसलेट की हुई सीक्वेंस में 'stop codons' की उपस्थिति से सम्बंधित जानकारी भी दिखाता है। |
06:47 | प्रोटीन सीक्वेंस के अंत में ऐस्टरिस्क देखें। यह 'stop codon' दिखाता है। |
06:53 | उपरोक्त कोड में 'transcription' के लिए हमने कोडिंग 'DNA' स्ट्रैंड उपयोग किया है। |
06:59 | बायोपाइथन में 'transcribe' मेथड केवल कोडिंग DNA स्ट्रैंड पर कार्य करता है। |
07:04 | यद्यपि वास्तविक बायोलॉजिकल सिस्टम में 'ट्रांसक्रिप्शन' की प्रक्रिया 'टेम्पलेट स्ट्रैंड' के साथ शुरू होती है। |
07:11 | यदि आप 'टेम्पलेट स्ट्रैंड' के साथ शुरू कर रहे हैं तो टर्मिनल पर प्रदर्शित की तरह 'reverse complement' मेथड उपयोग करके इसे कोडिंग स्ट्रैंड में बदलें। |
07:20 | कोडिंग स्ट्रैंड के लिए उपरोक्त प्रदर्शित की तरह शेष कोड का अनुसरण करें। |
07:24 | बायोपाइथन में मेथड्स उपयोग करके हमने 'DNA' सीक्वेंस को 'प्रोटीन' सीक्वेंस पर ट्रांसलेट किया है। |
07:31 | इस कोड का उपयोग करके किसी भी साइज़ का 'DNA' सीक्वेंस प्रोटीन सीक्वेंस पर ट्रांसलेट किया जा सकता है। |
07:37 | इसे सारांशित करते हैं। |
07:38 | इस ट्यूटोरियल में हमने निम्न करना सीखा: |
07:41 | 'Biopython' की महत्वपूर्ण विशेषताएं। |
07:43 | 'Linux OS' पर डाउनलोड और संस्थापन से सम्बंधित जानकारी |
07:48 | दिए हुए 'DNA' स्ट्रैंड के लिए सीक्वेंस ऑब्जेक्ट बनाना। |
07:52 | DNA सीक्वेंस का 'mRNA' पर 'Transcription' |
07:56 | 'mRNA' का प्रोटीन सीक्वेंस पर 'Translation' |
08:00 | अब एक नियत कार्य |
08:02 | दिए हुए 'DNA' सीक्वेंस को 'प्रोटीन' सीक्वेंस में ट्रांसलेट करें। |
08:06 | आउटपुट देखें। |
08:08 | प्रोटीन सीक्वेंस आंतरिक 'stop codon' रखता है। |
08:11 | जैसा कि प्रकृति में होता है 'stop codon' फ्रेम में पहले तक 'DNA' ट्रांसलेट करें। |
08:17 | आपका पूर्ण नियत कार्य निम्न कोड रखना चाहिए। |
08:20 | ध्यान दें कि हमने 'translate()' मेथड में 'to underscore stop' आर्ग्युमेंट उपयोग किया है। आउटपुट पर ध्यान दें। |
08:27 | ख़ुद 'stop codon' ट्रांसलेट नहीं किया जाता है। |
08:31 | 'stop' सिंबल आपके 'प्रोटीन' सीक्वेंस के अंत में सम्मिलित नहीं किया जाता है। |
08:36 | यह वीडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट को सारांशित करता है। |
08:39 | अच्छी बैंडविड्थ न मिलने पर आप इसे डाउनलोड कर सकते हैं। |
08:43 | स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है। |
08:50 | अधिक जानकारी के लिए कृपया हमें लिखें। |
08:53 | स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट भारत सरकार के MHRD के NMEICT द्वारा निधिबद्ध है। |
08:59 | इस मिशन पर अधिक जानकारी इस लिंक पर उपलब्ध है। |
09:03 | आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद। |