Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Nepali

Time	Narration
00:01	यो Proteins and Macromolecules स्पोकन ट्युटोरियलमा स्वागत छ
00:06	यो ट्युटोरियलमा हामी सिक्नेछौं
00:09	Protein Data Bank (PDB) बाट प्रोटिनको संरचनाहरु लोड गर्न
00:13	PDB डाटाबेसबाट .pdb फाइलहरु डाउनलोड गर्न
00:18	प्रोटिनको सेकन्डरी संरचनाहरु विभिन्न फर्म्याटहरुमा डिस्प्ले गर्न
00:24	हाइड्रोजन बन्डहरु र disulfide बन्डहरु हाइलाइट गर्न
00:29	यो ट्युटोरियल अनुसरण गर्न तपाईसँग Jmol Application विन्डो को आधारभूत ज्ञान हुनुपर्छ
00:37	यदि छैन भने सान्दर्भिक ट्युटोरियलको लागि हाम्रो वेबसाइटमा हेर्नुहोस्
00:42	यो ट्युटोरियल रेकर्ड गर्न म प्रयोग गर्दैछुँ,
00:46	उबुन्टु अपरेटिंग सिस्टम संस्करण १२.०४
00:50	Jmol संस्करण १२.२.२
00:54	Java संस्करण ७
00:57	Mozilla Firefox ब्राउजर २२.०
01:02	ठूला बायोमलिक्युल हरुको Structure Analysis
01:06	Proteins र Macromolecules
01:10	Nucleic acids, DNA र RNA
01:13	Crystal structures र polymers,Jmol Application को प्रयोगले गर्न सकिन्छ
01:19	यहाँ मैले एउटा नयाँ Jmol विन्डो खोल्ने छौं
01:24	बायोमलिक्युल हरुको 3D संरचनाहरु सिधै डाटाबेसबाट डाउनलोड गरी हेर्न सकिन्छ
01:29	यसो गर्न File मेनुमा क्लिक गरौँ, तल Get PDB मा क्लिक गरौँ
01:36	स्क्रिनमा एउटा इनपुट डाइलग बक्स देखापर्छ
01:40	हामीले इनपुट बक्समा निश्चित protein को लागि चार अक्षरको PDB code टाइप गर्नुपर्ने हुन्छ
01:48	यो कोड 'Protein Data Bank (PDB) वेबसाइट' बाट प्राप्त गर्न सकिन्छ
01:53	यो Protein Data Bank को वेबपेज हो
01:57	यसमा बायोमलिक्युलहरु जस्तै proteins र nucleic acid को जानकारी छ
02:04	उदारहणको रुपमा: PDB वेबसाइटबाट Pancreatic Enzyme Insulin को PDB कोड पत्ता लगाऊ
02:13	सर्च बक्समा टाइप प्रोटिनको नाम टाइप गरौँ,Human Insulin, किबोर्डको इन्टर कि थिचौं
02:24	अब देखिएको वेबपेजमा तल स्क्रोल गरौँ
02:28	स्क्रिनमा परिचित Human Insulinसंरचनाहरु साथै PDB कोड हरु देखापर्छ
02:36	उदाहरणको रुपमा कोड 4EX1 सहितको Human Insulin छानौं
02:44	प्रोटिनको नाममा क्लिक गरौँ
02:47	संरचनाको विवरण सहितको एउटा विन्डो खुल्छ
02:52	जानकारीहरु जस्तै
02:54	Primary Citation
02:56	Molecular Description र
02:58	Structure Validation हरु यो पेजमा उपलब्ध छन्
03:02	हामी प्रोटिनको संरचना .pdb फाइलको रुपमा सेभ गर्न र तिनीहरुलाई Jmol मा 3D मोडमा हेर्न सक्छौं
03:12	पेजको माथि दायाँ कुनामा रहेको Download Files लिंकमा क्लिक गरौँ
03:20	ड्रपडाउन मेनुबाट PDB file (gz) विकल्प छानौं
03:28	स्क्रिनमा एउटा डाइलग बक्स खुल्छ
03:32	Save file विकल्प छानौं
03:35	OK बटनमा क्लिक गरौँ
03:39	प्रोटिनको संरचना 4EX1.pdb.gz को रुपमा Downloads फोल्डरमा सेभ हुनेछ
03:51	यसैगरी, तपाई विभिन्न प्रोटिनहरुको आवश्यक .pdb फाइल डाउनलोड गर्न र तिनीहरुलाई भिन्नै फाइलमा सेभ गर्न सक्नुहुन्छ
04:02	अब, Insulin को 3D संरचना हेर्न Jmol विन्डोमा जाउँ
04:09	यदि तपाईसँग इन्टरनेट छ भने तपाई सिधै Jmol प्यानलमा प्रोटिन संरचना डाउनलोड गर्न सक्नुहुन्छ
04:15	टेक्स्ट बक्समा ४ अक्षरको PDB code “4EX1” टाइप गरौ र OK बटन क्लिक गरौँ
04:25	यदि तपाईसँग इन्टरनेट छैन भने टूलबारको Open a File आइकनमा क्लिक गरौँ
04:34	प्यानलमा एउटा डाइलग बक्स खुल्छ
04:38	4EX1.pdb.gz फाइल भएको स्थान मतलब Downloads फोल्डरमा जाउँ
04:47	Downloads फोल्डर छानौं र open बटन क्लिक गरौँ
04:52	4EX1.pdb.gz फाइल छानौं र open बटनमा क्लिक गरौँ
05:00	स्क्रिनमा Insulin को 3D संरचना खुल्छ
05:05	प्यानलमा protein को डिफल्ट डिस्प्ले ball and stick हो
05:12	प्यानलमा प्रोटिनको मोडल हाइड्रोजन एटमहरु विना देखिन्छ
05:17	हाइड्रोजन एटमहरु सहितको मोडल देखाउन, modelkit मेनु खोलौं
05:23	तल add hydrogens विकल्पमा स्क्रोल गरौँ र यसमा क्लिक गरौँ
05:28	अहिले प्यानलमा हाइड्रोजन एटमहरु सहितको मोडल देखाइएको छ
05:33	protein संरचनामा पानीको मलिक्युलहरु पनि देखाइएको छ
05:38	पानीको मलिक्युल नदेखाउन, यो कदमहरु अनुसरण गर्नुहोस्
05:43	पहिले पप-अप मेनु खोलौं र Select मा जाउँ
05:48	सब-मेनुबाट Hetero छानौं र “All Water विकल्प क्लिक गरौँ
05:55	पुन: पप-अप मेनु खोलौं, Style मा जाउँ, Scheme र CPK spacefill विकल्प क्लिक गरौँ
06:05	यसले पानीको मलिक्युललाई CPK Spacefill डिस्प्ले गर्ने छ
06:11	पुन: पप अप मेनु खोलौं र Style मा जाउँ र तल Atoms मा स्क्रोल गरौँ र Off विकल्प क्लिक गरौँ
06:22	अब प्यानलमा हामीसँग कुनै पनि पानीको मलिक्युल बिनाको Insulin संरचना छ
06:27	अर्को protein को सेकन्डरी संरचना विभिन्न फर्म्याटहरुमा डिस्प्ले गर्न सिकौं
06:35	पप-अप मेनु खोलौं
06:37	Select विकल्पमा जाउँ
06:39	तल Protein मा स्क्रोल गरौँ र All विकल्पमा क्लिक गरौँ
06:44	पुन” पप-अप मेनु खोलौं र तल Style अनि Scheme मा स्क्रोल गरौँ
06:50	एउटा सब-मेनु यी विकल्पहरु सहित खुल्ने छ CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace, आदि
07:02	सबमेनुको Cartoon विकल्प क्लिक गरौँ
07:07	यो डिस्प्ले मा प्रोटिनको सेकन्डरी संरचनाहरु हेलिसेस helices, random coils, strands, sheets आदि देखिन्छन्
07:17	थप डिस्प्ले विकल्पहरुको लागि,
07:19	पप-अप मेनु खोलौं र तल Style, मा स्क्रोल गरौँ अनि Structures मा जाउँ
07:25	यहाँ हामी प्रोटिनको सेकन्डरी संरचना डिस्प्ले गर्ने विभिन्न विकल्पहरु देख्छौं
07:31	उदाहरणको लागि Strands विकल्पमा क्लिक गरौँ
07:35	अहिले प्यानलमा प्रोटिन Strands को रुपमा देखाइएको छ
07:40	डिस्प्ले को रंग बदल्न, पप-अप मेनु खोलौं, तल Color मा स्क्रोल गरौँ र Atoms छानौं र Blue विकल्प क्लिक गरौं
07:52	प्यानलको रंगमा परिवर्तन हेरौं
07:56	संरचनालाई पुन: Ball-and-stick डिस्प्लेमा परिणत गर्न,
07:59	पप-अप मेनु खोलौं, Styleअनि Scheme छानौं र Ball and stick विकल्प क्लिक गरौँ
08:08	हामी प्रोटिन मोडलमा हाइड्रोजन बन्डहरु र di-sulfide बन्डहरु हाइलाइट गर्न सक्छौं
08:14	हाइड्रोजन बन्डहरु देखाउन: पप-अप मेनु खोलौं र तल Style अनि Hydrogen Bonds विकल्पमा मा स्क्रोल गरौँ
08:25	पप-अप मेनुको Hydrogen Bonds विकल्पमा यी बिशेषताहरु छन्
08:30	Calculate, Set Hydrogen इन् Bonds Side Chain.
08:35	Set Hydrogen Bonds in the Backboneर बन्डको मोटाई बदल्ने विकल्प पनि छ
08:42	मोडलमा हाइड्रोजन बन्डहरु देखाउन Calculate विकल्प क्लिक गरौँ
08:47	हाइड्रोजन बन्डहरु सेतो र रातो लामो ड्यासहरुको रुपमा देखाइएको छ
08:53	हाइड्रोजन बन्डहरु को मोटाई बदल्न पप-अप मेनुको 0.10 A एंगस्ट्रम विकल्प क्लिक गरौँ
09:02	अब हामी प्यानलमा अलि मोटो हाइड्रोजन बन्डहरु देख्न सक्छौं
09:06	हामी हाइड्रोजन बन्डहरु को रंग पनि बदल्न सक्छौं
09:11	पप-अप मेनुबाट, Color अनि Hydrogen Bonds मा स्क्रोल गरौँ अनि orange विकल्पमा क्लिक गरौँ
09:20	प्यानलमा हामीसँग सम्पूर्ण हाइड्रोजन बन्डहरु सुन्तला रंगमा छन्
09:25	मोडलमा Disulfide बन्डहरु र सल्फर एटमहरु पहेँलो रंगमा देखाइएको छ
09:31	disulfide बन्डहरु परिमार्जन गर्न पप-अप मेनुको disulfide bonds विकल्प खोलौं
09:38	तपाईले बदल्न चाहेको बिशेषताहरु जस्तै size र color आदिमा क्लिक गरौँ
09:44	यसैगरी विभिन्न enzyme हरुको .pdb फाइल खोलौं र तिनीहरुको 3D संरचना हेरौं
09:51	संक्षेपमा हेरौं, यो ट्युटोरियलमा हामीले सिक्यौं:
09:57	Protein Data Bank (PDB) बाट प्रोटिनको संरचनाहरु लोड गर्न
10:00	डाटाबेसबाट .pdb फाइलहरु डाउनलोड गर्न
10:05	PDB code प्रयोग गरि इन्सुलिनको 3D संरचना हेर्न
10:10	पानीको मलिक्युल विनाको Protein संरचना हेर्न
10:14	सेकन्डरी संरचना विभिन्न फर्म्याटहरुमा देखाउन
10:17	हाइड्रोजन बन्डहरु र disulfide बन्डहरु हाइलाइट गर्न
10:22	यहाँ तपाईको लागि एउटा कार्य छ
10:24	PDB डाटाबेसबाट Human Hemoglobin को .pdb फाइल डाउनलोड गर्नुहोस्
10:31	सेकन्डरी संरचना cartoon डिस्प्लेमा देखाउनुहोस्
10:35	protein को “porphyrin” युनिट हाइलाइट गर्नुहोस्
10:39	PDB code को लागि तलको लिंक प्रयोग गर्नुहोस्
10:42	यो URL मा उपलब्ध भिडियो हेर्नुहोस् http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial]
10:46	यसले स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्टको सार दिन्छ
10:50	यदि तपाईसँग राम्रो ब्याण्डविड्थ छैन भने डाउनलोड गरि हेर्नुहोस्
10:55	स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्ट टिमले:
10:57	स्पोकन ट्युटोरियल प्रयोग गरि कार्यशाला संचालन गर्छ
11:01	अनलाइन टेस्ट पास गर्नेलाई प्रमाणपत्र प्रदान गर्छ
11:06	बिस्तृत जानकारीको लागि कृपया contact@spoken-tutorial.org मा लेख्नुहोस्
11:13	स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्ट टक टु अ टिचर प्रोजेक्टको एक भाग हो
11:18	यसलाई नेशनल मिसन अनि एजुकेसन थ्रु आइसीटी, MHRD,भारत सरकारको सहयोग रहेको छ
11:25	यो मिसन सम्बन्धि थप जानकारी तलको लिंकमा उपलब्ध छ http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro ]
11:31	म मन्दिरा थापा बिदा हुदैछुँ, सहभागिताको, लागि धन्यवाद, नमस्कार

Contributors and Content Editors

Mandira, PoojaMoolya