Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Nepali
From Script | Spoken-Tutorial
Time | Narration |
00:01 | यो Proteins and Macromolecules स्पोकन ट्युटोरियलमा स्वागत छ |
00:06 | यो ट्युटोरियलमा हामी सिक्नेछौं |
00:09 | Protein Data Bank (PDB) बाट प्रोटिनको संरचनाहरु लोड गर्न |
00:13 | PDB डाटाबेसबाट .pdb फाइलहरु डाउनलोड गर्न |
00:18 | प्रोटिनको सेकन्डरी संरचनाहरु विभिन्न फर्म्याटहरुमा डिस्प्ले गर्न |
00:24 | हाइड्रोजन बन्डहरु र disulfide बन्डहरु हाइलाइट गर्न |
00:29 | यो ट्युटोरियल अनुसरण गर्न तपाईसँग Jmol Application विन्डो को आधारभूत ज्ञान हुनुपर्छ |
00:37 | यदि छैन भने सान्दर्भिक ट्युटोरियलको लागि हाम्रो वेबसाइटमा हेर्नुहोस् |
00:42 | यो ट्युटोरियल रेकर्ड गर्न म प्रयोग गर्दैछुँ, |
00:46 | उबुन्टु अपरेटिंग सिस्टम संस्करण १२.०४ |
00:50 | Jmol संस्करण १२.२.२ |
00:54 | Java संस्करण ७ |
00:57 | Mozilla Firefox ब्राउजर २२.० |
01:02 | ठूला बायोमलिक्युल हरुको Structure Analysis |
01:06 | Proteins र Macromolecules |
01:10 | Nucleic acids, DNA र RNA |
01:13 | Crystal structures र polymers,Jmol Application को प्रयोगले गर्न सकिन्छ |
01:19 | यहाँ मैले एउटा नयाँ Jmol विन्डो खोल्ने छौं |
01:24 | बायोमलिक्युल हरुको 3D संरचनाहरु सिधै डाटाबेसबाट डाउनलोड गरी हेर्न सकिन्छ |
01:29 | यसो गर्न File मेनुमा क्लिक गरौँ, तल Get PDB मा क्लिक गरौँ |
01:36 | स्क्रिनमा एउटा इनपुट डाइलग बक्स देखापर्छ |
01:40 | हामीले इनपुट बक्समा निश्चित protein को लागि चार अक्षरको PDB code टाइप गर्नुपर्ने हुन्छ |
01:48 | यो कोड 'Protein Data Bank (PDB) वेबसाइट' बाट प्राप्त गर्न सकिन्छ |
01:53 | यो Protein Data Bank को वेबपेज हो |
01:57 | यसमा बायोमलिक्युलहरु जस्तै proteins र nucleic acid को जानकारी छ |
02:04 | उदारहणको रुपमा: PDB वेबसाइटबाट Pancreatic Enzyme Insulin को PDB कोड पत्ता लगाऊ |
02:13 | सर्च बक्समा टाइप प्रोटिनको नाम टाइप गरौँ,Human Insulin, किबोर्डको इन्टर कि थिचौं |
02:24 | अब देखिएको वेबपेजमा तल स्क्रोल गरौँ |
02:28 | स्क्रिनमा परिचित Human Insulinसंरचनाहरु साथै PDB कोड हरु देखापर्छ |
02:36 | उदाहरणको रुपमा कोड 4EX1 सहितको Human Insulin छानौं |
02:44 | प्रोटिनको नाममा क्लिक गरौँ |
02:47 | संरचनाको विवरण सहितको एउटा विन्डो खुल्छ |
02:52 | जानकारीहरु जस्तै |
02:54 | Primary Citation |
02:56 | Molecular Description र |
02:58 | Structure Validation हरु यो पेजमा उपलब्ध छन् |
03:02 | हामी प्रोटिनको संरचना .pdb फाइलको रुपमा सेभ गर्न र तिनीहरुलाई Jmol मा 3D मोडमा हेर्न सक्छौं |
03:12 | पेजको माथि दायाँ कुनामा रहेको Download Files लिंकमा क्लिक गरौँ |
03:20 | ड्रपडाउन मेनुबाट PDB file (gz) विकल्प छानौं |
03:28 | स्क्रिनमा एउटा डाइलग बक्स खुल्छ |
03:32 | Save file विकल्प छानौं |
03:35 | OK बटनमा क्लिक गरौँ |
03:39 | प्रोटिनको संरचना 4EX1.pdb.gz को रुपमा Downloads फोल्डरमा सेभ हुनेछ |
03:51 | यसैगरी, तपाई विभिन्न प्रोटिनहरुको आवश्यक .pdb फाइल डाउनलोड गर्न र तिनीहरुलाई भिन्नै फाइलमा सेभ गर्न सक्नुहुन्छ |
04:02 | अब, Insulin को 3D संरचना हेर्न Jmol विन्डोमा जाउँ |
04:09 | यदि तपाईसँग इन्टरनेट छ भने तपाई सिधै Jmol प्यानलमा प्रोटिन संरचना डाउनलोड गर्न सक्नुहुन्छ |
04:15 | टेक्स्ट बक्समा ४ अक्षरको PDB code “4EX1” टाइप गरौ र OK बटन क्लिक गरौँ |
04:25 | यदि तपाईसँग इन्टरनेट छैन भने टूलबारको Open a File आइकनमा क्लिक गरौँ |
04:34 | प्यानलमा एउटा डाइलग बक्स खुल्छ |
04:38 | 4EX1.pdb.gz फाइल भएको स्थान मतलब Downloads फोल्डरमा जाउँ |
04:47 | Downloads फोल्डर छानौं र open बटन क्लिक गरौँ |
04:52 | 4EX1.pdb.gz फाइल छानौं र open बटनमा क्लिक गरौँ |
05:00 | स्क्रिनमा Insulin को 3D संरचना खुल्छ |
05:05 | प्यानलमा protein को डिफल्ट डिस्प्ले ball and stick हो |
05:12 | प्यानलमा प्रोटिनको मोडल हाइड्रोजन एटमहरु विना देखिन्छ |
05:17 | हाइड्रोजन एटमहरु सहितको मोडल देखाउन, modelkit मेनु खोलौं |
05:23 | तल add hydrogens विकल्पमा स्क्रोल गरौँ र यसमा क्लिक गरौँ |
05:28 | अहिले प्यानलमा हाइड्रोजन एटमहरु सहितको मोडल देखाइएको छ |
05:33 | protein संरचनामा पानीको मलिक्युलहरु पनि देखाइएको छ |
05:38 | पानीको मलिक्युल नदेखाउन, यो कदमहरु अनुसरण गर्नुहोस् |
05:43 | पहिले पप-अप मेनु खोलौं र Select मा जाउँ |
05:48 | सब-मेनुबाट Hetero छानौं र “All Water विकल्प क्लिक गरौँ |
05:55 | पुन: पप-अप मेनु खोलौं, Style मा जाउँ, Scheme र CPK spacefill विकल्प क्लिक गरौँ |
06:05 | यसले पानीको मलिक्युललाई CPK Spacefill डिस्प्ले गर्ने छ |
06:11 | पुन: पप अप मेनु खोलौं र Style मा जाउँ र तल Atoms मा स्क्रोल गरौँ र Off विकल्प क्लिक गरौँ |
06:22 | अब प्यानलमा हामीसँग कुनै पनि पानीको मलिक्युल बिनाको Insulin संरचना छ |
06:27 | अर्को protein को सेकन्डरी संरचना विभिन्न फर्म्याटहरुमा डिस्प्ले गर्न सिकौं |
06:35 | पप-अप मेनु खोलौं |
06:37 | Select विकल्पमा जाउँ |
06:39 | तल Protein मा स्क्रोल गरौँ र All विकल्पमा क्लिक गरौँ |
06:44 | पुन” पप-अप मेनु खोलौं र तल Style अनि Scheme मा स्क्रोल गरौँ |
06:50 | एउटा सब-मेनु यी विकल्पहरु सहित खुल्ने छ CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace, आदि |
07:02 | सबमेनुको Cartoon विकल्प क्लिक गरौँ |
07:07 | यो डिस्प्ले मा प्रोटिनको सेकन्डरी संरचनाहरु हेलिसेस helices, random coils, strands, sheets आदि देखिन्छन् |
07:17 | थप डिस्प्ले विकल्पहरुको लागि, |
07:19 | पप-अप मेनु खोलौं र तल Style, मा स्क्रोल गरौँ अनि Structures मा जाउँ |
07:25 | यहाँ हामी प्रोटिनको सेकन्डरी संरचना डिस्प्ले गर्ने विभिन्न विकल्पहरु देख्छौं |
07:31 | उदाहरणको लागि Strands विकल्पमा क्लिक गरौँ |
07:35 | अहिले प्यानलमा प्रोटिन Strands को रुपमा देखाइएको छ |
07:40 | डिस्प्ले को रंग बदल्न, पप-अप मेनु खोलौं, तल Color मा स्क्रोल गरौँ र Atoms छानौं र Blue विकल्प क्लिक गरौं |
07:52 | प्यानलको रंगमा परिवर्तन हेरौं |
07:56 | संरचनालाई पुन: Ball-and-stick डिस्प्लेमा परिणत गर्न, |
07:59 | पप-अप मेनु खोलौं, Styleअनि Scheme छानौं र Ball and stick विकल्प क्लिक गरौँ |
08:08 | हामी प्रोटिन मोडलमा हाइड्रोजन बन्डहरु र di-sulfide बन्डहरु हाइलाइट गर्न सक्छौं |
08:14 | हाइड्रोजन बन्डहरु देखाउन: पप-अप मेनु खोलौं र तल Style अनि Hydrogen Bonds विकल्पमा मा स्क्रोल गरौँ |
08:25 | पप-अप मेनुको Hydrogen Bonds विकल्पमा यी बिशेषताहरु छन् |
08:30 | Calculate, Set Hydrogen इन् Bonds Side Chain. |
08:35 | Set Hydrogen Bonds in the Backboneर बन्डको मोटाई बदल्ने विकल्प पनि छ |
08:42 | मोडलमा हाइड्रोजन बन्डहरु देखाउन Calculate विकल्प क्लिक गरौँ |
08:47 | हाइड्रोजन बन्डहरु सेतो र रातो लामो ड्यासहरुको रुपमा देखाइएको छ |
08:53 | हाइड्रोजन बन्डहरु को मोटाई बदल्न पप-अप मेनुको 0.10 A एंगस्ट्रम विकल्प क्लिक गरौँ |
09:02 | अब हामी प्यानलमा अलि मोटो हाइड्रोजन बन्डहरु देख्न सक्छौं |
09:06 | हामी हाइड्रोजन बन्डहरु को रंग पनि बदल्न सक्छौं |
09:11 | पप-अप मेनुबाट, Color अनि Hydrogen Bonds मा स्क्रोल गरौँ अनि orange विकल्पमा क्लिक गरौँ |
09:20 | प्यानलमा हामीसँग सम्पूर्ण हाइड्रोजन बन्डहरु सुन्तला रंगमा छन् |
09:25 | मोडलमा Disulfide बन्डहरु र सल्फर एटमहरु पहेँलो रंगमा देखाइएको छ |
09:31 | disulfide बन्डहरु परिमार्जन गर्न पप-अप मेनुको disulfide bonds विकल्प खोलौं |
09:38 | तपाईले बदल्न चाहेको बिशेषताहरु जस्तै size र color आदिमा क्लिक गरौँ |
09:44 | यसैगरी विभिन्न enzyme हरुको .pdb फाइल खोलौं र तिनीहरुको 3D संरचना हेरौं |
09:51 | संक्षेपमा हेरौं, यो ट्युटोरियलमा हामीले सिक्यौं: |
09:57 | Protein Data Bank (PDB) बाट प्रोटिनको संरचनाहरु लोड गर्न |
10:00 | डाटाबेसबाट .pdb फाइलहरु डाउनलोड गर्न |
10:05 | PDB code प्रयोग गरि इन्सुलिनको 3D संरचना हेर्न |
10:10 | पानीको मलिक्युल विनाको Protein संरचना हेर्न |
10:14 | सेकन्डरी संरचना विभिन्न फर्म्याटहरुमा देखाउन |
10:17 | हाइड्रोजन बन्डहरु र disulfide बन्डहरु हाइलाइट गर्न |
10:22 | यहाँ तपाईको लागि एउटा कार्य छ |
10:24 | PDB डाटाबेसबाट Human Hemoglobin को .pdb फाइल डाउनलोड गर्नुहोस् |
10:31 | सेकन्डरी संरचना cartoon डिस्प्लेमा देखाउनुहोस् |
10:35 | protein को “porphyrin” युनिट हाइलाइट गर्नुहोस् |
10:39 | PDB code को लागि तलको लिंक प्रयोग गर्नुहोस् |
10:42 | यो URL मा उपलब्ध भिडियो हेर्नुहोस् http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial] |
10:46 | यसले स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्टको सार दिन्छ |
10:50 | यदि तपाईसँग राम्रो ब्याण्डविड्थ छैन भने डाउनलोड गरि हेर्नुहोस् |
10:55 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्ट टिमले: |
10:57 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रयोग गरि कार्यशाला संचालन गर्छ |
11:01 | अनलाइन टेस्ट पास गर्नेलाई प्रमाणपत्र प्रदान गर्छ |
11:06 | बिस्तृत जानकारीको लागि कृपया contact@spoken-tutorial.org मा लेख्नुहोस् |
11:13 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्ट टक टु अ टिचर प्रोजेक्टको एक भाग हो |
11:18 | यसलाई नेशनल मिसन अनि एजुकेसन थ्रु आइसीटी, MHRD,भारत सरकारको सहयोग रहेको छ |
11:25 | यो मिसन सम्बन्धि थप जानकारी तलको लिंकमा उपलब्ध छ http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro ] |
11:31 | म मन्दिरा थापा बिदा हुदैछुँ, सहभागिताको, लागि धन्यवाद, नमस्कार |