Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Gujarati

Time	Narration
00:01	Introduction to Biopython પરના સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ માં તમારું સ્વાગત છે.
00:05	આ ટ્યુટોરિયલમાં આપણે શીખીશું * Biopython ના મહત્વ ફીચર.
00:10	લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઈન્સ્ટોલેશન કરવાની માહિતી.
00:15	અને Biopython ટૂલ્સ વાપરીને પ્રોટીન સિકવેન્સમાં DNA સિકવેન્સના translation.
00:22	આ ટ્યુટોરીયલના અનુસરણ માટે તમે.
00:25	Undergraduate Biochemistry અથવા Bioinformatics and સામાન્ય Python પ્રોગ્રામની માહિતી હોવી જોઈએ.
00:31	આપેલ લિંક પર Python ટ્યૂટોરિયલ્સ જુઓ.
00:35	આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહું છું : * Ubuntu OS version 12.04
00:41	આપેલ લિંક પરPython version 2.7.3
00:44	Ipython version 0.12.1 અને
00:48	Biopython version 1.58.
00:51	Biopython આ કમ્પ્યુટેશનલ બાઈયોલોજી માટે મોડ્યુલનો એક સંગ્રહ છે.
00:57	આ bioinformatics.સાથે જરૂરી સૌથી સામાન્ય એડવાન્સડ કાર્ય કરી શકીએ છીએ.
01:03	Biopython ટૂલ્સ આપેલ કાર્ય માટે ઉપયોગ કરી શકીએ છીએ:
01:05	Parsing તરીકે વિવિધ ફાઈલ ફોર્મેટસમાં માહિતી એક્સટ્રેક્ટ કેવું જેમકે FASTA, Genbank વગેરે.
01:14	ડેટાબેસ વેબસાઈટમાંથી ડેટા ડાઉનલોડ કરવું જેમ કે NCBI, ExPASY વગેરે.
01:22	Bioinformatic algorithms રન કરવું જેમ કે BLAST.
01:26	તેના પાસે સિકવેન્સ પર સામાન્ય ઓપરેશનસ કાર્ય કરવા માટે ટૂલ્સ છે.
01:31	ઉદાહરણ તરીકે મેળવવા માટે - complements, transcription, translation વગેરે.
01:38	અલાઇન્મેન્ટસથી ડીલ કરવા માટે કોડ.
01:40	અને અન્ય પધ્ધતીમાં કાર્ય વિભાજીત કરવા માટે કોડ.
01:46	ડાઉનલોડ સંબધિત માહિતી:
01:48	Biopython પેકેજ એ Python વિતરણનું ભાગ નથી ; તે મુક્તપણે ડાઉનલોડ કરું જરૂરી છે.
01:54	વિગતો માટે આપેલ લિંક જુઓ.
01:59	Linux સિસ્ટમ પર ઈન્સ્ટોલેશન :
02:02	સીનેપટીક પેકેજ મેનજરનો ઉપયોગ કરીને Python, Ipython અને Biopython પેકેજીસ ઇન્સ્ટોલ કરો .
02:08	પૂર્વપેક્ષિત સોફ્ટવેર પોતેથી ઇન્સ્ટોલ થશે.
02:13	graphic outputs અને plots માટે અતિરિક્ત પેકેજીસ ઇન્સ્ટોલ કરવું જરૂરી છે.
02:18	ટર્મિનલ ખોલવા માટે એક સાથે Ctrl, Alt અને T દબાવો.
02:24	મેં પહેલાથી જ Python, Ipython અને Biopython મારા સિસ્ટમ પર ઇન્સ્ટોલ કર્યું છે.
02:30	"ipython" ટાઈપ કરીને હું Ipython ઇન્ટરપ્રીટર શરુ કરીને એન્ટર દબાવો.
02:35	સ્ક્રીન પર IPython પ્રોમ્પ્ટ દ્રશ્યમાન છે.
02:38	Biopython નું ઈન્ટોલેશન તપાસવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : "import Bio", એન્ટર દબાવો.
02:48	જો તમને કોઈ પણ એરર મેસેજ મળે છે તો તેનો અર્થ છે Biopython ઇન્સ્ટોલ થયેલું છે.
02:54	અહીં હું તમને યાદ અપાવવા ઇચ્છુ કે Python ભાષા એ કેસ સેન્સિટિવ છે.
02:59	કીવર્ડ્સ વેરિયેબલ અથવા ફંકશનસ ટાઈપ કરતી વખતે કાળજી લો.
03:04	ઉદાહરણ તરીકે ઉપરની લાઈનમાં import માં “i” લોવરકેસ અને Bio માં “B” અપરકેસમાં છે.
03:12	આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે DNA sequence ટ્રાન્સલેટ કરવા માટે Biopython મોડ્યુલ્સનો ઉપયોગ કરીશું.
03:19	તેમાં આપેલ સ્ટેપ્સ નું સમાવેશ છે.
03:22	પ્રથમ કોડિંગ DNA strand માટે sequence object બનાવો.
03:27	આગળ DNA સ્ટ્રેન્ડને mRNA જેવું transcription કરવું.
03:32	છેલ્લેmRNA ને protein સિકવેન્સ જેવું ટ્રાન્સલેશન કરવું.
03:37	ઉદાહરણ તરીકે આ સ્લાઈડ પર દર્શાવેલ કોડિંગ DNA strand નો ઉપયોગ કરીશું.
03:42	આ એક નાના protein સિકવેન્સન કોડ કરે છે.
03:46	પ્રથમ સ્ટેપ ,આપેલ કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડ માટે sequence object બનાવવાનું છે.
03:52	ચાલો ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.
03:55	સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવા માટે Bio પેકેજમાંથી Seq મોડ્યૂલ ઈમ્પોર્ટ કરો.
04:02	Seq મોડ્યૂલ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને સંગ્રહિત અને પ્રક્રિયા કરવાની પધ્ધતી ઉપલબ્ધ કરીને આપે છે.
04:08	પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : from Bio dot Seq import Seq એન્ટર દબાવો.
04:17	આગળ તમારું સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવા માટે સ્પષ્ટપણે સ્ટ્રેન્ડમાં નિશ્ચિત અક્ષરને સ્પષ્ટ કરો.
04:24	nucleotides અથવા amino acids માટે અક્ષરોના કોડનું સિકવેન્સ છે કે નહિ તે સ્પષ્ટ કરે છે.
04:32	તે કરવા માટે આપણે Alphabet પેકેજ પરથી IUPAC મોડ્યૂલ વાપરીશું.
04:38	પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : from Bio dot Alphabet import IUPAC. Enter દબાવો.
04:48	નોંધ લો કે આપણે "Seq" અને "IUPAC" મોડ્યુલસ લોડ કરવા માટે import અને from સ્ટેટમેન્ટસ વાપરીશું.
04:56	cdna નામક વેરિયેબલમાં સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને સંગ્રહ કરો.
05:01	પ્રોમ્પ્ટ પર સામાન્ય સ્ટ્રીંગસ માં ટાઈપ કરો : cdna equal to Seq
05:08	સિકવેન્સને double quotes અને parentheses સંલગ્ન કરો.
05:13	આપણને ખબર છે કે સિકવેન્સ એ DNA ફ્રેગમેન્ટ છે. તો આરયુમેન્ટ તરીકે આલ્ફાબેટ ઓબ્જેક્ટ ટાઈપ કરો : unambiguous DNA
05:21	આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : cdna. એન્ટર દબાવો.
05:26	આઉટપુટ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે DNA sequence દેખાડે છે.
05:30	સંબધીત mRNA. માં કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડને ટ્રાન્સ્ક્રાઇબ કરીએ.
05:35	“transcribe”' મેથડ માં બિલ્ટ ઈન Seq મોડ્યૂલસ નો ઉપયોગ કરીએ.
05:39	આપેલ કોડ ટાઈપ કરો.
05:41	વેરિયેબલ mrna માં આઉટપુટ સંગ્રહ કરો.
05:45	પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : mrna equal to cdna dot transcribe ખુલ્લું અને બંધ કૌંસ, એન્ટર દબાવો.
05:55	આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : mrna. એન્ટર દબાવો.
06:01	આઉટપુટ જુઓ.
06:02	transcribe' મેથડ DNA સિકવેન્સમાં Thiamin ને Uracil માં બદલે છે.
06:09	આગળ mRNA સંબધીત protein સિકવેન્સમાં ટ્રાન્સલેટ કરવા માટે translate મેથડ વાપરો.
06:16	આપેલ કોડ ટાઈપ કરો : protein equal to mrna dot translate open and close parentheses. એન્ટર દબાવો.
06:27	જો RNA અથવા DNA સિકવેન્સ સ્ટ્રેન્ડેર્ડ જેનેટિક કોડ નો ઉપયોગ કરીને અનિર્દિષ્ટ હોય તો translate મેથડ ટ્રાન્સલેટ કરે છે.
06:36	આઉટપુટ અમીનો એસિડ સિકવેન્સ દેખાડે છે.
06:40	આઉટપુટ ટ્રાન્સલેટ કરેલ સિકવેન્સમાં stop codons ની હાજરી સંબધિત માહિતી પણ દર્શાવે છે.
06:47	પ્રોટીન સિકવેન્સનું છેલ્લું એસ્ટ્રિક ની નોંધ લો તે stop codon દર્શાવે છે.
06:53	ઉપરના કોડમાં આપણે transcription. માટે કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડનો ઉપયોગ કર્યો છે.
06:59	Biopython માં transcribe મેથડ ફક્ત કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડ પર કાર્ય કરે છે.
07:04	જો કે, વાસ્તવમાં બાઈલોજીકલ સિસ્ટમમાં template strand સાથે transcription ની પ્રક્રિયા શરુ થાય છે.
07:11	જો તમે template strand સાથે શરૂઆત કરી રહ્યા હોય તો ટર્મિનલ પર આપેલ પ્રમાણે reverse complement મેથડ વાપરીને તને કોડિંગ સ્ટ્રેન્ડમાં રૂપાંતરિત કરો.
07:20	કોડિંગ સ્ટ્રેન્ડ માટે ઉપરના પ્રમાણે બચેલા કોડનું અનુસરણ કરો.
07:24	Biopython માં મેથડ નો ઉપયોગ કરીને આપણે DNA સિકવેન્સને protein સિકવેન્સમા ટ્રાન્સલેટ કર્યું છે.
07:31	આ કોડ વાપરીને કોઈપણ આકારનું DNA સિકવેન્સ પ્રોટીન સિકવેન્સમાં ટ્રાન્સલેટ કરી શકાય છે.
07:37	ચાલો સારાંશ લઈએ.
07:38	આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા:
07:41	Biopython ના મહત્વના ફીચરો.
07:43	લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઇન્સ્ટોલ કરવા વિશેની માહિતી.
07:48	આપેલ DNA સ્ટ્રેન્ડ માટે એક સિ૯કવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવતા.
07:52	mRNA માં DNA સિકવેન્સના Transcription કરતા.
07:56	પ્રોટીન સિકવેન્સમાં mRNA નું ટ્રાન્સલેશન કરતા.
08:00	હવે અસાઈન્મેન્ટ તરીકે-
08:02	protein સિકવેન્સ માં આપેલ DNA સિકવેન્સને ટ્રાન્સલેટ કરો.
08:06	આઉટપુટની નોંધ લો.
08:08	પ્રોટીન સિકવેન્સના અંતર્ગત stop codon છે.
08:11	જેમ કુદરતી હોય છે તેમ DNA ને પ્રથમ ફ્રેમ stop codon સુધી ટ્રાન્સલેટ કરો.
08:17	તમારા પૂર્ણ અસાઈન્મેન્ટમાં આપેલ કોડ હોવા જોઈએ.
08:20	નોંધ લો કે આપણે translate() મેથડમાં to underscore stop વાપર્યું છે . આઉટપુટ જુઓ.
08:27	stop codon પોતે ટ્રાન્સલેટેડ કરેલું નથી.
08:31	તમારા પ્રોટીન સિકવેન્સના છેલ્લા સ્ટોપ સિમ્બોલનો સમાવેશ કર્યો નથી.
08:36	આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
08:39	જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
08:43	અમે વર્કશો આયોજિત કરીએ છીએ અને જેઓ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેમને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.
08:50	વધુ જાણકારી માટે અમને સંપર્ક કરો.
08:53	સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે
08:59	આ વિષે વધુ જાણકારી આપેલ લિંક પર ઉપલબ્ધ છે.
09:03	IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki