Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Gujarati
From Script | Spoken-Tutorial
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Introduction to Biopython પરના સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ માં તમારું સ્વાગત છે. |
| 00:05 | આ ટ્યુટોરિયલમાં આપણે શીખીશું * Biopython ના મહત્વ ફીચર. |
| 00:10 | લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઈન્સ્ટોલેશન કરવાની માહિતી. |
| 00:15 | અને Biopython ટૂલ્સ વાપરીને પ્રોટીન સિકવેન્સમાં DNA સિકવેન્સના translation. |
| 00:22 | આ ટ્યુટોરીયલના અનુસરણ માટે તમે. |
| 00:25 | Undergraduate Biochemistry અથવા Bioinformatics and સામાન્ય Python પ્રોગ્રામની માહિતી હોવી જોઈએ. |
| 00:31 | આપેલ લિંક પર Python ટ્યૂટોરિયલ્સ જુઓ. |
| 00:35 | આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહું છું : * Ubuntu OS version 12.04 |
| 00:41 | આપેલ લિંક પરPython version 2.7.3 |
| 00:44 | Ipython version 0.12.1 અને |
| 00:48 | Biopython version 1.58. |
| 00:51 | Biopython આ કમ્પ્યુટેશનલ બાઈયોલોજી માટે મોડ્યુલનો એક સંગ્રહ છે. |
| 00:57 | આ bioinformatics.સાથે જરૂરી સૌથી સામાન્ય એડવાન્સડ કાર્ય કરી શકીએ છીએ. |
| 01:03 | Biopython ટૂલ્સ આપેલ કાર્ય માટે ઉપયોગ કરી શકીએ છીએ: |
| 01:05 | Parsing તરીકે વિવિધ ફાઈલ ફોર્મેટસમાં માહિતી એક્સટ્રેક્ટ કેવું જેમકે FASTA, Genbank વગેરે. |
| 01:14 | ડેટાબેસ વેબસાઈટમાંથી ડેટા ડાઉનલોડ કરવું જેમ કે NCBI, ExPASY વગેરે. |
| 01:22 | Bioinformatic algorithms રન કરવું જેમ કે BLAST. |
| 01:26 | તેના પાસે સિકવેન્સ પર સામાન્ય ઓપરેશનસ કાર્ય કરવા માટે ટૂલ્સ છે. |
| 01:31 | ઉદાહરણ તરીકે મેળવવા માટે - complements, transcription, translation વગેરે. |
| 01:38 | અલાઇન્મેન્ટસથી ડીલ કરવા માટે કોડ. |
| 01:40 | અને અન્ય પધ્ધતીમાં કાર્ય વિભાજીત કરવા માટે કોડ. |
| 01:46 | ડાઉનલોડ સંબધિત માહિતી: |
| 01:48 | Biopython પેકેજ એ Python વિતરણનું ભાગ નથી ; તે મુક્તપણે ડાઉનલોડ કરું જરૂરી છે. |
| 01:54 | વિગતો માટે આપેલ લિંક જુઓ. |
| 01:59 | Linux સિસ્ટમ પર ઈન્સ્ટોલેશન : |
| 02:02 | સીનેપટીક પેકેજ મેનજરનો ઉપયોગ કરીને Python, Ipython અને Biopython પેકેજીસ ઇન્સ્ટોલ કરો . |
| 02:08 | પૂર્વપેક્ષિત સોફ્ટવેર પોતેથી ઇન્સ્ટોલ થશે. |
| 02:13 | graphic outputs અને plots માટે અતિરિક્ત પેકેજીસ ઇન્સ્ટોલ કરવું જરૂરી છે. |
| 02:18 | ટર્મિનલ ખોલવા માટે એક સાથે Ctrl, Alt અને T દબાવો. |
| 02:24 | મેં પહેલાથી જ Python, Ipython અને Biopython મારા સિસ્ટમ પર ઇન્સ્ટોલ કર્યું છે. |
| 02:30 | "ipython" ટાઈપ કરીને હું Ipython ઇન્ટરપ્રીટર શરુ કરીને એન્ટર દબાવો. |
| 02:35 | સ્ક્રીન પર IPython પ્રોમ્પ્ટ દ્રશ્યમાન છે. |
| 02:38 | Biopython નું ઈન્ટોલેશન તપાસવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : "import Bio", એન્ટર દબાવો. |
| 02:48 | જો તમને કોઈ પણ એરર મેસેજ મળે છે તો તેનો અર્થ છે Biopython ઇન્સ્ટોલ થયેલું છે. |
| 02:54 | અહીં હું તમને યાદ અપાવવા ઇચ્છુ કે Python ભાષા એ કેસ સેન્સિટિવ છે. |
| 02:59 | કીવર્ડ્સ વેરિયેબલ અથવા ફંકશનસ ટાઈપ કરતી વખતે કાળજી લો. |
| 03:04 | ઉદાહરણ તરીકે ઉપરની લાઈનમાં import માં “i” લોવરકેસ અને Bio માં “B” અપરકેસમાં છે. |
| 03:12 | આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે DNA sequence ટ્રાન્સલેટ કરવા માટે Biopython મોડ્યુલ્સનો ઉપયોગ કરીશું. |
| 03:19 | તેમાં આપેલ સ્ટેપ્સ નું સમાવેશ છે. |
| 03:22 | પ્રથમ કોડિંગ DNA strand માટે sequence object બનાવો. |
| 03:27 | આગળ DNA સ્ટ્રેન્ડને mRNA જેવું transcription કરવું. |
| 03:32 | છેલ્લેmRNA ને protein સિકવેન્સ જેવું ટ્રાન્સલેશન કરવું. |
| 03:37 | ઉદાહરણ તરીકે આ સ્લાઈડ પર દર્શાવેલ કોડિંગ DNA strand નો ઉપયોગ કરીશું.
|
| 03:42 | આ એક નાના protein સિકવેન્સન કોડ કરે છે. |
| 03:46 | પ્રથમ સ્ટેપ ,આપેલ કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડ માટે sequence object બનાવવાનું છે. |
| 03:52 | ચાલો ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ. |
| 03:55 | સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવા માટે Bio પેકેજમાંથી Seq મોડ્યૂલ ઈમ્પોર્ટ કરો. |
| 04:02 | Seq મોડ્યૂલ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને સંગ્રહિત અને પ્રક્રિયા કરવાની પધ્ધતી ઉપલબ્ધ કરીને આપે છે. |
| 04:08 | પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : from Bio dot Seq import Seq એન્ટર દબાવો. |
| 04:17 | આગળ તમારું સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવા માટે સ્પષ્ટપણે સ્ટ્રેન્ડમાં નિશ્ચિત અક્ષરને સ્પષ્ટ કરો. |
| 04:24 | nucleotides અથવા amino acids માટે અક્ષરોના કોડનું સિકવેન્સ છે કે નહિ તે સ્પષ્ટ કરે છે. |
| 04:32 | તે કરવા માટે આપણે Alphabet પેકેજ પરથી IUPAC મોડ્યૂલ વાપરીશું. |
| 04:38 | પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : from Bio dot Alphabet import IUPAC. Enter દબાવો. |
| 04:48 | નોંધ લો કે આપણે "Seq" અને "IUPAC" મોડ્યુલસ લોડ કરવા માટે import અને from સ્ટેટમેન્ટસ વાપરીશું. |
| 04:56 | cdna નામક વેરિયેબલમાં સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને સંગ્રહ કરો. |
| 05:01 | પ્રોમ્પ્ટ પર સામાન્ય સ્ટ્રીંગસ માં ટાઈપ કરો : cdna equal to Seq
|
| 05:08 | સિકવેન્સને double quotes અને parentheses સંલગ્ન કરો. |
| 05:13 | આપણને ખબર છે કે સિકવેન્સ એ DNA ફ્રેગમેન્ટ છે. તો આરયુમેન્ટ તરીકે આલ્ફાબેટ ઓબ્જેક્ટ ટાઈપ કરો : unambiguous DNA |
| 05:21 | આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : cdna. એન્ટર દબાવો. |
| 05:26 | આઉટપુટ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે DNA sequence દેખાડે છે. |
| 05:30 | સંબધીત mRNA. માં કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડને ટ્રાન્સ્ક્રાઇબ કરીએ. |
| 05:35 | “transcribe”' મેથડ માં બિલ્ટ ઈન Seq મોડ્યૂલસ નો ઉપયોગ કરીએ. |
| 05:39 | આપેલ કોડ ટાઈપ કરો. |
| 05:41 | વેરિયેબલ mrna માં આઉટપુટ સંગ્રહ કરો. |
| 05:45 | પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : mrna equal to cdna dot transcribe ખુલ્લું અને બંધ કૌંસ, એન્ટર દબાવો. |
| 05:55 | આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : mrna. એન્ટર દબાવો. |
| 06:01 | આઉટપુટ જુઓ. |
| 06:02 | transcribe' મેથડ DNA સિકવેન્સમાં Thiamin ને Uracil માં બદલે છે. |
| 06:09 | આગળ mRNA સંબધીત protein સિકવેન્સમાં ટ્રાન્સલેટ કરવા માટે translate મેથડ વાપરો. |
| 06:16 | આપેલ કોડ ટાઈપ કરો : protein equal to mrna dot translate open and close parentheses. એન્ટર દબાવો. |
| 06:27 | જો RNA અથવા DNA સિકવેન્સ સ્ટ્રેન્ડેર્ડ જેનેટિક કોડ નો ઉપયોગ કરીને અનિર્દિષ્ટ હોય તો translate મેથડ ટ્રાન્સલેટ કરે છે. |
| 06:36 | આઉટપુટ અમીનો એસિડ સિકવેન્સ દેખાડે છે. |
| 06:40 | આઉટપુટ ટ્રાન્સલેટ કરેલ સિકવેન્સમાં stop codons ની હાજરી સંબધિત માહિતી પણ દર્શાવે છે. |
| 06:47 | પ્રોટીન સિકવેન્સનું છેલ્લું એસ્ટ્રિક ની નોંધ લો તે stop codon દર્શાવે છે. |
| 06:53 | ઉપરના કોડમાં આપણે transcription. માટે કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડનો ઉપયોગ કર્યો છે. |
| 06:59 | Biopython માં transcribe મેથડ ફક્ત કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડ પર કાર્ય કરે છે. |
| 07:04 | જો કે, વાસ્તવમાં બાઈલોજીકલ સિસ્ટમમાં template strand સાથે transcription ની પ્રક્રિયા શરુ થાય છે. |
| 07:11 | જો તમે template strand સાથે શરૂઆત કરી રહ્યા હોય તો ટર્મિનલ પર આપેલ પ્રમાણે reverse complement મેથડ વાપરીને તને કોડિંગ સ્ટ્રેન્ડમાં રૂપાંતરિત કરો. |
| 07:20 | કોડિંગ સ્ટ્રેન્ડ માટે ઉપરના પ્રમાણે બચેલા કોડનું અનુસરણ કરો. |
| 07:24 | Biopython માં મેથડ નો ઉપયોગ કરીને આપણે DNA સિકવેન્સને protein સિકવેન્સમા ટ્રાન્સલેટ કર્યું છે. |
| 07:31 | આ કોડ વાપરીને કોઈપણ આકારનું DNA સિકવેન્સ પ્રોટીન સિકવેન્સમાં ટ્રાન્સલેટ કરી શકાય છે. |
| 07:37 | ચાલો સારાંશ લઈએ. |
| 07:38 | આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા: |
| 07:41 | Biopython ના મહત્વના ફીચરો.
|
| 07:43 | લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઇન્સ્ટોલ કરવા વિશેની માહિતી. |
| 07:48 | આપેલ DNA સ્ટ્રેન્ડ માટે એક સિ૯કવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવતા. |
| 07:52 | mRNA માં DNA સિકવેન્સના Transcription કરતા. |
| 07:56 | પ્રોટીન સિકવેન્સમાં mRNA નું ટ્રાન્સલેશન કરતા. |
| 08:00 | હવે અસાઈન્મેન્ટ તરીકે- |
| 08:02 | protein સિકવેન્સ માં આપેલ DNA સિકવેન્સને ટ્રાન્સલેટ કરો. |
| 08:06 | આઉટપુટની નોંધ લો. |
| 08:08 | પ્રોટીન સિકવેન્સના અંતર્ગત stop codon છે. |
| 08:11 | જેમ કુદરતી હોય છે તેમ DNA ને પ્રથમ ફ્રેમ stop codon સુધી ટ્રાન્સલેટ કરો. |
| 08:17 | તમારા પૂર્ણ અસાઈન્મેન્ટમાં આપેલ કોડ હોવા જોઈએ. |
| 08:20 | નોંધ લો કે આપણે translate() મેથડમાં to underscore stop વાપર્યું છે . આઉટપુટ જુઓ. |
| 08:27 | stop codon પોતે ટ્રાન્સલેટેડ કરેલું નથી. |
| 08:31 | તમારા પ્રોટીન સિકવેન્સના છેલ્લા સ્ટોપ સિમ્બોલનો સમાવેશ કર્યો નથી. |
| 08:36 | આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. |
| 08:39 | જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો. |
| 08:43 | અમે વર્કશો આયોજિત કરીએ છીએ અને જેઓ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેમને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ. |
| 08:50 | વધુ જાણકારી માટે અમને સંપર્ક કરો. |
| 08:53 | સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે
|
| 08:59 | આ વિષે વધુ જાણકારી આપેલ લિંક પર ઉપલબ્ધ છે. |
| 09:03 | IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર. |
