Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Gujarati
From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 13:23, 3 June 2015 by Jyotisolanki (Talk | contribs)
Time | Narration |
00:01 | નમસ્તે મિત્રો જેમોલમાં એનઝાઇમ્સના 3D મોડેલના ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે. |
00:08 | આ ટ્યુટોરીયલમાં આપને જેમોલ પર Human Pancreatic Hexokinase ના સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરતા શીખીશું. |
00:16 | સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરના ના ડિસ્પ્લેને સુધારિત કરતા શીખીશું. |
00:20 | સક્રિય સાઈટ પર અમિનો એસિડ રેસીડ્યુસ ને હાઈલાઈટ કરતા શીખીશું. |
00:25 | એન્ઝાઇમના સબસ્ટ્રેટને અને કોફેક્ટરસ ને હાઈલાઈટ કરતા શીખીશું. |
00:30 | Aઅને પ્રોટીન માટે Ramachandran plot ને જોતા શીખીશું. |
00:35 | આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે, તમને મૂળભૂત બાયોકેમિસ્ટ્રી નું જ્ઞાન હોવું અનિવાર્ય છે |
00:41 | અને જેમોલ એપ્લીકેશન વિન્ડોના બેસિક ઓપરેશન સાથે પરિચિત હોવા જોઈએ. |
00:46 | કૃપા કરીને જેમોલ એપ્લીકેશનના ક્રમમાં Proteins અને Macromolecules ના ટ્યુટોરીયલ ને જુઓ. |
00:53 | તે આપલે લીંક પર ઉપલબ્ધ છે. |
00:57 | આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે હું વાપરી રહ્યી છું: Ubuntu Operating System આવૃત્તિ 12.04 . |
01:05 | Jmol આવૃત્તિ12.2.2. |
01:08 | Java આવૃત્તિ 7. and Mozilla Firefox browser 22.0 |
01:16 | જેમોલ વિન્ડો ખોલો અને hexokinase એન્ઝાઇમના સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરો. |
01:22 | હું ઈન્ટરનેટ સાથે જોડાએલી છું, એટલા માટે હું સ્ટ્રક્ચરને સીધું PDB website થી ડાઉનલોડ કરીશ. |
01:28 | આ કરવા માટે File મેનુ ખોલો , સ્ક્રોલ કરો અને Get PDB વિકલ્પ [ર ક્લિક કરો. |
01:37 | સક્રીન પર ઈનપુટ ડાઈલોગ બોક્સ દેખાય છે.ટેક્સ્ટ બોક્સ માં hexokinase, માટે ચાર અક્ષરોનું PDB code 3IDH ટાઈપ કરો. |
01:50 | આ કોડ Protein Data Bank વેબસાઈટ થી મેળવ્યો છે. |
01:55 | જો તમારી પાસે ચાલુ ઈન્ટનેટ કનેક્શન નથી તો ટૂલ બાર પર open a file આઇકનનો ઉપયોગ કરીને મોજુદ pdb ફાઈલ ખોલો. |
02:06 | OK બટન પર ક્લિક કરો. |
02:09 | hexokinase નો 3D સ્ટ્રક્ચર જેને glucokinase પણ કહેવાય છે તે સ્ક્રીન પર ખુલે છે. |
02:16 | File મેનુ નો ઉપયોગ કરીને કન્સોલ વિન્ડો ખોલો.' |
02:21 | જેવું કન્સોલ પર દેખાય છે પેનલ પર સબસ્ટ્રેટ Glucose ના સાથે . Human Pancreatic Glucokinase ના માટે સ્ટ્રક્ચર છે. |
02:31 | કન્સોલ બંદ કરો. |
02:34 | પેનલ પર આપણી પાસે hexokinase ના બોલ અને સ્ટીક મોડેલ છે. |
02:40 | પેનલ પર પ્રોટીન મોડેલ થી water molecules ને કાઢ્યું છે. |
02:44 | અહી પ્રક્રિયા જેમોલ ટ્યુટોરીયલના Proteins and macromolecules માં વિસ્તારથી સમજાવ્યું છે. |
02:53 | hexokinase એન્ઝાઇમ વિષે. |
02:56 | Hexokinase 465 અમીનો એસીડ નું મોનોમેરિક પ્રોટીન છે. |
03:02 | આ બે domain. ધરાવે છે એક નાનું અને એક મોટું. |
03:07 | આ એન્ઝાઇમ માટે એક સક્રિય સાઈટ બે ડોમેઈન વચ્ચે cleft એટલેકે દરાર માં સ્થિત હોય છે. |
03:14 | hexokinase ના માટે સક્રિય સાઈટ 3 અમીનો એસીડ રેસીડ્યુસ ધરાવે છે. 204, પર Aspergine પોઝીશન 231 પર Aspergine અને 256 પર Glutamic acid |
03:30 | Alpha-D-Glucose આ એન્ઝાઇમ ના લીધે સબસ્ટ્રેટ છે. |
03:34 | ચાલો જેમોલ પેનલ પર પાછા જઈએ. |
03:38 | આપણે સક્રિય સાઈટ પર એન્ઝાઇમ ના ઘટકો જેમકે સબસ્ટ્રેટ, કોફેક્ટરસ અથવા અમીનો એસીડ રેસીડ્યુસ ને પસંદ અને હાઈલાઈટ કરી શકીએ છીએ. |
03:49 | એક વિશેષ ઘટક ને પસંદ કરવા માટે જમણું ક્લિક કરીને પોપ અપ મેનુ ખોલો. |
03:55 | Select વિકલ્પ માટે સ્ક્રોલ કરો. |
03:57 | સબ મેનુથી Proteins, By Residue name. સબ મેનુ પસંદ કરો. |
04:04 | અહી અલગ અલગ અમીનો એસીડસ યાદીબદ્ધ છે. |
04:10 | આને પસંદ કરવા માટે અમીનો એસીડના નામ પર ક્લિક કરો. |
04:14 | અમીનો એસીડ શીર્ષકો જેમકે Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged વગેરે ના અંતર્ગત વર્ગીકૃત પણ કર્યા છે. |
04:26 | મેટલ આયન potassium અને substrate glucose એ Hetero મેનુમાં યાદી બદ્ધ છે. |
04:34 | આપણે સબસ્ટ્રેટ બાઈન્ડીંગ સાઈટને સહેલાઇ થી શોધવા માટે એન્ઝાઇમ ના ડિસ્પ્લેને સુધારિત કરી શકીએ છીએ. |
04:41 | હવે આપણે પ્રોટીનના પરમાણુઓ ના રંગ અને ડિસ્પ્લેને બદલી શકીએ છીએ. |
04:46 | પોપ અપ મેનુ ખોલો, Select પર જાવ અને Protein વિકલ્પ શુધી સ્ક્રોલ કરો All પર ક્લિક કરો . |
04:55 | બે વખત પોપ અપ મેનુ ખોલો, Style શુધી સ્ક્રોલ કરો Scheme શુધી સ્ક્રોલ કરો
અને Sticks વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
05:05 | હવે આપણી પાસે પેનલ પર પ્રોટીન sticks ડિસ્પ્લેમાં છે. |
05:11 | હવે રંગ બદલવા માટે, ફરીથી પોપ અપ મેનુ ખોલો, Color, Atoms પર જાવ અને Blue વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
05:23 | આપણી પાસે સ્ક્રીન પર hexokinase નું મોડેલ ભૂરા રંગમાં અને સ્ટીક ડિસ્પ્લેમાં છે. |
05:30 | સબસ્ટ્રેટની નોંધ લો,કલેફટમાં Alfa-D-Glucose બોલ અને સ્ટીક ડિસ્પ્લેમાં છે. |
05:38 | સબસ્ટ્રેટને હાઈલાઈટ કરવા માટે, પોપઅપ મેનુ ખોલો Select પર જાવ પછી Hetero અને GLC-ALFA-D-GLUCOSE પર ક્લિક કરો. |
05:52 | પોપ અપ મેનુ પર બે વાર ક્લિક કરો Style સુધી સ્ક્રોલ કરો Scheme અને Sticks વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
06:00 | રંગ બદલવા માટે Color, Atoms પર જાવ અને White વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
06:12 | પેનલ પર સ્પષ્ટ રૂપે હાઈ લાઈટ કરેલ સબસ્ટ્રેટના પોઝીશનના સાથે hexokinase નું મોડેલ છે. |
06:20 | આપણે અમીનો એસીડસને હાઈ લાઈટ કરવા માટે સક્રિય સાઈટ પર તેનો રંગ બદલી શકીએ છીએ. |
06:26 | આવું કરવા માટે આપણને કન્સોલ વિન્ડો પર કમાંડ ટાઇપ કરવું પડશે. |
06:32 | જેવું કે પહેલા બતાડેલ છે સક્રિય સાઈટ પર સામેલ અમીનો એસીડસ છે પોઝીશન 204 પર Aspergine પોઝીશન 231 Aspergine અને 256 પર Glutamic acid
|
06:50 | File menu વાપરીને કન્સોલ વિન્ડો ખોલો . Console પર કલીલ કરો . |
06:57 | હું કન્સોલ વિન્ડોને મેગ્નીફાઈ કરવા માટે Kmag સ્ક્રીન મેગ્નીફાઈયર નો ઉપયોગ કરી રહી છું. |
07:03 | $ પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો select ચોરસ કૌંસમાં aspergine માટે Asn બ્રેકેટ બંદ કરો, 204 જે પોઝીશન છે સેમીકોલન color atoms orange |
07:25 | enter દબાઓ. |
07:27 | નોંધ લો કે aspargine રેસીડયુસના પરમાણુ હવે નારંગી રંગમાં છે. |
07:33 | કીબોર્ડ પર એરો બટન દબાવો અને કમાંડને એડિટ કરો. |
07:39 | અમીનો એસીડના પોઝીશનને 231 પરમાણુના રંગને રેડથી એસીડ કરો. |
07:48 | Enter દબાવો. |
07:51 | ફરીથી અપ એરો કી દબાવો અને અમીનો એસીડના નામને GLU જે કેglutamic acid છે અને પોઝીશનને 256 થી એડિટ કરો. |
08:06 | પરમાણુઓના રંગ લીલો કરો અને એન્ટર દબાવો. |
08:13 | પેનલ પર આપણી પાસે સબસ્ટ્રેટ અને હાઈલાઈટ કરેલ સક્રિય સાઈટના સાથે hexokinase નું 3D મોડેલ છે. |
08:23 | અહી પર્પલ રંગમાં દેખાડેલ potassium પરમાણુપણ મોડેલમાં હાઈલાઈટ કરેલ છે. |
08:30 | આપણે જેમોલમાં એક વિશિષ્ટ પ્રોટીનના માટે ramachandran plots પણ બતાવી શકે છે. |
08:36 | કન્સોલ પર $ પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઇપ કરો plot ramachandran |
08:45 | Enter દબાવો. |
08:47 | સ્ક્રીન પર આપણી પાસે hexokinase ના માટે ramachandran plot છે. |
08:54 | ડેટાબેસથી pdb files ઉપયોગ કરીને વિભિન્ન એન્ઝાઇમસ લોડ કરવાનો પ્રયાસ કરો. |
09:00 | સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરના ડિસ્પ્લે ને બદલો. |
09:04 | ચાલો શારંશ લઈએ, આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે શીખ્યા PDBનો પ્રયોગ કરીને Human Pancreatic Hexokinase ના સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવું. |
09:14 | સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરના ડિસ્પ્લેને સીધારિત કરવું. |
09:17 | સક્રિય સાઈટ પર અમીનો એસીડ રેસીડયુસ ને હાઈલાઈટ કરવું |
09:21 | * સબસ્ટ્રેટ અને એન્ઝાઇમના કોફેક્ટરસ ને હાઈલાઈટ કરવું. |
09:25 | અને પ્રોટીનસના માટે ramachandran' પ્લોટને જોવું. |
09:30 | અસાઇનમેન્ટ તરીકે: જેમોલ પેનલ પર એન્ઝાઇમ Lysozyme ની ડોટ pdb ફાઈલ લોડ કરો. |
09:38 | એન્ઝાઇમથી જોડેલ સબસ્ટ્રેટને હાઈલાઈટ કરો. |
09:42 | Highlight the amino acids at the active site. |
09:46 | Hint: Get the pdb file of Lysozyme from PDB database. |
09:52 | Watch the video available at this URL. |
09:56 | It summarizes the Spoken Tutorial project. |
10:00 | If you do not have a good bandwidth, you can download and watch it. |
10:04 | The Spoken Tutorial Project Team: |
10:07 | Conducts workshops and distributes certificates. |
10:10 | For more details, please write to us. |
10:14 | Spoken Tutorial Project is a part of the Talk to a Teacher project. |
10:19 | It is supported by the National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India. |
10:25 | More information on this Mission is available at this link |
10:30 | This is Snehalatha from IIT Bombay signing off. Thank you for joining. |