Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Gujarati

Time	Narration
00:01	નમસ્તે મિત્રો જેમોલમાં એનઝાઇમ્સના 3D મોડેલના ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે.
00:08	આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે જેમોલ પર Human Pancreatic Hexokinase ના સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરતા શીખીશું.
00:16	સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરના ના ડિસ્પ્લેને સુધારિત કરતા શીખીશું.
00:20	સક્રિય સાઈટ પર અમિનો એસિડ રેસીડ્યુસ ને હાઈલાઈટ કરતા શીખીશું.
00:25	એન્ઝાઇમના સબસ્ટ્રેટને અને કોફેક્ટરસ ને હાઈલાઈટ કરતા શીખીશું.
00:30	અને પ્રોટીન માટે Ramachandran plot ને જોતા શીખીશું.
00:35	આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે, તમને મૂળભૂત બાયોકેમિસ્ટ્રી નું જ્ઞાન હોવું અનિવાર્ય છે
00:41	અને જેમોલ એપ્લીકેશન વિન્ડોના બેસિક ઓપરેશન સાથે પરિચિત હોવા જોઈએ.
00:46	કૃપા કરીને જેમોલ એપ્લીકેશનના ક્રમમાં Proteins અને Macromolecules ના ટ્યુટોરીયલ ને જુઓ.
00:53	તે આપલે લીંક પર ઉપલબ્ધ છે.
00:57	આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે હું વાપરી રહ્યી છું: Ubuntu Operating System આવૃત્તિ 12.04 .
01:05	Jmol આવૃત્તિ12.2.2.
01:08	Java આવૃત્તિ 7. and Mozilla Firefox browser 22.0
01:16	જેમોલ વિન્ડો ખોલો અને hexokinase એન્ઝાઇમના સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરો.
01:22	હું ઈન્ટરનેટ સાથે જોડાએલી છું, એટલા માટે હું સ્ટ્રક્ચરને સીધું PDB website થી ડાઉનલોડ કરીશ.
01:28	આ કરવા માટે File મેનુ ખોલો , સ્ક્રોલ કરો અને Get PDB વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
01:37	સક્રીન પર ઈનપુટ ડાઈલોગ બોક્સ દેખાય છે.ટેક્સ્ટ બોક્સ માં hexokinase, માટે ચાર અક્ષરોનું PDB code 3IDH ટાઈપ કરો.
01:50	આ કોડ Protein Data Bank વેબસાઈટ થી મેળવ્યો છે.
01:55	જો તમારી પાસે ચાલુ ઈન્ટનેટ કનેક્શન નથી તો ટૂલ બાર પર open a file આઇકનનો ઉપયોગ કરીને મોજુદ pdb ફાઈલ ખોલો.
02:06	OK બટન પર ક્લિક કરો.
02:09	hexokinase નો 3D સ્ટ્રક્ચર જેને glucokinase પણ કહેવાય છે તે સ્ક્રીન પર ખુલે છે.
02:16	File મેનુ નો ઉપયોગ કરીને કન્સોલ વિન્ડો ખોલો.'
02:21	જેવું કન્સોલ પર દેખાય છે પેનલ પર સબસ્ટ્રેટ Glucose ના સાથે . Human Pancreatic Glucokinase ના માટે સ્ટ્રક્ચર છે.
02:31	કન્સોલ બંદ કરો.
02:34	પેનલ પર આપણી પાસે hexokinase ના બોલ અને સ્ટીક મોડેલ છે.
02:40	પેનલ પર પ્રોટીન મોડેલ થી water molecules ને કાઢ્યું છે.
02:44	અહી પ્રક્રિયા જેમોલ ટ્યુટોરીયલના Proteins and macromolecules માં વિસ્તારથી સમજાવ્યું છે.
02:53	hexokinase એન્ઝાઇમ વિષે.
02:56	Hexokinase 465 અમીનો એસીડ નું મોનોમેરિક પ્રોટીન છે.
03:02	આ બે domain. ધરાવે છે એક નાનું અને એક મોટું.
03:07	આ એન્ઝાઇમ માટે એક સક્રિય સાઈટ બે ડોમેઈન વચ્ચે cleft એટલેકે દરાર માં સ્થિત હોય છે.
03:14	hexokinase ના માટે સક્રિય સાઈટ 3 અમીનો એસીડ રેસીડ્યુસ ધરાવે છે. 204, પર Aspergine પોઝીશન 231 પર Aspergine અને 256 પર Glutamic acid
03:30	Alpha-D-Glucose આ એન્ઝાઇમ ના લીધે સબસ્ટ્રેટ છે.
03:34	ચાલો જેમોલ પેનલ પર પાછા જઈએ.
03:38	આપણે સક્રિય સાઈટ પર એન્ઝાઇમ ના ઘટકો જેમકે સબસ્ટ્રેટ, કોફેક્ટરસ અથવા અમીનો એસીડ રેસીડ્યુસ ને પસંદ અને હાઈલાઈટ કરી શકીએ છીએ.
03:49	એક વિશેષ ઘટક ને પસંદ કરવા માટે જમણું ક્લિક કરીને પોપ અપ મેનુ ખોલો.
03:55	Select વિકલ્પ માટે સ્ક્રોલ કરો.
03:57	સબ મેનુથી Proteins, By Residue name. સબ મેનુ પસંદ કરો.
04:04	અહી અલગ અલગ અમીનો એસીડસ યાદીબદ્ધ છે.
04:10	આને પસંદ કરવા માટે અમીનો એસીડના નામ પર ક્લિક કરો.
04:14	અમીનો એસીડ શીર્ષકો જેમકે Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged વગેરે ના અંતર્ગત વર્ગીકૃત પણ કર્યા છે.
04:26	મેટલ આયન potassium અને substrate glucose એ Hetero મેનુમાં યાદી બદ્ધ છે.
04:34	આપણે સબસ્ટ્રેટ બાઈન્ડીંગ સાઈટને સહેલાઇ થી શોધવા માટે એન્ઝાઇમ ના ડિસ્પ્લેને સુધારિત કરી શકીએ છીએ.
04:41	હવે આપણે પ્રોટીનના પરમાણુઓ ના રંગ અને ડિસ્પ્લેને બદલી શકીએ છીએ.
04:46	પોપ અપ મેનુ ખોલો, Select પર જાવ અને Protein વિકલ્પ શુધી સ્ક્રોલ કરો All પર ક્લિક કરો .
04:55	બે વખત પોપ અપ મેનુ ખોલો, Style શુધી સ્ક્રોલ કરો Scheme શુધી સ્ક્રોલ કરો અને Sticks વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
05:05	હવે આપણી પાસે પેનલ પર પ્રોટીન sticks ડિસ્પ્લેમાં છે.
05:11	હવે રંગ બદલવા માટે, ફરીથી પોપ અપ મેનુ ખોલો, Color, Atoms પર જાવ અને Blue વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
05:23	આપણી પાસે સ્ક્રીન પર hexokinase નું મોડેલ ભૂરા રંગમાં અને સ્ટીક ડિસ્પ્લેમાં છે.
05:30	સબસ્ટ્રેટની નોંધ લો,કલેફટમાં Alfa-D-Glucose બોલ અને સ્ટીક ડિસ્પ્લેમાં છે.
05:38	સબસ્ટ્રેટને હાઈલાઈટ કરવા માટે, પોપઅપ મેનુ ખોલો Select પર જાવ પછી Hetero અને GLC-ALFA-D-GLUCOSE પર ક્લિક કરો.
05:52	પોપ અપ મેનુ પર બે વાર ક્લિક કરો Style સુધી સ્ક્રોલ કરો Scheme અને Sticks વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
06:00	રંગ બદલવા માટે Color, Atoms પર જાવ અને White વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
06:12	પેનલ પર સ્પષ્ટ રૂપે હાઈ લાઈટ કરેલ સબસ્ટ્રેટના પોઝીશનના સાથે hexokinase નું મોડેલ છે.
06:20	આપણે અમીનો એસીડસને હાઈ લાઈટ કરવા માટે સક્રિય સાઈટ પર તેનો રંગ બદલી શકીએ છીએ.
06:26	આવું કરવા માટે આપણને કન્સોલ વિન્ડો પર કમાંડ ટાઇપ કરવું પડશે.
06:32	જેવું કે પહેલા બતાડેલ છે સક્રિય સાઈટ પર સામેલ અમીનો એસીડસ છે પોઝીશન 204 પર Aspergine પોઝીશન 231 Aspergine અને 256 પર Glutamic acid
06:50	File menu વાપરીને કન્સોલ વિન્ડો ખોલો . Console પર કલીલ કરો .
06:57	હું કન્સોલ વિન્ડોને મેગ્નીફાઈ કરવા માટે Kmag સ્ક્રીન મેગ્નીફાઈયર નો ઉપયોગ કરી રહી છું.
07:03	$ પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો select ચોરસ કૌંસમાં aspergine માટે Asn બ્રેકેટ બંદ કરો, 204 જે પોઝીશન છે સેમીકોલન color atoms orange
07:25	enter દબાઓ.
07:27	નોંધ લો કે aspargine રેસીડયુસના પરમાણુ હવે નારંગી રંગમાં છે.
07:33	કીબોર્ડ પર એરો બટન દબાવો અને કમાંડને એડિટ કરો.
07:39	અમીનો એસીડના પોઝીશનને 231 પરમાણુના રંગને રેડથી એસીડ કરો.
07:48	Enter દબાવો.
07:51	ફરીથી અપ એરો કી દબાવો અને અમીનો એસીડના નામને GLU જે કેglutamic acid છે અને પોઝીશનને 256 થી એડિટ કરો.
08:06	પરમાણુઓના રંગ લીલો કરો અને એન્ટર દબાવો.
08:13	પેનલ પર આપણી પાસે સબસ્ટ્રેટ અને હાઈલાઈટ કરેલ સક્રિય સાઈટના સાથે hexokinase નું 3D મોડેલ છે.
08:23	અહી પર્પલ રંગમાં દેખાડેલ potassium પરમાણુપણ મોડેલમાં હાઈલાઈટ કરેલ છે.
08:30	આપણે જેમોલમાં એક વિશિષ્ટ પ્રોટીનના માટે ramachandran plots પણ બતાવી શકે છે.
08:36	કન્સોલ પર $ પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઇપ કરો plot ramachandran
08:45	Enter દબાવો.
08:47	સ્ક્રીન પર આપણી પાસે hexokinase ના માટે ramachandran plot છે.
08:54	ડેટાબેસથી pdb files ઉપયોગ કરીને વિભિન્ન એન્ઝાઇમસ લોડ કરવાનો પ્રયાસ કરો.
09:00	સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરના ડિસ્પ્લે ને બદલો.
09:04	ચાલો શારંશ લઈએ, આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે શીખ્યા PDBનો પ્રયોગ કરીને Human Pancreatic Hexokinase ના સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવું.
09:14	સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરના ડિસ્પ્લેને સીધારિત કરવું.
09:17	સક્રિય સાઈટ પર અમીનો એસીડ રેસીડયુસ ને હાઈલાઈટ કરવું
09:21	* સબસ્ટ્રેટ અને એન્ઝાઇમના કોફેક્ટરસ ને હાઈલાઈટ કરવું.
09:25	અને પ્રોટીનસના માટે ramachandran' પ્લોટને જોવું.
09:30	અસાઇનમેન્ટ તરીકે: જેમોલ પેનલ પર એન્ઝાઇમ Lysozyme ની ડોટ pdb ફાઈલ લોડ કરો.
09:38	એન્ઝાઇમથી જોડેલ સબસ્ટ્રેટને હાઈલાઈટ કરો.
09:42	સક્રિય સાઈટ પર અમીનો એસીડસ ને હાઈલાઈટ કરો.
09:46	હિંટ: PDB databaseથી Lysozyme ની pdb ફાઈલ મેળવો.
09:52	આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો.
09:56	તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
10:00	જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિડ્થ ન હોય તો, તમે વિડીયો ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
10:04	સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ ટીમ:
10:07	સ્પોકન ટ્યુટોરીયલોનાં ઉપયોગથી વર્કશોપોનું આયોજન કરે છે. અને પ્રમાણપત્રો આપે છે.
10:10	વધુ વિગતો માટે, અમને લખો.
10:14	સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટોક ટુ અ ટીચર પ્રોજેક્ટનો એક ભાગ છે.
10:19	જેને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધાર અપાયેલ છે.
10:25	આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે.
10:30	IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતી સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki