Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Gujarati

Time	Narration
00:01	નમસ્તે મિત્રો જેમોલમાં એનઝાઇમ્સના 3D મોડેલના ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે.
00:08	આ ટ્યુટોરીયલમાં આપને જેમોલ પર Human Pancreatic Hexokinase ના સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરતા શીખીશું.
00:16	સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરના ના ડિસ્પ્લેને સુધારિત કરતા શીખીશું.
00:20	સક્રિય સાઈટ પર અમિનો એસિડ રેસીડ્યુસ ને હાઈલાઈટ કરતા શીખીશું.
00:25	એન્ઝાઇમના સબસ્ટ્રેટને અને કોફેક્ટરસ ને હાઈલાઈટ કરતા શીખીશું.
00:30	Aઅને પ્રોટીન માટે Ramachandran plot ને જોતા શીખીશું.
00:35	આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે, તમને મૂળભૂત બાયોકેમિસ્ટ્રી નું જ્ઞાન હોવું અનિવાર્ય છે
00:41	અને જેમોલ એપ્લીકેશન વિન્ડોના બેસિક ઓપરેશન સાથે પરિચિત હોવા જોઈએ.
00:46	કૃપા કરીને જેમોલ એપ્લીકેશનના ક્રમમાં Proteins અને Macromolecules ના ટ્યુટોરીયલ ને જુઓ.
00:53	તે આપલે લીંક પર ઉપલબ્ધ છે.
00:57	આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે હું વાપરી રહ્યી છું: Ubuntu Operating System આવૃત્તિ 12.04 .
01:05	Jmol આવૃત્તિ12.2.2.
01:08	Java આવૃત્તિ 7. and Mozilla Firefox browser 22.0
01:16	જેમોલ વિન્ડો ખોલો અને hexokinase એન્ઝાઇમના સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરો.
01:22	હું ઈન્ટરનેટ સાથે જોડાએલી છું, એટલા માટે હું સ્ટ્રક્ચરને સીધું PDB website થી ડાઉનલોડ કરીશ.
01:28	આ કરવા માટે File મેનુ ખોલો , સ્ક્રોલ કરો અને Get PDB વિકલ્પ [ર ક્લિક કરો.
01:37	સક્રીન પર ઈનપુટ ડાઈલોગ બોક્સ દેખાય છે.ટેક્સ્ટ બોક્સ માં hexokinase, માટે ચાર અક્ષરોનું PDB code 3IDH ટાઈપ કરો.
01:50	આ કોડ Protein Data Bank વેબસાઈટ થી મેળવ્યો છે.
01:55	જો તમારી પાસે ચાલુ ઈન્ટનેટ કનેક્શન નથી તો ટૂલ બાર પર open a file આઇકનનો ઉપયોગ કરીને મોજુદ pdb ફાઈલ ખોલો.
02:06	OK બટન પર ક્લિક કરો.
02:09	hexokinase નો 3D સ્ટ્રક્ચર જેને glucokinase પણ કહેવાય છે તે સ્ક્રીન પર ખુલે છે.
02:16	File મેનુ નો ઉપયોગ કરીને કન્સોલ વિન્ડો ખોલો.'
02:21	જેવું કન્સોલ પર દેખાય છે પેનલ પર સબસ્ટ્રેટ Glucose ના સાથે . Human Pancreatic Glucokinase ના માટે સ્ટ્રક્ચર છે.
02:31	કન્સોલ બંદ કરો.
02:34	પેનલ પર આપણી પાસે hexokinase ના બોલ અને સ્ટીક મોડેલ છે.
02:40	પેનલ પર પ્રોટીન મોડેલ થી water molecules ને કાઢ્યું છે.
02:44	અહી પ્રક્રિયા જેમોલ ટ્યુટોરીયલના Proteins and macromolecules માં વિસ્તારથી સમજાવ્યું છે.
02:53	hexokinase એન્ઝાઇમ વિષે.
02:56	Hexokinase 465 અમીનો એસીડ નું મોનોમેરિક પ્રોટીન છે.
03:02	આ બે domain. ધરાવે છે એક નાનું અને એક મોટું.
03:07	આ એન્ઝાઇમ માટે એક સક્રિય સાઈટ બે ડોમેઈન વચ્ચે cleft એટલેકે દરાર માં સ્થિત હોય છે.
03:14	hexokinase ના માટે સક્રિય સાઈટ 3 અમીનો એસીડ રેસીડ્યુસ ધરાવે છે. 204, પર Aspergine પોઝીશન 231 પર Aspergine અને 256 પર Glutamic acid
03:30	Alpha-D-Glucose આ એન્ઝાઇમ ના લીધે સબસ્ટ્રેટ છે.
03:34	ચાલો જેમોલ પેનલ પર પાછા જઈએ.
03:38	આપણે સક્રિય સાઈટ પર એન્ઝાઇમ ના ઘટકો જેમકે સબસ્ટ્રેટ, કોફેક્ટરસ અથવા અમીનો એસીડ રેસીડ્યુસ ને પસંદ અને હાઈલાઈટ કરી શકીએ છીએ.
03:49	એક વિશેષ ઘટક ને પસંદ કરવા માટે જમણું ક્લિક કરીને પોપ અપ મેનુ ખોલો.
03:55	Select વિકલ્પ માટે સ્ક્રોલ કરો.
03:57	સબ મેનુથી Proteins, By Residue name. સબ મેનુ પસંદ કરો.
04:04	અહી અલગ અલગ અમીનો એસીડસ યાદીબદ્ધ છે.
04:10	આને પસંદ કરવા માટે અમીનો એસીડના નામ પર ક્લિક કરો.
04:14	અમીનો એસીડ શીર્ષકો જેમકે Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged વગેરે ના અંતર્ગત વર્ગીકૃત પણ કર્યા છે.
04:26	મેટલ આયન potassium અને substrate glucose એ Hetero મેનુમાં યાદી બદ્ધ છે.
04:34	આપણે સબસ્ટ્રેટ બાઈન્ડીંગ સાઈટને સહેલાઇ થી શોધવા માટે એન્ઝાઇમ ના ડિસ્પ્લેને સુધારિત કરી શકીએ છીએ.
04:41	अब हम प्रोटीन के परमाणुओं के रंग और डिस्प्ले को बदलते हैं। હવે આપણે પ્રોટીનના પરમાણુઓ ના રંગ અને ડિસ્પ્લેને બદલી શકીએ છીએ.
04:46	Open the pop-up menu, go to Select, and scroll down to Protein option. Click on All.
04:55	Open the pop-up menu again, scroll down to Style, then to Scheme. And click on Sticks option.
05:05	Now we have on the panel the protein in sticks display
05:11	Now to change the color, open the pop-up menu again, go to Color, Atoms, and click on Blue option.
05:23	We have on the screen the model of hexokinase in blue color and in sticks display
05:30	Observe the substrate, Alfa-D-Glucose in ball and stick display in the cleft.
05:38	To highlight the substrate, open the pop-up menu, go to Select, then Hetero and click on GLC-ALFA-D-GLUCOSE.
05:52	Open the pop-up menu again , scroll down to Style, Scheme and click on Sticks option.
06:00	To change the color, Open the pop-up menu again, go down to Color, Atoms and click on White option.
06:12	On panel is the model of hexokinase with position of the substrate clearly highlighted.
06:20	We can change the color of the amino acids at the active site to highlight them.
06:26	To do so, we have to type commands in the Console window.
06:32	As mentioned earlier the amino acids involved at the active-site are Aspergine at position 204, Aspergine at position 231 and Glutamic acid at 256.
06:50	Open the console window using File menu. Click on Console.
06:57	I am using Kmag Screen magnifier to magnify the console window.
07:03	At the $ prompt type: select within square brackets Asn for aspergine close the bracket, 204 i.e the position semicolon color atoms orange.
07:25	Press enter.
07:27	Observe that the atoms of aspargine residue now in orange color.
07:33	Press up arrow button on the key board and edit the command.
07:39	Edit the amino acid position to 231 and color of atoms to red.
07:48	Press Enter
07:51	Press up arrow key and again and edit name of amino acid to GLU, that is glutamic acid and position to 256
08:06	Color of atoms to green and Press Enter .
08:13	We have on the panel a 3D model of hexokinase with substrate and the active site highlighted.
08:23	Also highlighted in the model is the potassium atom shown here in purple color.
08:30	We can also show ramachandran plots for a particular protein in jmol.
08:36	On the console, at the $ prompt type plot ramachandran
08:45	Press Enter .
08:47	On the screen we have a ramachandran plot for hexokinase.
08:54	Try to load different enzymes using pdb files from the database.
09:00	Change the display of secondary structure
09:04	Lets summarize, In this tutorial we learnt to, Load structure of Human Pancreatic Hexokinase using PDB code.
09:14	Modify the display of secondary structure.
09:17	Highlight amino acid residues at the active site.
09:21	* Highlight substrate and cofactors of the enzyme.
09:25	And View ramachandran plot for proteins.
09:30	As an Assignment: Load the dot pdb file of enzyme Lysozyme on Jmol panel.
09:38	Highlight the substrate bound to the enzyme.
09:42	Highlight the amino acids at the active site.
09:46	Hint: Get the pdb file of Lysozyme from PDB database.
09:52	Watch the video available at this URL.
09:56	It summarizes the Spoken Tutorial project.
10:00	If you do not have a good bandwidth, you can download and watch it.
10:04	The Spoken Tutorial Project Team:
10:07	Conducts workshops and distributes certificates.
10:10	For more details, please write to us.
10:14	Spoken Tutorial Project is a part of the Talk to a Teacher project.
10:19	It is supported by the National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India.
10:25	More information on this Mission is available at this link
10:30	This is Snehalatha from IIT Bombay signing off. Thank you for joining.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki