Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Nepali
From Script | Spoken-Tutorial
| Time | Narration |
| 00:01 | यो Proteins and Macromolecules स्पोकन ट्युटोरियलमा स्वागत छ |
| 00:06 | यो ट्युटोरियलमा हामी सिक्नेछौं |
| 00:09 | * Protein Data Bank (PDB) बाट प्रोटिनको संरचनाहरु लोड गर्न |
| 00:13 | * PDB डाटाबेसबाट .pdb फाइलहरु डाउनलोड गर्न |
| 00:18 | *प्रोटिनको सेकन्डरी संरचनाहरु विभिन्न फर्म्याटहरुमा डिस्प्ले गर्न |
| 00:24 | * हाइड्रोजन बन्डहरु र disulfide बन्डहरु हाइलाइट गर्न |
| 00:29 | यो ट्युटोरियल अनुसरण गर्न तपाईसँग Jmol Application विन्डो को आधारभूत ज्ञान हुनुपर्छ |
| 00:37 | यदि छैन भने सान्दर्भिक ट्युटोरियलको लागि हाम्रो वेबसाइटमा हेर्नुहोस् |
| 00:42 | यो ट्युटोरियल रेकर्ड गर्न म प्रयोग गर्दैछुँ, |
| 00:46 | * उबुन्टु अपरेटिंग सिस्टम संस्करण १२.०४ |
| 00:50 | * Jmol संस्करण १२.२.२ |
| 00:54 | * Java संस्करण ७ |
| 00:57 | * Mozilla Firefox ब्राउजर २२.० |
| 01:02 | ठूला बायोमलिक्युल हरुको Structure Analysis |
| 01:06 | * Proteins र Macromolecules |
| 01:10 | * Nucleic acids, DNA र RNA |
| 01:13 | * Crystal structures र polymers,Jmol Application को प्रयोगले गर्न सकिन्छ |
| 01:19 | यहाँ मैले एउटा नयाँ Jmol विन्डो खोल्ने छौं |
| 01:24 | बायोमलिक्युल हरुको 3D संरचनाहरु सिधै डाटाबेसबाट डाउनलोड गरी हेर्न सकिन्छ |
| 01:29 | यसो गर्न File मेनुमा क्लिक गरौँ, तल Get PDB मा क्लिक गरौँ |
| 01:36 | स्क्रिनमा एउटा इनपुट डाइलग बक्स देखापर्छ |
| 01:40 | हामीले इनपुट बक्समा निश्चित protein को लागि चार अक्षरको PDB code टाइप गर्नुपर्ने हुन्छ |
| 01:48 | यो कोड 'Protein Data Bank (PDB) वेबसाइट' बाट प्राप्त गर्न सकिन्छ |
| 01:53 | यो Protein Data Bank को वेबपेज हो |
| 01:57 | यसमा बायोमलिक्युलहरु जस्तै proteins र nucleic acid को जानकारी छ |
| 02:04 | उदारहणको रुपमा: PDB वेबसाइटबाट Pancreatic Enzyme Insulin को PDB कोड पत्ता लगाऊ |
| 02:13 | सर्च बक्समा टाइप प्रोटिनको नाम टाइप गरौँ,Human Insulin, किबोर्डको इन्टर कि थिचौं |
| 02:24 | अब देखिएको वेबपेजमा तल स्क्रोल गरौँ |
| 02:28 | स्क्रिनमा परिचित Human Insulinसंरचनाहरु साथै PDB कोड हरु देखापर्छ |
| 02:36 | उदाहरणको रुपमा कोड 4EX1 सहितको Human Insulin छानौं |
| 02:44 | प्रोटिनको नाममा क्लिक गरौँ |
| 02:47 | संरचनाको विवरण सहितको एउटा विन्डो खुल्छ |
| 02:52 | जानकारीहरु जस्तै |
| 02:54 | * Primary Citation |
| 02:56 | * Molecular Description र |
| 02:58 | * Structure Validation हरु यो पेजमा उपलब्ध छन् |
| 03:02 | हामी प्रोटिनको संरचना .pdb फाइलको रुपमा सेभ गर्न र तिनीहरुलाई Jmol मा 3D मोडमा हेर्न सक्छौं |
| 03:12 | पेजको माथि दायाँ कुनामा रहेको Download Files लिंकमा क्लिक गरौँ |
| 03:20 | ड्रपडाउन मेनुबाट PDB file (gz) विकल्प छानौं |
| 03:28 | स्क्रिनमा एउटा डाइलग बक्स खुल्छ |
| 03:32 | Save file विकल्प छानौं |
| 03:35 | OK बटनमा क्लिक गरौँ |
| 03:39 | प्रोटिनको संरचना 4EX1.pdb.gz को रुपमा Downloads फोल्डरमा सेभ हुनेछ |
| 03:51 | यसैगरी, तपाई विभिन्न प्रोटिनहरुको आवश्यक .pdb फाइल डाउनलोड गर्न र तिनीहरुलाई भिन्नै फाइलमा सेभ गर्न सक्नुहुन्छ |
| 04:02 | अब, Insulin को 3D संरचना हेर्न Jmol विन्डोमा जाउँ |
| 04:09 | यदि तपाईसँग इन्टरनेट छ भने तपाई सिधै Jmol प्यानलमा प्रोटिन संरचना डाउनलोड गर्न सक्नुहुन्छ |
| 04:15 | टेक्स्ट बक्समा ४ अक्षरको PDB code “4EX1” टाइप गरौ र OK बटन क्लिक गरौँ |
| 04:25 | यदि तपाईसँग इन्टरनेट छैन भने टूलबारको Open a File आइकनमा क्लिक गरौँ |
| 04:34 | प्यानलमा एउटा डाइलग बक्स खुल्छ |
| 04:38 | 4EX1.pdb.gz फाइल भएको स्थान मतलब Downloads फोल्डरमा जाउँ |
| 04:47 | Downloads फोल्डर छानौं र open बटन क्लिक गरौँ |
| 04:52 | 4EX1.pdb.gz फाइल छानौं र open बटनमा क्लिक गरौँ |
| 05:00 | स्क्रिनमा Insulin को 3D संरचना खुल्छ |
| 05:05 | प्यानलमा protein को डिफल्ट डिस्प्ले ball and stick हो |
| 05:12 | प्यानलमा प्रोटिनको मोडल हाइड्रोजन एटमहरु विना देखिन्छ |
| 05:17 | हाइड्रोजन एटमहरु सहितको मोडल देखाउन, modelkit मेनु खोलौं |
| 05:23 | तल add hydrogens विकल्पमा स्क्रोल गरौँ र यसमा क्लिक गरौँ |
| 05:28 | अहिले प्यानलमा हाइड्रोजन एटमहरु सहितको मोडल देखाइएको छ |
| 05:33 | protein संरचनामा पानीको मलिक्युलहरु पनि देखाइएको छ |
| 05:38 | पानीको मलिक्युल नदेखाउन, यो कदमहरु अनुसरण गर्नुहोस् |
| 05:43 | पहिले पप-अप मेनु खोलौं र Select मा जाउँ |
| 05:48 | सब-मेनुबाट Hetero छानौं र “All Water विकल्प क्लिक गरौँ |
| 05:55 | पुन: पप-अप मेनु खोलौं, Style मा जाउँ, Scheme र CPK spacefill विकल्प क्लिक गरौँ |
| 06:05 | यसले पानीको मलिक्युललाई CPK Spacefill डिस्प्ले गर्ने छ |
| 06:11 | पुन: पप अप मेनु खोलौं र Style मा जाउँ र तल Atoms मा स्क्रोल गरौँ र Off विकल्प क्लिक गरौँ |
| 06:22 | अब प्यानलमा हामीसँग कुनै पनि पानीको मलिक्युल बिनाको Insulin संरचना छ |
| 06:27 | अर्को protein को सेकन्डरी संरचना विभिन्न फर्म्याटहरुमा डिस्प्ले गर्न सिकौं |
| 06:35 | पप-अप मेनु खोलौं |
| 06:37 | Select विकल्पमा जाउँ |
| 06:39 | तल Protein मा स्क्रोल गरौँ र All विकल्पमा क्लिक गरौँ |
| 06:44 | पुन” पप-अप मेनु खोलौं र तल Style अनि Scheme मा स्क्रोल गरौँ |
| 06:50 | एउटा सब-मेनु यी विकल्पहरु सहित खुल्ने छ CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace, आदि |
| 07:02 | सबमेनुको Cartoon विकल्प क्लिक गरौँ |
| 07:07 | यो डिस्प्ले मा प्रोटिनको सेकन्डरी संरचनाहरु हेलिसेस helices, random coils, strands, sheets आदि देखिन्छन् |
| 07:17 | थप डिस्प्ले विकल्पहरुको लागि, |
| 07:19 | पप-अप मेनु खोलौं र तल Style, मा स्क्रोल गरौँ अनि Structures मा जाउँ |
| 07:25 | यहाँ हामी प्रोटिनको सेकन्डरी संरचना डिस्प्ले गर्ने विभिन्न विकल्पहरु देख्छौं |
| 07:31 | उदाहरणको लागि Strands विकल्पमा क्लिक गरौँ |
| 07:35 | अहिले प्यानलमा प्रोटिन Strands को रुपमा देखाइएको छ |
| 07:40 | डिस्प्ले को रंग बदल्न, पप-अप मेनु खोलौं, तल Color मा स्क्रोल गरौँ र Atoms छानौं र Blue विकल्प क्लिक गरौं |
| 07:52 | प्यानलको रंगमा परिवर्तन हेरौं |
| 07:56 | संरचनालाई पुन: Ball-and-stick डिस्प्लेमा परिणत गर्न, |
| 07:59 | पप-अप मेनु खोलौं, Styleअनि Scheme छानौं र Ball and stick विकल्प क्लिक गरौँ |
| 08:08 | हामी प्रोटिन मोडलमा हाइड्रोजन बन्डहरु र di-sulfide बन्डहरु हाइलाइट गर्न सक्छौं |
| 08:14 | हाइड्रोजन बन्डहरु देखाउन: पप-अप मेनु खोलौं र तल Style अनि Hydrogen Bonds विकल्पमा मा स्क्रोल गरौँ |
| 08:25 | पप-अप मेनुको Hydrogen Bonds विकल्पमा यी बिशेषताहरु छन् |
| 08:30 | Calculate, Set Hydrogen इन् Bonds Side Chain. |
| 08:35 | Set Hydrogen Bonds in the Backbone
र बन्डको मोटाई बदल्ने विकल्प पनि छ |
| 08:42 | मोडलमा हाइड्रोजन बन्डहरु देखाउन Calculate विकल्प क्लिक गरौँ |
| 08:47 | हाइड्रोजन बन्डहरु सेतो र रातो लामो ड्यासहरुको रुपमा देखाइएको छ |
| 08:53 | हाइड्रोजन बन्डहरु को मोटाई बदल्न पप-अप मेनुको 0.10 A एंगस्ट्रम विकल्प क्लिक गरौँ |
| 09:02 | अब हामी प्यानलमा अलि मोटो हाइड्रोजन बन्डहरु देख्न सक्छौं |
| 09:06 | हामी हाइड्रोजन बन्डहरु को रंग पनि बदल्न सक्छौं |
| 09:11 | पप-अप मेनुबाट, Color अनि Hydrogen Bonds मा स्क्रोल गरौँ अनि orange विकल्पमा क्लिक गरौँ |
| 09:20 | प्यानलमा हामीसँग सम्पूर्ण हाइड्रोजन बन्डहरु सुन्तला रंगमा छन् |
| 09:25 | मोडलमा Disulfide बन्डहरु र सल्फर एटमहरु पहेँलो रंगमा देखाइएको छ |
| 09:31 | disulfide बन्डहरु परिमार्जन गर्न पप-अप मेनुको disulfide bonds विकल्प खोलौं |
| 09:38 | तपाईले बदल्न चाहेको बिशेषताहरु जस्तै size र color आदिमा क्लिक गरौँ |
| 09:44 | यसैगरी विभिन्न enzyme हरुको .pdb फाइल खोलौं र तिनीहरुको 3D संरचना हेरौं |
| 09:51 | संक्षेपमा हेरौं, यो ट्युटोरियलमा हामीले सिक्यौं: |
| 09:57 | * Protein Data Bank (PDB) बाट प्रोटिनको संरचनाहरु लोड गर्न |
| 10:00 | * डाटाबेसबाट .pdb फाइलहरु डाउनलोड गर्न |
| 10:05 | * PDB code प्रयोग गरि इन्सुलिनको 3D संरचना हेर्न |
| 10:10 | * पानीको मलिक्युल विनाको Protein संरचना हेर्न |
| 10:14 | * सेकन्डरी संरचना विभिन्न फर्म्याटहरुमा देखाउन |
| 10:17 | * हाइड्रोजन बन्डहरु र disulfide बन्डहरु हाइलाइट गर्न |
| 10:22 | यहाँ तपाईको लागि एउटा कार्य छ |
| 10:24 | * PDB डाटाबेसबाट Human Hemoglobin को .pdb फाइल डाउनलोड गर्नुहोस् |
| 10:31 | *सेकन्डरी संरचना cartoon डिस्प्लेमा देखाउनुहोस् |
| 10:35 | * protein को “porphyrin” युनिट हाइलाइट गर्नुहोस् |
| 10:39 | *PDB code को लागि तलको लिंक प्रयोग गर्नुहोस् |
| 10:42 | यो URL मा उपलब्ध भिडियो हेर्नुहोस्
http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial] |
| 10:46 | यसले स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्टको सार दिन्छ |
| 10:50 | यदि तपाईसँग राम्रो ब्याण्डविड्थ छैन भने डाउनलोड गरि हेर्नुहोस् |
| 10:55 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्ट टिमले: |
| 10:57 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रयोग गरि कार्यशाला संचालन गर्छ |
| 11:01 | अनलाइन टेस्ट पास गर्नेलाई प्रमाणपत्र प्रदान गर्छ |
| 11:06 | बिस्तृत जानकारीको लागि कृपया contact@spoken-tutorial.org मा लेख्नुहोस् |
| 11:13 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्ट टक टु अ टिचर प्रोजेक्टको एक भाग हो |
| 11:18 | यसलाई नेशनल मिसन अनि एजुकेसन थ्रु आइसीटी, MHRD,भारत सरकारको सहयोग रहेको छ |
| 11:25 | यो मिसन सम्बन्धि थप जानकारी तलको लिंकमा उपलब्ध छ |
| 11:31 | म मन्दिरा थापा बिदा हुदैछुँ, सहभागिताको, लागि धन्यवाद, नमस्कार |
