Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Bengali

Time	Narration
00:01	Proteins এবং Macromolecules এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06	এই টিউটোরিয়ালে আমরা শিখব:
00:09	Protein Data Bank (PDB) থেকে প্রোটিন লোড করা।
00:13	PDB ডাটাবেস থেকে .pdb ফাইল ডাউনলোড করা।
00:18	বিভিন্ন ফরম্যাটে প্রোটিনের গৌণ কাঠামো প্রদর্শন করা।
00:24	হাইড্রোজেন এবং ডাইসালফেট বন্ধন লক্ষনীয় করা।
00:29	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Jmol অ্যাপ্লিকেশন উইন্ডো থেকে মৌলিক অপারেশন সম্পর্কে জানতে হবে।
00:37	না হলে, নিম্নলিখিত লিঙ্ক থেকে প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়াল দেখুন।
00:42	টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে
00:46	উবুন্টু OS সংস্করণ 12.04,
00:50	Jmol সংস্করণ 12.2.2
00:54	জাভা সংস্করণ 7
00:57	মোজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 22.0 ব্যবহার করছি।
01:02	বড় জৈব অণুর গাঠনিক বিশ্লেষণ যেমন:
01:06	Proteins এবং macromolecules
01:10	Nucleic acids (DNA এবং RNA)
01:13	Crystal structures এবং Polymers, Jmol ব্যবহার করে করা যেতে পারে।
01:19	এখানে আমি একটি নতুন Jmol উইন্ডো খুলেছি।
01:24	জৈব অণুর 3D কাঠামো ডাটাবেস থেকে সরাসরি ডাউনলোড করে দেখা যাবে।
01:29	এটি করতে, File মেনুতে গিয়ে, Get PDB তে টিপুন।
01:36	পর্দায় Input ডায়ালগ বাক্স খোলে।
01:40	আমাদের Input বাক্সে, নির্দিষ্ট প্রোটিনের জন্য চার অক্ষরের PDB কোড লিখতে হবে।
01:48	এই কোড Protein Data Bank (PDB) ওয়েবসাইট থেকে পাওয়া যাবে।
01:53	এটি হল Protein Data Bank এর ওয়েব পেজ।
01:57	এতে জৈব অণু সম্পর্কে তথ্য রয়েছে, যেমন প্রোটিন এবং নিউক্লিক অ্যাসিড।
02:04	উদাহরণরূপে: PDB ওয়েবসাইট থেকে Pancreatic Enzyme Insulin এর PDB কোড খোঁজার চেষ্টা করি।
02:13	সার্চ বাক্সে প্রোটিনের নাম লিখুন Human Insulin. কীবোর্ডের Enter কী টিপুন।
02:24	এখন, প্রদর্শিত ওয়েব পেজে, নীচে স্ক্রোল করুন।
02:28	PDB কোডের সাথে পরিচিত Human Insulin এর কাঠামোর তালিকা পর্দায় প্রদর্শিত হয়।
02:36	উদাহরণস্বরূপ, Human Insulin এর সাথে কোড 4EX1 নির্বাচন করুন।
02:44	প্রোটিন নামের উপর টিপুন।
02:47	কাঠামোর সকল বিবরণের সাথে একটি উইন্ডো খোলে।
02:52	এই পৃষ্ঠায়
02:54	Primary Citation
02:56	Molecular Description এবং
02:58	Structure Validation উপলব্ধ।
03:02	আমরা .pdb ফাইল হিসাবে প্রোটিনের কাঠামো সংরক্ষণ করে তা Jmol এ 3D মোডে দেখতে পারি।
03:12	Download Files লিঙ্কে টিপুন, যা পৃষ্ঠার উপরের ডান দিকের কোণায় অবস্থিত।
03:20	ড্রপ ডাউন মেনু থেকে PDB file (gz) বিকল্প নির্বাচন করুন।
03:28	পর্দায় একটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
03:32	Save file বিকল্প নির্বাচন করুন।
03:35	OK বোতামে টিপুন।
03:39	প্রোটিনের কাঠামো Downloads ফোল্ডারে 4EX1.pdb.gz হিসাবে সংরক্ষিত হবে।
03:51	একইভাবে, আপনি বিভিন্ন প্রোটিনের প্রয়োজনীয় .pdb ফাইল ডাউনলোড করে তা পৃথক ফাইলে সংরক্ষণ করতে পারেন।
04:02	এখন, Jmol উইন্ডোতে গিয়ে ইনসুলিলের 3D কাঠামো দেখুন।
04:09	ইন্টারনেট থাকলে সরাসরি Jmol প্যানেলে প্রোটিনের কাঠামো ডাউনলোড করতে পারেন।
04:15	টেক্সট বাক্সে 4 অক্ষরের PDB কোড “4EX1” লিখুন এবং OK বোতামে টিপুন।
04:25	আপনি ইন্টারনেটের সাথে সংযুক্ত থাকলে টুল বারে Open a File আইকনে টিপুন।
04:34	প্যানেলে একটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
04:38	4EX1.pdb.gz ফাইলের স্থানে যান অর্থাৎ Downloads ফোল্ডারে।
04:47	Downloads ফোল্ডার নির্বাচন করে Open বোতামে টিপুন।
04:52	4EX1.pdb.gz ফাইল নির্বাচন করে Open বোতামে টিপুন।
05:00	পর্দায় ইনসুলিলের 3D কাঠামো খোলে।
05:05	প্যানেলে প্রোটিনের ডিফল্ট ডিসপ্লে হল, "Ball and Stick".
05:12	প্যানেলে হাইড্রোজেন পরমাণু ছাড়া প্রোটিন মডেল খোলে।
05:17	হাইড্রোজেন পরমাণুর সাথে মডেল প্রদর্শন করতে model kit মেনু খুলুন।
05:23	স্ক্রোল করে add hydrogens এ গিয়ে এটিতে টিপুন।
05:28	এখন প্রোটিন মডেল প্যানেলে হাইড্রোজেন পরমাণু সহ খোলে।
05:33	প্রোটিনের কাঠামোতে জলের অণুও দেখায়।
05:38	জলের অণু বাদ দিতে, নিম্ন পদক্ষেপ অনুসরণ করুন।
05:43	প্রথমে পপ আপ মেনু খুলুন এবং Select এ যান।
05:48	সাব মেনু থেকে, Hetero নির্বাচন করুন এবং "All Water" বিকল্পে টিপুন।
05:55	আবার পপ আপ মেনু খুলুন, Style এ যান এবং "CPK spacefill" বিকল্পে টিপুন।
06:05	এটি সকল জলের অনু CPK Spacefill ডিসপ্লে তে রূপান্তর করবে।
06:11	আবার পপ আপ মেনু খুলুন এবং Style এ স্ক্রোল করে Atoms এ যান এবং Off বিকল্পে টিপুন।
06:22	এখন প্যানেলে কোনো জলের অণু ছাড়া ইনসুলিনের কাঠামো রয়েছে।
06:27	এরপর বিভিন্ন ফরম্যাটে প্রোটিনের গৌণ কাঠামো প্রদর্শন করা শিখি।
06:35	পপ আপ মেনু খুলুন।
06:37	Select বিকল্পে যান।
06:39	Protein এ স্ক্রোল করুন এবং All বিকল্পে টিপুন।
06:44	আবার পপ আপ মেনু খুলুন এবং তারপর নীচে Style এ স্ক্রোল করে Scheme এ যান।
06:50	একটি সাব মেনু খোলে যেখানে বিকল্পগুলি হল CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace ইত্যাদি।
07:02	সাব মেনু থেকে Cartoon বিকল্পে টিপুন।
07:07	এটি প্রোটিনের গৌণ কাঠামো প্রদর্শন করে যেমন helices, random coils, strands, sheets ইত্যাদি।
07:17	আরো ডিসপ্লে বিকল্পের জন্য,
07:19	পপ আপ মেনু খুলুন এবং Style এ স্ক্রোল করে Structures এ যান।
07:25	এখানে প্রোটিনের গৌণ কাঠামো প্রদর্শন করার আরো অনেক বিকল্প দেখি।
07:31	উদাহরণস্বরূপ Strands বিকল্পে টিপুন।
07:35	প্রোটিন এখন প্যানেলে Strands রূপে প্রদর্শিত হয়েছে।
07:40	ডিসপ্লের রঙ পরিবর্তন করতে, পপ আপ মেনু খুলুন। Color এ স্ক্রোল করে Atoms নির্বাচন করুন এবং Blue বিকল্পে টিপুন।
07:52	প্যানেলের রঙের পরিবর্তন লক্ষ্য করুন।
07:56	কাঠামো আবার Ball and Stick এ রূপান্তর করতে,
07:59	পপ আপ মেনু নির্বাচন করুন, Style এ গিয়ে Scheme নির্বাচন করে তারপর Ball and stick বিকল্পে টিপুন।
08:08	আমরা প্রোটিন মডেলে হাইড্রোজেন এবং ডাই-সালফাইড বন্ধন ও লক্ষনীয় করতে পারি।
08:14	হাইড্রোজেন বন্ধন প্রদর্শন করতে: পপ আপ মেনু খুলুন এবং নীচে Style এ স্ক্রোল করে Hydrogen Bonds বিকল্পে যান।
08:25	পপ আপ মেনুতে হাইড্রোজেন বন্ধনের নিম্ন বৈশিষ্ট্য রয়েছে:
08:30	Set Hydrogen Bonds Side Chain.
08:35	Set Hydrogen Bonds in the Backbone. এবং এছাড়াও বন্ধনের বেধ পরিবর্তন করার বিকল্প রয়েছে।
08:42	মডেলে হাইড্রোজেন বন্ধন দেখাতে Calculate বিকল্পে টিপুন।
08:47	হাইড্রোজেন বন্ধন সাদা এবং লাল দীর্ঘ ড্যাশ হিসাবে প্রদর্শিত হয়েছে।
08:53	হাইড্রোজেন বন্ধনের বেধ বদলাতে পপ আপ মেনু থেকে 0.10 A (অন্গস্ত্রম) বিকল্পে টিপুন।
09:02	এখন আমরা প্যানেলে ঘন হাইড্রোজেন বন্ধন দেখি।
09:06	আমরা হাইড্রোজেন বন্ধনের রঙ ও বদলাতে পারি।
09:11	পপ আপ মেনু থেকে নীচে Color এ স্ক্রোল করে Hydrogen Bonds এ গিয়ে Orange বিকল্পে টিপুন।
09:20	প্যানেলে, সকল হাইড্রোজেন বন্ধন কমলা রঙে রয়েছে।
09:25	ডাইসালফাইড বন্ধন এবং সালফার পরমাণু মডেলে হলুদ রঙে দেখানো হয়েছে।
09:31	ডাইসালফাইড বন্ধন পরিবর্তন করতে পপ মেনুতে Disulfide Bonds বিকল্প খুলুন।
09:38	আপনার পছন্দমত বিকল্পে টিপুন যেমন আকার, রঙ ইত্যাদি।
09:44	একইভাবে বিভিন্ন এনজাইমের .pdb ফাইল খুলুন এবং তাদের 3D কাঠামো দেখুন।
09:51	সংক্ষেপে, এই টিউটোরিয়ালে আমরা শিখেছি:
09:57	Protein Data Bank (PDB) থেকে প্রোটিনের কাঠামো লোড করা।
10:00	ডাটাবেস থেকে .pdb ফাইল ডাউনলোড করা।
10:05	PDB কোড ব্যবহার করে ইনসুলিনের 3D কাঠামো দেখা।
10:10	জলের অণু ছাড়া প্রোটিনের কাঠামো দেখা।
10:14	বিভিন্ন ফরম্যাটে গৌণ কাঠামো দেখা
10:17	হাইড্রোজেন এবং ডাইসালফাইড বন্ধন লক্ষনীয় করা।
10:22	নির্দেশিত কাজ হল:
10:24	PDB ডাটাবেস থেকে মানব হিমোগ্লোবিলের .pdb ফাইল ডাউনলোড করা।
10:31	Cartoon ডিসপ্লেতে গৌণ কাঠামো দেখানো।
10:35	প্রোটিনের "Porphyrin" (পরফিরিন) ইউনিট লক্ষনীয় করা।
10:39	PDB কোডের জন্য নিম্ন লিঙ্কে যান।
10:42	এই লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন, http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial
10:46	এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়।
10:50	ভাল ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন।
10:55	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল
10:57	কর্মশালার আয়োজন করে।
11:01	অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
11:06	বিস্তারিত তথ্যের জন্য contact@spoken-tutorial.org তে ইমেল করুন।
11:13	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প Talk to a Teacher প্রকল্পের অংশবিশেষ।
11:18	এটি ভারত সরকারের ICT, MHRD এর জাতীয় শিক্ষা মিশন দ্বারা সমর্থিত।
11:25	এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য, http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro
11:31	আমি কৌশিক দত্ত টিউটোরিয়ালটি অনুবাদ করেছি। ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta