Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Bengali

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
Time Narration
00:01 Proteins এবং Macromolecules এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06 এই টিউটোরিয়ালে আমরা শিখব:
00:09 Protein Data Bank (PDB) থেকে প্রোটিন লোড করা।
00:13 PDB ডাটাবেস থেকে .pdb ফাইল ডাউনলোড করা।
00:18 বিভিন্ন ফরম্যাটে প্রোটিনের সেকেন্ডারী কাঠামো প্রদর্শন করা।
00:24 হাইড্রোজেন এবং ডাইসালফাইড বন্ধন লক্ষনীয় করা।
00:29 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Jmol অ্যাপ্লিকেশন উইন্ডো থেকে মৌলিক অপারেশন সম্পর্কে জানতে হবে।
00:37 না হলে, নিম্নলিখিত লিঙ্ক থেকে প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়াল দেখুন।
00:42 টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে
00:46 উবুন্টু OS সংস্করণ 12.04,
00:50 Jmol সংস্করণ 12.2.2
00:54 জাভা সংস্করণ 7 এবং
00:57 মোজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 22.0 ব্যবহার করছি।
01:02 বড় জৈব অণুর গাঠনিক বিশ্লেষণ:
01:06 Proteins এবং macromolecules
01:10 Nucleic acids (DNA এবং RNA)
01:13 Crystal structures এবং Polymers.
01:19 এখানে আমি একটি নতুন Jmol উইন্ডো খুলেছি।
01:24 জৈব অণুর 3D কাঠামো ডাটাবেস থেকে সরাসরি ডাউনলোড করা যেতে পারে।
01:29 এটি করতে, File মেনুতে গিয়ে, Get PDB তে টিপুন।
01:36 Input ডায়ালগ বাক্স পর্দায় খোলে।
01:40 আমাদের Input বাক্সে, নির্দিষ্ট প্রোটিনের জন্য চার অক্ষরের PDB কোড লিখতে হবে।
01:48 এই কোড Protein Data Bank (PDB) ওয়েবসাইটে পাওয়া যাবে।
01:53 এটি হল Protein Data Bank এর ওয়েব পেজ।
01:57 এতে জৈব অণু সম্পর্কে তথ্য রয়েছে, যেমন প্রোটিন এবং নিউক্লিক অ্যাসিড।
02:04 এখন PDB ওয়েবসাইট থেকে Pancreatic Enzyme Insulin এর PDB কোড খোঁজার চেষ্টা করি।
02:13 সার্চ বারে প্রোটিনের নাম লিখুন Human Insulin. কীবোর্ডের Enter কী টিপুন।
02:24 প্রদর্শিত ওয়েব পেজে, নীচে স্ক্রোল করুন।
02:28 PDB কোডের সাথে পরিচিত Human Insulin এর কাঠামোর তালিকা পর্দায় প্রদর্শিত হয়।
02:36 এখন Human Insulin এর সাথে 4EX1 কোড নির্বাচন করুন।
02:44 প্রোটিন নামের উপর টিপুন।
02:47 কাঠামোর সকল বিবরণের সাথে একটি উইন্ডো খোলে।
02:52 এখানে
02:54 Primary Citation
02:56 Molecular Description এবং
02:58 Structure Validation উপলব্ধ।
03:02 আমরা .pdb ফাইল হিসাবে প্রোটিনের কাঠামো সংরক্ষণ করে তা Jmol3D মোডে দেখতে পারি।
03:12 এখন পৃষ্ঠায় উপরের ডান দিকের কোণায় অবস্থিত Download Files লিঙ্কে টিপুন।
03:20 ড্রপ ডাউন মেনু থেকে PDB file (gz) বিকল্প নির্বাচন করুন।
03:28 পর্দায় একটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
03:32 Save file নির্বাচন করুন।
03:35 এখন OK বোতামে টিপুন।
03:39 প্রোটিনের কাঠামো Downloads ফোল্ডারে 4EX1.pdb.gz হিসাবে সংরক্ষিত হবে।
03:51 একইভাবে, আপনি বিভিন্ন প্রোটিনের প্রয়োজনীয় .pdb ফাইল ডাউনলোড করে তা পৃথক ফাইলে সংরক্ষণ করতে পারেন।
04:02 এখন, Jmol উইন্ডোতে ইনসুলিলের 3D কাঠামো দেখুন।
04:09 ইন্টারনেট থাকলে Jmol প্যানেলে প্রোটিনের কাঠামো ডাউনলোড করতে পারেন।
04:15 টেক্সট বাক্সে চার অক্ষরের PDB কোড “4EX1” লিখুন এবং OK বোতামে টিপুন।
04:25 আপনি ইন্টারনেটের সাথে যুক্ত থাকলে টুল বারে Open a File আইকনে টিপুন।
04:34 প্যানেলে একটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
04:38 4EX1.pdb.gz ফাইলের স্থানে যান অর্থাৎ Downloads ফোল্ডারে।
04:47 Downloads ফোল্ডার নির্বাচন করে Open বোতামে টিপুন।
04:52 4EX1.pdb.gz ফাইল নির্বাচন করে Open বোতামে টিপুন।
05:00 পর্দায় ইনসুলিনের 3D কাঠামো খোলে।
05:05 প্যানেলে প্রোটিনের ডিফল্ট ডিসপ্লে হল, "Ball and Stick".
05:12 প্যানেলে হাইড্রোজেন পরমাণু ছাড়া প্রোটিন মডেল খোলে।
05:17 হাইড্রোজেন পরমাণুর সাথে মডেল প্রদর্শন করতে model kit মেনু খুলুন।
05:23 স্ক্রোল করে add hydrogens এ গিয়ে এটিতে টিপুন।
05:28 এখন প্রোটিন মডেল প্যানেলে হাইড্রোজেন পরমাণু সহ খোলে।
05:33 প্রোটিনের কাঠামোতে জলের অণুও দেখায়।
05:38 জলের অণু বাদ দিতে, নিম্ন পদক্ষেপ অনুসরণ করুন।
05:43 প্রথমে পপ আপ মেনু খুলে Select এ যান।
05:48 সাব মেনু থেকে, Hetero নির্বাচন করে "All Water" বিকল্পে টিপুন।
05:55 আবার পপ আপ মেনু খুলে Style এ যান এবং "CPK spacefill" বিকল্পে টিপুন।
06:05 এটি সকল জলের অনু CPK Spacefill ডিসপ্লে তে রূপান্তর করবে।
06:11 আবার পপ আপ মেনু খুলে Style এ স্ক্রোল করে Atoms এ যান এবং Off বিকল্পে টিপুন।
06:22 এখন প্যানেলে জলের অণু ছাড়া ইনসুলিনের কাঠামো রয়েছে।
06:27 এরপর বিভিন্ন ফরম্যাটে প্রোটিনের সেকেন্ডারী কাঠামো প্রদর্শন করা শিখি।
06:35 পপ আপ মেনু খুলে
06:37 Select বিকল্পে যান।
06:39 Protein এ স্ক্রোল করে All বিকল্পে টিপুন।
06:44 আবার পপ আপ মেনু খুলে Style এ স্ক্রোল করে Scheme এ যান।
06:50 একটি সাব মেনু খোলে যেখানে বিকল্পগুলি হল CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace ইত্যাদি।
07:02 সাব মেনু থেকে Cartoon বিকল্পে টিপুন।
07:07 এটি প্রোটিনের সেকেন্ডারী কাঠামো প্রদর্শন করে যেমন helices, random coils, strands, sheets ইত্যাদি।
07:17 আরো ডিসপ্লে বিকল্পের জন্য,
07:19 পপ আপ মেনু খুলে Style এ স্ক্রোল করে Structures এ যান।
07:25 এখন প্রোটিনের সেকেন্ডারী কাঠামো প্রদর্শন করার আরো কয়েকটি বিকল্প দেখি।
07:31 উদাহরণস্বরূপ Strands বিকল্পে টিপুন।
07:35 প্রোটিন এখন প্যানেলে Strands রূপে প্রদর্শিত হয়েছে।
07:40 ডিসপ্লের রঙ পরিবর্তন করতে, পপ আপ মেনু খুলুন। Color এ স্ক্রোল করে Atoms নির্বাচন করে Blue বিকল্পে টিপুন।
07:52 প্যানেলের রঙে পরিবর্তন লক্ষ্য করুন।
07:56 পপ আপ মেনু নির্বাচন করুন,
07:59 Style এ গিয়ে Scheme নির্বাচন করে তারপর Ball and stick বিকল্পে টিপুন।
08:08 আমরা মডেলে হাইড্রোজেন এবং ডাই-সালফাইড বন্ধন ও লক্ষনীয় করতে পারি।
08:14 হাইড্রোজেন বন্ধন প্রদর্শন করতে পপ আপ মেনু খুলুন এবং নীচে Style এ স্ক্রোল করে Hydrogen Bonds বিকল্পে যান।
08:25 এখানে মেনুতে হাইড্রোজেন বন্ধনের নিম্ন বৈশিষ্ট্য রয়েছে:
08:30 Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain.
08:35 Set Hydrogen Bonds in the Backbone. এবং এছাড়াও বন্ধনের বেধ পরিবর্তন করার বিকল্প রয়েছে।
08:42 মডেলে হাইড্রোজেন বন্ধন দেখাতে Calculate বিকল্পে টিপুন।
08:47 হাইড্রোজেন বন্ধন সাদা এবং লাল দীর্ঘ ড্যাশ হিসাবে প্রদর্শিত হয়েছে।
08:53 হাইড্রোজেন বন্ধনের বেধ বদলাতে পপ আপ মেনু থেকে 0.10 A বিকল্পে টিপুন।
09:02 এখন প্যানেলে ঘন হাইড্রোজেন বন্ধন দেখি।
09:06 আমরা হাইড্রোজেন বন্ধনের রঙ ও বদলাতে পারি।
09:11 পপ আপ মেনু থেকে নীচে Color এ স্ক্রোল করে Hydrogen Bonds এ গিয়ে Orange বিকল্পে টিপুন।
09:20 সকল হাইড্রোজেন বন্ধন কমলা রঙে রয়েছে।
09:25 ডাইসালফাইড বন্ধন এবং সালফার পরমাণু হলুদ রঙে দেখানো হয়েছে।
09:31 ডাইসালফাইড বন্ধন পরিবর্তন করতে পপ মেনুতে Disulfide Bonds বিকল্পে খুলুন।
09:38 আপনার পছন্দমত বিকল্পে টিপুন যেমন আকার, রঙ ইত্যাদি।
09:44 একইভাবে বিভিন্ন এনজাইমের .pdb ফাইল খুলে তাদের 3D কাঠামো দেখুন।
09:51 সংক্ষেপে, এই টিউটোরিয়ালে শিখেছি:
09:57 Protein Data Bank (PDB) থেকে প্রোটিনের কাঠামো লোড করা।
10:00 ডাটাবেস থেকে .pdb ফাইল ডাউনলোড করা।
10:05 PDB কোড ব্যবহার করে ইনসুলিনের 3D কাঠামো দেখা।
10:10 জলের অণু ছাড়া প্রোটিনের কাঠামো দেখা।
10:14 বিভিন্ন ফরম্যাটে সেকেন্ডারী কাঠামো দেখা
10:17 হাইড্রোজেন এবং ডাইসালফাইড বন্ধন লক্ষনীয় করা।
10:22 এখন
10:24 PDB ডাটাবেস থেকে হিউম্যান হিমোগ্লোবিলের .pdb ফাইল ডাউনলোড করুন।
10:31 Cartoon ডিসপ্লেতে সেকেন্ডারী কাঠামো দেখান।
10:35 প্রোটিনের "Porphyrin" (পরফিরিন) ইউনিট লক্ষনীয় করুন।
10:39 PDB কোডের জন্য নিম্ন লিঙ্কে যান।
10:42 এই লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন, http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial
10:46 এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়।
10:50 ভাল ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন।
10:55 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল
10:57 কর্মশালার আয়োজন করে।
11:01 অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
11:06 বিস্তারিত তথ্যের জন্য contact@spoken-tutorial.org তে ইমেল করুন।
11:13 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প Talk to a Teacher প্রকল্পের অংশবিশেষ।
11:18 এটি ভারত সরকারের ICT, MHRD এর জাতীয় শিক্ষা মিশন দ্বারা সমর্থিত।
11:25 এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য, http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro
11:31 আমি কৌশিক দত্ত এই টিউটোরিয়ালটি অনুবাদ করেছি। ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta